De 2 de abril a 10 de maio de 2002, a Basílica da Natividade em Belém, na Cisjordânia, foi sitiada pelas Forças de Defesa de Israel, visando supostos militantes palestinos que haviam se refugiado na igreja.
Como parte da Operação Escudo Defensivo, as Forças de Defesa de Israel (FDI) ocuparam Belém e tentaram capturar supostos militantes palestinos. Dezenas deles fugiram para a Igreja da Natividade em busca de refúgio. As FDI cercaram o local e sitiaram os supostos militantes e não militantes presentes, incluindo aproximadamente 200 monges residentes na igreja e outros palestinos que haviam chegado ao local por outros motivos. A Ordem Franciscana afirmou que não havia reféns, enquanto fontes israelenses alegaram que os monges e outros estavam sendo mantidos como reféns por homens armados.
Após 39 dias, chegou-se a um acordo, segundo o qual os militantes se entregaram a Israel e foram exilados para a Europa e a Faixa de Gaza.
Prelúdio As Forças de Defesa de Israel esperavam que a operação em Belém fosse relativamente simples, após a Brigada de Paraquedistas ter realizado diversas incursões na cidade nos meses anteriores. A missão foi confiada a uma brigada de infantaria da reserva, a Brigada de Jerusalém, sob o comando do coronel Rami Tzur-Hacham. Durante incursões anteriores das Forças de Defesa na cidade, pessoas procuradas encontraram refúgio na Igreja da Natividade. Desta vez, uma força da Unidade Shaldag foi enviada para bloquear a entrada do local.Harel and Isacharoff (2004), p. 247
As tropas foram transportadas por via aérea para a cidade e encontraram resistência palestina desorganizada. Os helicópteros da Força Aérea Israelense aterrissaram a força com meia hora de atraso. Quando a força chegou, os procurados já estavam lá. Dezenas de militantes, membros do Fatah, Hamas, Movimento da Jihad Islâmica na Palestina e das Forças de Segurança Palestinas fugiram para a igreja para se fortificarem, juntamente com cerca de 200 monges e outros palestinos que chegaram ao local por diferentes motivos, os quais Israel alegou terem sido mantidos como reféns pelos homens armados, um argumento negado por Giacomo Bini, Ministro-geral da Ordem dos Frades Menores, que declarou: Desejo afirmar categoricamente que os frades e freiras da comunidade religiosa de Belém não podem ser considerados reféns. Eles escolheram livremente permanecer naquele local, cuja custódia lhes foi confiada pela Santa Sé e que constitui seu lar. Os outros 200 palestinos sitiados dentro da Basílica refugiaram-se ali à força para fugir da varredura e da busca do exército israelense, assim como aconteceu com os 5 jornalistas italianos durante o primeiro dia do cerco. Até o momento, eles não cometeram nenhum ato de violência ou abuso de poder contra a comunidade religiosa.‘Franciscan proposal to end the siege of the balisica in Bethlehem,’ Zenit News Agency, 11 de abril de 2002. Um comandante sênior do Tanzim, Abdullah Abu-Hadid acrescentou: "A ideia era entrar na igreja para criar pressão internacional sobre Israel... Sabíamos de antemão que havia comida suficiente para dois anos para 50 monges. Azeite, feijão, arroz, azeitonas. Bons banheiros e os maiores poços da antiga Belém. Não precisavam de eletricidade porque havia velas. No quintal, plantavam vegetais. Tudo estava lá."
Entre os procurados na igreja estavam o governador de Belém, Muhammad al-Madani, e Abdullah Daoud, chefe da inteligência da Autoridade Palestina em Belém.Harel and Isacharoff (2004), pp. 247–248
Cerco thumb|Soldados israelenses evacuando padres durante o cerco thumb|Atirador israelense durante o cerco, 3 de abril de 2002 Em 3 de abril, as FDI posicionaram tanques perto da Praça da Manjedoura, em frente à igreja, e atiradores de elite do Exército israelense assumiram posições nos edifícios ao redor. Eles receberam ordens para atirar em qualquer pessoa vista dentro da igreja, procurando alvos com feixes de laser. O governo israelense afirmou que considerava o uso de locais sagrados pelos militantes como cínico e alegou que os militantes haviam atirado contra as tropas israelenses de dentro da igreja. O porta-voz das FDI, brigadeiro-general Ron Kitri, disse: "É complicado porque é um lugar sagrado e não queremos usar munição real. Existem vários canais de negociação para tentar alcançar uma solução o mais pacífica possível". Michel Sabbah, Patriarca Latino de Jerusalém e chefe da Igreja Católica na região, disse que os homens armados receberam refúgio e que "a basílica é um lugar de refúgio para todos, até mesmo para os combatentes, desde que deponham as armas. Temos a obrigação de dar refúgio tanto a palestinos quanto a israelenses". As Forças de Defesa de Israel instalaram seu quartel-general em um centro de convenções palestino chamado "Centro da Paz".
Os militantes foram divididos em seis grupos, com base na afiliação. Mantiveram contato com o mundo exterior usando telefones celulares. Dormiam no chão da igreja e nos quartos dos monges. Os banheiros quebraram várias vezes devido à interrupção do abastecimento de água.Harel and Isacharoff (2004), p. 248 Durante todo o cerco, atiradores de elite do Exército israelense mataram sete combatentes dentro da igreja a partir de sua posição no telhado. De acordo com uma testemunha, eles usaram feixes de laser verde para encontrar alvos durante a noite.
Em 4 de abril, Samir Ibrahim Salman, o sineiro da igreja, foi atingido várias vezes no peito por um atirador israelense e morreu.'Palestinian bell-ringer for Church of Nativity killed,' Knight Ridder/Sydney Morning Herald, 5 de abril de 2002.PBS 'Chronology of the Siege,' Frontline Em 5 de abril, 4 monges franciscanos deixaram a igreja sob escolta israelense. Fontes israelenses disseram que foram informadas de que o clero havia sido feito refém, enquanto fontes da ordem franciscana afirmaram que eles eram "reféns voluntários" com a intenção de permanecer para expressar solidariedade aos palestinos e evitar derramamento de sangue.
Em 7 de abril, o Vaticano alertou Israel para que respeitasse os locais religiosos em conformidade com suas obrigações internacionais. O porta-voz Joaquín Navarro-Valls afirmou que o Vaticano acompanhava os acontecimentos "com extrema apreensão". Um porta-voz dos monges católicos na Terra Santa acusou os israelenses de "ato de barbárie indescritível". O principal especialista em política externa do Vaticano, o arcebispo Jean-Louis Taura, declarou que, embora os palestinos tenham aderido a acordos bilaterais com o Vaticano, nos quais se comprometeram a respeitar e manter o status quo em relação aos lugares sagrados cristãos e aos direitos das comunidades cristãs, "para explicar a gravidade da situação atual, permitam-me começar pelo fato de que a ocupação dos lugares sagrados por homens armados é uma violação de uma longa tradição jurídica que remonta à era otomana. Nunca antes eles foram ocupados – por um período tão longo – por homens armados." O Papa João Paulo II exortou as pessoas a rezarem pela paz no Oriente Médio e descreveu a violência como tendo atingido níveis "inimagináveis e intoleráveis". O primeiro-ministro de Israel, Ariel Sharon, disse que os soldados israelenses não "profanariam a santidade do local como os [palestinos] fizeram". Ele também disse que as tropas permaneceriam no local até que os militantes lá dentro fossem capturados. O ministro das Relações Exteriores britânico, Ben Bradshaw, descreveu as ações israelenses na área como "totalmente inaceitáveis".'Vatican outrage over church siege,' BBC News, 8 de abril de 2002.
Em 8 de abril, um grande tiroteio irrompeu, danificando a fachada da igreja e causando um incêndio. Ambos os lados alegaram que os disparos começaram do outro lado. As Forças de Defesa de Israel alegaram que os palestinos abriram fogo de uma torre sineira, ferindo dois gendarmes da Polícia de Fronteira de Israel que estavam em um posto de observação no telhado próximo. Um oficial das FDI disse que as tropas israelenses revidaram e lançaram uma granada de fumaça, que iniciou um incêndio em um salão de reuniões no segundo andar com vista para a Basílica de Santa Catarina, adjacente à Igreja da Natividade. Um militante palestino foi morto.
Em 10 de abril, um monge armênio também foi ferido, tendo sido baleado, segundo um porta-voz israelense, porque usava roupas civis e parecia estar armado.
Em 11 de abril, o chefe da ordem franciscana, Giacomo Bini, solicitou formalmente que os palestinos fossem autorizados a deixar a igreja com a garantia de que suas vidas seriam protegidas e que a água e a energia seriam restauradas à Igreja, enquanto o porta-voz da ordem lembrava aos judeus israelenses o papel que a ordem franciscana desempenhou na proteção dos judeus do Holocausto, oferecendo-lhes refúgio durante a Segunda Guerra Mundial. A agência de notícias do Vaticano, Fides, informou que esses apelos foram rejeitados pelo governo israelense com as palavras: "Parem de nos incomodar".
Em 14 de abril, Ariel Sharon deu aos palestinos a opção de serem julgados em Israel ou exilados permanentemente, uma proposta que eles recusaram. Outro palestino foi morto a tiros.
Em 16 de abril ocorreu a troca de tiros mais intensa perto do edifício desde o início do cerco. Um palestino foi ferido no estômago e outro sofreu de epilepsia. Eles foram evacuados para um hospital. Dois turistas japoneses entraram por engano no perímetro da igreja e foram resgatados por jornalistas. Um palestino de dezesseis anos, Jihad Abu-Qamil, fugiu da igreja e se entregou às Forças de Defesa de Israel.
Em 17 de abril, soldados israelenses atiraram e feriram um palestino depois que ele saiu da igreja, e um padre que havia adoecido foi evacuado.
Em 20 de abril, a Igreja Ortodoxa Grega de Jerusalém convocou os cristãos de todo o mundo a fazer do próximo domingo um "dia de solidariedade" para as pessoas da igreja e para a própria igreja, e pediu uma intervenção imediata para pôr fim ao que chamou de "medidas desumanas contra o povo e a pedra da igreja". Também pediu a cristãos, muçulmanos e judeus que se reunissem na entrada principal de Belém e marchassem até à igreja.
Em 23 de abril, começaram as negociações para pôr fim ao cerco no Centro da Paz. As negociações foram mediadas pelo representante do Arcebispo da Cantuária em Belém, o cônego Andrew White. O negociador israelense era o coronel Lior Lotan, das Forças de Defesa de Israel, advogado de profissão. Inicialmente, Yasser Arafat nomeou Salah Tamari para chefiar a equipe de negociação. Tamari rejeitou as exigências de Israel de entregar uma lista dos militantes sitiados, mas depois descobriu que Arafat havia dado a Daoud uma ordem contraditória. Arafat também nomeou outra equipe de negociação, chefiada por Mohammad Rashid.Harel and Isacharoff (2004), pp. 248–249
Após dois dias de negociações, os palestinos estavam dispostos a discutir uma possível deportação dos militantes da igreja para o que um alto funcionário chamou de "país estrangeiro amigo". Em seguida, ocorreu uma troca de tiros. Dois palestinos ficaram feridos e quatro se renderam às Forças de Defesa de Israel. Em 30 de abril, autoridades israelenses disseram que pelo menos trinta pessoas sairiam em breve da igreja. Israel afirmou que queria julgá-las em território israelense ou, alternativamente, exilá-las. Os palestinos exigiram que esses homens fossem transferidos para a Faixa de Gaza e que outros fossem entregues ao controle da Autoridade Nacional Palestiniana para serem julgados.