300px|right|thumb|Las principales familias de América del Sur (exceptuando el quechua, aimara y mapudungun). 300px|thumb|Lenguas aisladas (negro), casi-aisladas (gris oscuro) y de clasificación dudosa (gris claro) de América del Sur. Las lenguas autóctonas de Sudamérica son aquellas cuyo origen se remonta a época precolombina. El subcontinente tiene una gran diversidad lingüística pero el número de hablantes de lenguas autóctonas está disminuyendo, estimándose que podría llegar a ser una de las regiones lingüísticamente menos diversas del planeta.
Se conocen unas 600 lenguas autóctonas para América del Sur, Centroamérica y las Antillas (ver Listado de lenguas indígenas de América del Sur), aunque la cifra real de lenguas existentes en el pasado podría haber sido sustancialmente mayor.
Orígenes Las lenguas autóctonas de Sudamérica, Centroamérica y las Antillas cubrían totalmente el subcontinente y las Antillas a principios del . Las estimaciones de población total son muy imprecisas, oscilando entre diez y veinte millones de habitantes. A principios de 1980 había unos 16 millones de hablantes de lenguas autóctonas, tres cuartas partes de los mismos vivía en los Andes centrales.Adelaar, 2004.
El número de tribus y grupos étnicos existentes es de alrededor de 1500, aunque algunos autores han sugerido que podrían llegar a los 2000. Sin embargo, no se puede asegurar que cada uno de esos grupos poseyese una lengua diferente, por lo que esas cifras seguramente señalen la cota superior para el número de lenguas habladas. Para muchos de los grupos históricos conocidos no se tiene registro de su lengua y muchos de ellos están extintos en la actualidad. Solamente se tiene algún tipo de registro de unas 550 o 600 lenguas, estando unas 180 de ellas totalmente extintas en la actualidad. En muchos casos, lo fragmentario de los registros no permite decidir si se trata de lenguas diferentes o de dialectos divergentes aunque mutuamente inteligibles de una misma lengua.
Relaciones con Norteamérica y Mesoamérica Puesto que los indígenas de América del Sur proceden históricamente de América del Norte, el problema del origen implica buscar parentescos genéticos y lingüísticos con los grupos indígenas de América del Norte y Mesoamérica. Actualmente la única familia lingüística de América del Sur que muestra parentesco con lenguas situadas fuera de esa región son las lenguas chibchas, para las que se ha aportado cierta evidencia de que están emparentadas con las lenguas misumalpas y lencas, de Centroamérica. En los años 1970 se propuso que las lenguas uru-chipaya de Bolivia pudieran estar relacionadas con las lenguas mayas de Mesoamérica, pero si bien esta propuesta tuvo cierta aceptación inicial, Campbell argumentó muy contundentemente contra ella.
Estudio de las lenguas sudamericanas
La primera gramática de una lengua sudamericana fue la del quechua clásico que publicó Domingo de Santo Tomás en 1560. Los misioneros del siglos XVII y primera mitad del XVIII llevaron a cabo una intensa actividad de recopilación de datos, redacción de gramáticas (llamadas usualmente artes de la lengua), diccionarios y catecismos con el fin de evangelizar y someter a los pueblos indígenas. También aparece una buena cantidad de registros lingüísticos en crónicas e informes oficiales. Gran parte de la información de este período fue resumida por Lorenzo Hervás y Panduro en su obra Idea dell'universo (1778-87) y en la obra de Christoph Adelung y Johan Severin Vater Mithridates (1806-17). Posteriormente la mayor parte de la información recogida de primera mano fue recopilada por etnógrafos en la primera mitad del . A pesar de la magnitud y del carácter fundamental de los trabajos de este período, su calidad técnica está por debajo del llevado a cabo en otras partes del mundo. Razón por la cual Sudamérica, junto con Nueva Guinea, fue una de las partes peor conocidas desde el punto de vista lingüístico.
Desde los años 1940 el número de trabajos sobre lenguas de Sudamérica creció de manera importante, y fue llevado a cabo fundamentalmente por lingüistas y misioneros bien formados en lingüística. Sin embargo, aún existen muchas lagunas importantes que afectan al nivel descriptivo y pocas lenguas han sido ampliamente descritas. Eso ha perjudicado el trabajo comparativo, histórico y tipológico de las lenguas de América del Sur. El trabajo descriptico ha tenido problema debido a la escasez de lingüistas y la rápida extinción de muchas lenguas, frecuentemente situadas en áreas remotas y difícilmente accesibles que requieren un estudio urgente antes de que desparezcan completamente. Estas lenguas presentan interés científico ya que su vocabulario refleja la cultura tradicional, y contiene datos importantes sobre la fauna, la flora y la historia local de regiones poco conocidas. Además, en algunos países los indígenas tienen derecho a la educación bilingüe y para que esa educación tenga éxito es importante contar con buenos materiales descriptivos de las lenguas indígenas.
Urheimat de algunas familias lingüísticas Para algunas de las principales familias lingüísticas de América del Sur se han propuesto centros iniciales o Urheimats, a partir de los que se difundieron. Así, por ejemplo, parece bastante claro que las lenguas tupí se expandieron desde Rondônia, que es la zona de mayor diversificación, de hecho la práctica totalidad de las lenguas tupí de fuera de Rondônia pertenecen a solo una rama de las nueve ramas que forman la familia tupí. Este principio de que el área originaria de una familia lingüística suele ser también la de mayor diversificación, ha sido cuestionado por algunos autores, aunque es uno de los principales instrumentos para proponer un área de expansión originaria para la mayoría de familias lingüísticas.
Recientemente se ha demostrado la relación filogenética entre las lenguas chibchas, las lenguas lencas y las lenguas misumalpa, lo cual sugiere que estas lenguas se originaron en una región cercana al sur del área mesoamericana y por tanto las lenguas chibchas se habrán expandido desde el norte hacia Panamá y noreste de Colombia. Igualmente se conjetura que las lenguas caribes se habrían expandido de oeste a este y de ahí algunos grupos se desplazaron hacia la Amazonia oriental y otros hacia las islas del Caribe por donde se estaban expandiendo en el , a la llegada de los europeos a América.
Clasificación Aunque algunas de las clasificaciones se basan en criterios geográficos, etnográficos o culturales, estos métodos no son válidos desde el punto de vista lingüístico, por más que en ocasiones haya correlación entre ellos y el genuino parentesco filogenético. La correlación anterior se mantiene solo en ramas o subgrupos, pero dentro de las familias lingüísticas más extensas y diversificadas la correlación entre similitud cultural y parentesco lingüístico se reduce notablemente, llegando a ser azarosa y arbitraria. Aunque familias como las lenguas caribes o las lenguas tupí están formadas por pueblos con culturas típicas de la selva tropical, existen pueblos que hablan lenguas tupí como los guayakís y los sirionó que tienen culturas muy diferentes de las de la selva tropical. E igualmente, los pueblos de un área cultural homogénea como las laderas orientales de los Andes, de hecho pertenecen a familias lingüísticas no relacionadas. Del mismo modo, las lenguas aisladas o familias menos diversificadas tienden a concentrarse en áreas marginales, en tanto el quechua, que es una familia de unas pocas lenguas no muy diversas, ocupa un lugar muy destacado tanto desde el punto de vista histórico como demográfico.
Problemas en la clasificación La mayor parte de la clasificación propiamente lingüística de las lenguas de América del Sur se ha hecho sobre la base de listas de vocabulario y algunos rasgos gramaticales. Ese procedimiento si bien lleva al reconocimiento claro de los grupos genéticos de último nivel no permite distinguir bien las coincidencias y los préstamos léxicos de las palabras retenidas de la protolengua común. También la glotocronología, que es más criticable para encontrar relaciones de niveles más altos, se ha usado extensivamente. Solo muy recientemente se ha aplicado el método comparativo de forma cuidadosa y paciente para encontrar relaciones entre los subgrupos filogenéticos identificables a partir de una simple lista de vocabulario. Por esa razón, las clasificaciones filogenéticas de las lenguas de América distan mucho de ser definitivas, y las mejores de ellas en el mejor de los casos son solo una aproximación a los parentescos reales. Por esa razón muchas familias propuestas como Lenguas macroarahuacanas o las Hipótesis chibchano-paezana son cuestionables porque existe la evidencia en su favor es esporádica, discutible y poco sólida.
El número de lenguas muertas con registros escasos es también muy alto entre las lenguas de América del Sur. Esas lenguas frecuentemente se etiquetan como lenguas no clasificadas, cuando en realidad son inclasificables ya que el material registrado depende de interpretaciones filológicas no verificables y de datos demasiado escasos con los que no es posible establecer un parentesco de manera inequívoca, como sucede con las lenguas vivas para las que se pueden recabar datos en número suficiente para decidir si están emparentadas con otras lenguas o se trata de genuinas lenguas aisladas.
Otra dificultad importante es la multiplicidad de nombres usados para las lenguas sudamericanas. Muchas veces los nombres reflejan convenciones ortográficas de diferentes lenguas europeas (español, portugués, inglés) o simplemente el capricho de cada autor a la hora de referirse a una lengua de entre los nombres de tribus, dialectos o grupos relacionados con esa lengua. Existen casos de lenguas ficticias que aparecen en las clasificaciones, cuando en realidad es una denominación alternativa para otra lengua, en otros casos no es posible decidir si dos nombres diferentes representan dos lenguas diferentes o dialectos cercanos de la misma lengua. Y viceversa, a veces un mismo nombre ha sido usado para referirse a lenguas no relacionadas, por ejemplo el término "catuquina" puede referirse a una familia de lenguas, al idioma katukina una lengua particular de la familia catuquina o a otra lengua de la familia pano-tacana, y aun el catuquinarú parece haber sido un grupo que hablaba una lengua tupí. Igualmente los términos "tapuya" un término tupí para 'enemigo' se ha aplicado a muchas lenguas no relacionadas. La falta de estandirización ortográfica y la multiplicidad de nombres para una misma lengua a veces hace difícil comparar entre sí clasificaciones de diferentes autores.
Clasificaciones importantes