La insurgencia del Ejército de Resistencia del Señor se basa en las campañas guerrilleras de diversos grupos insurgentes, destacando principalmente el Ejército de Resistencia del Señor, un grupo sectario cristiano, iniciado en 1987 tras el fin de la guerra civil ugandesa.Uganda's Christian Rebels Revive War in North - New York Times 1 de abril de 1996. Consultado el 3 de septiembre de 2011. Se desarrolla en el norte de Uganda pero también en el sur de Sudán del Sur y el este de República Democrática del Congo. El movimiento, liderado por Joseph Kony, quien se proclama el "portavoz" de Dios y médium espiritual, tiene por objetivos derrocar al gobierno de Yoweri Museveni y establecer un Estado teocrático basado en los Diez Mandamientos y la tradición acholi, de acuerdo con sus líderes.Ruddy Doom and Koen Vlassenroot (1999). Kony's message: A new Koine? The Lord's Resistance Army in northern Uganda. 98. Oxford Journals / Royal African Society. pp. 5–36.IRIN | In-depth: Living with the LRA: The Juba Peace Initiative 31 de mayo de 2007. Consultado el 3 de septiembre de 2011.IRIN | In-depth: Living with the LRA: The Juba Peace Initiative 30 de mayo de 2007. Consultado el 3 de septiembre de 2011.

El conflicto armado es uno de los más prolongados de África, y ha provocado una gran crisis humanitaria. El ERS está acusado de violaciones de derechos humanos generalizadas, en particular la mutilación, la tortura, la violación, el secuestro de civiles, el uso de niños soldados, y una serie de masacres. Aunque el grupo se ha debilitado enormemente desde mediados de la década de 2010, un remanente liderado por Kony sigue activo en la región fronteriza entre la República Centroafricana y Sudán.

Antecedentes Tras el derrocamiento en enero de 1986 del presidente de etnia acholi Tito Okello por parte del Ejército de Resistencia Nacional (NRA) liderado por Yoweri Museveni, un sureño, causó que la NRA hiciera atrocidades hacia los Acholi, pero ellos resistieron. Para agosto de ese año, se había desarrollado una insurgencia popular en las regiones del norte, que fueron ocupadas por las nuevas fuerzas gubernamentales.

Conflicto

Comienzo (1987-1994) izquierda|miniaturadeimagen|Joseph Kony En 1987, Joseph Kony apareció autoproclamándose como Medium espiritual y fundando el ERS, como varios que surgieron en ese tiempo. Odong Latek, un excomandante del Ejército Democrático del Pueblo de Uganda, convenció a Kony de adoptar una guerra de guerrillas, principalmente contra civiles. Durante este periodo el ERS llevaría a cabo varios ataques a gran escala hacia poblaciones, subrayando la incompetencia del gobierno ugandés de proteger a su población. Hasta 1991, ERS asaltó a la población en busca de suministros. El hecho de que varias unidades del NRA fueran conocidas por sus brutales acciones hizo que el ERS tuviera el apoyo de la población acholi.

En marzo de 1991, se dio inicio a la "Operación Norte" donde se combinó los esfuerzos de destruir al ERS mientras cortaba sus raíces de apoyo entre la población mediante mano dura. Como parte de la Operación Norte, la ministra de etnia acholi Betty Oyella Bigombe, encargada de poner fin a la insurgencia, creó el "Grupo de flechas", en su mayoría armados con arcos y flechas, como forma de defensa local. Como el ERS estaba armados con armas modernas, el grupo de fechas fue fácilmente destrozado por el ERS.

La creación del grupo de flechas le enfureció a Kony, el sentía que ya no tenía el apoyo de la población. En respuesta, el ERS mutiló a varios acholi a quienes creían ser partidarios del gobierno. Aunque la operación fue un fracaso, la reacción del ERS causó que muchos acholi se volvieran en contra la insurgencia, pero aún los pobladores tenían más antagonizados a las fuerzas gubernamentales.

Después del fin de la operación, Kigombe inicia reunión entre representantes de ERS y el gobierno. El ERS pidió amnistía para sus combatientes y declaró que nunca se van a rendir, pero que estaban dispuestos a "regresar a casa". Sin embargo, la postura del gobierno se vio obstaculizada por el desacuerdo sobre la credibilidad de los negociadores del ERS y porque se dieron cuenta de que Kony estaba ganando tiempo negociando con el gobierno sudanés para obtener apoyo mientras trascurría la reunión.

En una segunda reunión el 10 de enero de 1994, Kony pidió seis meses para reagrupar a sus tropas. Cada vez las reuniones se volvían más tensas, hasta que una reunión de febrero, el ERS interrumpió la reunión alegando de que el NRA los intentaba atrapar. 4 días después Yoweri Museveni lanza un ultimátum hacia ERS dándole un plazo de 7 días para que se rindieran.

Expansión en países vecinos (1994-2002) Dos semanas después del ultimátum de Museveni, se informó que el ERS había establecido bases en el sur de Sudán, con la aprobación de Jartum en respuesta al apoyo del gobierno ugandés al grupo rebelde sursudanés ELPS, en que en esos momentos Sudán sufría una guerra civil. Además, convencido de que los acholi estaban colaborando ahora con el gobierno de Museveni, Kony comenzó a atacar a los acholi. Las mutilaciones se convirtieron en algo común y en 1994 se produjeron los primeros secuestros masivos de niños y jóvenes.

Como la mayoría de los combatientes del ERS son niños secuestrados, los acholi perciben una ofensiva militar contra el ERS como una masacre de víctimas. Por lo tanto, los intentos del gobierno de destruir a los rebeldes se consideran otro motivo del odio por parte de los acholi. La ambigüedad moral de esta situación, en la que los jóvenes rebeldes secuestrados son a la vez víctimas y autores de actos brutales, es fundamental para las actitudes conflictivas de muchos acholi hacia los rebeldes.

A partir de 1996 el gobierno hizo una política de tierra quemada donde los acholis fueron obligados a trasladarse a campamentos de desplazados internos al cual el gobierno las llamó "aldeas protegidas", aumentando la actitud antagónica que percibían los acholis hacia el gobierno. Las "aldeas protegidas" eran insalubres y miserables, descritos como campos de exterminio, los cuales eran comúnmente atacados por el ERS. Los datos de la OMS indicaron que estos campamentos causaron la muerte de 10 veces más personas que el propio ERS.

En 1997 el Frente Nacional Islámico (NIF), el partido gobernante de Sudán, estaba decreciendo su poder. Y tras de los Atentados del 11 de septiembre de 2001, las tensiones entre Sudán y Uganda disminuyeron, y por ende, disminuyeron su apoyo a los rebeldes del otro. Varios cientos de desplazados volvieron a sus hogares y la gente empezó a hablar sobre el día en que se disolverían las "aldeas protegidas".

Operación Puño de Hierro (2002-2005) En marzo de 2002, la Fuerza de Defensa del Pueblo de Uganda (UPDF) lanzó una ofensiva masiva conocida como "Operación Puño de Hierro", contra de las bases del ERS en el sur de Sudán, con el acuerdo del NIF. Este acuerdo, junto con el regreso de las fuerzas ugandesas en la República Democrática del Congo tras el final oficial de la segunda guerra del Congo, creó lo que el gobierno de Uganda consideró como una situación ideal para poner fin al conflicto que se había convertido en un problema y vergüenza política. Después de varios meses de incertidumbre, las fuerzas del ERS comenzaron a cruzar de regreso a Uganda causando ataques con más brutalidad que nunca. Lo que llevó el desplazamiento generalizado en el norte y oriente de Uganda.

Una serie de iniciativas locales encabezadas por líderes locales, así como iniciativas diplomáticas durante estos años, fracasaron, especialmente porque la posición negociadora de Kony seguía siendo incierta, pero el conflicto ganó una cobertura internacional sin precedentes. Durante una visita a un campo en Uganda en 2003, el subsecretario general de Asuntos Humanitarios de la ONU, Jan Egeland, declaró: "No puedo encontrar en ninguna otra parte del mundo que esté teniendo una emergencia de la escala de Uganda, que se esté con poca atención internacional". En diciembre de 2003, Museveni remitió al ERS a la CPI para determinar si el ERS es culpable de crímenes de guerra internacionales.

En 2004, la actividad rebelde disminuyó por una fuerte presión militar. El gobierno fue blanco de críticas internacionales más duras por su incapacidad de terminar el conflicto. Las agencias de ayuda internacional cuestionaron la dependencia del gobierno de Uganda de la fuerza militar y su compromiso con una resolución pacífica. El ejército también admitió que había reclutado en el ejército a niños soldados que escaparon del ERS.

En septiembre de 2005, un grupo de combatientes de ERS encabezado por Vincent Otti cruzaron la frontera hacia la República Democrática del Congo (RDC) por primera vez. Museveni declaró que, si las autoridades congoleñas no desarmaban a los combatientes del ERS, las UPDF serían enviadas a través de la frontera en su persecución. Esto provocó una disputa diplomática entre los gobiernos de la RDC y Uganda, con ambos ejércitos haciendo una demostración de fuerza a lo largo de su frontera, mientras que el embajador congoleño ante las ONU envió una carta al Secretario General de la ONU exigiendo un embargo hacía Uganda en represalia.

Conversaciones de paz (2005-2008) A partir de julio de 2006, se celebraron en Yuba una serie de reuniones entre el gobierno ugandés y el ERS, con el vicepresidente de Sudán de Sur Riek Machar y la Comunidad de Sant'Egidio como mediadores. Las conversaciones resultaron en un alto el fuego en septiembre de 2006.

Estas conversaciones se acordaron después de que Kony publicara un video en mayo en el que negaba haber cometido atrocidades y parecía pedir el fin de las hostilidades, en respuesta al anuncio de Museveni de que garantizaría la seguridad de Kony si la paz era acordada por Julio. El 4 de agosto de 2006, Otti declaró un alto el fuego y pidió al gobierno de Uganda actuara de forma recíproca. Mientras que Lukwiya murió en batalla el 12 de agosto de 2006.

El gobierno y el ERS firmaron una tregua el 26 de agosto de 2006. Según los términos del acuerdo, las fuerzas del ERS abandonarían Uganda y se reunirán en dos áreas de reunión protegidas por el gobierno de Sudán. El gobierno de Uganda acordó no atacar esas áreas. Los rebeldes del ERS habían comenzado a reunirse en las zonas de reunión a mediados de septiembre. Las conversaciones continuaron viéndose obstaculizadas por demandas. Mientras tanto, el gobierno inició un proceso de creación de "campamentos satélites" para descongestionar los principales campamentos de desplazados internos.

El gobierno del Sur de Sudán consideró las conversaciones como un medio para deshacerse de un ejército extranjero que estaba complicando su delicada relación con el gobierno de Jartum. La solicitud del Gobierno de Uganda de que la CPI suspenda las acusaciones por crímenes de guerra contra líderes del ERS fue condenada por grupos internacionales de derechos humanos, pero apoyada en gran medida por líderes y civiles del norte de Uganda.

A mediados de 2007, miles de desplazados internos se habían trasladado a los campos de descongestión. Sin embargo, la población se mantuvo cautelosa sobre la perspectiva de un acuerdo de paz, y muchos se negaron a regresar a sus hogares antes del fin definitivo de la insurgencia.

Tras la suspensión de las conversaciones de paz, Yuba permitió la reanudación de las conversaciones en mayo de 2007, gracias a los esfuerzos del representante especial del secretario general de las Naciones Unidas para las zonas afectadas por el ERS, Joaquim Chissano. Las conversaciones fueron nuevamente mediadas por el Gobierno de Sudán del Sur, pero con el apoyo de la ONU y la facilitación logística de la Oficina de Coordinación de Asuntos Humanitarios (OCAH).