Puede referirse a alguno de los múltiples robos sufridos por esta institución española:
Robo del Museo del Prado (1861), en el que se sustrajo un pequeño cuadro. Robo del Museo del Prado (1897), en el que se sustrajo un boceto de Murillo, Santa Ana enseñando a la Virgen. Robo del Museo del Prado (1906), en el que se sustrajeron dos estatuillas romanas de bronce y un vaso de alabastro. Robo del Museo del Prado (1909), en el que se sustrajo un pequeño cuadro. Robo del Museo del Prado (1918), en el que se sustrajeron y dañaron varias piezas del Tesoro del Delfín.