El territorio que comprende la República de Honduras, uno de los cinco estados de la América Central, fue reclamado en 1502 por el rey de España tras la llegada de Cristóbal Colón en su cuarto y último viaje al Nuevo Mundo. En marzo de 1524, Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar a Honduras con propósitos de conquista. Fundó la villa de San Gil de Buena Vista y se internó en territorio hondureño pacificando a los indios, luchando contra los españoles que le disputaban el territorio, así como también; esperanzado en encontrar el desaguadero del lago de Nicaragua.
Luego, Hernán Cortés movido por los informes que había recibido sobre la gran riqueza del país, envió dos expediciones; una por tierra y otra por mar. Encargó la primera a Pedro de Alvarado y la segunda a Cristóbal de Olid. Pero este último, le traicionó. Por este motivo, Cortés salió de México, a la cabeza de una expedición que duró cerca de dos años y terminó, tras miles de peligros y privaciones, en Trujillo. Al llegar a Honduras, Cortés introdujo el ganado y fundó la ciudad de Natividad de Nuestra Señora, cerca de Puerto Caballos. El 25 de abril de 1526, antes de regresar a México, Cortés, nombró a Hernando de Saavedra, gobernador de Honduras y dejó instrucciones de darles buen trato a los indígenas.
El 26 de octubre de 1526, Diego López de Salcedo, fue nombrado por el emperador como gobernador de Honduras, en substitución de Saavedra. La siguiente década estuvo marcada por las ambiciones personales de los gobernantes y los conquistadores interfiriendo con la organización gubernamental. Los colonos españoles se rebelaron en contra de sus líderes, y los indios se rebelaron contra sus patrones, y contra los malos tratos. Salcedo, en procura de enriquecerse, tuvo serios enfrentamientos con Pedrarias, gobernador de Castilla del Oro, quien por su lado, deseaba a Honduras como parte de sus dominios. En 1528 Pedrarias, arrestó a Salcedo y le obligó a ceder parte del territorio hondureño, pero el emperador rechazó el acuerdo.
Luego de la muerte de Salcedo en 1530, los colonos se convirtieron en árbitros del poder. Ponían y sacaban gobernadores. Ante esta situación, los colonos solicitaron a Pedro de Alvarado poner fin a la anarquía. Con la llegada de Alvarado en 1536, el caos disminuyó, y la región quedó bajo autoridad. En 1537, Francisco de Montejo fue nombrado gobernador. Al llegar a Honduras, anuló las reparticiones de tierras hechas por Alvarado. Su capitán, Alonso de Cáceres, fue el responsable de sofocar la revuelta india de 1537 y 1538, dirigido por el cacique Lempira. En 1539 Montejo y Alvarado tuvieron serios desacuerdos sobre la región lo cual, llamó la atención de la Consejo de Indias. Montejo se fue a Chiapas, y Alvarado se convirtió en gobernador de Honduras.
Descubrimiento
thumb|250px|Cuarto viaje de Colón.|izquierda El 9 de mayo de 1502, Cristóbal Colón, salió desde el puerto de Cádiz con cuatro carabelas, 150 hombres, rumbo a América. Al Almirante, le acompañaron en este viaje, su hermano Bartolo y su hijo Fernando de trece años de edad. El 15 de junio arribó en Martinica. El 20 de junio de ese mismo año, Colón y su tripulación se aproximaron a la isla de la Española con el objeto de trocar una de sus naves averiadas por una útil, para así continuar, con sus viajes de descubrimiento. Sin embargo, el gobernador Nicolás de Ovando no le permitió llegar a puerto, por lo que el almirante y su gente, quedaron a merced de alguna terrible tempestad. Luego de este acontecimiento, Cristóbal Colón navegó por la costa meridional de Jamaica.
Después exploró la costa de Darién, hasta llegar a la isla de Guanaja a la que llamó de Isla de los Pinos, a 40 leguas de Yucatán. Al estar fondeado cerca de esta isla, llegó una canoa tripulada por 25 indios de Yucatán. En la carga de frutas que llevaban, vieron por primera vez los españoles el cacao. Además, Colón notó, que los habitantes de Guanaja, eran más civilizados que los de las Antillas.
El 14 de agosto de ese mismo año, desembarcó Colón en el cabo Caxinas, hoy Trujillo. Esta fue la primera ocasión en la cual, Cristóbal Colón pisó tierra firme. Tomó posesión de este lugar en nombre de los reyes de España. Descendiendo después hacia el sur, reconoció toda la costa de América Central donde descubrió las comarcas que se llaman Mosquitos, Nicaragua y Costa Rica. Siguió su ruta hasta llegar a Colombia.
Origen del nombre «Honduras» right|thumb|185px|Cristóbal Colón descubrió Honduras en 1502 celebrando ahí la primera misa en suelo continental. De acuerdo al historiador Robustiano Vera, debe Honduras su nombre a las honduras o fondos, que los primeros pilotos hallaron en sus costas y porque al abandonarlas exclamaron: "¡líbrenos Dios de estas honduras!" Antes, el territorio hondureño era conocido como Hibueras o Higueras. Algunos españoles llegaron a llamarla 'Nueva Extremadura'.
En 1858, el arqueólogo norteamericano, Ephraim George Squier en su libro Los Estados de América Central relata que Hernán Cortés, inspirado en las noticias recibidas acerca de la existencia "de los reinos vastos y poblados al sur del imperio de Moctezuma... emprendió una expedición a Honduras, que en ese momento era llamado Hibueras o Higueras."
Asimismo, el geográfo francés Elisée Reclus en 1891, asegura que el nombre de Honduras, data de los tiempos del descubrimiento. Según Reclus, Colón en 1502 corrió grandes riesgos, cuando navegó entre los cabos Caxinas y Gracias a Dios. Sin embargo, el francés asegura que "el nombre actual de Honduras fue dado a la costa no por Colón, sino por Bartolomé de las Casas, que en su descubrimiento de las Indias Occidentales por los españoles, habla de la tierra de "Hondure", como si ese nombre era de origen indio". Veinte años más tarde, en la famosa expedición hecha por Hernán Cortés a través de Yucatán, el territorio hondureño, era conocido por los españoles con el nombre de Hibueras o Higueras, y también había sido llamado "Nueva Extremadura".
En su libro, Lecturas para Comprender la Historia de Honduras (2008), el doctor Rolando Zelaya y Ferrera, un prominente historiador y catedrático hondureño, basado en los estudios de Salomón Sagastume, indica que es muy probable que los primeros en usar el nombre de Honduras hayan sido Juan Días de Solís y Vicente Yáñez, quienes acompañaron al Almirante Colón en sus primeros viajes y que en 1508 decidieron explorar por su cuenta. Al parecer, el Almirante Colón nunca mencionó el nombre de Honduras en sus reportes y diarios, es su hijo Hernando Colón, quien también lo acompañó en sus viajes, el que describe en una biografía sobre su padre como Solís y Yáñez nombran Honduras a lo que ya se conocía como Cabo de Gracias a Dios y Punta Caxinas, durante sus viajes de 1508. En muchas disertaciones públicas, así como en su libro, Rolando Zelaya argumenta que probablemente Solís y Yáñez hayan llamado erróneamente Honduras a las fonduras de las largas playas del Caribe hondureño, buenas para el proceso de navegación conocido como “fondear” que consiste en acercar una embarcación a la costa tanto como sea posible sin encallar, de manera que los tripulantes puedan salir caminando sin necesidad de embarcaciones más pequeñas. Estas características de la costa atlántica hondureña han sido demostradas a través de varios estudios geográfico-marítimos que soportan esta teoría; sin embargo, no existe más evidencia que sustente lo expresado por Hernando Colón.
Antecedentes de la conquista de Honduras right|thumb|290px|Castilla de Oro (o del Oro) fue el nombre dado a principios del por los colonizadores españoles a los territorios centroamericanos.Pedro Arias Dávila, mejor conocido con el nombre de Pedrarias Dávila, hombre que se había distinguido como jefe de graduación en las guerras de Granada y en la expedición a África, recibió en España el título de Gobernador del Darién o Castilla del Oro, que comprendía también el territorio de Costa Rica. Pedrarias arribó en Centroamérica en 1514, junto a él venían muchos nobles arruinados como: Vasco Núñez de Balboa, Hernández de Córdova, Soto, Ojeda, Olid, Pizarro, entre otros. Pedrarias se estableció en Panamá, para dirigir desde allí, la conquista de los países sobre los cuales debía extender su gobierno.
Por otro lado, Gil González Dávila fue nombrado a principios del , contador de la isla llamada Española o de Santo Domingo. Antes de hacerse cargo de su destino, conoció en España al piloto Andrés Niño y a Andrés de Cereceda que ya habían estado en Castilla del Oro. Gil González Dávila, entusiasmado por lo que le contaban éstos, propuso al rey el descubrimiento de tierras en el Mar del Sur. Con esta proposición, Gil González logró que el rey le ordenara al Gobernador de Castilla del Oro, Pedrarias Dávila, que le entregase navíos, artillería y municiones y 3000 pesos, que habían sido decomisados a Vasco Núñez de Balboa, para el viaje. Además se le extendió a González, el título de Capitán General de la Armada y Caballero de la Cruz de Santiago.
La expedición partió de Sanlúcar de Barrameda el 13 de septiembre de 1519. Andrés Niño y Andrés de Cereceda acompañaron a Gil González. La escuadrilla se componía de tres navíos y 300 hombres. Luego de su arribo en la Española, González Dávila pasó a Darién con el propósito de atravesar el istmo y pasar al Océano Pacífico. Mientras tanto, Pedrarias ya había comenzado en 1516, la conquista de Nicaragua y Costa Rica por medio de Hernán Ponce y Bartolomé Hurtado entre otros. A pesar de la orden real, Gil González no pudo obtener los navíos que fueron de Balboa, por lo que dispuso construir sus propios navíos. Al terminar la obra, Gil González ya había perdido 120 hombres, y las embarcaciones resultaron defectuosas, por lo que dispuso construir otros buques en el Archipiélago de las Perlas.
Pedrarias le proporcionó algún auxilio, y así pudo Gil González terminar la construcción de cuatro embarcaciones. Salió de Las Perlas el 21 de enero de 1522, pero cuando había navegado más de cien leguas, resultó que los buques estaban bastante averiados. Ordenó entonces, la reparación de los buques y mientras eso ocurría, González Dávila dispuso hacer una incursión al interior del territorio centroamericano. Partió, desde el actual territorio de Costa Rica y penetró en Nicaragua. En su expedición, Gil González logró que algunos caciques y sus pueblos los recibieran en paz. Además, logró que estos se declarasen vasallos del rey de Castilla y abrazaran el cristianismo. A los indios que se opusieron, les hizo la guerra.
El 25 de junio de 1523, Gil González llegó a Panamá. Allí fundió el oro recolectado en su expedición, lo cual ascendió a más de 90 mil pesos en oro, además de otros artículos de valor. Apartó el quinto real y cuando se disponía a viajar a Santo Domingo y enviarlo a España, se le presentó Predrarias exigiéndole la entrega de esa parte. Gil González se opuso, y desde Nombre de Dios evadió a Pedrarias y salió rumbo a Santo Domingo donde llegó sin ningún contratiempo.
Primeras expediciones Gil González Dávila
right|thumb|250px|Hernando de Soto: Fue derrotado por Gil González Dávila en Olancho Una vez en Santo Domingo, lo primero que hizo Gil González fue enviar a su tesorero Andrés de Cereceda a España, con el objeto de entregar el quinto real, y solicitar en su nombre, permiso de la Corte para salir a buscar en las costas del Norte de Honduras el desaguadero del lago de Nicaragua. Cereceda dio parte de todo lo sucedido, El rey se dio por satisfecho y concedió la nueva autorización que solicitaba González Dávila. Mientras regresaba Cereceda, se ocupó Gil González en preparar la expedición que iba a llevar a Honduras.
En marzo de 1524, Gil González Dávila arribó en Puerto Caballos (Honduras). Llamado así, porque antes de desembarcar, "Gil se vio acometido por una horrible tempestad." Esto dio como resultado, la muerte de muchos de sus caballos, los cuales "mandó echar al agua."