thumb|200px|Brasão do Patriarcado Ecumênico de Constantinopla Depois do Grande Cisma, a Igreja Ortodoxa se separou da Igreja Católica, uma divisão que permanece até os dias de hoje. Liderada pelo patriarca grego ortodoxo de Constantinopla, dito "ecumênico", a ortodoxia grega também abrangia os patriarcas históricos de Antioquia, Alexandria e Jerusalém, que já estavam sob domínio muçulmano desde a expansão islâmica no .
Constantinopla, contudo, conseguiu permanecer como a capital do Império Bizantino até 1453, quando foi finalmente conquistada pelo sultão otomano . Neste período, a ocorrência mais marcante foi um período de exílio durante a breve existência do Império Latino a partir de 1204 e a criação da função rival de patriarca latino de Constantinopla, que só foi extinta oficialmente em 1964, mais de 700 anos depois da reconquista da capital em 1261. Depois da Restauração Comnena, o Império Bizantino mergulhou num declínio e a situação política se refletiu no patriarcado, com diversos patriarcas sendo depostos e reinstalados conforme os poderes se alternavam em sucessivas guerras civis.
No aspecto religioso, duas grandes controvérsias marcaram o período. A controvérsia hesicasta foi o resultado de um complexo conjunto de fatores, entre eles a crescente influência do pensamento aristotélico ocidental sobre as doutrinas ortodoxas, as tradições piedosas dos monges em conflito com os eruditos do clero e os conflitos da guerra civil bizantina de 1341-1347. A questão da reunião das igrejas permeou todo o período e se acirrou tanto na época do Segundo Concílio de Lyon (1274), que formalizou uma "União das Igrejas", completamente ignorada no oriente, e durante o Concílio de Florença (1431), quando os desesperados bizantinos, cercados pelos otomanos, aceitaram a "União de Florença", provocando sérios distúrbios em Constantinopla, que se dividiu entre "unionistas" e "anti-unionistas".
Patriarcas grego ortodoxos (até 1453) Foi durante o reinado do patriarca Miguel I Cerulário que se deu o cisma e, por isso, ele consta nas duas listas: thumb|200px| Santo André, tido como fundador da Igreja de Constantinopla 200px|thumb|Miguel I thumb|200px|João XI thumb| 200px| João VI Cantacuzeno e Filoteu 200px|thumb|José II thumb|200px|Genádio II NúmeroNomePeríodoObservaçõesRef. Patriarca Ecumênico de Constantinopla102 Miguel I Cerulário1043-1058O papa Leão IX escreveu em 1054 para Miguel reafirmando enfaticamente a primazia papal sobre o patriarca de Constantinopla e criticando severamente os costumes e ritos bizantinos, acusando-os de serem a fonte de heresias. Depois de se recusar a conceder uma audiência a Humberto de Silva Candida, o legado papal, por meses, Miguel recebeu uma comunicação de que fora excomungado em 16 de julho. Miguel, em contrapartida, excomungou o legado e retirou o nome do papa dos dípticos, efetivando assim o Grande Cisma, que perdura até hoje. Na sequência dos eventos, Miguel mandou fechar todas as igrejas latinas de Constantinopla e o imperador bizantino rompeu a sua aliança com o papado.103Constantino III Leicuda1059-1063Um grande erudito, foi companheiro de Miguel Pselo e de João Xifilino. Era também um dos auxiliares mais seniores dos imperadores e . É considerado um santo pela Igreja Ortodoxa.104João VIII Xifilino1064-1075João era o tio de João Xifilino, o grande historiador bizantino e estudou com João Mauropo. Foi o chefe da Faculdade de Direito da Universidade de Constantinopla e se tornou amigo de Miguel Pselo. Foi patriarca contra sua vontade.C. N. Sathas (Hrsg.), Michael Psellos, Funeral Oration on John Xiphilinus, Bibl. Graec. Med. Aev., 4, 448.Hans Thurn (Hrsg.), Das Zeitalter der Makedonischen Dynastie, Teil l: Ende des Bilderstreites und makedonische Renaissance, nach dem Geschichtswerk des Johannes Skylitzes. Byzantinische Geschichtsschreiber 15 ( Graz 1983), S. 658.105Cosme I1075-1081Cosme coroou Nicéforo III Botaniates logo após o golpe que derrubou Miguel VII Ducas e, três anos depois, coroou também Aleixo I Comneno, que tomou o poder de Nicéforo. Foi forçado a renunciar (ou renunciou voluntariamente, dependendo da fonte) depois de impedir que o imperador repudiasse Irene Ducena em favor de Maria da Alânia, o que enfureceu a imperatriz-mãe Ana Dalassena. Ela conseguiu, contudo, eleger seu favorito, Eustrácio, como sucessor de Cosme. Condenou as obras de João Ítalo por heresia.J.M. Hussey. The Orthodox Church in the Byzantine Empire. Oxford: University Press, 1986. Paul Magdalianio. The Empire of Manuel Komnenos. Cambridge: University Press, 1993. Norwich, John Julius. "Byzantium: The Decline and Fall". (New York: Alfred A. Knopf, 1996) p. 7. 106Eustrácio Garidas1081-1084Era conselheiro pessoal da imperatriz Ana Dalassena e um eunuco. Durante os primeiros anos da "Restauração Comnena", não se opôs à expropriação dos bens da Igreja promovida por Aleixo I Comneno para financiar a guerra contra os normandos e, por isso, sofreu muitas críticas. Terminou renunciando depois de ser acusado de heresia por ter se envolvido com João Ítalo, condenado por seu antecessor.Comnena, Anna. A Alexíada. New York: Penguin, 2003. Hussey, J.M.. The Orthodox Church in the Byzantine Empire. Oxford: University Press, 1986. 107Nicolau III Gramático1084-1111Conciliador, Nicolau enfrentou diversos assuntos delicados. Ele tomou partido do imperador no confisco de tesouros da Igreja pelo imperador bizantino para aliviar o prejuízo financeiro provocado pelas guerras entre os bizantinos e os normandos e foi um dos mais proeminentes opositores da heresia dos bogomilos. Contudo, ele agiu com cautela no conflito entre os metropolitas provinciais e o Patriarcado, mas terminou se opondo ao direito do imperador de elevar bispos metropolitanos. A situação política vigente no império após o desastre da derrota em Manzicerta forçou Nicolau a procurar a reunião com o papa Urbano II, ainda que se mantendo firme nos pontos de vista mais importantes do cisma vigente, principalmente a cláusula Filioque, a questão do pão ázimo e a primazia papal.108João IX Agapetos1111-1134Em seu reinado, defendeu a tendência de tornar o clero patriarcal - e não as comunidades monásticas - a principal autoridade da Ortodoxia, um conflito que se estenderia ainda por muitos anos. Os poucos esforços feitos pelo imperador bizantino Aleixo I Comneno para tentar reverter o cisma entre o ocidente e o oriente fracassaram principalmente pela insistência do papa Pascoal II, em 1112, para que João reconhecesse a primazia do Papa sobre "todas as Igrejas de Deus por todo o mundo". Isto era algo que ele não poderia fazer, pois enfrentava a oposição da maioria do clero secular, dos monges e da população laica.Magdalino, Paul. The Empire of Manuel Komnenos. Cambridge: University Press, 1993. 109Leão Styppes1134-1143Seu reinado ocorreu de forma pacífica e sem grandes eventos durante o reinado do imperador bizantino João II Comneno.110Miguel II Curcuas1143-1146Durante seu reinado, Miguel teve que lidar com o julgamento fortemente político de um monge chamado . Em 22 de fevereiro de 1144, Miguel condenou-o por apoiar dois bispos capadócios acusados e, posteriormente, condenados pela prática do bogomilismo, cortando relações relações com ele. Miguel II renunciou em março de 1146 provavelmente decepcionado com o imperador Manuel I Comneno, que ele mesmo coroou.Paul Magdalino. (2002). The Empire of Manuel I Komnenos, 1143-1180, Cambridge University Press, pp.276-277Angold, Michael. Church and Society in Byzantium under the Comneni, 1081-1261. Cambridge University Press, 1995, p.78-79111Cosme II Ático1146-1147Cosme seu viu envolvido na controvérsia ligada à condenação do monge Nifão e acabou deposto por tratá-lo de forma leniente, uma manobra que alguns autores classificam como "intriga política".Dimtri Obolensky A study in Balkan Neo-Manichaeism « Byzantine Bogomilism » Cambridge University Press 1948 p.221-222Lysimachos Oeconomos La vie religieuse dans l'empire byzantin au temps des Comnènes et des Anges 1918 réédition 1972 p.44-45112Nicolau IV Muzalon1147-1151Nicolau foi eleito para o trono patriarcal em 1147 para substituir o patriarca Cosme II, que foi deposto acusado de bogomilismo (por sua relação com o monge Nifão). Sua eleição, porém, provocou uma considerável controvérsia e teve sua validade canônica questionada, uma vez que ele tinha renunciado voluntariamente à sua sé episcopal anterior, em Chipre. Eventualmente, ele acabou sendo forçado a renunciar esta também.113Teódoto II1151-1153Serviu por dois anos e havia sido foi o hegúmeno (equivalente a abade) do Mosteiro da Ressurreição em Constantinopla.114Neófito I1153Renunciou um mês depois de assumir. Antes de sua elevação, havia sido monge num mosteiro dedicado à Teótoco.115Constantino IV Cliarino1154-1156Terceiro numa sucessão de monges patriarcas, reinou por apenas dois anos.116Lucas Crisoberges1156-1169Dois sínodos foram convocados em Constantinopla neste período enquanto diversas heresias continuaram a florescer nas possessões bizantinas na Europa, incluindo os bogomilos, paulicianos e os monofisistas, que Lucas e seu sucessores tiveram dificuldades em suprimir. O primeiro, em 1157, tratou de uma questão nascida de uma interpretação da liturgia de João Crisóstomo para a Eucaristia, que, a certo ponto, diz que "Tu és O que oferece e é oferecido e recebe". O ponto era saber se Cristo teria se oferecido como sacrifício pelos pecados do mundo ao Pai e ao Espírito Santo apenas ou se também a Jesus, o Logos (ou seja, a si próprio). Foi também em seu patriarcado que apareceu pela primeira vez a questão teológica da relação entre o Filho e o Pai na Santíssima Trindade. A questão foi criada por causa da explicação que um tal Demétrio de Lampi (na Frígia) deu para a frase do Evangelho de João , . A explicação de Demétrio, defendida pelo sobrinho do imperador, terminou condenada como herética.J.H. Kurtz, History of the Christian Church to the Restoration, 265–266P. Magdalino, The Empire of Manuel I Komnenos, 217