A história da Companhia de Jesus no Brasil teve início com a chegada dos jesuítas em 1549 à Bahia, no início do período do Brasil Colônia (1500–1815), onde fundaram um colégio religioso e iniciaram a catequese dos índios.
Posteriormente, já na segunda metade do século XVIII, seriam expulsos de Portugal e de suas colônias pelo Marquês de Pombal. Atualmente, possuem vários colégios e universidades dispersos pelo país, além de paróquias e atuação no apostolado social, bem como na formação do clero, religiosos e leigos católicos. Os primeiros jesuítas que Inácio de Loyola enviou para a América foram o espanhol José de Anchieta e o português Manuel da Nóbrega.Homilía del Santo Padre Francisco thumb|direita|“Anchieta e Nóbrega na cabana de Pindobuçu”, por Benedito Calixto (1927). Acervo do Museu do Ipiranga. A pregação de jesuítas como Anchieta e Nóbrega no Brasil foi uma inculturação recíproca entre a influência do cristianismo para as crenças e costumes dos nativos, utilizando elementos da cultura indígena como uma melhor forma de ensinar a doutrina cristã para eles.|241x241px
Os jesuítas no Brasil
miniaturadaimagem|241x241px|Vista do Terreiro de Jesus, em Salvador, no ano de 1862, com a antiga Igreja do Colégio dos Jesuítas (anexo à direita) - atual Catedral Basílica - ao fundo, fundado pelo padre Manuel da Nóbrega em 1550. Os jesuítas chegaram ao Brasil em 1549 e começaram sua catequese erguendo um colégio em Salvador da Bahia, fundando a Província Brasileira da Companhia de Jesus. Vinham na armada de Tomé de Sousa, chefiados por Manuel da Nóbrega, e eram eles os Padres Leonardo Nunes, João de Azpilcueta Navarro, Vicente Rodrigues, Antonio Pires e o Irmão Diogo Jácome. A segunda leva aconteceu em 1550 na armada de Simão da Gama. O primeiro Bispo chegou em 1552 e em 1553 aportou José de Anchieta na armada de Duarte Góis. Também em 1553, os jesuítas do Brasil passaram a ser organizados enquanto Província da Companhia, independente da Província Jesuítica de Portugal, foi a primeira província jesuítica a ser estabelecida no continente americano.AS FONTES PORTUGUESAS PARA O CONHECIMENTO DO TUPI ANTIGO, acesso em 06 de novembro de 2016. miniaturadaimagem|241x241px|Fundada pelo padre Afonso Brás em 1551, a antiga Igreja de São Tiago e Colégio dos Jesuítas de Vitória, no Espírito Santo, em 1912, onde o padre José de Anchieta viveu e foi sepultado. Atual Palácio Anchieta, sede do governo capixaba. Pintura de 1956, acervo do palácio. Cinquenta anos mais tarde já tinham colégios pelo litoral, de Santa Catarina ao Ceará. Quando foram expulsos em 1759,. eram 670 por todo o país, distribuídos em aldeias, missões, colégios e seminários. miniaturadaimagem|242x242px|Igreja de Nossa Senhora da Graça e Seminário de Olinda, no Pernambuco, construída pelo padre Antônio Pires em 1551, com o auxílio do donatário Duarte Coelho. Os nomes grandiosos são evidentemente os de Manuel da Nóbrega, José de Anchieta e Antônio Vieira. Não se podem esquecer Leonardo Nunes, Vicente Pires ou o padre João de Azpilcueta Navarro. Varnhagen nos diz que este fora logo mandado para Porto Seguro, capitania onde estavam os melhores intérpretes da língua tupi, talvez ainda - em avançada idade? - alguns dos ali deixados por Cabral e depois pela primeira armada exploradora. Vieram ainda os irmãos Diogo Jácome e Vicente Rodrigues. Haviam partido de Portugal a 1 de fevereiro de 1549. Na Bahia, participaram da fundação da cidade de Salvador. Leonardo Nunes e Diogo Jácome foram imediatamente enviados para as aldeias das capitanias de Ilhéus e de Porto Seguro, em missão de catequese. Pouco depois, o irmão Vicente Rodrigues foi substituir o padre Leonardo, que seguiu para o Sul, rumo à capitania de São Vicente. miniaturadaimagem|242x242px|Fundação da Cidade de São Paulo, com Nóbrega comandando a missa, Anchieta e Paiva ao fundo. Pintura de Oscar Pereira da Silva, de 1909. Acervo do Museu do Ipiranga. miniaturadaimagem|241x241px|Pátio do Colégio, em São Paulo, fundado por Nóbrega, Anchieta, Paiva e Brás em 1554. Fotografia de Militão Augusto de Azevedo, em 1862. Ponto de origem da expansão territorial e da colonização do interior do país, e hoje a maior cidade do Hemisfério Sul e a quinta maior cidade do mundo.
José de Anchieta também esteve em Porto Seguro e, em carta reproduzida por Accioli, diz: "Aqui temos casa em que vivem de ordinário seis dos nossos, três padres e três irmãos; vivem de esmolas, ajudados dos da Bahia, como a casa dos Ilhéus. Têm a seu cargo duas aldeias de índios, uma cinco léguas da vila para o sul, outra quatro para o norte. Não estão os padres muito bem recebidos nesta terra por causa dos Capitães e outros homens que não nos são muito benévolos, mas bem empregados, maxime em atender aos índios, porque com os portugueses não se tira muito fruto." E, adiante, descreve a terra: "Os homens e mulheres portugueses nesta terra se vestem limpamente de todas as sedas, veludos, damascos, razes e mais panos finos como em Portugal e nisto se tratam com fausto, máxime as mulheres que vestem muitas sedas e joias e creio que nisto levam vantagem, por não serem tão nobres, às de Portugal, e todos, assim homens como mulheres, como aqui vem, se fazem senhores e reis por terem muitos escravos e fazendas de açúcar, por onde reina o ódio e lascívia e o vício da murmuração geralmente…"
Republicadas, nas "Primeiras Cartas do Brasil" aparecem as primeiras cartas escritas no Brasil. Foram impressas em Coimbra em duas coletâneas – de 1551 e de 1555 – e ainda impressionam pela força de suas informações e sinceridade do relato. Observadores atentos, os jesuítas descrevem suas aventuras entre índios e colonos, procissões na selva, conversões, fugas, cenas de canibalismo, milagres, construções de igrejas e casas, expedições cercadas de perigos. A objetividade e simplicidade das cartas – que encantaram os leitores quinhentistas - transformaram-nas em sucesso editorial ao serem traduzidas em diversas línguas. miniaturadaimagem|241x241px|Igreja de Santo Inácio ou dos Jesuítas, no Morro do Castelo, no Rio de Janeiro, ao lado do Hospital São Zacharias, antigo Colégio dos Jesuítas, fundado por Nóbrega em 1567. Fotografia de Augusto Malta, por volta de 1920. Acervo do Instituto Moreira Salles. Simão Rodrigues nos conta que em 1555 "se achavam em toda a Província 26 sujeitos da Companhia, quatro na Bahia, dois em Porto Seguro, dois no Espírito Santo, cinco em São Vicente e 13 em Piratininga." Leonardo do Vale, padre de Bragança que esteve com Mem de Sá na Guanabara, residiu um tempo em Porto Seguro e outro em Piratininga. Era professor no Colégio da Bahia em 1567 e deixou um vocabulário da língua tupi. Também por Porto Seguro esteve em 1568 o padre Inácio de Azevedo, beatificado em 1854 pelo Papa Pio IX como um dos Quarenta Mártires do Brasil». miniaturadaimagem|242x242px|Nóbrega e os seus Companheiros, pintura de Manuel Joaquim de Melo Corte Real, de 1843. Acervo do Museu Nacional de Belas Artes. Numerosas aldeias jesuíticas foram criadas na região sertaneja, respaldadas pelos Colégios da Bahia e de Pernambuco. As relações entre Colégios e Missões eram tensas, pois os primeiros pensavam privilegiar os "descimentos", enquanto as missões defendiam os "aldeamentos". Eram sistemas distintos. A disputa entre Garcia d´Avila, senhor da Casa da Torre, que em 1669 destruiu residências e aldeias no sertão e o padre Jacob Roland, missionário jesuíta entre os tapuias, ilustra bem a tensão.
As Cartas Ânuas do período (1690-1693), nos Catálogos (1679-1694) e outras encontram-se abundantes referências às aldeias dos tapuias (pagi tapuyarum). Uma carta de 1702 para a Junta das Missões apresenta muito bem a situação. As missões continuariam até a expulsão dos jesuítas em 1759.miniaturadaimagem|242x242px|Os Quarenta Mártires do Brasil, um grupo de jesuítas que estavam a caminho do Brasil, mas que foram atacados e afogados próximo das Ilhas Canárias, em 1570.Foram os que, dos religiosos, desempenharam o maior papel na colonização. Além do Colégio de Salvador, estabeleceram, imediatamente, residências em Porto Seguro e Ilhéus. A partir destes pontos, criaram várias aldeias em suas vizinhanças. Durante o século XVI, existiram na capitania de Porto Seguro nove missões das quais se conhecem os nomes de pelo menos seis: Casa do Salvador, em Porto Seguro; Aldeia do Espírito Santo de Patatiba (1564), atual Vale Verde; Aldeia de Caravelas (1581); São João Batista (1586), atual arraial de Trancoso; Santo André e São Mateus, situadas, respectivamente, em frente à Vila de Santa Cruz Cabrália e ao sul de Porto Seguro. Devido aos ataques dos índios, estavam reduzidas, em 1643, a quatro. thumb|392x392px|Arte de gramática da língua mais usada na costa do Brasil, 1595, de José de Anchieta. Foi a primeira obra publicada sobre a gramática da língua tupi. Na Capitania de Ilhéus, receberam grandes glebas de terras, fundaram ali residências, colégios e aldeias. Em 1563, Mem de Sá doou ao Colégio da Bahia a chamada sesmaria das 12 léguas de Camamu, que havia recebido, em 1537, de Jorge Figueiredo Correia e se estendia do Rio Jequié, em Nilo Peçanha, até duas léguas ao norte do Rio de Contas, em Itacaré. Ali os jesuítas fundaram a Aldeia e Residência de Boipeba e a Aldeia de N. S. da Assunção do Camamu. No atual município de Ilhéus, fundaram o Colégio de Nossa Senhora da Assunção, além de possuírem o Engenho de Sant'Ana, doado em 1563, pela filha de Mem de Sá, ao Colégio de Santo Antão de Lisboa.
Trabalho no século XVII
miniaturadaimagem|241x241px|Igreja de Santo Alexandre e antigo Colégio dos Jesuítas, na região da Feliz Lusitânia, em Belém do Pará. Estabelecida no século XVII. Durante o século XVII, os esforços de colonização portugueses se concentraram na região entre Valença a Itacaré, onde se localizava a sesmaria dos jesuítas. A região passou a ter o papel de produtora de gêneros alimentícios e materiais de construção para Salvador e para o Recôncavo canavieiro. A aldeia de Boipeba, por exemplo, teve grande crescimento, devido à fuga de colonos do continente, temerosos dos ataques dos Aimorés, sendo elevada a vila entre 1608 e 1610. Os jesuítas, por seu turno, criam na aldeia de Nossa Senhora da Assunção (em Camamu) um engenho que se encontrava em construção em 1604 e seria destruído pelos holandeses em 1640. Criaram, também, a Aldeia da Purificação, ou Nossa Senhora das Candeias de Maraú (1654), atual Barcelos do Sul; a Residência de São Francisco Xavier, no Morro do Galeão (1623), e a Igreja de Santo Inácio, ambas em Cairu Estado da Bahia, além da Aldeia de Santo André e São Miguel de Sirinhaém (1683), atual Ituberá. miniaturadaimagem|241x241px|Catedral de São Luís, em 1860, antiga Igreja e Colégio dos Jesuítas de São Luís do Maranhão. Estabelecida pelo padre Luís Figueira, e onde o padre Antônio Vieira viveu e publicou alguns de seus sermões. Fora dos tabuleiros de Valença, os jesuítas fundaram a aldeia de Nossa Senhora da Escada, em Olivença, capitania de Ilhéus, organizada como residência fixa a partir da penúltima década do século XVII. miniaturadaimagem|338x338px|Padre Antônio Vieira, jesuíta de grande destaque no Brasil Colonial, especialmente pela sua extensa obra, escrita durante suas viagens missionárias pelo Nordeste e Norte do Brasil, no século XVII.
Embates em São Paulo e no Rio de Janeiro