Francisco de Borja puede referirse a las siguientes personas o poblaciones:
Personas
Francisco de Borja (1441-1511), cardenal de la Iglesia católica.
Francisco de Borja (1510-1572), duque de Gandía y santo de la Iglesia Católica.
Francisco de Borja y Aragón (1581-1658), hijo de Juan de Borja y Castro y de Francisca de Aragón y Barreto.
Francisco de Borja y Miguel (1609-1689), sacerdote, obispo del Tucumán y de Trujillo.
Francisco de Borja y Poyo (1733-1808), marqués de Camachos y capitán general de la Real Armada Española.
Francisco de Borja Álvarez de Toledo y Gonzaga (1763-1821), hijo de Antonio Álvarez de Toledo y Pérez de Guzmán y María Antonio Gonzaga y Caracciolo.
Francisco de Borja Fernández (1789-1869), juez y legislador argentino.
Francisco de Borja Solar (1807-1891), político chileno.
Francisco de Borja Queipo de Llano (1840-1890), conde de Toreno, historiador y político español.
Francisco de Borja Valdés (1851-1929), agricultor y político chileno, miembro del Partido Liberal.
Francisco de Borja Valenzuela Ríos (1917-1998), sacerdote y obispo chileno.
Francisco de Borja-Pérez Peñas (n. 1982), futbolista español conocido como Borja Pérez.
Lugares
San Francisco de Borja, uno de los 65 municipios del estado mexicano de Chihuahua.
San Francisco Borja, población, cabecera del municipio homónimo en el estado mexicano de Chihuahua