Para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, la CAF tuvo un total de 5 cupos directos para este torneo del total de 32 seleccionados que participaron en Alemania. De los 51 equipos de la CAF afiliados a la FIFA, solo Comores y Yibuti declinaron participar. También sirvió como clasificación para la Copa Africana de Naciones de 2006, celebrada en Egipto.
El proceso estuvo compuesto por dos etapas. La primera fue una fase de eliminación directa entre 21 parejas de dos equipos en partidos de ida y vuelta. Los 5 equipos que se clasificaron para la Copa Mundial de Fútbol de 2002 (Camerún, Nigeria, Senegal, Sudáfrica y Túnez) pasaron directamente a la segunda fase. Esto ocurrió también con los cuatro equipos que estaban en las mejores posiciones del ranking FIFA al 25 de junio de 2003, que fueron Marruecos, Egipto, la República Democrática del Congo y Costa de Marfil.
En la primera fase, la República Centroafricana debía enfrentarse contra Burkina Faso; sin embargo, los centroafricanos tuvieron problemas de tesorería y decidieron retirarse, por lo que Burkina Faso se clasificó directamente para la segunda fase.
Los ganadores de la segunda fase, Angola, Costa de Marfil, Ghana, Togo y Túnez se clasificaron para la fase final de la Copa Mundial de Fútbol.
Primera fase
10 de octubre de 2003Bissau22px|Bandera de Guinea-Bissau.1:2 (0:1)22px|Bandera de Malí.14 de noviembre de 2003Bamako22px|Bandera de Malí.2:0 (1:0)22px|Bandera de Guinea-Bissau.11 de octubre de 2003Victoria22px|Bandera de Seychelles.0:4 (0:2)22px|Bandera de Zambia.15 de noviembre de 2003Lusaka22px|Bandera de Zambia.1:1 (1:0)22px|Bandera de Seychelles.11 de octubre de 2003Antananarivo22px|Bandera de Madagascar.1:1 (1:0)22px|Bandera de Benín.16 de noviembre de 2003Cotonú22px|Bandera de Benín.3:2 (1:2)22px|Bandera de Madagascar.11 de octubre de 2003Gaborone22px4:1 (2:0)22px16 de noviembre de 2003Maseru22px0:0 22px11 de octubre de 2003Bata22px|Bandera de Guinea Ecuatorial.1:0 (1:0)22px|Bandera de Togo.16 de noviembre de 2003Lomé22px|Bandera de Togo.2:0 (1:0)22px|Bandera de Guinea Ecuatorial.11 de octubre de 2003Santo Tomé22px|Bandera de Santo Tomé y Príncipe.0:1 (0:0)22px|Bandera de Libia.16 de noviembre de 2003Bengasi22px|Bandera de Libia.8:0 (4:0)22px|Bandera de Santo Tomé y Príncipe.11 de octubre de 2003Dar es Salaam22px|Bandera de Tanzania.0:0 22px|Bandera de Kenia.15 de noviembre de 2003Nairobi22px|Bandera de Kenia.3:0 (3:0)22px|Bandera de Tanzania.11 de octubre de 2003Niamey22px|Bandera de Níger.0:1 (0:0)22px|Bandera de Argelia.15 de noviembre de 2003Argel22px|Bandera de Argelia.6:0 (4:0)22px|Bandera de Níger.11 de octubre de 2003Kampala22px|Bandera de Uganda.3:0 (0:0)22px16 de noviembre de 2003Curepipe22px3:1 (3:0, 1:0)22px|Bandera de Uganda.12 de octubre de 2003Harare22px|Bandera de Zimbabue.3:0 (1:0)22px|Bandera de Mauritania.15 de noviembre de 2003Nuakchot22px|Bandera de Mauritania.2:1 (2:0)22px|Bandera de Zimbabue.12 de octubre de 2003Mbabane22px|Bandera de Suazilandia.1:1 (0:0)22px|Bandera de Cabo Verde.16 de noviembre de 2003Praia22px|Bandera de Cabo Verde.3:0 (0:0)22px|Bandera de Suazilandia.12 de octubre de 2003Buyumbura22px|Bandera de Burundi.0:0 22px15 de noviembre de 2003Libreville22px4:1 (3:0)22px|Bandera de Burundi.12 de octubre de 2003Yamena22px|Bandera de Chad.3:1 (0:0)22px|Bandera de Angola.16 de noviembre de 2003Luanda22px|Bandera de Angola.2:0 (1:0)22px|Bandera de Chad.12 de octubre de 2003Brazzaville22px|Bandera de la República del Congo.1:0 (0:0)22px|Bandera de Sierra Leona.16 de noviembre de 2003Freetown22px|Bandera de Sierra Leona.1:1 (0:0)22px|Bandera de la República del Congo.12 de octubre de 2003Adís Abeba22px|Bandera de Etiopía.1:3 (0:1)22px15 de noviembre de 2003Lilongüe22px0:0 22px|Bandera de Etiopía.12 de octubre de 2003Kigali22px|Bandera de Ruanda.3:0 (1:0)22px|Bandera de Namibia.15 de noviembre de 2003Windhoek22px|Bandera de Namibia.1:1 (1:1)22px|Bandera de Ruanda.12 de octubre de 2003Conakri22px1:0 (0:0)22px|Bandera de Mozambique.16 de noviembre de 2003Maputo22px|Bandera de Mozambique.3:4 (0:3)22px12 de octubre de 2003Bakau22px|Bandera de Gambia.2:0 (0:0)22px|Bandera de Liberia.16 de noviembre de 2003Monrovia22px|Bandera de Liberia.3:0 (1:0)22px|Bandera de Gambia.12 de octubre de 2003Jartum22px|Bandera de Sudán.3:0 (0:0)22px|Bandera de Eritrea.16 de noviembre de 2003Asmara22px|Bandera de Eritrea.0:022px|Bandera de Sudán.16 de noviembre de 2003Acra22px|Bandera de Somalia.0:5 (0:1)22px|Bandera de Ghana.19 de noviembre de 2003Kumasi22px|Bandera de Ghana.2:0 (1:0)22px|Bandera de Somalia.
, , , , , , , , , , , , , , , , , , , y se clasificaron para la siguiente ronda.
Segunda fase
Los 30 equipos participantes (21 provenientes de la etapa anterior y 9 clasificados directamente) fueron divididos en cinco grupos de 6 seleccionados, los que se enfrentaron en partidos de ida y vuelta. El equipo que resultó obtener el primer lugar de cada grupo luego de que fuesen disputados todos los partidos de su grupo, se clasificó directamente para la Copa Mundial de Fútbol.
Además, los tres primeros clasificados obtendrían la clasificación directa para la Copa Africana de Naciones de 2006, disputada en Egipto.
Grupo 1 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GC GD22px|Bandera de Togo. Togo23||10||7||2||1||20||8||+12 |- align=right bgcolor=#D0E7FF |align=left|22px|Bandera de Senegal. Senegal |2110631218+1322px|Bandera de Zambia. Zambia19||10||6||1||3||16||10||+6 |- align=right |align=left|22px|Bandera de la República del Congo. Congo |10103161014-422px|Bandera de Malí. Mali8||10||2||2||6||11||14||-3 |- align=right |align=left|22px|Bandera de Liberia. Liberia |410118327-24
5 de junio de 2004LusakaZambia22px|Bandera de Zambia.1:0 (1:0)22px|Bandera de Togo.Togo5 de junio de 2004DakarSenegal22px|Bandera de Senegal.2:0 (0:0)22px|Bandera de la República del Congo. Congo6 de junio de 2004MonroviaLiberia22px|Bandera de Liberia.1:0 (0:0)22px|Bandera de Malí.Mali19 de junio de 2004BamakoMali22px|Bandera de Malí.1:1 (0:1)22px|Bandera de Zambia.Zambia20 de junio de 2004BrazzavilleCongo22px|Bandera de la República del Congo. 3:0 (0:0)22px|Bandera de Liberia.Liberia20 de junio de 2004LoméTogo22px|Bandera de Togo.3:1 (1:0)22px|Bandera de Senegal.Senegal3 de julio de 2004DakarSenegal22px|Bandera de Senegal.1:0 (1:0)22px|Bandera de Zambia.Zambia4 de julio de 2004BrazzavilleCongo22px|Bandera de la República del Congo. 1:0 (1:0)22px|Bandera de Malí.Mali4 de julio de 2004MonroviaLiberia22px|Bandera de Liberia.0:0 22px|Bandera de Togo.Togo4 de septiembre de 2004LoméZambia22px|Bandera de Zambia.1:0 (0:0)22px|Bandera de Liberia.Liberia5 de septiembre de 2004LoméTogo22px|Bandera de Togo.2:0 (1:0)22px|Bandera de la República del Congo. Congo5 de septiembre de 2004BamakoMali22px|Bandera de Malí.2:2 (1:1)22px|Bandera de Senegal.Senegal10 de octubre de 2004BrazzavilleCongo22px|Bandera de la República del Congo. 2:3 (0:2)22px|Bandera de Zambia.Zambia10 de octubre de 2004MonroviaLiberia22px|Bandera de Liberia.0:3 (0:1)22px|Bandera de Senegal.Senegal10 de octubre de 2004LoméTogo22px|Bandera de Togo.1:0 (1:0)22px|Bandera de Malí.Mali26 de marzo de 2005DakarSenegal22px|Bandera de Senegal.6:1 (2:0)22px|Bandera de Liberia.Liberia26 de marzo de 2005ChililabombweZambia22px|Bandera de Zambia.2:0 (2:0)22px|Bandera de la República del Congo. Congo26 de marzo de 2005BamakoMali22px|Bandera de Malí.1:2 (1:0)22px|Bandera de Togo.Togo5 de junio de 2005BrazzavilleCongo22px|Bandera de la República del Congo. 0:0 22px|Bandera de Senegal.Senegal5 de junio de 2005SegouMali22px|Bandera de Malí.4:1 (2:0)22px|Bandera de Liberia.Liberia5 de junio de 2005LoméTogo22px|Bandera de Togo.4:1 (2:1)22px|Bandera de Zambia.Zambia18 de junio de 2005DakarSenegal22px|Bandera de Senegal.2:2 (2:1)22px|Bandera de Togo.Togo18 de junio de 2005ChililabombweZambia22px|Bandera de Zambia.2:1 (1:0)22px|Bandera de Malí.Mali19 de junio de 2005PaynesvilleLiberia22px|Bandera de Liberia.0:2 (0:1)22px|Bandera de la República del Congo. Congo3 de septiembre de 2005ChililabombweZambia22px|Bandera de Zambia.0:1 (0:0)22px|Bandera de Senegal.Senegal3 de septiembre de 2005BamakoMali22px|Bandera de Malí.2:0 (0:0)22px|Bandera de la República del Congo. Congo4 de septiembre de 2005LoméTogo22px|Bandera de Togo.3:0 (0:0)22px|Bandera de Liberia.Liberia1 de octubre de 2005MonroviaLiberia22px|Bandera de Liberia.0:5 (0:0)22px|Bandera de Zambia.Zambia8 de octubre de 2005DakarSenegal22px|Bandera de Senegal.3:0 (2:0)22px|Bandera de Malí.Mali8 de octubre de 2005BrazzavilleCongo22px|Bandera de la República del Congo. 2:3 (1:1)22px|Bandera de Togo.Togo
Grupo 2 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GC GD22px|Bandera de Ghana. Ghana21 |align=right|10 |align=right|6 |align=right|3 |align=right|1 |align=right|17 |align=right|4 |align=right|+13 |- align=right bgcolor=#D0E7FF |align=left|22px R.D. del Congo |16104421410+422px|Bandera de Sudáfrica. Sudáfrica16 |align=right|10 |align=right|5 |align=right|1 |align=right|4 |align=right|12 |align=right|14 |align=right|-2 |- align=right |align=left|22px|Bandera de Burkina Faso. Burkina Faso |13104151413+122px|Bandera de Cabo Verde. Cabo Verde10 |align=right|10 |align=right|3 |align=right|1 |align=right|6 |align=right|8 |align=right|15 |align=right|-7 |- align=right |align=left|22px|Bandera de Uganda. Uganda |810226615-9