thumb|175px|Escudo de los reyes de la casa de Austria, también como soberanos de Portugal. Es de destacar las armas del Reino de Portugal, en el llamado heráldicamente punto de honor, entre las de Castilla-León y Aragón-Sicilia.
Portugal bajo la Casa de Austria —denominado por la historiografía portuguesa como dinastía filipina o Tercera dinastía, o también denominada por la historiografía mundial como Unión ibérica— es el período histórico comprendido entre 1580 y 1640 en el que Portugal constituyó una unión dinástica aeque principaliter junto con los demás dominios que componían la Monarquía Hispánica bajo el mismo soberano de casa de Austria, que fueron:
Felipe II de España, como Felipe I en Portugal (r. 1580-1598) Felipe III de España, como Felipe II en Portugal (r. 1598-1621) Felipe IV de España, como Felipe III en Portugal (r. 1621-1640)
Esta unión reunió a toda la península ibérica, así como a las posesiones de ultramar portuguesas y españolas, bajo los monarcas españoles de los Habsburgo. La unión comenzó después de la crisis de sucesión portuguesa y la subsiguiente guerra de sucesión portuguesa,António Henrique R. de Oliveira Marques, History of Portugal. 1972, p. 322. Boris Fausto, A Concise History of Brazil, p. 40. y duró hasta la guerra de Restauración portuguesa, durante la cual la casa de Braganza se estableció como la nueva dinastía gobernante de Portugal con la aclamación de Juan IV como nuevo rey de Portugal.
Durante su existencia, la Monarquía Hispánica llegó a convertirse en el imperio más dilatado de su tiempo debido a que gobernó sobre una extensa superficie del mundo que abarcaba desde las Indias de América hasta el extremo oriente de Asia, incluyendo factorías en África y la India.
Intentos previos de unión dinástica thumb|250px|A fines del siglo XV, Castilla se une dinásticamente con Aragón a expensas de una unión semejante con Portugal.
De resultas del planteamiento ideológico de recuperación de la Hispania romana y goda, existieron sucesivos intentos de unión dinástica entre Castilla y Portugal: Por su matrimonio con Beatriz de Portugal, el rey Juan I de Castilla (r. 1379-1390) adoptó el título de rey de Portugal. Con el apoyo de la nobleza portuguesa trató de imponerse en la crisis sucesoria a la muerte de Fernando I de Portugal. Pero su derrota en la batalla de Aljubarrota permitió la instauración de la casa de Avís.
La guerra de sucesión castellana (1475-1479) había gravitado igualmente en torno a una posible unión de Portugal y Castilla, posición defendida por la alta nobleza castellana aglutinada en torno a la causa de la pretendiente al trono Juana la Beltraneja, que podría haber producido la unión dinástica por el enlace matrimonial entre Juana y Alfonso V de Portugal pactado por los nobles. Pero este bando proportugués encontró la oposición y fue derrotado por el partido que apoyaba Isabel I de Castilla, lo que significó, en cambio, una unión dinástica castellano-aragonesa por el matrimonio de Isabel con el aún príncipe Fernando II de Aragón. Esta unión dinástica dio origen a la actual configuración territorial de España.
En 1500 el fallecimiento, aún niño, del príncipe Miguel de la Paz, hijo de Manuel I de Portugal, príncipe de Asturias y heredero simultáneo de las coronas de Portugal, Castilla y Aragón, abortó otra oportunidad de unión de los reinos ibéricos.
La inclusión de Portugal en la Monarquía Católica thumb|El rey Felipe II de España reinó en Portugal, como Felipe I, entre 1580 y 1598. La rama española de los Habsburgo ascendió al trono portugués en la crisis de sucesión portuguesa de 1580 que se inició a raíz de la muerte sin descendientes del rey Sebastián I de Portugal en la batalla de Alcazarquivir y de su sucesor y tío-abuelo Enrique I de Portugal. El final de la línea directa de Juan III de Portugal arrojaba tres posibles opciones sucesorias:
Catalina de Portugal, nieta de Manuel I de Portugal, casada con Juan I, duque de Braganza. Antonio, prior de Crato, nieto de Manuel I, pero considerado ilegítimo por la sociedad. Felipe de Habsburgo, rey de España, también nieto de Manuel I por línea femenina.
Felipe II de España terminó siendo reconocido como rey de Portugal en las Cortes de Tomar de 1581. Mientras tanto, la idea de perder la independencia dio lugar a una revolución liderada por el prior de Crato que llegó a proclamarse rey en 1580 y gobernó hasta 1583 en la isla Terceira de las Azores. El prior de Crato terminaría derrotado debido principalmente al apoyo a Felipe de la burguesía y de la nobleza tradicional.
Para conseguir tales apoyos, Felipe se comprometió a mantener y respetar los fueros, costumbres y privilegios de los portugueses. Lo mismo sucedería con los que ocuparan los cargos de la administración central y local, así como con los efectivos de las guarniciones y de las flotas de Guinea y de la India. En las Cortes estuvieron presentes todos los procuradores de las villas y ciudades portuguesas, a excepción de las pertenecientes a las islas Azores, fieles al rival pretendiente al trono derrotado por Felipe II, el prior de Crato.
Este fue el principio de la unión real que, sin grandes alteraciones, dominaría hasta cerca de 1640 a pesar de las intervenciones inglesas en las Azores en 1589. La diferencia básica entre la unión personal y real, es que la primera es casual y no crea ningún vínculo jurídico entre los territorios de la unión, mientras que en la unión real se produce una uniformización de su política exterior, como fue el caso de Portugal. Así, la unión de Portugal y Castilla daría lugar a un conglomerado territorial que incluía posesiones en todo el mundo: México, Cuba, Centroamérica, Sudamérica, Filipinas, como núcleos costeros en Berbería, Guinea, Angola, Mozambique, golfo pérsico, India y en el sudeste asiático (Macao, Molucas, Formosa...).
Portugal en la Monarquía Hispánica
La integración de Portugal en España se produjo en la concepción que de España se tenía en los siglos -. En esa época, España era una monarquía compuesta, denominada como Monarquía Hispánica o Monarquía Católica, en cuyo entramado institucional se incorporó Portugal, formando parte junto con los demás reinos que componían la monarquía española. Y en el que cada uno de los reinos retenía su peculiaridades institucionales:
La Monarquía Hispánica, también denominada Monarquía Católica, era el conjunto de territorios con sus propias estructuras institucionales y ordenamientos jurídicos, diferentes y particulares, unidos según el principio aeque principaliter y que se hallaban gobernados por igual por el mismo soberano, el monarca español, a través de un sistema polisinodial de Consejos.
El soberano español actuaba como rey según la constitución política de cada reino, y por tanto, su poder variaba de un territorio a otro, pero actuaba como monarca de forma unitaria sobre todos sus territorios. El respeto de las jurisdicciones territoriales no impidió un refuerzo de la autoridad y poder regio del monarca en cada reino en particular.Ibíd. pág.18 y pág. 120.
A pesar del respeto y autonomía jurisdiccional, existía una política o directriz común que había que obedecerse encarnada por la diplomacia y la defensa, y en la que la Corona de Castilla ocupaba la posición central y preeminente sobre los demás.
La Monarquía incluía las coronas de Castilla (con Navarra y los territorios de Ultramar) y Aragón (con Sicilia, Nápoles, Cerdeña y el Estado de los Presidios), Portugal entre 1580 y 1640, los territorios del Círculo de Borgoña excepto 1598-1621 (Franco Condado, Países Bajos, más aparte Charolais), el ducado de Milán y el marquesado de Finale.
De este modo, el rey de Portugal era el monarca español, y Portugal no formó un reino (con su imperio) aparte respecto a España, sino que se integró en la estructura política y organizativa de la monarquía española, conservando su administración particular como los restantes reinos de la monarquía. Así no fue, por tanto, propiamente dicho un imperio hispano-portugués, ya que no existía una administración portuguesa opuesta a otra española, sino que la administración portuguesa era tan particular como podía tener otro reino de los que se constituía España; los mismos contemporáneos dan cuenta de esto:
El conde-duque de Olivares, en su memorial a Felipe IV indicaba:
Juan de Palafox y Mendoza, diputado de las Cortes de Aragón y virrey de Nueva España, indica en Juicio secreto e interior de la Monarquía para mí solo: «Felipe II perfeccionó la Monarquía con agregar la Corona de Portugal, y sus Indias Orientales á los restante de España». Tal cita aparece parafraseada y citada por Jover Zamora:
Sería ya en el , cuando cambió esta concepción de España y se refijaron sus límites geográficos, institucionales y de acción política, pero sin Portugal.
Gobierno de Portugal bajo la casa de Austria thumb|400px|El Imperio de Felipe II en 1598, distinguiendo el ámbito de cada Consejo territorial en el sistema polisinodial de la Monarquía Católica Debido a la complejidad en la gestión de gobierno de los diferentes territorios que componían la Monarquía Hispánica, con sus propias estructuras institucionales y ordenamientos jurídicos, el monarca español empleaba un sistema polisinodial de Consejos, que eran unos organismos auxiliares dedicados al asesoramiento y resolución de problemas, que sometían al conocimiento y decisión del monarca. La correspondencia administrativa de los diferentes territorios de la monarquía llegaba a los diferentes consejos en Madrid. Después, el secretario de cada consejo organizaba el material que tenía que entregar a la atención del rey, el cual, reunido con los secretarios, solicitaba posteriormente el dictamen del consejo correspondiente. Después de eso, el consejo respondía al monarca tras tratar el tema en una sesión para plantear la consulta formal al monarca. El secretario elevaba esa consulta al rey y este daba su respuesta al consejo con la decisión que debía llevar a cabo.
El Consejo de Estado en Madrid se encargaba de las decisiones importantes referidas a la organización y la defensa del conjunto de la Monarquía Hispánica y, con frecuencia, tenía que tener en consideración asuntos portugueses. Incluso, el consejo de guerra ejercía su jurisdicción sobre las tropas ubicadas en las fortificaciones castellanas establecidas en el litoral portugués.
Y también había consejos de carácter territorial, cuyas funciones estaban especializadas en un espacio territorial concreto: Consejo de Castilla, Consejo de Aragón, Consejo de Navarra, Consejo de Italia, Consejo de Indias, Consejo de Flandes, y Consejo de Portugal. El Consejo de Portugal, establecido en 1582, estaba compuesto por un presidente y seis (más tarde cuatro) consejeros y desapareció en 1668. La función del Consejo era manifestar al rey los asuntos referidos a la justicia, la gracia y la economía de la Corona portuguesa. Cualquier decisión del rey que afectara a Portugal debía pasar por una consulta al Consejo antes de ser transmitida a la cancillería de Lisboa y ante los tribunales afectados. El Consejo de Portugal tuvo dos sesiones: en 1619, por la presencia del rey Felipe III en Lisboa, y entre 1639-1658, sustituido por la Junta de Portugal. Desde la Restauración en 1640, el Consejo siguió vigente, ya que Felipe IV no había reconocido la independencia de Portugal, y llevó a cabo la atención a los portugueses fieles al monarca español y del gobierno de Ceuta.