En el Perú, la filosofía se desarrolló desde la etapa virreinal hasta la actualidad, aunque se discute su desenvolvimiento durante la etapa prehispánica.
Etapa prehispánica No se tiene documentos escritos por los mismos pueblos pre-incas e incas que reflejen algún tipo de pensamiento filosófico, solo se poseen referencias que datan a los años posteriores a la conquista del Imperio Inca, siendo estos procedentes de cronistas españoles o mestizos. Al teorizar sobre esta fase, se debate la presencia o no de la filosofía en la estructura del pensamiento inca. Al respecto existen las siguientes tesis: Tesis negativa: No existió filosofía. Según los defensores de esta tesis, hubo una cosmovisión que no se deslindó de las creencias y explicaciones mítico-religiosas. Entre los que defienden esta tesis están Augusto Salazar-Bondy, Francisco Miró-Quesada, José Carlos Mariátegui, María Rivara de Tuesta, Mario Mejía Huamán y David Sobrevilla. Para Salazar-Bondy, «no existen fuentes escritas originales para la investigación» y las investigaciones que se han realizado sobre los documentos de los cronistas que se tienen «no [se] ha llegado a distinguir con criterio seguro… lo que es original de lo que es interpretación occidentalizadora y… los contenidos mítico-religiosos de los propiamente racionales». Mejía, por su parte, sostiene que, aunque existiesen conceptos filosóficos entre los incas, «la filosofía es todo un discurso racional y no la aglutinación de categorías o proposiciones sueltas. Como enseña Aristóteles, los conceptos y las palabras sueltas no son proposiciones, menos juicios». De esta forma, los defensores de esta tesis sostienen que, en el caso de, los incas no llegaron a pasar hacia el logos, a pesar de haber tenido conceptos filosóficos tempranos. Tesis afirmativa: Si existió filosofía. Los defensores de esta tesis sostienen que la existencia de una cosmovisión inca es equivalente a la existencia de una filosofía, además, se argumenta que dicha filosofía tuvo un carácter materialista, con un sistema racional de pensamiento y con una estructura secuencial y dialéctica del conocimiento. Se suele derivar esta posición de las investigaciones que el mexicano Miguel León Portilla hizo sobre el pensamiento náhuatl. Sobre la posible filosofía de los incas, se argumenta que ésta concibe al hombre como un ser más de todo lo existente. Entre los defensores de esta tesis están el Inca Garcilaso de la Vega, Felipe Guamán Poma de Ayala, Humberto Vidal Unda, Víctor Díaz Guzmán, Víctor Mazzi Huaycucho y Juvenal Pacheco Farfán. Para Mazzi, la filosofía inca no era una filosofía como es entendida en Occidente y que en ésta se coloca al hombre en igualdad con su entorno cosmogónico, como un miembro más de su existencia. Pacheco, por su parte, sostiene que «la filosofía, como elemento cultural, se origina desde el momento en que el hombre alcanza dos categorías universales: ser social y ser racional», lo que habrían alcanzado los incas. Recientemente se le ha dado un «giro intercultural» a esta tesis, siendo encabezada por el suizo Josef Estermann.
Etapa virreinal Los estudios sobre la filosofía, como propio de las circunstancias vividas, en el virreinato peruano ha sido poco estudiada, siendo escasa las investigaciones y los estudiosos al respecto por lo que se presupone una idea de dicha etapa como una época de inferioridad filosófica al tratar a los filósofos del virreinato peruano como cajas de resonancia del pensamiento europeo. A esto se suma la poca formación en la tradición clásica y el latín, lo que impide que se acceda a las fuentes, y el deterioro de los archivos en bibliotecas y colecciones de difícil acceso.
Tras el encuentro entre ambos mundos en 1492, se originaron debates sobre la humanidad del indígena americano, el derecho del naciente Imperio Español al dominio de dichos territorios y la guerra justa. En 1511, a través de un sermón dado por Antonio de Montesinos, donde denunció las condiciones en las que eran sometidos los indígenas de la isla de La Española y sus fórmulas fueron de tipo tomista y dominico, se originaron las Leyes de Burgos. Posteriormente, tras las denuncias de Bartolomé de las Casas y por sustento de Francisco de Vitoria, se expidió las llamadas Leyes Nuevas en 1542 (lo que originó en Perú la Rebelión de los Encomenderos). De Vitoria, además, sería fundamental para el desarrollo del concepto del «ius gentium» y fue uno de los fundadores de la llamada Escuela de Salamanca, de enfoque tomista. Para 1550, fue convocada la Junta de Valladolid, en la que se definiría cómo se iba a proceder con respecto a la conquista y la población de las tierras americanas. En este debate fueron presentadas dos posturas: la de Juan Ginés de Sepúlveda, que defendió el uso de la guerra justa y el sometimiento al tutelaje de los indígenas por considerarlos incapaces de gobernarse a sí mismos, y la de De las Casas, que defendió la racionalidad de los indígenas sustentándose en el logro de sus civilizaciones y se sustentó en la argumentación de los «títulos injustos» y los «justos títulos» de De Vitoria. Siendo tanto Ginés como De las Casas aristotélicos, aunque Ginés era también anti-erasmista y De las Casas daba prevalencia al Evangelio, el debate estuvo marcado por el uso de la obra de Aristóteles en ambas partes. El resultado de los debates fue el llamado Derecho Indiano.
La filosofía virreinal peruana, propiamente dicha, surge, a diferencia de la filosofía clásica y medieval, como una cuestión lógico-lingüística a partir de la experiencia de la evangelización, en especial tras el Tercer Concilio de Lima de 1582 (que supuso la elaboración de diccionarios y catecismos para el entendimiento de la doctrina cristiana), lo que llevó a la necesidad de contar con un lenguaje capaz de traducir y hacer entender el mensaje evangelizador en las mentes de las poblaciones autóctonas con patrones lógicos distintos a los evangelizadores. A ello se sumó la creación de universidades como la Universidad San Marcos (que tomó como modelo la Universidad de Salamanca) y los studia o colegios religiosos (que se inspiraron en las escuelas medievales), en las cuales se desarrollaron propuestas originales independientes que tomaron como base el tomismo, el escotismo y el nominalismo, que fueron las doctrinas más importantes dentro de la escolástica. Y aunque la escolástica fue dominante, existieron otras corrientes como el neoplatonismo o el pensamiento místico (teniendo adherentes el quietismo de Miguel de Molinos). La influencia de Platón se vio reflejada en obras de Clarinda (Discurso en loor de la poesía) y Diego Dávalos y Figueroa (Definición de amor). Otra figura importante fue el Inca Garcilaso de la Vega, quien tradujo la obra platónica Diálogos de Amor de León Hebreo. Entre los místicos más representativos del Perú estuvieron Santa Rosa de Lima, San Martín de Porres y San Juan Macías. En el campo especulativo destacó la figura del místico Antonio Ruiz de Montoya y su obra El sílex del amor divino, elaborado a pedido de su amigo Francisco de Castillo, quien quería un mejor método para poder orar.
Escolástica Las órdenes religiosas en el Perú difundieron el pensamiento y doctrina de sus más renombrados representantes. De esta forma, los dominicos estudiaron y difundieron el pensamiento de Santo Tomás de Aquino, al igual que los mercedarios, quienes eran adeptos a la filosofía aristotélica y tomista; los franciscanos, por su parte, difundieron las ideas de Juan Duns Scoto; y los jesuitas, las de Francisco Suárez.Rivara de Tuesta, M. (2000). p. 240. Además hubo presencia de religiosos de la orden agustiniana. Los agustinianos, quienes se oponían de forma general a la recepción de Aristóteles dentro de la escolástica, optaron por adherirse a la doctrina de San Agustín de Hipona, quien era platónico.Rivara de Tuesta, M. (2000). p. 239.
Entre los más destacados representantes de los agustinos escolásticos está Luis López de Solís. Otros agustinos relevantes en dicha época están Francisco de Saona (catedrático de vísperas en la Universidad de San Marcos), Pedro de Avellaneda, Nicolás de Santa María (siendo estos dos últimos expositores de la doctrina, además de San Agustín, de San Juan Crisóstomo), Fernando de Valverde (que escribió el libro De Trinitate) y el cronista Antonio de la Calancha. Para 1692, los agustinos recibieron tres cátedras en la San Marcos: prima y vísperas de dogmas de San Agustín y una del Maestro de las Sentencias.
Por su parte, entre los dominicos, estuvieron Juan Solano (alumno de De Vitoria). En 1637, los dominicos obtuvieron la cátedra de prima de teología moral en la San Marcos; para 1643, la cátedra de prima de teología y para 1695, la de filosofía, que fue dada a Jorge Carrasco. Las cátedras se distinguieron por la explicación de las doctrinas de Santo Tomás de Aquino teniendo como exponentes a Rafael de Segura, Juan de Lorenzana, Cipriano de Medina, Luis de Bilbao, Cristóbal Narváez, Salvador Rivera y Francisco de Huerta. Los mercedarios, mientras tanto, tuvieron como representantes a Nicolás de Ovalle (discípulo del filósofo Francisco Zumel), Juan García (que se inspiró en las obras de Gerónimo Pérez, fraile mercedario que escribió sobre Aristóteles e imprimió un tratado sobre Santo Tomás de Aquino) y Francisco de la Cruz (que escribió el libro Propositio Theologica).Rivara de Tuesta, M. (2000). pp. 240-241
Con respecto a los franciscanos, están Jerónimo de Valera (quien escribió el primer libro de filosofía escrito por un criollo en el año 1610, siendo su título Commentarii ac quaestiones in universam Aristotelis ac Subtilis Doctoris Ihoannis Duns Scoti logicam), Alonso Briceño (que escribió el libro Celebrioris ele vita et doctrina Joannis Dunsii Scoti, donde comunica a la «haecceitas» un tono existencialista), Juan del Campo (introductor del escotismo al Perú), Lucas de Cuenca, Benito Huertas (siendo los dos últimos cercanos a la mística de San Buenaventura de Bagnoregio) y Diego de Córdova y Salinas (que escribió el libro Crónica de la religiosísima provincia de los doce apóstoles).Rivara de Tuesta, M. (2000). pp. 241-242
Al respecto de los jesuitas, se destacaron Juan Perlín (discípulo de Francisco Suárez), José de Acosta (filósofo e investigador científico, entre su obra filosófica escribió Tractatus aliquot de Theologia et de Sacra Scriptura), Esteban de Ávila (escribió De Censuris eclesiasticis), Juan Pérez de Menacho (erudito del tomismo y autor de diversos e importantes tratados, aunque algunas de sus obras se encuentran perdidas), Alonso de Peñafiel (escribió Cursus Philosophicus en cuatro tomos. Algunas de sus obras fueron destruidas por los chilenos en la guerra del Pacífico. Fue el introductor del nominalismo en su versión conceptualista, además, se anticipó a Immanuel Kant en plantear la finitud del conocimiento, la escisión dual del sujeto-objeto y de fenómeno-cosa en sí), Leonardo de Peñafiel (autor de diversas obras entre ellas Disputationum theologicarum y Comentarii in Aristótelis methaphysicam), Diego de Avendaño (autor de Problemata Theológica y Thesaurus Indicas, en esta última defiende los derechos de los indígenas y condena la esclavitud de los negros), Cristóbal de Cuba y Arce (autor de Panegyris cum adesset thesibas universae theologiae), Ignacio de las Roelas, José de Buendía y Martín de Jáuregui (autor de un Tratado de Teología en tres volúmenes que se encuentra perdido). Además, otros jesuitas se encuentran Nicolás de Olea (introductor del cartesianismo al Perú. En sus obras se rompe con el tomismo y el aristotelismo y se acerca, al inicio, de forma tímida a René Descartes y Roger Bacon, para después aproximarse de manera más definida. Fue el primer autor peruano que usa como referencias a Giordano Bruno, Tommaso Campanella y Tycho Brahe) y José de Aguilar (autor de diversas obras y aunque era escolástico ortodoxo mantiene cercanía con filósofos modernos).Rivara de Tuesta, M. (2000). pp. 242-250