La fauna australiana agrupa una gran variedad de animales únicos: el 83% de mamíferos, el 89% de reptiles, el 90% de peces e insectos, y el 93% de anfibios que habitan el continente son endémicos del país.Williams, J. et al. 2001. Biodiversity, Australia State of the Environment Report 2001 (Theme Report), CSIRO Publishing on behalf of the pitó Environment and Heritage, Canberra. ISBN 0-643-06749-3 .pdf Este alto nivel de endemicidad puede ser atribuido al aislamiento del país, a la estabilidad de sus placas tectónicas y al efecto de inusuales pautas de cambio climático, que afectan asimismo al suelo y a la flora, a lo largo del tiempo geológico. Una característica única de la fauna australiana es la relativa escasez de mamíferos placentados, en oposición a la abundancia de marsupiales, un grupo de mamíferos que completan su desarrollo embrionario en un marsupio. Estos marsupiales incluyen a los macrópodos, falageriformes y Dasyuromorphia (como el tilacino o lobo de Tasmania), los cuales ocupan un buen número de los nichos ecológicos explotados en otras partes del mundo por mamíferos placentados. Australia ha sido el territorio de dos de las cinco especies extintas conocidas de monotremas y de numerosas especies venenosas, como pueden ser el ornitorrinco, arañas, escorpiones, pulpos, medusas, peces globo y rayas. De hecho, Australia posee más especies de serpientes venenosas que inocuas, otra muestra más de su singularidad en este aspecto.
La colonización de Australia por sus habitantes aborígenes hace más de 40 000 años, y por europeos a partir de 1788 produjo un fuerte impacto en su fauna. La caza, introducción de especies alóctonas y la modificación de los usos del suelo y la consiguiente destrucción de hábitats condujeron a un gran número de extinciones. Por ejemplo, se extinguieron Psephotus pulcherrimus o loro del Paraíso, Chaeropus ecaudatus o bandicut de pies de cerdo y Potorous platyops (un potórido). El uso insostenible del terreno continúa amenazando la supervivencia de muchas especies. Ante este hecho, la legislación australiana ha respondido creando multitud de áreas protegidas; sin embargo, se teme que la aplicación de estas medidas sea insuficiente para frenar la amenaza a los hábitats y especies.
Orígenes de la fauna australiana
thumb|250px|Australia fue parte en el pasado del supercontinente Gondwana. Dos causas fundamentales han determinado la originalidad de la fauna australiana: las geológicas y las climatológicas. Australia fue parte en el pasado del supercontinente Gondwana, que incluía además a Sudamérica, África, y a la Antártida. Gondwana empezó a disgregarse hace 140 millones de años; Australia se desgajó de la Antártida hace 50 millones de años, y permaneció relativamente aislada durante la colisión de la placa Indoaustraliana con Asia en el Mioceno, hace 5,3 millones de años. La permanencia y evolución de la fauna presente hoy día fue aparentemente definida por el clima y la geología únicas del continente. Conforme Australia sufría la deriva continental, se iba aislando de los efectos del cambio climático global. Así, la fauna única originada en Gondwana, como la marsupial, pudo sobrevivir y diversificarse por radiación adaptativa en Australia.
Después del Mioceno la fauna original asiática pudo también establecerse en Australia. La línea de Wallace, línea hipotética que separa las regiones zoogeográficas de Asia y Australasia, se adapta a la frontera de la placa tectónica euroasiática con la indoaustraliana. Esta frontera continental impidió la formación de corredores zoológicos que favorecieran una migración asiática, a excepción de la avifauna. Debido a la emergencia de la corriente circumpolar en el Oligoceno medio, hace aproximadamente 15 millones de años, el clima australiano comenzó a sufrir una marcada crisis de aridez, lo que permitió la diversificación de los taxa especializados, a la vez que los humedales tropicales y zonas estacionalmente húmedas permitieron el desarrollo de especies adaptadas a este tipo de medio.
Australia posee una amplia historia fósil de mamíferos, así como también una gran variedad de mamíferos extintos, fundamentalmente de marsupiales. El registro fósil muestra que los monotremas han estado presentes desde el Cretácico temprano (145–99 millones de años),Archer, M. et al., 1985. First Mesozoic mammal from Australia-an early Cretaceous monotreme. Nature 318:363–366 y que los mamíferos marsupiales y placentados datan del Eoceno (56–34 millones de años),Godthelp, H. et al. 1992. Earliest known Australian Tertiary mammal fauna. Nature, 356:514-516 cuando los mamíferos modernos aparecieron por vez primera en dicho registro. Aunque estos marsupiales y placentados coexistieron en Australia en el Eoceno, solo los marsupiales han sobrevivido hasta el presente. No obstante, los mamíferos placentados reaparecieron en Australia en el Mioceno, cuando Australia se acercó a Indonesia, y los murciélagos y roedores iniciaron su aparición en el registro fósil. Los marsupiales evolucionaron hasta ocupar nichos ecológicos en muchos casos similares a los de los placentados de Eurasia y Norteamérica, mediante un fenómeno de convergencia adaptativa.Townsend, C.R. et al. 2002. The Ecology of Evolution , in Essentials of Ecology 2nd edition. Blackwell Publishers ISBN 1-4051-0328-0 Por ejemplo, el superdepredador australiano, el tilacino o lobo de Tasmania, guarda cierta semejanza con algunos cánidos como el lobo gris paleártico; los Petauridae y las ardillas también muestran adaptaciones similares para su vida arbórea; y el Numbat y el oso hormiguero poseen también similitudes en su dieta insectívora.
Mamíferos Monotremas y marsupiales
thumb|220px|El ornitorrinco. Los monotremas son mamíferos con un método de reproducción muy singular: ponen huevos en vez de tener a sus crías del vientre. Dos de las cinco especies conocidas de monotremas son australianas: el ornitorrinco y el equidna. El ornitorrinco, un mamífero ovíparo con aspecto de pato y de vida anfibia, es una de las criaturas más extrañas del reino animal. Cuando Joseph Banks presentó en el una piel de ornitorrinco a los naturalistas ingleses, éstos quedaron convencidos de que se trataba de una broma pesada. Otro extraño monotrema es el equidna: erizado de espinas, posee un morro tubular y una lengua capaz de salir y entrar en la boca cerca de cien veces por minuto para capturar termitas, su principal alimento. 220px|left|thumb|El quoll moteado es uno de los mayores marsupiales carnívoros de Australia. Está en peligro de extinción. Australia es también el hogar de la mayor y más diversa selección de marsupiales, mamíferos con una bolsa o marsupio en la que sus crías completan su desarrollo embrionario. Los marsupiales carnívoros (orden Dasyuromorphia) están representados por dos familias actuales: los Dasyuridae, con 52 miembros, y los Myrmecobiidae, con el Numbat como único superviviente. thumb|220px|El tilacino.El tilacino o lobo de Tasmania es el mayor Dasyuromorphia y el último espécimen viviente de la familia Thylacinidae, puesto que el último ejemplar murió en cautividad en 1936. Pero el marsupial carnívoro de mayor tamaño actual es el diablo de Tasmania: posee el tamaño de un perro pequeño y sus hábitos son de caza y carroñeo. Se extinguió de Australia hace seiscientos años, pero sobrevive en Tasmania. Existen cuatro especies de quoll, o gato nativo, todas amenazadas. El resto de Dasyuridae son los llamados 'ratones marsupiales', puesto que la mayoría pesan menos de 100 g. Hay dos especies de topos marsupiales, representantes del orden Notoryctemorphia, que habitan los desiertos del este de Australia. Estos son unos raros, ciegos y sordos carnívoros subterráneos: poco se conoce sobre ellos. thumb|220px|Possum de cola de escoba. Los omnívoros marsupiales incluyen a los bandicuts y a los bilbies, dentro del orden Peramelemorphia. Existen siete especies en Australia, la mayoría de las cuales están en peligro. Se trata de pequeñas criaturas con algunas características físicas destacables: un cuerpo regordete del cual se proyecta un largo y delicado morro, largas orejas erectas, estilizadas piernas y una cola delgada. El origen evolutivo de este grupo es incierto, pues conjugan características de marsupiales carnívoros y herbívoros. left|thumb|200px|El koala no necesita beber, puesto que se hidrata comiendo hojas. Los herbívoros marsupiales son clasificados dentro del orden Diprotodontia, que engloba a los subórdenes Vombatiformes, Phalangeriformes y Macropodiformes. Uno de los marsupiales australianos más populares, el koala, es una especie arbórea que se alimenta de las hojas de unas 120 especies de eucaliptos. Los wombats, por otra parte, viven en el suelo y se alimentan de gramíneas, ciperáceas y todo tipo de raíces. Los wombats emplean unos dientes similares a los de los roedores para alimentarse y poseen fuertes garras para cavar madrigueras; sus hábitos son nocturnos y crepusculares.
Los Phalangeriformes incluyen a los possums y a un diverso grupo de marsupiales arbóreos, incluidos en seis familias y 26 especies. Difieren en el tamaño en un rango comprendido entre Cercartetus lepidus, de 7 g, y Pseudocheirus peregrinus o Trichosurus vulpecula, similares en porte a un gato doméstico. Petaurus breviceps y Petaurus norfolcensis son especies comunes de possums planeadores: su hábitat son los bosques de eucaliptos del este australiano. Acrobates pygmaeus es la especie más pequeña de possum planeador. Todos ellos poseen membranas, llamadas 'patagium', que se extienden desde el quinto dedo de su extremidad superior hasta el primer dedo del pie del mismo lado corporal. Estas membranas, extendidas, les permiten planear en sus saltos entre árboles vecinos.
Los Macropodiformes se dividen en tres familias, todas presentes en los hábitats australianos salvo en las zonas de clima alpino: los Hypsiprymnodontidae, con Hypsiprymnodon moschatus como único representante; los Potoroidae, con diez especies; y los Macropodidae, que poseyeron 53 especies en Australia pero cuyo número ha disminuido por extinción. Los Potoroidae incluyen a especies pequeñas que excavan madrigueras y transportan material vegetal con sus colas. Los Macropodidae incluyen a los canguros, ualabíes y a especies asociadas; sus tamaños varían considerablemente. La mayoría de los macrópodos son bípedos, con una locomoción eficiente energéticamente basada en brincos. Por ello, poseen colas muy musculosas y unas largas patas traseras con largos y estrechos pies. Los pies traseros tienen una estructura distintiva en cuatro de sus dedos, mientras que las cortas extremidades superiores poseen cinco dedos separados. Hypsiprymnodon moschatus es el macrópodo de menor tamaño y la única especie no bípeda, mientras que el canguro rojo es el mayor, con una altura de aproximadamente 2 m y un peso de hasta 85 kg.
Mamíferos placentados
220px|thumb|El dingo fue el primer placentado introducido por humanos en Australia. 220px|thumb|El dugong es una especie amenazada, y la población más amplia se encuentra en aguas australianas
Australia tiene dos órdenes de mamíferos placentados autóctonos: los murciélagos, orden Chiroptera, representados por seis familias, y los roedores de la familia Muridae. La colonización por parte de los murciélagos y roedores es relativamente reciente. Los murciélagos procedieron probablemente de Asia, y solo aparecen en el registro fósil desde hace 15 millones de años. Aunque el 7% de todas las especies de murciélagos vive en Australia, solo hay dos géneros endémicos. Los roedores llegaron a Australia en dos radiaciones: la primera, hace 10 millones de años, que dio lugar a los roedores antiguos, endémicos, representados por catorce géneros extintos; y la última, hace un millón de años, en la cual las ratas penetraron en el continente desde Nueva Guinea, lo cual permitió su evolución hacia siete especies de Rattus, llamadas colectivamente roedores modernos.