Habitado en el Paleolítico inferior, el Franco-Condado estuvo relativamente unido desde la Antigüedad. En origen, territorio de los sécuanos, pasó bajo la dominación del Imperio romano después de la caída de Vercingétorix. Ocupados brevemente por los burgundios después de las grandes invasiones, fue anexionada por los francos en 534. Tras la muerte de Carlomagno, cambió de dueño varias veces, formando parte, según la época, del Sacro Imperio Romano Germánico, del reino de Francia, o del ducado de Borgoña. No es hasta 1678, por el tratado de Nimega (1678) que el Franco-Condado se convierte definitivamente en francés.
Prehistoria y Protohistoria Algunos signos de ocupación humana datados alrededor de años se han encontrado en el valle superior del río Saona, en la vertiente sur del macizo de los Vosgos, en la brecha de Belfort, en el borde occidental y las primeras mesetas del macizo del Jura. Estos hombres tallaban piedras, confeccionaban armas de sílex o de hueso, y vivían en cavernas. Un diente de niño datado en años ha sido descubierto en Vergranne, cerca de Baume-les-Dames. Estos descubrimientos atestiguan la presencia del hombre en el Franco-Condado durante el Paleolítico inferior.
En el Mesolítico, (alrededor de años), el Franco-Condado está poblado por comunidades que habitan cabañas redondas protegidas por empalizadas, cultivan y practican la domesticación de animales. Aparece la industria del cuerno, y las primeras vasijas de cerámica. También de esta época es la aparición de un hábitat lacustre en Clairvaux. Este hábitat se va a desarrollar durante el Neolítico, especialmente sobre los bordes de los lagos de Chalain y de Clairvaux.
Entre y , tribus indoeuropeas venidas de Europa central se establecieron sucesivamente en Europa occidental. Practicaban la agricultura, la caza, la ganadería; tenían una jerarquía social bien definida, con los sacerdotes en la cima. La religión estaba marcada por el culto a los antepasados y las divinidades estaban simbolizadas por astros. Sobre todo, trajeron con ellos la técnica del cobre. Hacia , una nueva ola migratoria trajo la técnica del bronce y el comercio regional se desarrolló. Los celtas se instalaron en la Galia a partir del Nouvelle histoire de France: Les Ancêtres de la France, du monde celtique aux grandes invasions, Ve siècle avant J.-C. /+ 406 Julien Cain, Volume 1- éd. Tallandier, 1965 El Franco-Condado fue ocupado por los sécuanos y los lingones. De esta época datan las primeras fundiciones. Numerosos túmulos y campos de urnas celtas aparecen, seguidos de cambios en los ritos funerarios.
Hacia , llega la técnica del hierro al Franco-Condado. La región, zona de paso para los pueblos venidos del este de Europa que deseaban instalarse en Francia o en España, es entonces bastante numerosa. La economía se desarrolla; las minas de hierro y los pozos de sal con que cuenta la región, permiten la exportación hacia regiones mediterráneas de Italia y Grecia de productos como las salazones y objetos de cuerno.
Antigüedad Los sécuanos Los pueblos galos que ocupaban la mayor parte del territorio de la región actual eran los sécuanos, con los lingones al oeste del río Saona. Los sécuanos practicaban principalmente la cría de animales y la artesanía. Los pueblos celtas estaban perpetuamente en conflicto con sus vecinos, según sus intereses y juegos de alianzas. En especial, los eduos y los sécuanos, que se disputaban los pasos sobre el Saona. Los primeros eran aliados de los romanos, mientras que los segundos llamaron hacia a los germanos, los suevos de Ariovisto. Este aprovechó la ocasión para franquear el Rin y anexionar el norte de la Sécuania (la actual Alsacia). Tres años después, en , los eduos y los sécuanos, esta vez aliados, fueron vencidos por Ariovisto.Histoire du Jura
En , los helvecios, dirigidos por el rey Orgétorix, emprendieron una migración hacia la Saintonge. Franquearon las cotas del Jura e invadieron el territorio de los sécuanos, quienes pidieron ayuda a Julio César. Este, que tenía ambiciones sobre la Galia, acudió en su socorro. Rechazó a los helvecios al otro lado del Jura y a los germanos al otro lado del Rin, pero obligó a los sécuanos a entregar los territorios tomados a los eduos. En los Comentarios a la Guerra de las Galias (I, 38-39), es el primero en mencionar al País de los secuanos, (como Maxima Sequanorum). Las legiones romanas pasaron el invierno en la Secuania. Este acontecimiento marcó el comienzo de la guerra de las Galias, durante la cual, los sécuanos participaron en la revuelta gala al lado de Vercingétorix.
La ocupación romana Bajo Augusto, la Secuania fue primero incluida en la provincia de Galia Bélgica. Más tarde, bajo Diocleciano, fue elevada al rango de provincia (Provincia Maxima Sequanorum). La paz romana transformó el país. Carreteras de piedra le unieron a las demás provincias, especialmente a Lugdunum y Langres. Esta paz estuvo sin embargo salpicada de revueltas, como en el 21, cuando los sécuanos participaron en la insurrección de la Galia. En junio del 68, Vesontio (Besanzon) fue teatro de una importante batalla, entre Cayo Julio Vindex, militar rebelado contra Nerón, y el general Lucio Verginio Rufo, fiel al emperador. A pesar de la victoria de Rufo, y el suicidio de Vindex, los revoltosos, conducidos por Galba, consiguieron derrocar a Nerón en este mismo año. Dos años después, en el 70, los sécuanos rehusaron unirse a la gran revuelta de la Galia dirigida por Julio Civilis y Julio Sabino. Los sécuanos vencieron a los lingones, que, conducidos por Sabino, habían invadido su territorio. El arco de triunfo de Vesontio fue, quizá construido en esta ocasión. En recompensa por su fidelidad, Vesontio fue elevada al rango de colonia romana.
En el , Marco Aurelio intervino tras problemas relacionados con los sécuanos. Más tarde, hacia 180, el obispo Ireneo de Lyon envió a los atenienses Ferreol y Ferjeux a evangelizar Vesontio. Es a partir de esta ciudad que el cristianismo se difundió en el Franco-Condado después de su martirio en 212. Al principio del , las invasiones bárbaras lanzaron ataques más allá del limes. En 276, los alamanes saquearon la provincia, destruyendo Mandeure y Luxeuil, e incendiando Vesontio. El Imperio romano, cada vez más debilitado, rechazó con dificultad estos ataques. Para defenderse de estos, se fortificó el norte de la Secuania. A pesar de ello, Vesontio fue saqueada de nuevo en 355.
En esta época, el cristianismo se implantó de forma duradera en la región, principalmente en las ciudades. Así, se menciona la presencia de un obispo (Pancharius) en Besanzón desde 346. Sin embargo, en el campo, los campesinos permanecían fieles a los ritos paganos. Más tarde se fundaron monasterios (monasterio de Luxeuil). Constriñéndose a una vida recluida, estas comunidades se esforzaron en mantenerse al margen de las invasiones, sacando su subsistencia de la explotación de las selvas jurasianas.
En 406, la invasión de los vándalos fue el toque de muerte del Imperio romano. La región estuvo sucesivamente bajo control de los alamanes, vándalos, francos y burgundios.
El reino burgundio miniaturadeimagen|El reino burgundio en el Los burgundios eran un pueblo germánico instalado desde el principio del en Germania, sobre la orilla izquierda del Rin (alrededor de Worms y de Coblenza).(Prosper, a. 386) Fueron vencidos por Aecio em 436 cuando trataban de aumentar su reino hacia el oeste. En 443, Aecio les trasladó a Sapaudia y al sur del macizo del Jura, donde fundaron un reino, cuya capital era Ginebra.Chronica Gallica 452
En 451, los hunos saquearon Besanzon y Luxeuil, tras haber sido derrotados en las batalla de los Campos Cataláunicos. El reino burgundio se extendió progresivamente hacia el norte. Los burgundios anexionaron así Besanzón en 485.
El reino burgundio estaba entonces compuesto por burgundios y galo-romanos. Los burgundios no representaban más que una parte bastante débil de la población total (entre el 5 y el 10 % según algunas estimaciones). La ley Gombette fue promulgada por el rey Gundebaldo en marzo de 502 en Lyon, a fin de unificar el reino. Al término de esta ley, los dos pueblos fueron sometidos a las mismas sanciones, los matrimonios mixtos fueron autorizados, y los dos pueblos podían servir en el ejército. Gundebaldo murió en 516, y le sucedió su hijo Segismundo. este trató de convertir a su pueblo al cristianismo, sin gran éxito. En 523, los reyes francos Clotario I, Childeberto I y Clodomiro sostuvieron una guerra contra los burgundios, venciendo al rey Segismundo y apoderándose de su reino. Sin embargo, al año siguiente, Gundemaro III, hermano de Segismundo, recuperó Burgundia, con ayuda de los ostrogodos. En 534, el reino burgundio fue definitivamente conquistado por Clotario I y Childeberto I.
Edad Media Borgoña merovingia y carolingia miniaturadeimagen|Borgoña en la Edad Media
Borgoña, de la cual formaba parte entonces el Franco Condado, fue erigida en reino merovingio (561-687), antes de unirse a Austrasia y a Neustria por Pipino de Heristal. El reino franco englobaba a Borgoña. Carlomagno refundó la organización administrativa de sus tierras, dividiendo la región en cinco subdivisiones, cada una dirigida por un conde dependiente directamente del emperador.
La muerte de Ludovico Pío en 843 marca la vuelta de las guerras de sucesión: las tierras al este del río Saona (el Franco-Condado) son separadas de las del oeste por el tratado de Verdún. El Franco-Condado se integra entonces en la Francia media, reino de Lotario I. Cuando este muere en 855, uno de sus hijos, Lotario II, no hereda más que la Lotaringia, la parte situada al norte de Borgoña. A su muerte, Carlos el Calvo y Luis el Germánico se reparten sus tierras. El condado de Portois y una parte del condado de Varais, entre ella Besançon (Vesontio), vuelven a Carlos el Calvo.<ref>Édmond Préclin [http://books.google.fr/books?id=wdgaAAAAMAAJ&q=%22Vesontio+et+le+portois%22&dq=%22Vesontio+et+le+portois%22&pgis=1 Histoire de la Franche-Comté'] 1947, p.22</ref>
Los desórdenes iban creciendo y la anarquía se volvió general. Celosos de su independencia, los nobles no sabían obedecer. El trono de los francos se sostenía a penas. El país estaba amenazado por los sarracenos y asolado por los normandos. El rey Bosón de Provenza muerto en 887 dejaba a su hijo Luis III el Ciego un trono mal afirmado. Carlos III el Gordo acababa de ser depuesto, y su muerte en 888 tuvo como consecuencia la dislocación definitiva del imperio de Carlomagno. En 888, más allá de los montes del Jura, Rodolfo I estaba en posesión del ducado de Transjurana, transmitido por su padre Conrado II, conde de Auxerre. Las circunstancias permitieron a su ambición transformar el ducado en reino. Tomó la corona de la Borgoña Tranjurana y se hizo coronar rey por una asamblea de prelados reunidos en la abadía de Saint-Maurice d'Agaune. Desde los primeros años de su reinado, añadió al ducado de Transjurana los condados comprendidos en la diócesis de Besançon.
El reino rodolfino de Borgoña Después de Rodolfo I, el poder pasó sucesivamente a Rodolfo II, Conrado el Pacífico,y Rodolfo III, todos ellos <<soberanos débiles y sin poder real>>, escribió Lucien Febvre, que no ejercieron más poder que el nominal. Los nobles eran los dueños del reino. El poder real basculá poco a poco en el transcurso de los años en favor de los condes. Las tierras borgoñonas (a excepción del actual país de Montbéliard) son reagrupadas por uno de ellos, Otón Guillermo hacia 981. Al dividirse su herencia, aparecen el ducado y el condado de Borgoña. A su muerte, en 1026, su segundo hijo, Reginaldo I se convierte en el primer conde palatino de Borgoña.
Incorporación al Imperio Germánico miniaturadeimagen|El Imperio Romano Germánico sobre el año 1000