La historia de los judíos en Ecuador data desde la llegada de los conquistadores españoles y portugueses a América del Sur, cuando junto con ellos arribaron varios grupos de judíos, principalmente sefardíes. Se asentaron en el sur de la Real Audiencia de Quito, especialmente cerca de las ciudades de Loja y Zaruma, aunque también hay historia sefardita en ciudades un poco más al norte como Cuenca o poblaciones que pertenecieron al antiguo corregimiento de Chimbo. Con el tiempo estas comunidades sefarditas fueron asimilándose a la cultura, perdiendo la religión y tradiciones. La historia continúa en la época republicana con los hechos alrededor de la llegada de los primeros judíos asquenazíes en los inicios del , y que se intensificó después de la Segunda Guerra Mundial cuando llegaron a Ecuador cerca de tres mil judíos. A partir de esto se creó la comunidad judía que ha ido perdiendo población paulatinamente hasta la actualidad.
Época colonial
Los primeros judíos En el año 1580 se produce en la península ibérica la unión de los reinos de España y Portugal, y Felipe II es el único heredero del trono de ese reino. Muchos portugueses "sospechosos de su fe" comienzan a ingresar al virreinato del Perú por la ciudad recientemente fundada, en la cual la vigilancia de la inquisición era más débil. Las acciones inquisitoriales lograron el efecto de aterrorizar a las familias de cristianos nuevos e impulsarlas a migrar hacia otras regiones del virreinato peruano y preferentemente hacia aquellas donde no existiesen tribunales de la Inquisición. izquierda|miniaturadeimagen|240x240px|Monumento en Loja a Juan Salinas y Loyola, gobernador de Yaguarzongo y Bracamoros. Fue así que los “cristianos nuevos” asentados en el virreinato del Perú migraron desde el centro del mismo hacia las zonas exteriores, menos pobladas y controladas, y en particular hacia el sureño Chile y la norteña Audiencia de Quito. Respecto de los que marcharon hacia Quito, su nueva diáspora los llevó primero hacia la gobernación de Juan de Salinas y Loyola (más tarde transformada en el corregimiento de Loja), que, según los estudios de Ricardo Ordóñez Chiriboga, fue un importante centro de radicación de sefarditas. Posteriormente, muchas de esas familias migraron más al norte, hacia el próximo corregimiento de Cuenca, y luego hacia el más septentrional corregimiento de Chimbo (Alausí, Pallatanga y Chimbo), siempre buscando alejarse del poderoso y cruel brazo inquisitorial. Los primeros judíos sefarditas probablemente llegaron a Cuenca y sus poblados próximos entre fines del y comienzos del , aunque parecen haber existido nuevas olas de migración judía hacia esa zona en épocas posteriores. Empero, no cabe negar la posibilidad de que otros sefarditas se hubiesen establecido en este territorio colonial desde los primeros tiempos de la conquista española, como parecen mostrarlo los apellidos de conquistadores llegados con Sebastián de Benalcázar y Pedro de Alvarado. miniaturadeimagen|Zaruma Todo lo antes señalado explica en buena medida la presencia sefardí en zonas auríferas y comerciales de la Audiencia de Quito y en Calacalí, tales como Loja, Zaruma, Cuenca, Santa Isabel, y también en puertos de montaña o centros de comercio en las rutas entre Guayaquil y Quito, como Alausí, Chapacoto, San José de Chimbo, San Miguel de Chimbo y Guaranda, así como en la serranía norte del Perú, debido a su cercanía. Esta presencia de judíos sefarditas se mantuvo oculta durante años en el Ecuador, sin embargo sí existió una concentración de estos asentamientos especialmente en sitios alejados como pueblos que se concentran en la región del sur de Ecuador y el norte de Perú en la actualidad. Por esta razón muchas de las investigaciones históricas se suelen enfocar en las historias de las ciudades de Zaruma y Loja, así como sus provincias respectivas.
Dentro de la lista de conquistadores que han sido identificados con posible ascendencia judía se encuentra Juan Salinas de Loyola. Varios historiadores como González Suárez o José Rumazo no pudieron encontrar su procedencia familiar. Ahora, con nuevas investigaciones se ha podido determinar que era descendiente de los palacios de Oñaz y Loyola y además era hijo legítimo de Don Bernardo Vélez de Loyola y de Doña Guiomar Fernández. Su abuelo fue Juan Pérez de Loyola por lo que era primo de Don Iñigo López de Mendoza (San Ignacio de Loyola), quien fue sospechoso de judaísmo ante los ojos de la Inquisición. Además sería pariente de Don Juan de Loyola Haro de Molina, quien en el año de 1743 sería procesado por la Inquisición limeña. Otro caso importante es la llegada de la familia de Teresa de Jesús. Alonso Sánchez de Cepeda junto a Beatriz Dávila de Ahumada tendrían nueve hijos: Hernando, Rodrigo, Teresa (santa Teresa), Lorenzo, Antonio, Pedro, Jerónimo, Agustín y Juana. Todos los hombres irían a América y sería Lorenzo de Cepeda quien llegaría a la Real Audiencia de Quito. Cumpliría con varios cargos importantes como el de regidor del cabildo en 1550, tesorero, teniente de gobernador y alcalde. Además su hija, Teresa de Cepeda y Fuentes nacería en Quito. Lorenzo regresaría a España junto a su hija Teresa, aunque una parte de la familia Cepeda se quedaría en la Audiencia de Quito, uniéndose con la familia Abad y administrando un importante obraje. Otra persona importante en el fue Pedro de Mercado importante historiador, místico y escritor de la contrarreforma, de quien Bolívar Echeverría afirmaría que tendría posible ascendencia judía.
La inquisición miniaturadeimagen|Edificio de la inquisición en la Real Audiencia En la Real Audiencia de Quito existió un tribunal de la inquisición, dependiente del Tribunal mayor de Lima. Se caracterizó por tener una función más bien moderada y relacionada con delitos como la moral, buenas costumbres, desórdenes sexuales, curas relajados y solicitantes sin embargo, curiosamente, no se ocupó en investigar casos de judíos o judaizantes. A pesar de que por las crónicas se sabía de la presencia numerosa en algunos distritos de la Audiencia de Quito.
El santo Oficio, establecido en Lima en 1573, empezaría celebrando autos de fe donde perseguía a personas acusadas por distintas causas. Relevante para la historia de la Audiencia de Quito es el tercer auto de fe que sería un domingo 29 de octubre de 1581. Sería como excusa de la llegada de Martín Heríquez, en la que doce personas serían penitenciados en la plaza mayor y uno de ellos condenado a la hoguera. Entre los penitenciados estaba el quiteño Diego de la Rosa, quien se dedicaba a tejer y bordar, y sería acusado por prácticas judías. Por esta razón "abjuró de levi" lo que le permitió ser reconciliado y se le daría como pena seis años de destierro de Quito, cuatro años desterrado de Trujillo y dos años de cárcel. Este es el principal caso de procesos relacionados con judíos, ya que la mayoría de ellos eran por denuncias relacionadas con la moral. Se conoce que el 13 de marzo de 1605, sería penitenciado Miguel de Agreda, quien se dedicaba a la minería y había sido denunciado por los vecinos del "Real de Minas de Zaruma". Su acusación sería de inmoralidad y bigamia. Caso similar sería el de Juan Gallegos de Aparicio quien fuera denunciado por inmoralidad y degradación sexual en la ciudad de Loja en 1616. Uno de los personajes más importantes dentro de este grupo es Simón Ossorio, también llamado Simón Rodríguez, quien había nacido en 1601 en el pueblo de San Codobán de Portugal. Se educó en Flandes y llegó a la Real Audiencia de Quito como apoderado de la duquesa de Lerma ya que administraba sus bienes. Existe poca documentación clara sobre su vida. Llegó a América supuestamente con limpieza de sangre y de nobleza, que intentó probar documentadamente en Madrid. Sin embargo, cambió varias veces de identidad y de padres. Vivió en Lima donde se relacionó con otros judíos y se sabe que enseñaba las tradiciones judías y del calendario hebreo (luaj) que había traído desde Flandes. Ayudó a otros judíos a obtener sus documentos para pasar por cristianos viejos y cobraba por aquello. Fue detenido en diciembre de 1637, con los documentos falsos e inversiones en la flota holandesa del Brasil. Salió al auto de fe de Lima del 23 de enero de 1639 con una condena de cien azotes en público, a remar en galeras durante seis años a ración y sin sueldo y a expulsión perpetua de América. izquierda|miniaturadeimagen|Relación escrita por Antonio de Montesinos miniaturadeimagen|Portada del libro Esperanza de Israel Una de las obras más importantes al respecto es el libro La Esperanza de Israel por el rabino y cabalista Menasseh Ben Israel quien publicaría una relación de Aaron Levi, alias Antonio de Montesinos, sobre su paso por la provincia de Quito en la ciudad de Popayán y su interacción con indígenas. El objetivo de esta publicación era recibir apoyo de indígenas contra la iglesia y el imperio católico español de esa época. Se especulaba además algún parentesco entre los indígenas y las tribus perdidas de Israel que se habrían dispersado por el resto del mundo y existía la posibilidad de que hayan llegado a América antes de que Colón descubriese el continente. Esta publicación se popularizaría mucho en Ámsterdam, ciudad muy abierta y más hospitalaria con los judíos, en especial los sefarditas que habrían sido expulsados de la península ibérica.
Parte de la historia de la inquisición en Ecuador, es decir de la oficina del santo Oficio de Quito, se desconoce por la demolición del edificio donde funcionaba y por la quema de sus documentos. Respecto a los registros, fueron incinerados en lo que sería en su momento la hacienda San Agustín del Callo de la orden dominica, durante la revolución liberal (ocasión que sirvió para la quema de varios archivos). Por su parte el edificio era una casa colonial del que se ubicaba en lo que ahora son las calles Bolívar y Venezuela. Sería derribada a mediados del por el IESS, quien había rematado el inmueble para en su lugar construir un edificio moderno. Algunos rumores decían que se derribó la casa para buscar un "tesoro de doblones de oro" que se había enterrado en aquel lugar por los inquisidores. Esta institución sería abolida por primera vez el 23 de septiembre de 1813 durante las cortes de Cádiz. Los dos diputados que habían representado a la Audiencia, Mejía y Olmedo, habían sido perseguidos por esta institución. Se restauró el 16 de enero de 1815 hasta que se la abolió de manera definitiva el 18 de septiembre de 1820.
El establecimiento de las comunidades Las comunidades que se asentaron, de las que se carece documentación histórica, son llamadas "comunidades de individuos mudos" por el historiador Dr. Haim Avni. La tradición popular recogida en las investigaciones históricas narra:
Una tradición importante que se pervivió en Cuenca y Loja era colocar una vela en la ventana, con el fin de que otros judíos que llegaban de Perú pudieran identificarlos. A esto se suma el sospechoso sigilo con el que se desarrolló la actividad minera en Zaruma a tal punto que en 1636 enviaron una carta al Virrey de la Nueva Castilla para pedir que se suspendan las visitas que los Oidores “porque siembran disgustos entre los mineros y alteran la paz de los vecinos” y porque mineros y vecinos se negaban a dar información a los Oidores, ocultando sus nombres, origen y actividades. miniaturadeimagen|320x320px|Mapa de la Provincia de Loja con los montes donde crecía la quina con la que comerciaban judíos.