Si bien en el territorio de lo que hoy es Honduras, ya existía la medicina maya y de otras etnias mesoamericanas de Honduras, quienes utilizaban medicinas naturales, como el Azahar, la Ciruela, etc. En cambio, la historia hospitalaria propiamente dicha comienza luego de la colonización española.

Inicios En 1525 el Marqués del Valle organizó una expedición a los territorios de la actual Honduras, entre los que se encontraban el médico Pedro López, el boticario Bachiller Escobar, el doctor Valdivia, y el cirujano Diego de Pedraza.

Fue en 1604 cuando la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios en la llegó a la Nueva España. Atendía ante todo las necesidades físicas inmediatas de los más pobres, partiendo del principio que se llegaba a las almas mediante los cuidados otorgados a los cuerpos dolientes. En la Nueva España, los recién llegados formaron la Provincia del Espíritu Santo, que comprendía el México actual, Guatemala, Honduras, Nicaragua y El Salvador, además de Cuba, la costa venezolana y las islas del Cáribe y Antillas.Alberro, Solange. Apuntes para la historia de la orden hospitalaria de San Juan de Dios en la Nueva Espana-Mexico, 1604-2004/ Notes for the history of the Hospitaller Order of St John of God in the New Spain-Mexico, 1604-2004. Anthropos, Editorial del Hombre, 2005. ISBN 9681211898/ISBN 9789681211899

La Provincia de Honduras comienza a organizarse con el fin de aliviar varias enfermedades y epidemias que azotaron duramente el territorio dejando infinidad de muertes, contándose a partir de la colonia española, estableciéndose para ello los primeros centros de asistencia en los Conventos de la Orden Franciscana y sí después las autoridades de la provincia fundaron el hospital en el Puerto de Trujillo.Revista de la Sociedad de Geografía e Historia de Honduras, Editor Sociedad de Geografía e Historia de Honduras, tegucigalpa, Honduras; 1965.

Se funda el primer hospital, bautizado “De la Limpieza Concepción y Cofradía del Santísimo Sacramento y del Rosario” los encargados de la atención sanitaria, fueron los frailes y monjes piadosos, que no obtenían más recompensa que la fe y las donaciones.

Se funda el Hospital de la Concepción en el puerto de Trujillo, en 1770 el cirujano José María Ledezna se hace cargo del hospital, donde también trabajaba el médico cirujano inglés Joseph Hoyle, que en 1797 fue trasladado a la ciudad de Comayagua.

Se funda el Hospital San Juan de Dios en la ciudad de Comayagua. Los asistentes médicos en su mayoría religiosas o monjas consagradas a la vocación de servicio del prójimo; a cuyo caso, fue desapareciendo, con la creación de los primeros hospitales en la nación y la fundación de las escuelas de enfermería. Uno de los especialistas que los ciudadanos visitaban en ese entonces era León de la Morataya, un cirujano real que fue autorizado en 1775 para ejercer por la Alcaldía Mayor de Tegucigalpa. Asimismo otro gran médico fue Alonso Carreola, médico de la real armada española."Buscando Raíces a través de la Historia de la Medicina" Autor: doctor Plutarco Castellanos, Tegucigalpa, Honduras, 2002

Muchos fueron los médicos empíricos que practicaron la medicina en Honduras, cuando brotaba alguna epidemia, tal era el caso del cólera morbus y la fiebre amarilla que afectó y llevó a la muerte a muchas personas o las guerras civiles que ocasionaban grandes pérdidas humanas.

El médico británico Thomas Riss dirige el hospital San Juan de Dios en Comayagua. En 1819 llega a Honduras el médico cirujano real Carlos Joaquín Herrera, quien en 1822 sustituye a Thomas Riss en la dirección del hospital.

En el el estado de Honduras comienza a organizarse con el fin de aliviar varias enfermedades y epidemias que se presentaron en el territorio dejando infinidad de muertes, contándose a partir de la colonia española, y fueron ellos quienes preocupados tuvieron el permiso para fundar en el Puerto de Trujillo, el primer hospital, bautizado “De la Limpieza Concepción y Cofradía del Santísimo Sacramento y del Rosario” los encargados de la atención sanitaria, fueron los frailes y monjes piadosos, que no obtenían más recompensa que la fe y las donaciones.

A mediados del , no existía ningún centro Sanitario/hospitalario, mucho menos existía un Ministerio de salud, y siquiera una facultad universitaria de medicina y cirugía, los médicos existentes, dicho sea de paso, graduados en universidades extranjeras se las arreglaban para instalar sus casas de habitación clínicas y boticas (farmacias) para satisfacer la demanda médica de quienes pudiesen costeársela. Los centros de acogida eran denominados “casas de piedad” o “Asilo de indigentes”, donde siempre eran atendidos por las manos y conocimientos, de los entregados al cristianismo. Por otra parte, las milicias contaban dentro de sus filas, con médicos que atendían a los heridos en los campos de batalla y eran evacuados hacia un centro improvisado movible o fuere el caso de que existiese un barracón o pabellón asistencial dentro del acuartelamiento; donde los médicos en su mayoría contaban con estudios universitarios y conocimientos de botánica ya fuere el caso de preparar sus propias medicinas.

En 1825 se ordenó la creación de Juntas de Sanidad en las principales ciudades de Honduras, las cuales funcionaban como centros de salud.

Hospital General San Felipe

Durante la presidencia del General Brigadier don José Santos Guardiola Bustillo, se emitió un 31 de julio de 1861 un Decreto para la creación y organización de un Hospital en Honduras, el presidente Guardiola moriría asesinado en 1862.

Durante el mandato del doctor Marco Aurelio Soto se implementaron una serie de proyectos viables para restaurar la educación, la sanidad, la economía, El Hospital San Felipe fue aprobado mediante decreto en 1880, se adquirió un terreno de aproximados media manzana de extensión superficial (lugar que ocupa el Palacio de los Ministerios en Tegucigalpa) para la construcción del centro sanitario.

En 1887 en la presidencia del doctor y general don Luis Bográn se adquirió el primer aparato de Rayos X abriéndose así el departamento de radiología por el director del hospital en ese entonces el doctor Miguel Ángel Ugarte, siendo la primera máquina en funcionamiento en Centroamérica.

Uno de los primeros médicos hondureños fue el doctor Juan Ángel Arias Boquín, graduado en 1870 en la Universidad San Carlos de Borromeo en Guatemala, fue también el primer médico hondureño en llegar a ser presidente de la república. Debido a la necesidad de boticas en la región de Copán fundó la "Farmacia Central", que estuvo donde hoy se encuentra las oficinas principales del Banco de Occidente, S.A..

En 1890 se desata en el país una epidemia de influenza o denominada "trancazo".

Facultad de Ciencias Médicas

El 14 de febrero de 1882 se crea la Facultad de Ciencias Médicas con la reforma de la república puesta en marcha en el gobierno liberal del doctor Marco Aurelio Soto como Facultad de Medicina y Cirugía. Abrió sus cursos en Tegucigalpa, el 26 de febrero de 1882, se nombró al doctor Carlos Ernesto Bernhard de origen alemán como decano de la recién creada Facultad. Según el Código de la Instrucción Pública, la Carrera de Medicina constaba de seis cursos anuales.

Asimismo en 1879 fue fundada la Universidad Nacional de Occidente en la capitalista ciudad occidental de Santa Rosa de Copán, con carreras de Derecho y Medicina. En el mismo año (1882) con fecha 26 de febrero se abren las aulas en medicina de la nueva universidad, mediante acto presidido con el discurso del doctor Ramón Rosa.

La Facultad de medicina y cirugía de Honduras apareció formalmente en 1877, de la mano del doctor Bernhard y con gran afluencia de estudiantes, en 1888 el primer médico graduado de esta facultad fue el doctor Julián Baires. A partir de 1890 los estudiantes de medicina eran reclutados para asistir tanto en los campos de batallas, como en los brotes de epidemias, como la de mediados del mes de marzo de ese año, en la administración del general Luis Bográn, la influenza o "trancazo" arremetió con fuerza dentro de la población capitalina, hasta su erradicación.Rivera Williams, Carlos. Historia de la medicina en Honduras. Graficentro Editores, 2007 (página 127)

En el año 1900 se inaugura el Hospital Leonardo Martínez Valenzuela en la ciudad de San Pedro Sula, el Hospital fue construido en un predio de más o menos 3 manzanas de extensión superficial, al ser inaugurado su primer director nombrado fue el señor Jorge David.

En 1903 el general Manuel Bonilla cierra la Escuela de Medicina de Honduras, por motivos políticos, misma que fue abierta nuevamente el 24 de junio de 1911 siendo director el doctor Ernesto Argueta Ayes.

Un 29 de mayo de 1905 el presidente Manuel Bonilla ordena la creación de la Junta de Sanidad en la ciudad de San Pedro Sula, con diferentes fines y proyectos médicos y sanitarios.Cáceres Lara, Víctor. Efemérides nacionales, Volumen 2, Colección Sextante, Editorial Nuevo Continente, 1980 (página 179)

Es fundado el Hospital de Occidente en 1905 en la ciudad de Santa Rosa de Copán.

En 1910 se funda la Organización de la Sanidad en Honduras y se emite el primer Código de Sanidad que surte buenos efectos hasta 1914, con la organización nacional y el nombramiento del primer director general, recayendo en el doctor Agustín Santiago Brizio.Revista IRIS, edición del mes de julio de 1929

En 1913 durante la presidencia de Miguel Rafael Dávila Cuéllar es cuando se reorganiza una primeriza “Secretaria de Sanidad y Benevolencia”.

En 1918 se inaugura el Hospital Atlántida, construido en la ciudad de La Ceiba, departamento de Atlántida, su fundación se debió a que la compañía transnacional bananera que operaban en la costa norte de Honduras, desde finales del sigo XIX y principios del XX no daba con abasto, tanto para los servicios médicos de trabajadores, mucho menos lo hacían con sus familiares y personas ajenas; es por ello que los visionarios señores Tulio Gabre y el doctor Alberto Valle Beltrand, idearon solventar esta angustiosa necesidad del pueblo costero hondureño. En 2010 se adquiere un terreno de 10 manzanas cuadradas encontrado al este de la Academia Naval de Honduras y que antes perteneció a la transnacional bananera Standard Fruit Company y se trasladó el hospital con una inversión de US$ 35 millones de dólares.

Con la creación del Hospital Vicente D'Antonni en La Ceiba, también más adelante se une a la dirección la Escuela de Enfermeía que allí funcionaba, fusión que conllevaba el mejorar el rendimiento académico de los egresados en enfermería.

Con fecha 7 de mayo de 1924 se nombra como director general de sanidad, al doctor José Jorge Callejas, quien intenta mantener a la organización sanitaria nacional en sus plenas funciones, ese mismo año en el país se suscitaba la Segunda guerra civil de Honduras también se organizó la Cruz Roja de asistencia quienes eran mujeres que atendían a los heridos en la devastadora guerra.

En 1926 se inaugura el “Asilo de Indigentes” que acogía a los enfermos con trastornos psiquiátricos y demencia los cuales eran tratados y sometidos a ejercicios mentales con el fin de restablecer sus perturbaciones. El Hospital fue renombrado con el nombre del doctor Mario Amado Mendoza, especialista graduado en la Universidad de Perú. En 1973 inician las operaciones del nuevo Hospital localizado en un predio al suroeste del “Hospital Escuela” en Tegucigalpa, M.D.C. y que se edificó mediante donaciones del “Patronato Nacional de la Infancia” (PANI), desde 1973 se prestan sus servicios de investigación y docencia en cuanto a la rama médica psiquiátrica.