El segundo gobierno de Alan García en el Perú inició formalmente el , tras ganar las elecciones generales de ese mismo año y finalizó el , siendo sucedido por Ollanta Humala.
A diferencia de su primer gobierno, este se caracterizó en un giro hacia políticas liberales y un apoyo hacia la inversión extranjera, viéndose reflejado en una economía estable, convirtiéndose en el país de más rápido crecimiento de América Latina en 2008, superando a China en términos de aumento del PIB. Este éxito económico fue aclamado como un triunfo por los líderes mundiales, y la pobreza disminuyó del 48% al 28% a nivel nacional, además, Perú firmó acuerdos de libre comercio con Estados Unidos y China durante la segunda presidencia de García.
Sin embargo ocurrieron diversos conflictos con las comunidades rurales y indígenas del país, quienes se oponían a proyectos expansivos de empresas multinacionales para explotar sus territorios. Esto se vio reflejado en el Baguazo, donde enfrentamientos entre las fuerzas armadas y el pueblo awajún provocaron varios muertos y heridos.
En cuanto a la gestión pública, su gobierno impulsó diversas obras de infraestructura y programas sociales orientados a mejorar servicios básicos y intentar reducir la pobreza. No obstante, su administración también estuvo marcada por escándalos de corrupción, como el caso de los petroaudios y las posteriores investigaciones vinculadas al caso Odebrecht, que afectaron la imagen de su gobierno y de la percepción de su figura política.
El eslogan de su gobierno fue "El Perú avanza"
Período de transición Alan García fue elegido en las elecciones generales del 2006 con un 52,62% en la segunda vuelta electoral y ganó al candidato nacionalista Ollanta Humala de Unión por el Perú.
El 20 de julio, García anunció que el ministro de Economía sería Luis Carranza Ugarte y el de Relaciones Exteriores, José Antonio García Belaúnde.Alan García anuncia a los dos primeros ministros de su futuro gabinete
Toma de mando El viernes se realizó la ceremonia de transmisión de mando.
A la ceremonia, acudieron los presidentes Luiz Inácio Lula da Silva de Brasil, Evo Morales de Bolivia, Michelle Bachelet de Chile, Álvaro Uribe Vélez de Colombia, Alfredo Palacio González de Ecuador, Elías Antonio Saca González de El Salvador, Martín Torrijos Espino de Panamá, Nicanor Duarte Frutos de Paraguay; además del Rey de España: Juan Carlos de Borbón, el presidente del senado de Argelia, Abdelkader Bensalah; el ministro de Cultura de China, Jian Zheng Sung; el vice primer ministro y ministro de Relaciones Exteriores de Luxemburgo, Jean Asselborm y el secretario de Estado de Polonia, Andrzeg Krawczyk. Representando a otros países, viajaron representantes de Argentina, Uruguay, Estados Unidos, Rusia, China, Luxemburgo, México, Argelia, Japón y demás delegaciones oficiales.Confirman 10 mandatarios asistencia a toma de mando de Alan García
Aspecto político
Gabinete Del Castillo El 28 de julio de 2006, Jorge del Castillo juró como presidente del Consejo de Ministros.
Creación del Ministerio de Ambiente La creación de este Ministerio cuenta con antecedentes ligados a los conflictos sociales que causaban la extracción de recursos naturales en el país llevó a que en el 2006, aun en el mandato de Alejandro Toledo, el entonces Defensor Adjunto para Medio Ambiente y Servicios Públicos, Carlos Alza Barco, publique el Informe Defensorial Nº103 titulado El Proyecto Camisea y sus efectos en los derechos de las personas, el que mostraba las consecuencias de la implementación del proyecto para las comunidades, la pérdida de vidas humanas y la migración de animales importantes para la comunidad. Con el cambio de gobierno, el Congreso de la República solicita a la Defensoría del Pueblo un informe extraordinario respecto a los conflictos socioambientales, el documento data de 30 conflictos: 23 conflictos mineros y 3 conflictos por hidrocarburos; desde la presentación del informe, se vio necesario la reforma ambiental peruana incluso cuando el presidente García había manifestado su oposición. Para diciembre de 2007, el Banco Interamericano de Desarrollo aprobó el crédito al Proyecto Camisea 2 por un monto de 4000 millones de dólares y al día siguiente, Alan García anunció la futura creación del Ministerio del Ambiente, debido a las demandas del BID y Banco Mundial a los gobiernos para contar con autoridades autónomas ambientales para fiscalizar los proyectos y garantizar apropiadas condiciones ambientales y sociales. La comisión encargada de la creación fue presidida por el ambientalista Antonio Brack Egg; el 14 de mayo de 2008 se hace oficial la creación mediante la publicación en el diario El Peruano.
Escándalo Petroaudios
El 5 de octubre de 2008, el periodista Fernando Rospigliosi presentó en el programa televisivo peruano Cuarto Poder una serie de audios denunciando "actos de corrupción en el seno del Estado". Los audios trataban de irregularidades en el proceso de selección para la asignar lotes con el objetivo de explorar y explotar hidrocarburos. La denuncia pública iba dirigida a las empresas Petroperú, Discover Petroleum International S.A. (empresa Noruega) , y altos funcionarios públicos que ejercieron su poder y cargo político para brindar 5 de los 22 lotes a las empresas ya mencionadas.
En los audios expuestos, se escucha al vocero de la Discover Petroleum International S.A., Rafael Fortunato Canaán Fernández, solicitando la intervención del exministro aprista Rómulo León en el proceso de licitación a favor de los intereses de la empresa; quien acude a Alberto Quimper, vicepresidente de Petroperú para realizar coordinaciones con respecto a lo solicitado
En el primer audio que data del primero de febrero de 2008 se puede escuchar a un supuesto Fortunato Canaán y a Rómulo León Alegría. Este último le afirma a Canaán que la empresa Discover Petroleum International ha conseguido 5 lotes gracias a su intervención con Alberto Quimper.“Él [Alberto Quimper] me ha dado su palabra que como vicepresidente de Perú Petro, él nos consigue los lotes” - Rómulo León AlegríaEl segundo audio presentado es de mayo de 2008 y se da entre Rómulo León y Alberto Quimper. En este se compromete a Arias Schreiber, representante de la empresa noruega como el presentador del proyecto de alianza y a Juan Valdivia Romero, el entonces ministro de Energía y Minas, como un involucrado en la corrupción de la licitación.
En el tercer audio de 11 de junio, Rómulo León y Quimper discuten sobre Discover Petroleum International y sus ganancias una vez que los contratos sean presentados en el Congreso.
En el cuarto y último audio, que se dio el 11 de septiembre, un día después de aprobarse los contratos y ser presentados públicamente, ambos discuten nuevamente sobre sus ganancias en la empresa y su desconfianza en Arias Schreiber.“Hemos hecho un equipo de la gran puta hermano. Hemos jugado en todos los terrenos y la cosa salió cojonuda hermano. Ahora hay que cobrarles el honorario del éxito” - Alberto Quimper
Años después, Rómulo León y Alberto Quimper comparecieron en prisión por tres años acusados de tráfico de influencias, patrocinio ilegal y cohecho. Se realizó una investigación que llevó a una serie de denuncias judiciales cuyo juicio comenzó seis años después, en mayo de 2014. El caso “Business Track”, en el que se consideró a los audios obtenidos de manera ilícita como evidencia no procedente por un juzgado, sentó las bases para que los audios presentados en el caso de “Petroaudios” no sean considerados como evidencia válida. A raíz de ello, las denuncias del caso fueron consideradas infundadas y sin suficientes pruebas; por lo que sus principales involucrados se encuentran actualmente en libertad.
Crisis ministerial Tras el escándalo petrolero, en octubre de 2008, el gabinete ministerial presidido por Jorge del Castillo presentan su renuncia al presidente García. Esta acción se dio debido a que no pudieron responder las preguntas, en torno al caso Discover, dadas por los parlamentarios. Aun así, debido a la poca fuerza de la oposición en el Congreso de la República no lograron abrir un proceso de investigación a ninguno de los tres ministros involucrados: Jorge del Castillo, Juan Valdivia Romero y Hernán Garrido Lecca.
Gabinete Simon Luego de la renuncia de Del Castillo, Yehude Simon juró como Presidente del Consejo de Ministros el 14 de octubre de 2008. Junto a Simon, juraron seis nuevos ministros: Remigio Hernani Meloni (Interior), Óscar Ugarte (Salud), Carlos Leyton Muñoz (Agricultura), Elena Conterno (Producción), Pedro Sánchez Gamarra (Energía y Minas), Carmen Vildoso (Mujer y Desarrollo Social)
Plan Nacional de Lucha contra la Corrupción Luego del escándalo de los Petroaudios, se crea el Plan Nacional de Lucha contra la Corrupción. El cual se elaboró sobre la base de las propuestas del Grupo de Trabajo constituido al amparo de lo establecido por el Decreto Supremo No 004-2006-JUS y que contó con la participación de diversas instituciones públicas y privadas, representantes de la sociedad civil, colegios profesionales y empresarios. El referido Plan fue presentado ante el Acuerdo Nacional, el cual reafirmó su compromiso de luchar contra la corrupción. Fue publicado en la página web de la Presidencia del Consejo de Ministros para recibir comentarios, aportes y opiniones en un plazo de quince días. En ese lapso, la ciudadanía y las instituciones públicas y privadas presentaron sus opiniones y aportes. Del total de 32 comentarios recibidos, 22 fueron aportes de ciudadanos y 10 de organismos públicos, organizaciones de la sociedad civil, empresarial, políticas y de la cooperación técnica internacional.
Como objetivos tenía:
Fortalecer la lucha contra la corrupción en las licitaciones, las adquisiciones y la fijación de los precios referenciales, eliminando los cobros ilegales y excesivos. Garantizar la transparencia y la rendición de cuentas. Promover, a través de sus acciones y comunicaciones, la Ética Pública. Fomentar la participación ciudadana en la vigilancia y control de la gestión pública”. Se establece, además, que la supervisión del cumplimiento de estas políticas corresponde a la Presidencia del Consejo de Ministros.
"Baguazo" y crisis ministerial El 5 de junio de 2009, la ministra del Interior, Mercedes Cabanillas, ordenó que la policía recuperara las carreteras tomadas por los indígenas amazónicos que las habían bloqueado en la cercanías de Bagua. En la operación policial fallecieron 10 civiles y 24 policías.
El día 25 de junio de 2009, el Congreso interpeló al premier Yehude Simon y a la ministra Mercedes Cabanillas; luego se presentó una moción de censura contra ambos, la cual no prosperó. El 8 de julio, Alan García anunció cambios en el gabinete y el 11 de julio Javier Velásquez Quesquén fue nombrado Premier.
Gabinete Velásquez El 11 de julio juró Javier Velásquez Quesquén como nuevo Presidente del Consejo de Ministros, junto a él, juraron nuevos ministros: Rafael Rey (Defensa), Octavio Salazar (Interior), Aurelio Pastor (Justicia), Adolfo de Córdoba Vélez (Agricultura), Manuela García Cochagne (Trabajo y Promoción del Empleo) y Martín Pérez Monteverde (Comercio Exterior y Turismo). La ministra Mercedes Aráoz pasó de Comercio Exterior y Turismo a la cartera de Producción.
Creación del Ministerio de Cultura