Los pueblos indígenas de México son los que asumen una identidad étnica con base en su cultura, sus instituciones y una historia que los define como los pueblos autóctonos del país, descendientes de las sociedades originarias del territorio mexicano. El Estado mexicano reconoce a los pueblos indígenas al definirse en su Constitución PolíticaArtículo 2.º de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos.como una nación multicultural fundada en sus pueblos indígenas. Según un cálculo del Instituto Nacional Indigenista (INI), Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas (CDI), en 2012 la población indígena era de aproximadamente 15 millones de personas (de un total de 130), repartidas en 70 grupos étnicos. En 2025, la encuesta intercensal del INEGI arrojo que a nivel nacional existen 24 227 973 personas que fueron identificadas como indígenas con base en la autoidentificación.
En contraste con otros países de América Latina, donde los pueblos indígenas corresponden en su mayoría a un solo grupo lingüístico, cuyo idioma ha sido elevado a la categoría de oficial en compañía del español, en México existen alrededor de 65 pueblos indígenas que hablan entre sesenta y tres y más de una centena de idiomas diferentes (dependiendo de la fuente consultada).
Como parte de las leyes de derechos lingüísticos de los pueblos indígenas, que son leyes reglamentarias del artículo 2.º de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, las lenguas de estos pueblos son reconocidas como idiomas nacionales, con la misma categoría que el español; pero en la práctica, su uso oficial está extremadamente limitado, se reduce a: la publicación de algunas leyes; su uso en la educación bilingüe, en los niveles más bajos; la publicación de materiales de divulgación; y ocasionalmente, algunas estaciones radiodifusoras transmiten, parcial o totalmente, en idioma indígena y algunos sitios de Internet.
La población indígena está distribuida por todo el territorio de México, pero se concentra especialmente en la sierra Madre del Sur, la Península de Yucatán y en las zonas más remotas y de difícil acceso, tales como la Sierra Madre Oriental, la Sierra Madre Occidental y áreas vecinas a estas. No es numerosa la población indígena en México debido al mestizaje, pero la presencia de los nativos mexicanos dentro de la identidad nacional está muy presente por el alto desarrollo de las culturas mesoamericanas. Parte de la población mestiza de México se ve influenciada e identificada por el indigenismo en mayor medida a diferencia de otras naciones con contingentes indígenas.
En el norte, centro y el oeste de México habitan grupos como los Tarahumaras, Huicholes, Mazahuas, Otomiés, Apaches, Purépechas, Mexicas, Nahuas y los Yaquis. Mientras que en el sureste y sur del país los Tlapanecos, Mixtecos, Mixes, Triquis, Zapotecos y los Mayas, entre otros.
El estado con mayor población indígena es Oaxaca aunque mucho de ella ha emigrado y el que tiene mayor población indígena viviendo en su propio territorio es Yucatán.
Origen del término indio Cristóbal Colón llegó a América el 12 de octubre de 1492 y, tras desembarcar en la isla de Guanahaní, en el archipiélago de las Bahamas, creyó haber llegado a alguna isla cercana a la India. El almirante llamó indios a los pobladores de la isla, aunque en realidad se trataba de taínos,La traducción de este etnónimo —nombre de una etnia— es gente buena y para ser más específicos, se trataba de lucayos.De donde el primer nombre del archipiélago de las Bahamas: islas Lucayas Lo que no imaginaba Colón es que al bautizar a los habitantes de Guanahaní con ese nombre —y luego hacerlo general para todos los habitantes de las islas y tierra firme que fue pisando en sus viajes— también estaba bautizando a innumerables pueblos de los cuales probablemente nunca tuvo noticia. Entre estos pueblos desconocidos están los mesoamericanos, oasisamericanos y aridoamericanos —y los descendientes de todos ellos—, pobladores del territorio que en la actualidad conocemos como México.
El término indio se emplea comúnmente para designar individuos pertenecientes a los pueblos originarios de América. El término "indígena" define de mejor manera a estos pueblos. En la mayor parte de las naciones latinoamericanas, "indio" se usa como término despectivo o insulto, como designación de un conjunto de personas que se ubican en la periferia de la estructura social. Llamar a una persona indio es equivalente, en ciertos contextos, a calificar despectivamente a una persona como pobre, ignorante, gente sin educación o inteligencia. El significado social del término tiene una dimensión histórica que comienza precisamente en el tiempo del descubrimiento de América por parte de los europeos.
Guillermo Bonfil Batalla desde una posición que podríamos llamar indigenista, escribió:
Historia
Virreinato
thumb|left|Fray Bartolomé de las Casas por Félix Parra. La llegada y establecimiento de colonias españolas en las Antillas tuvo consecuencias muy graves para los indígenas de aquella región americana. De hecho, prácticamente desaparecieron al paso de unas pocas décadas, forzados a trabajar en las encomiendas o asimilados cultural y racialmente a los recién llegados. Pero tras el descubrimiento de nuevas tierras más allá del Mar Caribe, hubo un replanteamiento de la posición que deberían tomar los españoles ante las sociedades más complejas que ocupaban el territorio continental. De entre los muchos pasajes que dejaron los cronistas españoles de la conquista de México, algunos de ellos revelan cierta sorpresa ante las ciudades de los mesoamericanos, establecimientos que poco tenían que ver con los que encontraron en las islas del Caribe. Bernal Díaz del Castillo describía en los siguientes un día de tianguis en Tlatelolco, según recordaba el día que los españoles subieron por primera vez al Templo Mayor.
Pocos años después de la Conquista, tuvo lugar un duro debate entre múltiples posiciones que pretendían un acercamiento a los habitantes de las tierras sometidas. La legislación introducida por la Corona consideraba a los habitantes de las nuevas tierras conquistadas como súbditos de la Corona, pero introdujo formas de explotación para su evangelización a cambio de trabajo (como la encomienda o la mita), lo que revirtió muy negativamente en sus condiciones de vida. Los conquistadores sostenían que las nuevas tierras les pertenecían por derecho de conquista, mientras otros españoles proponían que la dominación española en América era un acto de injusticia, y que sus consecuencias para los naturales eran nefastas. Una de las plumas más típicas de esta posición es la de Bartolomé de las Casas, fraile dominico que escribió varios textos acerca de los destrozos que causaban los recién llegados en América. Por ejemplo, a propósito de la conquista de la Nueva España, Las Casas se quejaba ante la Corona de que durante los doce años que iban de la llegada de los europeos al suelo americano, iban cometiendo tantos hechos espantables que no podría bastar lengua ni noticia e industria humana para describirlos
thumb|200px|right|La expansión de los españoles provocó conflictos con los indígenas. En 1734, los pericúes se levantaron contra los misioneros y mataron a algunos de ellos. En otras partes sucedió lo mismo; por ejemplo, en 1769, en Yucatán, ocurrió la rebelión de Jacinto Canek.
En respuesta a estos abusos la Corona separó jurídica y geográficamente a los indígenas de los europeos en las llamadas República de indios y República de españoles. El establecimiento del régimen colonial en la Nueva España significó en principio la sustitución de la cúspide azteca del poder establecido por españoles, es decir, el sometimiento de los pueblos vasallos del Imperio azteca a la Corona española. Esto significó el mantenimiento de las estructuras de poder locales en la 'República de Indios', con un régimen jurídico aparte pero inferior a la 'República de españoles': la Inquisición no tenía jurisdicción sobre los indios, pero estos estaban obligados al pago de un impuesto personal. Los indígenas tenían un estatus jurídico intermedio entre los blancos y los miembros de otras razas ('República de castas'), pero su posición social era inferior, especialmente debido al desconocimiento del español. La política de evangelización fue en parte responsable de esta segregación social y lingüística pero también del mantenimiento de las lenguas indígenas, ya que en principio la Corona exigió a los evangelizadores predicar en las lenguas indígenas, después solo en las principales y por último en náhuatl. Solo en el , cuando la proporción de hispanohablantes fue mayor, las escuelas e iglesias indígenas comenzaron a introducir el español.La política del lenguaje en México, Shirley Brice Heath, INI, 1986.
A largo tiempo, sin embargo, los 'señoríos' indígenas cayeron en decadencia por la pérdida de población, su aislamiento geográfico y económico, la institución de la encomienda y la evolución política y económica, con lo que el poder pasó de forma definitiva a las ciudades habitadas por blancos y mestizos.
Los indígenas no aceptaron sumisamente la autoridad de la Nueva España y el blanco y mestizo sobre sus tierras, sino que emprendieron numerosísimas rebeliones durante su historia: yaquis (1740, 1767), mixes (1570), mayas (1712, 1761), rarámuris (1690, 1698), zapotecos (1660, 1770) y muchas otras, todas sometidas de forma sangrienta. Pero el Virreinato supuso una convulsión gigantesca en la forma de vida indígena, con nuevas relaciones de poder, una economía y alimentación diferentes (introducción del café, trigo, cebada, vacas, ovejas, gallinas, cerdos, aparición de la minería a gran escala) y una religión diferente (unida con la antigua en un sincretismo típicamente mexicano).
Independencia y thumb|170px|Benito Juárez, presidente de México (1858-1867; 1867-1872) y primer presidente de origen indígena.
La participación indígenas, fue importante para la [Independencia de México], esta no supuso grandes cambios para la aún entonces mayoría indígenas de México. La imposición del idioma español en todos los asuntos públicosSobre el lenguaje que debe usarse en los escritos de oficio, Congreso mexicano, 31 de mayo de 1822 se acompañó de la obligatoriedad de la escuela primaria en idioma español para toda la población, fue el cambio más trascendental.
Los procesos liberalizadores implicaron un nuevo golpe a la vida tradicional indígena, al eliminar los cabildos indígenas regidos por los usos y costumbres y las parcelas comunales, que fueron privatizadas y pasaron a manos de caciques locales. Esto empeoró aún más las condiciones de vida indígenas, los obligó en muchos casos a trabajar como semiesclavos para los nuevos amos.
Las rebeliones indígenas contra las continuas expropiaciones y la explotación por parte del Blanco (persona) y mestizos continuaron: zapotecos (1839-1853), nahuas de Guerrero (1842-46), huastecos (1879-1882), yaquis (1825-1897) y la llamada Guerra de Castas, rebelión maya que creó un estado independiente en Yucatán. Estas rebeliones fueron sofocadas por el nuevo gobierno Mexicano con tanta saña como la Nueva España, incluyendo deportaciones masivas, como la de yaquis a Yucatán o la venta de mayas como esclavos a Cuba, (Guerra de castas), la venta de indios mayas a Cuba 1848-1861, Javier Rodríguez Piña, CONACULTA 1990. después de las masacres de mestizos y blancos en numerosas ciudades de la península de Yucatán. La intolerancia entre los dos grupos no parecía sino crecer, como señala, Justo Sierra O'Reilly en su libro 'Los indios de Yucatán':
El vio sin embargo la llegada de un indio a la máxima jerarquía de la nación, Benito Juárez, zapoteco casado con mestiza; y además, un mestizo pueblo mixteco-criollo, Porfirio Díaz, quien sin embargo se distinguió por su política represora antiindígena y del 'blanqueamiento' de la población (Guerra del Yaqui), que dio fin de la Guerra de Castas.