A temporada 2006–07 foi a 103.ª temporada do Sport Lisboa e Benfica e a 73.ª temporada consecutiva do clube na Primeira Divisão, o escalão mais alto do futebol português. O clube participou na Primeira Liga, na Taça de Portugal, na Liga dos Campeões e posteriormente na Taça UEFA.
Após a saída do treinador Ronald Koeman, o Benfica procurou imediatamente um substituto. A imprensa especulou que o clube contrataria Sven-Göran Eriksson e, posteriormente, Carlos Queiroz, mas o Benfica acabou por contratar o antigo treinador do Porto e Sporting, Fernando Santos, que se tornou o primeiro treinador desde Fernando Riera a comandar os Os Três Grandes. No mercado de transferências, o Benfica trouxe de volta Rui Costa e contratou outros jogadores de renome, incluindo Katsouranis e David Luiz. O empréstimo de Fabrizio Miccoli foi renovado por mais um ano, enquanto Geovanni, Manuel Fernandes e Ricardo Rocha deixaram o clube durante a temporada.
Devido à sua colocação no campeonato passado, o Benfica teve que ultrapassar o FK Austria Wien para entrar na fase de grupos da Liga dos Campeões. No campeonato, a temporada do Benfica começou de forma irregular, perdendo 11 pontos com três derrotas e um empate antes de dezembro. Na Europa, a situação foi semelhante; o Benfica nunca conseguiu recuperar a desvantagem de cinco pontos para o Celtic à terceira jornada, terminando com sete pontos e descendo para a Taça UEFA. De dezembro a abril, o Benfica recuperou o terreno perdido no campeonato, subindo para o segundo lugar, com menos um ponto que o Porto, e também avançou até aos quartos de final da Taça UEFA.
Em abril, o Benfica teve a oportunidade de chegar ao primeiro lugar, caso vencesse o Porto no Clássico; no entanto, conseguiu apenas um empate a uma bola. Foi o primeiro de cinco jogos sem vencer, o que fizeram com que a equipe descesse para o terceiro lugar e fosse eliminada da Taça UEFA pelo Espanyol. Apesar de uma melhora no desempenho, o Benfica desperdiçou a chance de retomar a segunda colocação após outro empate em casa contra o rival Sporting. O Benfica terminou a temporada garantindo uma vaga na Liga dos Campeões, mas em terceiro lugar, com dois pontos a menos que o Porto.
Resumo da Temporada Pré-Temporada Após a saída de Ronald Koeman, a imprensa portuguesa começou a especular sobre o próximo treinador do Benfica. Inicialmente, o foco recaiu sobre Sven-Göran Eriksson, que já tinha treinado o clube e encontrava-se no Algarve a preparar-se para o Mundial com a seleção inglesa. No dia 17 de maio, Eriksson afirmou não ter sido contactado para se juntar ao Benfica. O agente de José Antonio Camacho descartou as especulações sobre o seu regresso. No dia 19 de maio, a SIC Notícias anunciou que Carlos Queiroz tinha assinado um contrato de dois anos com o Benfica. Ambas as partes negaram imediatamente qualquer acordo; Queiroz afirmou não ter intenção de sair do Manchester United. No dia seguinte, o Benfica apresentou Fernando Santos como o novo treinador do clube, com um contrato de dois anos, tornado-se o terceiro treinador — o primeiro português — a treinar todos os três grandes clubes de futebol do país, depois de Otto Glória e Fernando Riera. Ele seria auxiliado por Fernando Chalana, que permaneceu ligado à gestão do clube.
A primeira contratação do Benfica na temporada foi Rui Costa, apelidado de "O Maestro", que chegou a custo zero e foi recebido por 3.000 adeptos. Depois de Costa, o Benfica escolheu o grego Kostas Katsouranis como o principal alvo na procura por outro médio-centro. Após duas semanas de negociações com o AEK Atenas, a 22 de junho fecharam a transferência. O Benfica também esteve interessado na contratação de Andrés D'Alessandro, mas o negócio não se concretizou. No ataque, o empréstimo de Fabrizio Miccoli foi renovado por mais uma temporada, e o Benfica contratou outra opção, o avançado mexicano Francisco Fonseca. As maiores perdas foram, a saída de Geovanni para o Santos (titular absoluto durante três épocas e meia) e de Manuel Fernandes, que transferiu-se para o Portsmouth por empréstimo.
A pré-época começou a 3 de julho com exames médicos de manhã e de tarde uma visita a Nyon, onde o Benfica esteve concentrado durante a sua digressão de pré-época pela Suíça. Santos implementou uma nova formação tática baseada no 4-4-2 em diamante. O Benfica disputou o seu primeiro jogo frente ao Stade Nyonnais, da segunda divisão suíça, vencendo por uma margem confortável. Seguiu-se uma vitória contra o Shakhtar Donetsk em Yverdon-les-Bains, e uma derrota contra o FC Sion no Stade Tourbillon, a 15 de julho. O Benfica regressou a Portugal a 16 de julho; disputou um jogo de apresentação contra o Bordéus, a 22 de julho. De seguida, competiu no Troféu Guadiana contra o Sporting e Deportivo La Coruña, perdendo ambos os jogos. O jogo de preparação seguinte foi frente ao AEK Atenas, a 1 de agosto, onde sofreu a terceira derrota consecutiva. O Benfica realizou o seu último jogo de preparação a 15 de agosto, ao vencer o Estrela da Amadora por 2–1.
Agosto a Setembro O primeiro jogo oficial do Benfica foi a terceira pré-eliminatória de qualificação para a Liga dos Campeões. A 8 de agosto, o Benfica visitou o Ernst-Happel-Stadion para jogar contra o Austria Wien, inaugurando o marcador com um golo de calcanhar de Nuno Gomes aos 16 minutos, enquanto os anfitriões empataram aos 36 minutos, com o jogo terminando empatado. A 22 de agosto, o Benfica recebeu o Austria Wien para o jogo da segunda mão. O primeiro golo foi apontado por Rui Costa, com outros golos do Benfica apontados por Nuno Gomes e Petit, juntando-se aos rivais Porto e Sporting na Liga dos Campeões de 2006–07, marcando a primeira vez que três equipas portuguesas estiveram presentes na fase de grupos. Três dias depois, o Benfica deveria defrontar o Belenenses no jogo de abertura do campeonato, no entanto, devido ao "Caso Mateus", a realização do jogo era incerta. Dois dias antes da partida, a Liga Portuguesa de Futebol Profissional anunciou que o jogo estava adiado até que a Federação decidisse o desfecho do caso.
O próximo jogo do Benfica estava agendado para 10 de setembro, o que significava que ficaria quase 20 dias sem competir na fase inicial da época. Após a pausa internacional no início de setembro, o primeiro jogo na Primeira Liga foi agendado para 9 de setembro, um dia mais cedo que o suposto devido ao jogo europeu contra o Copenhaga, a 13 de setembro. Numa visita ao Estádio do Bessa, o Benfica foi derrotado por 3–0 pelo Boavista. Santos disse que a derrota foi "pesada e descontextualizada" e responsabilizou a expulsão de Nuno Gomes por destabilizar emocionalmente a equipa. Na quarta-feira seguinte, o Benfica jogou contra o Copenhaga no Estádio Parken, com nenhuma das equipas conseguindo marcar, e terminando num empate sem golos.
A 17 de Setembro, o Benfica recebeu o Nacional em casa, com Luisão a marcar o único golo da partida quando Simão fez a assistência, aos 29 minutos. Na sexta-feira seguinte, o Benfica jogou fora com o Paços de Ferreira. Katsouranis marcou o primeiro golo do Benfica, mas os anfitriões empataram aos 92 minutos. Na análise de Santos, o Benfica controlou o jogo, mas depois de "uma expulsão inexplicável de Léo, a equipa da casa voltou ao jogo". Quatro dias depois, o Benfica recebeu o Manchester United para a segunda jornada da fase de grupos. Um golo solitário de Louis Saha, aos 61 minutos, deu a vitória ao United e a liderança do grupo. Foi a 12ª derrota do Benfica em 20 jogos contra equipas inglesas na Europa e a quinta derrota em seis jogos contra o United.
Outubro-Novembro
Outubro começou com um jogo em casa contra o Desportivo das Aves, vencendo por 4–1. Depois de mais uma paragem para jogos internacionais, o Benfica defrontou o União de Leiria no Estádio Dr. Magalhães Pessoa a 14 de setembro, vencendo por 4–0, com dois golos de Miccoli. Na terça-feira seguinte, o Benfica visitou o Celtic Park para o primeiro de dois jogos frente ao Celtic. O Benfica dominou a primeira parte, mas o Celtic na segunda parte marcou dois golos num intervalo de dez minutos e fechou o marcador com um terceiro. A vitória deu ao Celtic uma vantagem de cinco pontos sobre o Benfica, com três jornadas por disputar.
A 22 de outubro, o Benfica recebeu o Estrela da Amadora. Os visitantes inauguraram o marcador por Dário, mas o Benfica empatou na primeira parte e marcou mais dois golos na segunda, vencendo a partida por 3–1. Santos teceu duras críticas ao árbitro Carlos Xistra, que distribuiu 18 cartões amarelos e três vermelhos, um deles a Miccoli, que por isso perderia o jogo seguinte, uma visita ao Porto. Cinco dias depois, o Benfica defrontou o Porto no primeiro Clássico da época. Numa jogo disputado, o Benfica sofreu dois golos na primeira parte, mas empatou na segunda, igualando o marcador aos 82 minutos. No entanto, nos descontos, Bruno Moraes marcou, alterando o marcador para 3–2 a favor do Porto.
A 1 de Novembro, o Benfica recebeu o Celtic, marcando dois golos nos primeiros 25 minutos e um terceiro por intermédio de Andrei Karyaka aos 90 minutos, vencendo pela mesma margem que tinha perdido em Glasgow. Quatro dias depois, o Benfica recebeu o Beira-Mar, vencendo por 3–0.
Após a terceira paragem internacional, o Benfica regressou a 18 de novembro com um jogo fora frente ao Braga, onde Benfica perdeu o jogo por 3–1. Na terça-feira seguinte, o Benfica jogou contra o Copenhaga no Estádio da Luz, na quinta jornada da fase de grupos, vencendo o jogo por 3–1. Após a notícia da vitória do Celtic frente ao United, o Benfica só avançaria para os oitavos-de-final caso vencesse em Old Trafford, o que Santos acreditava ser possível. No dia 25, o Benfica recebeu o Marítimo, vencendo por 2–1.
Dezembro-Janeiro O Benfica começou dezembro com o Dérbi de Lisboa frente ao Sporting. O jogo foi antecipado em um dia devido aos compromissos europeus de ambos os clubes. O Benfica inaugurou o marcador logo aos dois minutos com um golo de Ricardo Rocha; Simão ampliou para 2–0 aos 35 minutos, e o Benfica manteve a vantagem até ao final. A 6 de dezembro, o Benfica visitou Old Trafford para o jogo decisivo da fase de grupos frente ao Manchester United, surpreendendo o United com um golo de Nélson perto da meia hora de jogo, mas sofreram o empate de Nemanja Vidić pouco antes do intervalo e, na segunda parte, o United marcou mais duas vezes para vencer o jogo. A derrota, levou à descida do Benfica para a Taça UEFA. A 10 de dezembro, o Benfica jogou contra a Naval no Estádio Municipal José Bento Pessoa, empatando sem golos e perdendo dois pontos na disputa pelo título.
No dia seguinte, recebeu o Vitória de Setúbal em casa, derrotando-os por 3–0. A 21 de dezembro, o Benfica jogou contra o Belenenses, na partida que tinha sido adiada em agosto, vencendo por 4–0.
Em janeiro, o Benfica iniciou a sua campanha na Taça de Portugal; e defrontou o Oliveira do Bairro, da terceira divisão, marcando cinco golos e avançando para a quinta eliminatória. O jogo seguinte do Benfica, a 15 de janeiro, foi uma visita ao Estádio Cidade de Coimbra, com o jogo terminando 2–0 para o Benfica. Santos called the match a great spectacle played at high-speed and where the win could have fallen for either side.