O rio Vilnia (em lituano, também Vilnelė; ; ) é um rio da Lituânia. Nasce perto de Vindžiūnai, 5 km a sul de Šumskas, na fronteira com a Bielorrússia. O Vilnia tem 80 km de comprimento e a sua bacia tem 624 km² de área. Desagua no rio Neris em Vilnius.
Na língua lituana o seu nome deriva de vilnis ("uma subida [das águas]") ou vilnyti ("subir [o nível da água]"). O próprio nome de Vilnius deve provavelmente derivar deste nome.
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