La Historia de la Universidad Autónoma de Baja California comienza en los años 1950s cuando Baja California es admitido como estado de la república mexicana y los deseos de implementar la educación superior en la Baja California son intensificados. Después de varios años examinando y promoviendo las posibilidades de fundar una universidad en el estado, el 28 de febrero de 1957, se promulga la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Baja California (UABC), y nace dicha institución oficialmente. La UABC comienza originalmente compartiendo espacios en el edificio de la entonces Escuela Cuauhtémoc (hoy la Casa de la Cultura), en la ciudad de Mexicali, en mayo de 1958. La UABC expande sus influencias a la ciudad de Tijuana en 1959 y la ciudad de Ensenada en 1960. A partir de los años 1960s, la UABC empieza una evolución de desarrollo por toda la región estatal. La década de los 70 serían años turbios mientras que los 80s darían pie a la formación de sus primeras Facultades. De allí en adelante, la capacidad académica de la UABC seguiría creciendo. Entrando al año 2000, empezarían varios proyectos de expansión hasta convertir a la UABC en una de las universidades más importantes de México.
Antecedentes históricos miniatura|200px|izquierda|Edificio de la Escuela Cuauhtémoc construido en 1915. Aquí se darían las primeras clases de la Preparatoria de Mexicali en 1954 que formaría parte de la UABC en 1958. miniatura|200px|derecha|Edificio de la Escuela Álvaro Obregón en los años 1930s. Aquí se darían las primeras clases de la Preparatoria de Tijuana UABC en 1960.
Aunque la educación superior en México tiene rastros que van hasta el año 1550 cuando se fundó la Real y Pontificia Universidad de México en la Ciudad de México y la Universidad de Guadalajara en 1791, la educación en la Península era escasa hasta los principios del en parte por la pequeña población de la región y que aún no se le admitía como estado de la república.
Educación en Baja California (1833-1916) A pesar de que en 1833 se da la Ley de Instrucción Pública en la Ciudad de México, la península Baja Californiana es una de las regiones sin infraestructura escolar. Es hasta el 15 de marzo de 1869, cuando el Congreso de la Unión decreta la Ley de Instrucción Primaria Obligatoria que el profesor de origen italiano, Eliseo Echieroni, se ubica en el territorio Partido Norte de las Baja Californias y ese mismo año establece la primera escuela primaria en el pueblo de Santo Tomás, entonces cabecera del territorio Partido Norte, localizado a 50 kilómetros al sur de la ciudad de Ensenada.
En 1872 se descubre oro en Real del Castillo, pueblo a 50 kilómetros al este de Ensenada y la mayoría de los habitantes abandonan Santo Tomás y Real del Castillo se convierte en la nueva cabecera. Para entonces, el profesor Echieroni, junto con el profesor y juez constitucional de la región de origen peruano, Manuel Clemente Rojo, abren la segunda escuela primaria bajo el nombre de Escuela Nacional del Norte. Es aquí también donde en marzo de 1875 que Echieroni instala la primera biblioteca pública, la Biblioteca del Partido Norte.
Cuando se acaba el oro en Real del Castillo en 1882, este se convierte en pueblo fantasma y el puerto de Ensenada se convierte en la cabecera del territorio Norte. Los profesores Echieroni y Rojo mudan sus escuelas a Ensenada.
En septiembre de 1882, la primera escuela primera de Tijuana se establece en las cercanías de la aduana. Para 1896, el profesor Rojo establece el Colegio Superior de Comercio en Ensenada y ese mismo año, el 3 de junio, el gobierno del Partido Norte publica la ley que establece la escuela laica, gratuita y obligatoria.
En 1908, el gobierno federal expedide la Ley de Educación y para entonces las escuelas primarias empiezan a aparecer lentamente en la región y se establecen entre 15 a 20 escuelas de 1912 a 1916. Se establece un programa visitante para enviar maestros del resto del país a la región para proveer la enseñanza. Es así como en septiembre de 1916 que la Escuela Primaria Cuauhtémoc abre en Mexicali, la cual se convertiría en el primer inmueble físico de la futura universidad.
Comienza la educación secundaria (1917-1956)
En los años 1920s se establece una escuela normal en Mexicali pero su estancia es corta. El 15 de septiembre de 1922, es inaugurado el nuevo edificio Palacio de Gobierno del Ayuntamiento de Mexicali, este se convertiría en el hogar oficial y permanente de la Rectoría, 55 años después.
En la misma década de los 20s se forma la primera escuela secundaria en Tijuana, la Miguel F. Martínez y en 1930 abre sus puertas la Escuela Álvaro Obregón (hoy La Casa de la Cultura en Tijuana). En 1946, la primera preparatoria en Tijuana abre sus puertas en el primer nivel de la Escuela Álvaro Obregón. Dicha preparatoria se mudaría en 1950 a la Escuela Agua Caliente, lugar que albergaba el Casino Agua Caliente hasta su cierre en 1937. Se forma en 1947 la Escuela Normal Fronteriza de Mexicali y en 1950 esta se muda al edificio de la Escuela Cuauhtémoc. En 1951, se forma la Escuela de Enfermería, también en la Escuela Cuauhtémoc.
Al obtener Baja California su categoría de estado en enero de 1952, los deseos para una institución de educación superior se intensifican entre los habitantes. Como antesala para la futura universidad, en 1954, el gobierno de Mexicali funda la Preparatoria de Mexicali y en 1956 funda el Instituto de Ciencias y Artes del Estado (ICAD), compartiendo espacios con la escuela normal fronteriza en el edificio Cuauhtémoc.
Movimiento Pro Universitario (1952-1957) El 22 de junio de 1952 se constituye en la Ciudad de México el Club Universitario Tijuanense, compuesto por jóvenes de Tijuana cursando sus estudios en la Universidad Nacional Autónoma de México y quienes tomarían la labor de planear y promover la creación de la universidad.
En mayo de 1955, el Club Universitario Tijuanense embarca la campaña pro Universidad, la que daría pie al Comité Pro Universidad y en febrero de 1956, es constituido el Comité Pro Universidad en Tijuana y éste empieza a formular el anteproyecto Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Baja California.
El 18 de octubre de 1956, el gobernador del estado remite la Ley Orgánica a la legislatura local para su estudio y el 30 de enero de 1957, la legislatura responde dando a conocer sus puntos de discusión que incluyen dónde establecer la sede de la universidad y el por qué de ser autónoma. Después del debate y estableciendo que quién fuese rector, sea mexicano por nacimiento, se expide la Ley Orgánica.
Comienza la UABC
Sería el 28 de febrero de 1957, después de varios años de esfuerzos por parte de profesionistas, empresarios, intelectuales y estudiantes que el primer gobernador del estado, Braulio Maldonado Sandez, promulga la Ley Orgánica de la Universidad, estableciendo formal y oficialmente la Universidad Autónoma de Baja California.
Los Artículos 1 y 2 de la Ley Orgánica de la UABC establece los principios que la conciben como una institución de servicio público, descentralizada de la administración del estado y con plena capacidad jurídica. Le asigna, como fines, impartir la enseñanza preparatoria y superior para formar profesionales, fomentar las investigaciones científicas y extender los beneficios de la cultura. De igual manera, esta ley establece que para realizar estos fines, la universidad se inspira en los principios de libertad de cátedra y de libre investigación con el propósito exclusivo de acoger todas las corrientes del pensamiento científico y social sin tomar parte en actividades de grupos políticos militantes.
Organización de la universidad (1957-1959) Los primeros dos años de la naciente universidad serían ocupados en establecer sus reglamentos fundamentales y estructura administrativa y académica. El 2 de agosto del mismo año de su fundación, se constituyó el Comité Estatal Pro Universidad instalado en el Palacio Municipal de la ciudad de Tecate y en dicha localidad cinco días después, el 8 de agosto, el ejecutivo estatal nombró a la Junta de Gobierno.
El 31 de mayo de 1958 se integra oficialmente la Preparatoria de Mexicali como la primera escuela de la UABC en el edificio de la Escuela Cuauhtémoc. En septiembre de 1958 la autoridad universitaria creó la Preparatoria de Ensenada, lugar que es actualmente el Colegio de Bachilleres. El 8 de octubre del mismo año se entrega el edificio de la Escuela Cuauhtémoc al dominio de la UABC y 13 de noviembre del mismo año se instaló el Patronato Universitario.
En mayo de 1959, se nombró al primer rector de la institución, el Dr. Santos Silva Cota.
Cuando el Dr. Silva Cota se convierte en Rector, la universidad cuenta solamente con dos unidades académicas: Las Preparatorias de Mexicali y Ensenada. Siendo así, se tomó la misión de expandir la institución particularmente al nivel profesional. Es así como el 1.º de agosto de 1959 que la Escuela de Enfermería que fuese parte del Instituto de Ciencias y Artes del Estado (ICAE) se incorpora a la universidad funcionando en el Edificio Cuauhtémoc, ahora admitiendo solamente a estudiantes con bachillerato terminado, anteriormente no requerido por el ICAE. Ahora la UABC sería oficialmente reconocida por la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES). Para entonces, la escuela Preparatoria de Tijuana, fundada en 1946, empieza el año escolar 1959/60 bajo el control de la UABC.Cabe mencionar al Lic. José Guadalupe González Cordero (1908-1959) quien fue el presidente del comité Estatal Pro Universidad y la Junta de Gobierno y cedió su puesto al fallecer quien entonces era el vicepresidente, el Dr. Santos Silva Cota. Después de lo sucedido el Dr. Silva tomó el cargo de Presidente cuando meses después fue nombrado Rector sustituyendo el prefijo de Presidente.
Década de 1960-1969
El 20 de septiembre de 1960 inicia la Escuela de Pedagogía en Mexicali con la intención de preparar futuros educadores en las áreas de biología, ciencias físicas, ciencias sociales, inglés, psicología educativa, lingüística y literatura, matemáticas y química. El 15 de diciembre del mismo año se establece la Escuela Superior de Ciencias Marinas (ESCM) en Ensenada con colaboración de la Institución Scripps de Oceanografía de La Jolla, California.
En enero de 1961, los rectores de las 25 universidades y seis institutos de educación superior en el país se reunieron en la Ciudad de México para discutir los problemas causados por sus presupuestos limitados ya que la contribución de sus estados era insuficiente. Como resultado, en mayo, el presidente de la república, Adolfo López Mateos visita la región Baja Californiana y promete proveer fondos hacia la expansión de la UABC.
Mientras tanto, la ESCM se establece compartiendo inmueble con la Preparatoria de Ensenada, donado por el Club Rotario de Ensenada y comienza sus actividades para el año escolar 1961-62; mismo año escolar que la Escuela de Economía y Ciencias Administrativas en Tijuana empezaría, ofreciendo las carreras de Licenciado en Economía y Contador Público. Para el año escolar 1961-62, la Preparatoria de Tecate también se incorpora a la UABC.
El 17 de febrero de 1962, el Consejo Universitario se reúne por primera vez después de quejas por parte de maestros y estudiantes de la Preparatoria de Mexicali ya que dicha institución faltaba por ser constituida. En marzo del mismo año, la Revista Universitaria hizo su primera publicación. Sería también el año 1962, en agosto, que los primeros edificios originalmente dedicados para la UABC empezarían a ser construidos con un subsidio de 3.3 millones de pesos (sin ajustar a inflación). Para entonces, la UABC instruye a 622 alumnos y 730 para el año siguiente.