La historia de la ciudad de Puntarenas, en el Pacífico de Costa Rica, es parte fundamental de la historia del país, ya que jugó un papel trascendental en el desarrollo económico de Costa Rica por su papel de puerto, que logró vincular al país con el exterior, el cual continúa en la actualidad por el muelle turístico y el puerto de Caldera. Puntarenas es en la actualidad el principal proveedor nacional de productos del mar, así como un destino importante para el turismo nacional.
La región en la que se ubica la ciudad de Puntarenas es una de las zonas más habitadas y recorridas desde la época precolombina y colonial, aunque su verdadero desarrollo económico y comercial se dio básicamente a partir del y , con la fundación del puerto. Habitada por diversos pueblos de cultura mesoamericana y otros del Área Intermedia, el sitio donde se localiza la ciudad tuvo cierta importancia durante la colonia española, debido a su ubicación estratégica dentro del golfo de Nicoya. La ciudad emergió de un pequeño caserío ubicado en una lengua de tierra formada por los sedimentos arrastrados por el río Barranca y sus afluentes, pero es a partir de 1814, con el inicio de su actividad como puerto, que inicia el verdadero crecimiento de la ciudad. En 1848 se da la creación del cantón de Puntarenas, debido al sensible aumento de su población, comercio y actividad portuaria.
En 1858, el presidente Juan Rafael Mora Porras otorgó a Puntarenas el título oficial de ciudad, luego de la intensa participación de los lugareños en la Campaña Nacional de 1856-1857. La ciudad se convirtió en el principal puerto del país por el que se exportaba a Inglaterra el café producido en Costa Rica, por lo que fue vital para el desarrollo del país durante la segunda mitad del y parte del . Puntarenas experimentó un importante crecimiento económico y demográfico hasta 1927, cuando este declinó por la crisis económica mundial.
Historia precolombina
thumb|left|200px|Cerámica negra de la isla de Chira, Puntarenas, con grabado de un cangrejo. Museo del Oro Precolombino. El actual territorio de la provincia de Puntarenas fue habitado en épocas precolombinas por diversos grupos amerindios, que prácticamente ocuparon toda la costa desde el Golfo de Nicoya hasta la Punta Burica. La región del Pacífico central, donde se halla el cantón de Puntarenas, fue ocupada por los huetares de occidente, que en tiempos de la llegada española en el , se hallaban gobernados por el rey Garabito, cuyo asentamiento principal se encontraba en lo que hoy son los llanos de Esparza, Orotina y San Mateo, en las faldas de los montes del Aguacate, y su reino se extendía por la cuenca del río Grande de Tárcoles hasta el Valle Central de Costa Rica, así mismo, ocupaba todo el litoral pacífico desde Herradura hasta el río Gamalotal.
Al noreste del territorio de Garabito, se encontraban los cacicazgos chorotegas de Gurutina y Chomes, de influencia mesoamericana, mientras que el pueblo de Paro, también de origen mesoamericano, ocupaba las islas de Chira, San Lucas y Venado, en el Golfo de Nicoya, así como la costa de los actuales Paquera, Cóbano y Lepanto, en la Península de Nicoya. Hacia el sureste, en los cantones de Quepos y Parrita, se ubicaba el reino de los quepoa, cuyo principal asentamiento estaba en lo que hoy es el Parque nacional Manuel Antonio, en la desembocadura del río Naranjo. Más al sur, estaban los bruncas, la nación de Coctú, y los buricas, que se asentaban en la cuenca del río Grande de Térraba y ocupaban todo el territorio al sur de la Cordillera de Talamanca, hasta la Península de Osa.
Exploración y conquista española (1519 - 1720)
El litoral pacífico costarricense fue recorrido primeramente por Juan Ponce de León, quien avistó al pueblo de los quepoa en 1519, pero no descendió a tierra. En 1522, el explorador Gil González Dávila recorrió toda la costa puntarenense, desde el Golfo Dulce hasta el Golfo de Nicoya, y penetró en territorio nacional por la desembocadura del río Tempisque, hasta Nicoya y luego Nicaragua. En 1524, Francisco Hernández de Córdoba estableció la primera población española cerca de la actual Esparza, la villa de Bruselas, que subsistió hasta 1527. En 1529, Juan de Cavallón y Arboleda llegó a Chomes por el camino de Nicaragua y Nicoya, y estableció el Real de la Ceniza, una guarnición española, y el puerto de Aranjuez, entre las desembocaduras de los ríos Machuca y Jesús María, y desde allí dirigió las exploraciones que, a través del río Grande de Tárcoles, penetraron en el Valle Central. En 1563, el adelantado Juan Vázquez de Coronado siguió la ruta de Cavallón hasta la ciudad de Castillo de Garcimuñoz, fundada por este, y posteriormente, en alianza con reyes indígenas locales, dirigió una expedición hacia el sureste, donde entró en contacto con los quepoa y posteriormente, con los bruncas y coctús. Los españoles tuvieron un control parcial del territorio pacífico costarricense, bien asentados en la zona del Pacífico norte y central del país, pero su dominio no fue total más allá de Quepos, donde los indígenas locales lograron conservar cierta autonomía, aunque diezmados por las enfermedades y el mestizaje.
La colonia española en Puntarenas (1720 - 1821)
El golfo de Nicoya fue un importante punto comercial de Costa Rica y Nicoya durante la colonia española (1570-1821). A lo largo de la historia colonial, existieron diversos puertos en la costa del Pacífico costarricense, cercanos a la actual Puntarenas: Landecho, fundado por Juan de Cavallón cerca de la desembocadura del río Grande de Tárcoles; La Caldera y La Barranca. La presencia del puerto de Puntarenas en la cartografía española colonial aparece entrado en .
En 1720 apareció por primera vez el nombre del lugar como la Punta de Arena. En 1766, la Audiencia de Guatemala otorgó a Costa Rica el monopolio del cultivo y la exportación del tabaco. Debido a inundaciones ocurridas en el puerto de La Barranca, el almacenamiento y la exportación del tabaco se empezó a realizar por el puerto de Puntarenas, con el objetivo de exportarlo a Panamá. La actividad portuaria aumentó y para 1787 se había construido bodegas para almacenar tabaco, para enviarlo a Sonsonate en El Salvador y El Realejo en Nicaragua. El comercio de tabaco fue la principal actividad comercial del puerto entre 1814 y 1821.
Con la llegada de inmigrantes en busca de mejores condiciones económicas para vivir, se comenzó a perfilar un nuevo centro poblacional. El puerto creció en importancia y se convirtió en un sitio importante para la economía de la colonia: por Puntarenas se importaban productos provenientes de Panamá, Chile y Perú. Una vez que el monopolio del tabaco fue cancelado, se empezó a exportar café. A principios del , el gobernador español Tomás de Acosta y Hurtado de Mendoza solicitó a Real Audiencia de Guatemala declarar Puntarenas, puerto principal de Costa Rica. El 29 de abril de 1814 se le otorgó el título de Puerto Principal de Altura, gracias a la intervención del diputado de Costa Rica ante las Cortes de Cádiz, presbítero Florencio del Castillo. En 1815, el gobernador Juan de Dios de Ayala y Toledo nombró al canario Antonio Figueroa primer capitán del puerto de Puntarenas.
De la comarca de Puntarenas a la declaratoria de ciudad (1821-1860)
Durante la época colonial, Puntarenas estuvo supeditada a la autoridad de la ciudad de Esparza, situación que continuó luego de la independencia de Costa Rica en 1821. En 1825, Costa Rica estaba dividida en dos departamentos, Oriental y Occidental. Puntarenas pertenecía a este último. En 1834, debido a que se consideraba que la localización de Puntarenas sobre la lengua de tierra sometía el puerto a peligros de inundación, un decreto de la República Federal de Centro América ordenó trasladar la actividad portuaria a Caldera. A la vez, se creía que Caldera brindaba mayor protección a los buques por ser la bahía más profunda, lo que permitía recibir barcos de mayor calado. Para ese año, Puntarenas contaba con unos 800 habitantes, que opusieron resistencia al traslado a pesar de que se les ofrecieron algunas manzanas de terreno gratuitas. En 1837, el traslado no se había efectuado. Esto hizo que el Jefe de Estado, Braulio Carrillo, contratara al ingeniero Enrique Cooper para que hiciera un avalúo de la factibilidad del puerto de Puntarenas. Carrillo consideraba que el puerto de Puntarenas era un sitio estratégico para la exportación del café, cuyo cultivo estaba en auge. Además, consideraba a Caldera un lugar insalubre, por lo que decidió rehabilitar a Puntarenas como principal puerto del país, mediante un decreto firmado el 26 de febrero de 1840. El gobierno, además, autorizó a la Junta Itineraria a mejorar el camino de acceso a Puntarenas y la construcción de diques. En 1842, durante la invasión de Francisco Morazán a Costa Rica que derrocó a Braulio Carrillo, Puntarenas fue saqueada por los hombres de Morazán.
En 1847, Puntarenas fue declarada puerto franco, permitiendo el libre mercado y la circulación de bienes, lo que aumentó el comercio y la circulación de barcos y personas, con la llegada de muchos extranjeros. En 1848, se realizó una reconfiguración administrativa del país, pasando de tres Departamentos (Oriental, Occidental y Guanacaste) a cinco provincias: San José, Alajuela, Cartago, Heredia y Guanacaste. Debido a que no contaba con los 30 000 habitantes requeridos, Puntarenas fue establecida como una comarca, y se nombró a Manuel Castro como primer Comandante de Puntarenas, con todas las atribuciones de un gobernador. A partir de ese año, la ciudad dejó de estar supeditada a Esparza y logró su autonomía, que se consolidó tres años después con la creación del cantón de Puntarenas por el decreto N.º XXXIX, con la ciudad como cabecera.
A partir de ese momento, Puntarenas tomó el liderazgo regional administrativo y económico. Se iniciaron importantes obras de infraestructura y bien social, y la población se volvió atractiva para el flujo migratorio. El auge del cultivo del café en la década de 1850 ayudó al desarrollo de la ciudad: el café se transportaba en carretas desde el Valle Central de Costa Rica hasta Puntarenas, de donde se exportaba a Inglaterra. Puntarenas era paso obligatorio entre el centro y el noroeste del país, y había una intensa actividad comercial entre el puerto de Puntarenas y los pueblos de Paquera, Lepanto y Cóbano, ubicados en la península de Nicoya. En 1840, se creó la Sociedad Económica Itineraria, destinada a mejorar las obras de infraestructura de Puntarenas, principalmente construir la vía que conectaba el puerto con San José. Dicha vía se construyó entre 1844 y 1846, siguiendo la misma ruta que existía desde la época precolombina y que se acentuó durante la Colonia. Para la década de 1840, Puntarenas contaba con un hotel y algunos comerciantes de café adquirieron casas de veraneo. La urbe creció principalmente hacia el sector occidental, hacia el estero, donde atracaban los barcos, mientras que el sector oriental, donde está la playa, estaba despoblado y lleno de vegetación costera. Había sedes de firmas navieras principalmente inglesas y alemanas. La mayoría de los movimientos comerciales se daban hacia el sector del estero, en donde posteriormente surgirá la Calle del Comercio, el mercado y los almacenes del puerto. Mientras que las casas comerciales eran de madera, las casas de los vecinos eran de palma, excepto las de los de mejor posición económica, que las construían de madera de cedro. Las calles y aceras eran de arena, lo que propiciaba la aparición de remolinos. La actividad municipal inició en 1848, diez años antes de la declaratoria de ciudad. Contaba con una iglesia de madera y en 1852 se acordó levantar un hospital llamado San Rafael. En 1852 se construyó un faro, debido a la gran cantidad de barcos que arribaban.