A Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São João/Mico-Leão-Dourado é uma unidade de conservação de uso sustentável, com cerca de , localizada no estado do Rio de Janeiro, no Brasil. Abrange ecossistemas da Mata Atlântica, como a "mata de baixada", mangues e a restinga. Tem como objetivo normatizar o uso da terra na área de ocorrência do mico-leão-dourado.
Abrange toda a bacia do rio São João, exceto áreas urbanas e a Reserva Biológica Poço das Antas e Reserva Biológica União, que são áreas de proteção integral.
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