Las herramientas de diseño de CRISPR-Cas son plataformas de software informático y herramientas bioinformáticas que se utilizan para facilitar el diseño de ARN guía (ARNg) para su uso con el sistema de edición de genes CRISPR / Cas.
CRISPR-Cas El sistema CRISPR / Cas (repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente interespaciadas / nucleasas asociadas a CRISPR) se descubrió originalmente como un mecanismo de respuesta inmune adquirida utilizado por archaea y bacterias. Desde entonces ha sido adoptado para uso como herramienta en la ingeniería genética de organismos más altos.
El diseño de un ARNg apropiado es un elemento importante de la edición de genoma con el sistema CRISPR / Cas. Un ARNg puede tener interacciones no deseadas ("fuera de los objetivos") con otras ubicaciones en el genoma de interés, y a veces las tiene. Para un ARNg candidato dado, estas herramientas producen su lista de posibles objetivos no deseados en el genoma, lo que permite al diseñador evaluar su idoneidad antes de embarcarse en experimentos.
Los científicos también han comenzado a explorar la mecánica del sistema CRISPR / Cas y cuales factores determinan qué tan bueno o activo es un ARNg para dirigir la nucleasa Cas a una ubicación específica del genoma de interés. Como resultado de este trabajo, se han publicado nuevos métodos para evaluar un gRNA por su 'actividad', y ahora es una buena práctica considerar tanto las interacciones no deseadas de un gRNA como la actividad prevista de un gRNA en la etapa de diseño.
Tabla La siguiente tabla enumera las herramientas disponibles y sus atributos. +Lista de herramientas de diseño CRISPR-CasNombre de la herramientaProveedorBusca objetivos en todo el genomaDevuelve todos los objetivos del genomaSe puede definir la extensión y la ubicación de la semillaNúmero máximo de desajustes admitidosPredice la actividad de gRNASecuencias de motivo adyacente Protospacer (PAM) disponiblesanotación es sugeridasugerencia de ARNg o puntuaciónReferenciasInvitrogen TrueDesign Genome EditorThermo Fisher ScientificSíSíNo3NoNGGSíSíBreaking-CasSpanish National Center for BiotechnologySí (over 1000 genomes)SíSí (by weights)4NoUser customizableSíSíCas-OFFinderSeoul National UniversitySíSíNo0-10NoNGG, NRG, NNAGAAW, NNNNGMTTNoSíCASTINGCaagleSíSíNo3NoNGG and NAGNoSíCRISPyTechnical University of DenmarkSíSíNoAllNoNGGSíSíCCTopUniversity of HeidelbergSíSíPartial5 (0-5)SíNGG, NRG, NNGRRT, NNNNGATT, NNAGAAW, NAAAACSíSíCHOPCHOPHarvard UniversitySíSíPartial0, 2NoNGG, NNAGAA, NNNNGANNNoSíCHOPCHOP v2University of BergenSíSíSí3 (0-3)SíUser customizableSíSíCRISPORUniversity of California, Santa Cruz TEFORSí (over 200 genomes)SíNo4SíNGG, NGA, NGCG, NNAGAA, NGGNG, NNGRRT, NNNRRT, NNNNGMTT, NNNNACA, TTTNSíSíCRISPR DesignZhang Lab, MITSíNoNo4NoNGG and NAGmRNA exonsSíCRISPRdirectDatabase Center for Life Science (DBCLS)Sí (over 200 species)SíNoAny numberNoNNNSíSíCRISPRscanGiraldez Lab, YaleSíSíNo4SíNGG, TTTV, TTTNSíSíCRISPRseekBioconductorSíSíNoAny numberNoUser customizablemRNA exonsSíDESKGENDesktop GeneticsSíSíSíAny numberSíFully user customizableSíSíGuideScanGuideScanSíSíSí3 on website and customizable with command lineSíNGG/NAG on website and customizable with command lineSíSíGT-ScanCSIRO SíSíSí3 (0-3)NoUser customizableLinks to Ensembl genome browserSíOff-SpotterThomas Jefferson UniversitySíSíSí0-5NGG, NAG, NNNNACA, NNGRRT (R is A or G)mRNA exons, unspliced mRNA, mRNA, 5'UTR, CDS, 3'UTR, unspliced lincRNA, lincRNAUser customizablesgRNA DesignerBroad InstituteNoNoNo0SíNGGCDS (if searching by transcript ID)SíSynthego Design ToolSynthegoSí (over 120,000 genomes)No (Optimized for Knockout)Sí3SíNGGSí (RefSeq, Ensembl, Gencode)SíTUSCANCSIRONoNoNo0SíNGGNoSíVARSCOTCSIROSíSíNo0-8SíUser customizableNoSíCRISPR Targeted Gene DesignerHorizon DiscoverySí, múltipleSíSí4SíNGG, NNGRRT, YTTV, otherSíSí(21)
Véase también
Edición génica CRISPR
Referencias
Categoría:Ingeniería genética