thumb|300px|Locomotora C51, hacia 1940
La historia del transporte ferroviario en Japón comienza a finales del período Edo y se extiende hasta nuestros días. Desde entonces, el ferrocarril se ha convertido en uno de los elementos más importantes de la sociedad y la economía niponas. Su historia se puede dividir en cuatro etapas principales:Wakuda Aoki, et al. (2000); A History of Japanese Railways 1872–1999
Desde 1872, con la apertura la primera línea entre Tokio y Yokohama, hasta 1906, tras el final de la guerra ruso-japonesa; Desde de la nacionalización de ferrocarriles de 1906-1907 hasta el final de la Segunda Guerra Mundial en 1945; Desde la creación de los Ferrocarriles Nacionales Japoneses (JNR) en 1949 hasta la reprivatización de los ferrocarriles en 1987; Desde la privatización de la JNR en 1987 hasta la actualidad, con la presencia del grupo Japan Railways.
Etapa temprana 200px|thumb|N.º 1, una de las primeras locomotoras del tipo 150, fabricadas en Gran Bretaña.
Aunque la existencia del ferrocarril era conocida en Japón a través de los comerciantes holandeses en Dejima (Nagasaki), el impacto del modelo de los ferrocarriles traído al país nipón por extranjeros como Yevfimy Putyatin y Matthew Calbraith Perry fue enorme. Los británicos también habían expuesto el funcionamiento de una locomotora de vapor en Nagasaki. El Dominio de Saga, un dominio feudal japonés (Han), llegó a construir una locomotora e incluso planeó construir una línea ferroviaria por sí mismo. Otros dominios feudales y el Shogunato Tokugawa también se plantearon la posibilidad de construir un ferrocarril. Sin embargo, habría que esperar hasta la Restauración Meiji para que se produjera la entrada en servicio de una línea férrea.
thumb|left|upright|Briton Edmund Morell, quien fuera el primer Ingeniero en Jefe de los Ferrocarriles Gubernamentales; reconocido como el padre de los ferrocarriles japoneses
Justo antes de la caída del shogunato, el régimen Tokugawa emitió una subvención al diplomático estadounidense Anton LC Portman para construir una línea de Yokohama a Edo (que pronto será rebautizada Tokio). En 1868 Thomas Blake Glover, un comerciante escocés, fue el responsable de traer la primera locomotora de vapor de Japón llamada "Iron Duke", que fue probada en una pista de 8 kilómetros en el distrito de Nagasaki. El nuevo gobierno de Japón decidió construir un ferrocarril con financiación británica y 300 asesores técnicos británicos y europeos entre ingenieros civiles, directores generales, constructores de locomotoras y conductores. El 14 de octubre de 1872, el primer ferrocarril fue abierto entre la estación de Shimbashi (más tarde Shiodome) y la estación de Yokohama (actualmente Sakuragicho). El viaje de ida tomaba 53 minutos en comparación con 40 minutos para un tren eléctrico moderno. El servicio empezó con nueve viajes de ida y vuelta al día.
El ingeniero inglés Edmund Morell (1841-1871) supervisó la construcción del primer ferrocarril de Honshu durante el último año de su vida, el ingeniero estadounidense José U. Crowford (1842-1942) supervisó la construcción de un ferrocarril en una mina de carbón en Hokkaido en 1880, y el ingeniero alemán Herrmann Rumschottel (1844-1918) supervisó la construcción del ferrocarril en Kyushu a partir de 1887. Los tres ingenieros extranjeros capacitaron a ingenieros japoneses para llevar a cabo futuros proyectos ferroviarios. Dos hombres entrenados por Crowford más tarde se convirtieron en presidentes de los ferrocarriles nacionales del Japón. Un busto de bronce de Morel en Yokohama, una estatua de bronce de Crowford en el Temiya train memorial museum, y un busto de Rumschottel en Hakata conmemoran las contribuciones de los ingenieros extranjeros a los ferrocarriles de Japón. La razón de la elección del ancho de vía en el ferrocarril sigue siendo incierto; esto podría deberse a que el ancho de 1.067 m se suponía que era más barato a diferencia de ancho de vía estándar de 1.435 m, o porque el primer agente británico (cuyo contrato fue más tarde cancelado) ordenó los durmientes de hierro de ese tamaño. Probablemente la construcción anterior del ferrocarril de vía similar en Nueva Zelanda puede haber ejercido una influencia significativa. De todos modos la decisión aún afecta a los ferrocarriles japoneses hoy en día, donde la vía estrecha se convirtió en el estándar de facto.
Algunos políticos, como Inoue Masaru, declararon que todas las líneas ferroviarias debían ser nacionalizadas. Sin embargo, el gobierno poco se esforzó financieramente después de la Rebelión Satsuma, haciendo que la expansión de la red ferroviaria terriblemente lenta. Los políticos entonces optaron por permitir a las empresas privadas construir ferrocarriles. Por lo tanto, Nippon Railway fue fundada; era una entidad privada, pero intensamente llevó a cabo los proyectos de construcción del gobierno. Se expandieron líneas ferroviarias con bastante rapidez, completando la línea principal entre Ueno y Aomori (actualmente es la línea Tohoku Main Line) en 1891. Con el éxito de Nippon Railway, también se fundaron otras empresas privadas: Sanyō Railway, Kyūshū Railway, Hokkaidō Colliery and Railway (El ferrocarril de la mina de carbón de Hokkaidō) y Kansai Railway fueron llamados los "cinco grandes ferrocarriles privados" del momento. Al mismo tiempo, en 1889, la empresa nacional de ferrocarriles abría sus primeras líneas ferroviarias, incluida la actual línea principal de Tōkaidō, pero la mayoría de sus líneas eran subsidiarias a las principales líneas privadas. En 1892, la Dieta Imperial promulgó la Ley de Construcción de Ferrocarriles, donde aparecían las 33 rutas ferroviarias que deberían ser construidas por el gobierno o entidades privadas.
Además, algunos operadores comenzaron a utilizar unidades eléctricas múltiples o EMU en vez de locomotoras, para el transporte interurbano. Muchas de estas compañías de ferrocarril, siguiendo el modelo de los interurbanos en los Estados Unidos, dieron origen a los operadores ferroviarios privados actuales.
Durante el
Desarrollo previo a la guerra Las locomotoras de los primeros ferrocarriles fueron construidos por lo general en el país que los diseñó. Los primeros ferrocarriles en Honshu utilizaron locomotoras construidas en el Reino Unido. Locomotoras de Estados Unidos llegaron a Hokkaido en 1888 y locomotoras de Alemania llegaron a Kyushu en 1889. FH Trevithick y su hermano Richard Francis Trevithick diseñaron la primera locomotora a fabricar en Japón en 1893. Los fabricantes japoneses inicialmente dependían en gran medida de las piezas de locomotoras importadas. JNR dejó de importar locomotoras en 1912. A partir de entonces, con la excepción de unas pocas locomotoras experimentales fabricadas por Orenstein y Koppel o American Locomotive Company, las locomotoras de JNR fueron diseños construidos por fabricantes japoneses.
Las compañías ferroviarias privadas fueron los principales actores en las primeras etapas del ferrocarril japonés; sin embargo, después de la primera guerra sino-japonesa y la guerra ruso-japonesa, el gobierno planeaba controlar directamente la red ferroviaria y unificarla con fines estratégicos. En 1906, en la Ley de Nacionalización de Ferrocarriles se promulgó la nacionalización de muchas líneas ferroviarias troncales. A partir de este momento, la empresa nacional de ferrocarriles se convirtió en la principal red ferroviaria japonesa. Sin embargo, después de haber usado su dinero para la nacionalización, el gobierno no tenía suficiente dinero para ampliar aún más la red a las zonas rurales. Se creó la Ley Tren Ligero, donde se promovía que los operadores privados más pequeños construyeran .
thumb|Ferrocarril del Sur de Manchuria.
Los operadores ferroviarios privados más grandes, en cambio, desarrollaron aún más su modelo de negocio interurbano. La Hanshin Electric Railway Express (el actual ferrocarril de Hankyu ) construyó su propia tienda departamental conectada a su terminal, dicho modelo de gestión todavía se utiliza hoy en día. A diferencia de los operadores interurbanos en Estados Unidos, quienes electrificaron sus unidades desde los años 1910, las contrapartes japonesas no habrían experimentado el fenómeno sino hasta 1960, dándoles un desarrollo estable y permitiendo su supervivencia hasta la actualidad. Como dentro de las ciudades se requerían modelos masivos y rápidos de tránsito, el primer metro en el Este de Japón (la actual Tokio Metro Ginza Line) abrió sus puertas en 1927. Los primeros trolebuses en el país aparecieron en 1928. En los territorios que el imperio japonés controlaba en el momento, los ferrocarriles en Corea, Taiwán y Sajalín fueron construidas por los japoneses. En Manchukuo, una nación títere del noreste de China prácticamente controlado por los japoneses, el Ferrocarril del Sur de Manchuria operó su red ferroviaria.
Uno de los logros de este período en la tecnología ferroviaria fue el acoplamiento de locomotoras y vagones a través del sistema de enganches automáticos. Este trabajo se logró en julio de 1925 (en Honshū y Kyūshū) después de una considerable preparación. El 1 de abril de 1930, el Ministerio de Ferrocarriles adoptó el sistema métrico decimal, en sustitución del sistema británico imperial, para la medición de los ferrocarriles.
Situación bélica thumb|Soldados despidiéndose de sus familias antes de partir al frente.
Después del inicio de la segunda guerra sino-japonesa y de la Segunda Guerra Mundial, la nación, incluyendo los ferrocarriles, quedaron bajo el control militar. En 1938, el gobierno decidió unificar los ferrocarriles privados en bloques regionales, aumentando el tamaño de algunas compañías tal y como la Tokyo Kyuko Electric Railway o la Kinki Nippon Railway (Kintetsu) de Kansai. También fue durante la época bélica cuando se produjo una segunda ola de nacionalización de ferrocarriles: 22 compañías ferroviarias fueron adquiridas por el gobierno de forma forzosa entre 1943 y 1944. Pero al contrario de la primera ola de 1906-1907 durante la cual las líneas troncales quedaron integradas bajo el control gubernamental, la segunda ola se dirigió principalmente a los ferrocarriles de tipo industrial. Aquellas líneas adquiridas incluían las líneas Tsurumi, Hanwa e Iida.
El 29 de enero de 1940 el incendio de un tren en la Estación de Ajikawaguchi de la línea Nishinari acabó provocando 189 muertos. Este es considerado el accidente ferroviario que más muertos ha provocado en la historia de Japón, aunque la cifra de muertos de otro accidente ocurrido en 1945 en la Línea Hachikō posiblemente fue subestimado y podría superar a este.
El 11 de octubre de 1942 el Ministerio de Ferrocarriles adoptó el sistema horario de 24 horas en el sistema de cronometraje de los trenes para su uso militar. A partir de 1943 los ferrocarriles nacionales restringieron de forma importante los servicios ordinarios de pasajeros, dando prioridad a los transportes militares. En 1944 la situación bélica obligó a eliminar todos los trenes expresos, vagones de 1.ª clase, coches-restaurantes y coches-cama. Bajo la , algunos operadores ferroviarios fueron obligados a eliminar los raíles de aquellos tramos en que hubiera doble vía e incluso algunos operadores fueron forzados a suspender sus actividades con el fin de satisfacer la demanda militar con el acero de raíles retirados de las vías.不要不急線 Lista de las líneas afectadas por la normativa (en japonés).