El municipio de Jonotla es uno de los 217 municipios que constituyen el estado mexicano de Puebla; su nombre se compone de las radicales nahuas Xonotl, jonote (Heliocarpus appendiculatus) y Tla, desinencia abundancial, siendo su significado literal Lugar donde abunda el jonote.Plan de desarrollo municipal de Jonotla, Puebla 2008-2011 En totonaco se conoce un equivalente que no es posible determinar si corresponde a una tradición originalmente totonaca, el nombre de Xonotla en totonaco es Kaxunik.Lombardo Toledano, Vicente. 1931. Geografía de las lenguas de la Sierra Norte de Puebla, con algunas observaciones sobre sus primeros y actuales pobladores. Universidad de México. Se encuentra localizado al norte del estado y aproximadamente 210 kilómetros al norte de la ciudad de Puebla. Cuenta con una extensión territorial de 73.99 km². De acuerdo al Censo de Población y Vivienda de 2010, el municipio tiene 4,598 habitantes, de los cuales 2,237 son hombres y 2,361 son mujeres. Presenta dos territorios que conforman al municipio, el territorio de Jonotla y Ecatlán, sobre un pliegue de la Sierra Madre Oriental y un segundo territorio en San Antonio Rayón, sobre el lomerío de las estribaciones de la sierra a 13 km al noroeste de Jonotla, estos territorio están separados por los municipios de Tuzamapan y Cuetzalan.
Historia Los Totonacas son un grupo étnico emparentado con los Tepehuas, de cuya lengua hace 26 siglos se desprendió el totonaco. Los primeros asentamientos totonacas en la zona de Jonotla datan de antes del , algunos asentamientos se establecieron en los actuales pueblos de Tuzamapan y Ecatlán, que junto a otros pueblos de las estribaciones de la Sierra Madre Oriental originaron la cultura totonaca* que se consolidaron en Tajín, Yohualichan, Xiutetelco, entre otros.Hernández Montes M., Heiras Rodríguez C.G. 2004. Tepehuas. CDI:PNUD. México. Hacia el año 800 el principal centro ceremonial local se encontraba en Tuzamapan. La población de Jonotla fue fundada por Ixocélotl (cara de tigre),https://web.archive.org/web/20110724164700/http://www.e-local.gob.mx/work/templates/enciclo/puebla/Mpios/21088a.htm que trajo consigo “a tres compañeros” y llegaron en el año 1180 de nuestra era, en Yohualichan se encontraron reseñas de Jonotla que datan de estas fechas. La población rápidamente creció gracias a asentamientos existentes en los alrededores. Pertenecía al altépetl (unidad territorial, política y cultural predominante en la región) de Guitlalpa –actualmente Hueytlalpan-, el cual tuvo gran importancia en el totonacapan, incluso pudiendo haber sido la principal población totonaca después de la caída del Tajín y el declive de Mizquihuacan.Berdan, F. Rieff, P. 1997. The essential Codex Mendoza. University of California Press. 415 p.
Hacia el año de 1212, en el postclásico, la recién formada población de Xonotla fue colonizada por guerreros chichimecas, como parte de las migraciones nahuatlacas provocadas por la caída de Tula y con ello se introdujo el idioma náhuatl a la zona. La población acogió un gran número de habitantes durante la época mesoamericana. En 1469, Axayácatl, por encargo del Huey Tlatoani Moctezuma Ilhuicamina, a quien sucedió ese mismo año, sometió la región del Totonacapan que pasó a formar parte del imperio mexica, a la provincia tributaria de Tlatlauquitepec, al cual tributaban productos primarios como maíz, chile, plumas de quetzal (cuya extracción llevó a la extinción local de esta ave en tiempos de Moctezuma Xocoyotzin) y mantas tejidas. Se cuenta que los mexicas obligaron a los totonacos a idolatrar a un ídolo llamado Totonac, al cual debían ofrecer sacrificios humanos, costumbre mexica no compartida por los pueblos totonacos y tepehuas; es a raíz de esta imposición que fueron conocidos como totonacos por los españoles. También data de aquella época la adoración a Tepeyolotl “corazón de monte”, dios mexica de los terremotos, del eco y los jaguares, cuyo culto se establece en el peñón aledaño a la población y el punto más elevado de la zona.Olguín Pérez A.M. 2003. El problema del susto en San Juan Jonotla, Puebla. En la segunda mitad del siglo XX. Tesis de Licenciatura. Universidad Autónoma Metropolitana. Unidad Iztapalapa. Etnografía.
A la llegada de los españoles, en 1523, Xonotla fue parte de la encomienda de Guiltlalpa (Hueytlalpan) asignada a Pedro Cintos de Portillo y Hernando de Salazar, quienes tomaron posesión de la región. En 1552, el visitador Diego Ramírez, traza la cuadrícula del pueblo actual. En las Relaciones Geográficas de la diócesis de Tlaxcala,Relaciones geográficas de la diócesis de Tlaxcala. Archivo de Indias de Sevilla. 1580-1582. que data de 1580 y previo a la La Relación de Xonotla, se mencionan datos socioeconómicos de Jonotla en 1569, donde se tienen 106 vecinos que pagan tributo entero, 23 vecinos con medio tributo, 3 viudos, 6 viudas, 23 personas casadas libres de tributo (por haberse casado recientemente) y otros nuevos vecinos venidos de otros poblados, se menciona que la lengua principal es el totonaco pero existe "gran cantidad" de gente de habla mexicana. Esta relación menciona a San Francisco Ayotuchco y a San Bartolomé (Xochitlán de Vicente Suárez) como parte del territorio de la cabecera.
La Relación de Xonotla, 1581 Las Relaciones fueron un esfuerzo de gran envergadura llevado a cabo por Felipe II con la finalidad de conocer y registrar el Imperio mediante una serie de cuestionarios aplicados a todas las poblaciones del reino. En 1581 se registra a Xonotla en "La relación de Tetela y Xonotla", se menciona a Antonio de Luna como gobernador natural a perpetuidad con legado a sus descendientes, en esta Relación se hace mención por primera vez de la fundación del pueblo por Ysozelotl en 1180, también menciona los vientos cálidos de mayo que aún se presentan. Se mencionan a 200 vecinos y su titularidad como cabecera, como sujetos a San Martín Tuztamapa y Santiago Hecatlán y San Francisco Ayotusco. Según esta Relación, tributaban mantas, maíz y chile a Montezuma (Moctezuna II), también se mencionan algunas costumbres ancestrales tales como la presencia de 5 mandones (a manera de jueces), quienes bajo el mando de los descendientes de Ixocelotl imponían castigos, en caso de delitos graves desde la quema del delincuente, junto a sus pertenencias hasta el destierro de toda su parentela; otros castigos como el hecho de vender como esclavo a cualquier joven menor a 20 años que se emborrachara. Como vestido tradicional, tilmas (a modo de capas), camisas, xubones (blusones) y calzones cortos de algodón. También se menciona que desde su fundación hasta esa fecha no habían guerreado con otro pueblo. En esta Relación (encuestas realizadas por la Corona por todo su territorio) los nativos de Jonotla mencionan que antes tenían mayor expectativa de vida, incluso que "entonces no conocía baron embra de veinte y cinco años abaxo y como agora de diez y doze años se casan". También se menciona a una sierra (el Peñón) como Tlaquetzaltepec, posiblemente el nombre original del Cerro del Peñón, aunque en la misma Relación pero tomada en Tuzamapan, los habitantes de esta población mencionan que el Cerro del Peñón se llama Tlaloctepetl (Cerro del Dios de la lluvia -Tlaloc-).
Se mencionan los dos ríos, uno más caudaloso (el Cempoala) donde se pesca bobos, lizas, anguilas, truchas, camarones. Los nativos de Jonotla respondieron a la encuesta con respecto al aprovechamiento de frutos como el "tetzoncayotlque", conocido por los españoles como mamey, y la presencia de cultivos introducidos de naranjo, lima, limón, sidra (toronja) y caña. Se registró que se vivía del maíz, chile, frijol, otras legumbres como calabaza, chayote, chía, jícama, etc. y pescado. Respecto a fauna registraron tigres y leones (posiblemente jaguar y/u ocelote, pumas), tejones, marto y monos; aves como búhos, lechuzas. Se registran que la sal es traída desde Tehuacán, como producto primario de cultivo al algodón, el cual utilizan para intercambio y para pagar tributos, así como para tejer mantas. En cuando a las casas habitación, mencionan que son de palos y cubiertas de paja a manera de techo, salvo las casas de los principales que son de piedra y lodo, con paredes encaladas de blanco elaboradas con materiales hechos en la población.
Con respecto a las epidemias, se mencionan "grandes pestilencias" o "cocolistes" que no solían tener sino hasta la presencia de los españoles en toda la región (Relación de Xonotla, Tusamapa, San Francisco Ayotuchco, Santiago Ecatlan). La mortalidad se pone de manifiesto en los registros poblacionales de Jonotla, hacia 1568 se registraron 2624 tributarios en Xonotla, hacia el momento de la Relación, en 1580, apenas 12 años después se mencionan poco más de 200 habitantes y hacia 1646 se reconocen 519 habitantes. Estas cifras por sí solas proporcionan un panorama catastrófico en la zona, que fue diezmada por las epidemias traídas del Viejo Mundo. Por el año de 1608 se registró que la epidemia de viruela acabó con la mayor parte de la población, tanto que en 1622, en los "Memoriales del obispo de Tlaxcala fray Alonso de la Mota y Escobar" en su décima visita informa de apenas 220 personas, sobreviviendo tres familias: Sánchez, Pérez y Gaona; Es posible que esta epidemia haya sido el origen de la leyenda del abandono de la población de San Cristóbal, en el municipio vecino de Caxhuacan, ya que se tienen registros que esta enfermedad asoló la región hasta 1660 cuando el pueblo fue víctima de una "grave enfermedad de que fallecieron muchos naturales". Durante la época de la Colonia, la población se redujo bastante y apenas albergó un número reducido de habitantes.
Antes del mes octubre de 1585 se hicieron las gestiones necesarias para que el virrey, Don Pedro Moya de Contreras, concediera a esta región la categoría de departamento y según dato de los profesores Don Aurelio y Delfino de la Calleja, dicha autorización fue por los años de 1590-1595, quedando bajo el dominio del antiguo Distrito de Tetela del Oro, hoy Tetela de Ocampo.
Durante la primera mitad del , llegaron grupos familiares mestizos a establecerse y repoblar la región de la Sierra Norte de Puebla, que anteriormente era considerada como una zona de refugio debido a lo escarpado de la sierra, para 1840 y 1849 llegaron caravanas de familias mestizas a establecerse e implantar la ganadería. Posterior a la independencia de México, el 27 de mayo de 1837, junto a muchas poblaciones de la sierra, obtuvo su municipalidad por acuerdo de la Excelentísima Junta Departamental de Puebla y tuvo como partido a la municipalidad de Tetela del Oro, su actual cabecera distrital. El 18 de septiembre de 1861 obtiene la municipalidad del Distrito de Tetela de Ocampo. Algunos pobladores de Jonotla y de otras poblaciones de la región se unen a los batallones Zacapoaxtla y Tetela de Ocampo para participar en la batalla del 5 de mayo de 1862.
El 5 de julio de 1880 el pueblo de Zoquiapan queda segregado a la municipalidad de Jonotla. En 1895 el pueblo de Jonotla recibe el título de Cabecera Municipal del municipio homónimo, quedando también Tuzamapan como municipio libre, que antes pertenecía a Jonotla. El 2 de mayo de 1905 se modifica la nominación de municipio. El 27 de diciembre de 1921 Jonotla se consigna como municipio del Estado de Puebla.
El domingo 22 de octubre de 1922, un desprendimiento de piedra en el peñón, deja al descubierto la imagen de la Virgen de Guadalupe, donde después se construyó un santuario. Esta fecha quedó establecida como una fecha importante para la población de Jonotla, que actualmente se celebra con peregrinaciones a caballo, en bicicleta o a pie, así como con juegos y danzas folklóricas.
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