El nombre Juan Núñez de Prado puede designar a los siguientes individuos:

Juan Núñez de Prado (m. 1355), maestre de la Orden de Calatrava. Juan Núñez de Prado (m. después de 1555). Militar y conquistador español y primer gobernador colonial del Tucumán. Juan Núñez de Prado Béjar (Cuzco, 1945) Antropólogo peruano