Una secuencia Alu es un fragmento de ADN de aproximadamente 300 pares de bases que con ligeras variaciones puede encontrarse en un gran número de lugares en el genoma de los primates. Las primeras secuencias de este tipo se identificaron mediante la endonucleasa Alu, de la cual han recibido su nombre, aunque actualmente se analizan mediante técnicas basadas en la reacción en cadena de la polimerasa y electroforesis. Son las secuencias móviles más abundantes del genoma humano. Derivan probablemente del gen 7SL ARN, que forma parte del complejo ribosomal. La aparición de las secuencias Alu se sitúa hace aproximadamente 65 millones de años, coincidiendo con el origen y expansión de los primates.Batzer M. A. y Deininger P. L. (2002) Alu Repeats and Human Genomic Diversity. Nature Reviews: Genetics 3: 370-379.
Inserciones con esta secuencia han sido vinculados con varias enfermedades heredables en humanos, incluyendo varias formas de cáncer.
El estudio de las secuencias Alu es útil para investigar la diversidad del patrimonio genético de las poblaciones humanas y la evolución del orden primates.
Introducción a los elementos móviles
Los elementos de ADN móvil, también conocidos como elementos genéticos transponibles, tienen la característica poco común de desplazarse dentro del genoma a lo largo de sucesivas generaciones. Son secuencias de ADN moderadamente repetido en forma de repeticiones dispersas, diseminadas en todos los genomas de mamíferos y que constituyen desde un 25% a un 50% de su genoma (en el caso particular del ser humano suponen alrededor del 45%).
Fueron descubiertos en eucariotas entre 1951 y 1957 por Barbara McClintock (1902 - 1992), quien recibió el Premio Nobel de Fisiología y Medicina en 1983 por este hallazgo. Posteriormente se describieron también en procariotas.
Hasta la fecha no se conoce su función específica aunque pudieran haber tenido cierta importancia evolutiva;Hasler J. y Strub K. (2006) Alu elements as regulators of gene expression. Nucleic Acids Res. 34(19):5491-5497. también existe la posibilidad de que se trate simplemente de secuencias de ADN egoísta ya que su única función conocida es la de mantenerse a sí mismos, en opinión de Francis Crick (1916 - 2004, Premio Nobel de Fisiología y Medicina en 1962 por sus descubrimientos de la estructura del ADN).
Como en el resto de modificaciones genéticas, cuando la transposición ocurre en células germinales, estas variaciones pueden transmitirse a las siguientes generaciones. Así, los elementos móviles han sido capaces de multiplicarse y acumularse en los genomas eucariotas a lo largo de la evolución, constituyendo una porción significativa del ADN. En el caso de las células somáticas, las transposiciones son sólo transmitidas a las células derivadas de estas. En muy raros casos estas inserciones pueden llevar a mutaciones con efectos fenotípicos perjudiciales.
Los elementos móviles se pueden clasificar en aquellos que se transponen directamente como ADN (transposones de ADN) y en los que se transponen a través de un intermediario de ARN (retrotransposones). Este último grupo puede dividirse en virales y no virales.
Dentro de los retrotransposones no virales, los elementos más abundantes en mamíferos son los que carecen de repeticiones terminales largas (LTR, Long Terminal Repetitions) y se dividen en dos clases: elementos dispersos largos (long interspersed elements, LINE) y elementos dispersos cortos (SINE). En los seres humanos los LINE de longitud completa tienen aproximadamente 6kb de largo y los SINE 300bp.
Los SINE constituyen el 13% del genoma humano y su longitud varía entre 100 y 400 pares de bases (bp), siendo la mayor parte de unas 300bp. Son derivados de genes estructurales del ARN. La mayoría contienen una secuencia rica en A/T en su extremo 3’ y son transcritos por la ARN polimerasa III, la misma enzima nuclear que transcribe los genes que codifican para los ARN de transferencia, ARN ribosómico 5S y otros ARN estables pequeños.
De los 1,6 millones de sitios del genoma humano en los que aparecen estos elementos dispersos cortos, 1,1 millones son elementos Alu, denominados así porque la mayoría de ellos contienen un sitio de reconocimiento para la enzima de restricción Alu I.
La aparición de las inserciones Alu se sitúa hace aproximadamente 65 millones de años coincidiendo con el origen y expansión de los primates por lo que son interesantes para estudios antropogenéticos.
Características
Las inserciones Alu son marcadores bialélicos que se definen por la presencia o ausencia de secuencias de aproximadamente 300bp, que podrían derivar por retrotransposición del gen 7SL ARN que forma parte del complejo ribosomal. Esta hipótesis, que se basa en la duplicación del gen 7SL ARN en los comienzos de la radiación de los primates y en su posterior evolución hasta las Alu actuales, es la más aceptada.
La mayoría de estas inserciones son recientes por lo que a menudo son polimórficas, pudiendo tomar valores diferentes de frecuencias en distintas poblaciones humanas. Se consideran eventos mutacionales únicos ya que es bastante improbable encontrar la misma inserción Alu en el mismo lugar, por lo que son especialmente interesantes en los estudios de evolución humana. Son inserciones estables del genoma. La selección natural no actúa sobre estos elementos ya que no son codificantes.Cordaux R., Lee J., Dinoso L. y Batzer M.A. (2006) Recently integrated Alu retrotransposons are essentially neutral residents of the human genome. Gene 373: 138-144. No obstante se dan excepciones, puesto que una inserción puede determinar alteraciones en un gen próximo, promoviendo la aparición de alguna enfermedad genética, o bien puede encontrarse fuertemente ligada a un gen, por lo que las presiones selectivas que afectaran a este gen actuarían de forma indirecta sobre la inserción Alu contigua.
Una secuencia Alu está compuesta por dos monómeros similares terminados en un fragmento poli-A. El monómero izquierdo controla la retrotransposición al contener un promotor de RNA polimerasa III del que carece el monómero derecho. Este último tiene un inserto de 32 nucleótidos.
La secuencia no contiene ningún terminador polimerasa III d(T)4 de ARN; sin embargo éste se encuentra a menudo en el flanco 3’ de la secuencia genómica debido a la terminación poli-A de los transcritos de Alu.
Los elementos Alu son retrotransposones no autónomos que suelen situarse cerca de LINEs porque dependen de las enzimas de estos últimos para llevar a cabo la movilización. Este proceso es similar a una transcripción inversa.
Muy pocas Alu tienen la capacidad de transponerse. Las que lo hacen reúnen las siguientes condiciones: presencia del promotor y de la transcriptasa inversa, secuencias flanqueadoras, estructura secundaria, estado de metilación y longitud de la cola poli-A determinadas.
Existen dos modelos a tener en cuenta para la comprensión de la evolución de los elementos Alu. Originalmente se pensó en el modelo de transposón el cual explica que estos tendrían la capacidad de replicarse a sí mismos y cada copia tendría, a su vez, capacidad de replicación tal y como lo hacen los virus o los transposones. De esta manera se daría una amplificación exponencial. Se observó que las copias de elementos Alu no se producían de manera exponencial, por lo que se estudió otro posible modo en que estos elementos se dispersaran por el genoma; así se propuso el modelo de gen maestro en el que se explica que los elementos Alu presentan copias de pseudogenes de uno o unos pocos loci activos. Uno de estos pseudogenes podrá sufrir una mutación que lo active, en ese momento el elemento Alu que lo contenga será capaz de amplificarse. De este modo sólo serán amplificables aquellos elementos que presenten este gen activo (gen maestro) y la amplificación dependerá de él. Así, el incremento de las copias del elemento Alu ocurrirá de forma lineal.
La mutaciones ocurridas en los elementos Alu permiten la definición de sus grupos y familias. Así, pueden dividirse en tres grupos: Alu J (más antiguas), Alu S (de edad intermedia) y Alu Y (las más recientes). Estos grupos a su vez se componen de distintas familias.
Identificación
El método más empleado para la identificación de inserciones Alu en el genoma consiste en una PCR seguida de electroforesis. Para realizar este proceso, el ADN ha de ser previamente extraído y purificado. Se puede obtener ADN a partir de numerosos tejidos (sangre, células epiteliales, pelo, etc.). El método básico para la extracción de ADN radica en la ruptura de la membrana celular y nuclear para acceder al material genético. De este modo se obtiene ADN purificado y concentrado a partir del cual se podrán analizar todo tipo de polimorfismos genéticos.
A continuación se analiza la calidad del ADN extraído (cuantificación) mediante la medida de su absorbancia en un fluorímetro.
Para detectar los elementos Alu mediante electroforesis es necesario tener una cantidad suficiente de ADN. Con este fin se realiza una PCR (reacción en cadena de la polimerasa).
Estudios antropogenéticos
Los polimorfismos de inserción Alu son unos marcadores muy interesantes para los estudios de la evolución humana, porque se producen por un único evento mutacional y se conoce su estado ancestral (no inserción).
Son especialmente interesantes en antropogenética por aparecer hace unos 65 millones de años y encontrarse asociadas con el origen y expansión de los primates.
Presentan varias ventajas entre las que cabe destacar: el conocimiento del estado ancestral (la ausencia del elemento Alu) de estos polimorfismos, la facilidad y rapidez de su detección y que, al ser estas inserciones acontecimientos únicos y estables en la historia evolutiva de nuestro genoma, se puede asegurar que los alelos detectados son idénticos por descendencia.
La mayor parte de las inserciones Alu son relativamente recientes, por lo que no se han fijado o perdido, siendo polimórficas y pudiendo tomar diferentes valores de frecuencias en distintas poblaciones humanas. Muchas de estas inserciones han ocurrido en el último millón de años por lo que su presencia no es universal. Por ello, cabe esperar que a partir de un número limitado de inserciones Alu pueda obtenerse una buena discriminación entre poblaciones de diferentes continentes, lo que sustentaría el argumento de que estos marcadores son interesantes para los estudios de mestizaje.Gómez- Pérez, L., Alfonso- Sánchez M.A., Pérez- Miranda A.M., de Pancorbo M.M., Peña J.A. (2007) Utilidad de las inserciones Alu en los estudios de mestizaje, Antropo, 14, 29- 36. http://www.didac.ehu.es/antropo
Distintas subfamilias de elementos Alu del genoma humano han sido descritas en detalle. El examen de estas jóvenes subfamilias ha proporcionado pistas sobre la dinámica y la evolución de los elementos Alu en el linaje homínido.
Inserción Alu en el cromosoma Y (YAP, Y chromosome Alu polimorphism)
Batzer y Deininger (2002) examinaron una subfamilia de elementos Alu en el genoma humano, conocida como el linaje AluYb. Compararon estos elementos con los presentes en los genomas de otras especies de primates, incluyendo chimpancés, bonobos, gorilas, orangutanes, gibones y siamangs. Encontraron que la subfamilia AluYb acapara aproximadamente el 40% de los elementos Alu específicos de los humanos y es actualmente uno de los linajes Alu más activos en su genoma. Algunos elementos AluYb todavía se movilizan activamente en nuestro genoma, causando mutaciones de inserción que han llevado al desarrollo de numerosas enfermedades hereditarias.
El YAP (DYS287) o Y Alu Polimorphism, es el resultado de una inserción reciente de 305bp de un miembro de la familia Alu en el brazo largo del cromosoma Y (Yq11).