La Facultad de Ciencias Matemáticas de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (siglas: FCM-UNMSM) es una de las veinte facultades que conforman dicha universidad. Dentro de la organización de esta casa de estudios, la facultad forma parte del área de Ciencias Básicas y cuenta con las escuelas profesionales de Matemáticas, Estadística, Investigación de operaciones, y Computación científica, que brindan tanto estudios de pregrado como de posgrado. Se encuentra ubicada dentro de la ciudad universitaria.
Las primeras cátedras de estudios de matemáticas en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, acontecidas a mediados del , son el origen directo de los estudios universitarios de estas áreas en el Perú y Sudamérica. Así, la primera cátedra de matemáticas se inauguró en el año de 1657. De manera complementaria, su enseñanza durante el se impartío también en el Convictorio de San Carlos, el Seminario de Santo Toribio y el Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando. No fue sino hasta 1850 cuando se unificó el sistema de educación superior y su enseñanza al interior del Convictorio de San Carlos se estructuró bajo la denominación de facultades como la de Ciencias Naturales y Matemáticas —dependientes de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos—, las mismas que se unificaron en una misma facultad hacia 1862. Así, se optó por la aplicación práctica de dichas ciencias según se especifica en el Reglamento de 1866: las cátedras fueron las de Geometría Descriptiva, Geometría Analítica, Álgebra Superior y Cálculo Infinitesimal. Posteriormente, el Reglamento General de Instrucción de 1876 la denominó Facultad de Ciencias. En 1945 se creó la Escuela Instituto de Ciencias Físicas y Matemáticas, mientras que en febrero de 1969 se instauraron los programas académicos de Matemática, Estadística, Computación, Investigación Operativa y Física. Así, la actual Facultad de Ciencias Matemáticas se inauguró en 1984 y en 2003 se creó la escuela profesional de Computación Científica.
La Facultad de Ciencias Matemáticas acogió en sus aulas a estudiantes y catedráticos que han destacado como científicos y docentes, entre los que se puede distinguir a Francisco Ruiz Lozano, primer docente de la cátedra de matemáticas en San Marcos; Francisco Antonio Cosme Bueno y Pedro Peralta Barnuevo, ambos ocuparon la cátedra de Prima de Matemáticas y fueron cosmógrafos mayores durante el virreinato; el biólogo y naturalista Antonio Raimondi, primer decano de la Facultad de Matemáticas y Ciencias Naturales; Eduardo de Habich, ingeniero y matemático polaco; Federico Villareal, matemático, ingeniero, físico y docente; Godofredo García Díaz, matemático, ingeniero y docente; Alfred Rosenblatt, matemático de origen polaco; José Tola Pasquel, matemático e ingeniero civil; entre muchos otros.
Historia Cátedras de Matemáticas miniaturadeimagen|180px|left|Pedro de Peralta Barnuevo, docente de la Cátedra de Prima de Matemáticas y tres veces rector de la Universidad de San Marcos durante el . Retrato de Cristóbal de Aguilar, 1751, Lima, Museo de Arte de San Marcos. La enseñanza de las matemáticas al interior de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos se remonta a la creación de la cátedra de matemáticas hacia mediados del . Creada en el año de 1657, tuvo como primer catedrático encargado a Francisco Ruiz Lozano. En esta etapa previa a la institucionalización de las matemáticas como carrera profesional, destacaron dos personajes: Cosme Bueno y Pedro Peralta Barnuevo. Ambos ocuparon la docencia de la cátedra Prima de Matemáticas y se desempeñaron como cosmógrafos mayores en el territorio colonial. Cosme Bueno fue considerado como el primer newtoniano en el Perú y se desempeñó como docente de la referida cátedra entre los años de 1758 hasta su muerte en el año de 1798. Por su parte, Pedro Peralta Barnuevo, además de ejercer como docente en San Marcos, se desempeñó como rector entre los años de 1715 a 1717. Así, parte de sus gestiones en la dirección de la decana de América fue el promover la construcción de la llamada Aula Magna, espacio que fue usado en 1822 como sede del Primer Congreso Constituyente del Perú —ello debido a que por aquel entonces la Universidad de San Marcos funcionaba en el local del actual Congreso de República—. Ahora bien, previo a la unificación de la educación superior bajo la dirección de la Universidad de San Marcos, la enseñanza de las matemáticas se impartía en los llamados Colegios Mayores. En el caso del Convictorio de San Carlos, en 1826 se vio afectado por una reforma que instauró en su interior la enseñanza de cursos como los de Griego, Lengua y Literatura Latinas, Lógica y Metafísica, Matemáticas, Filosofía, Economía Política, Cronología e Historia y Geografía. El reglamento sancionado diez años después (abril de 1836) estableció la enseñanza carolina en un total de ocho años: cuatro años iniciales dedicados a conocimientos generales y cuatro años de estudio del derecho. Así, los cuatro años preparatorios incluían la enseñanza de Aritmética y Geografía, seguido de las diversas ramas de las Matemáticas, la Historia, Literatura, Lenguas Vivas, Ciencias Naturales, Latín y Filosofía. En segunda instancia, El Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando contempló la enseñanza de la botánica, química, física, matemáticas y mineralogía como conocimientos previos a la práctica médica. Sin embargo, la enseñanza de materias como las de Matemáticas Puras y Aritmética Mixta (tanto numérica como literal) no se pudo concretar debido a las deficiencias en el establecimiento del programa plateado por Hipólito Unanue. A pesar de ello, posteriormente, el reglamento de 1840 reafirmó la enseñanza de cursos tales como los de filosofía, química, historia natural y matemática. Finalmente, la enseñanza de disciplinas humanísticas y científicas complementó la enseñanza brindada a los aspirantes al clero en el Seminario de Santo Toribio. Así, por gestiones del obispo Francisco Javier de Luna Pizarro durante la década de 1840, se implementó la enseñanza de la geografía, física y matemáticas.
Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas miniaturadeimagen|Patio de Ciencias de la antigua Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, en donde funcionó la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas. Hacia 1850, el Reglamento de Educación Pública —promulgado el 7 de abril— dispuso las bases de un sistema de educación unificado mediante la separación de la educación media y los estudios superiores. Estos últimos debían ser unificados bajo la dirección de la Universidad de San Marcos. Así, la enseñanza impartida en el Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando se estructuró bajo la denominación de Facultad de Medicina; el Seminario de Santo Toribio fue transformado en la Facultad de Jurisprudencia y la enseñanza en el Convictorio de San Carlos en las facultades de Ciencias Naturales, Matemáticas y la facultad de Filosofía y Letras. Dichas facultades creadas de manera transitorias fueron unificadas en 1862 tras la promulgación del Reglamento para la Universidad Nacional Mayor de San Marcos por el entonces presidente Ramón Castilla el 28 de agosto de 1861: la denominada facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas. Sin embargo, las disposiciones reformadoras del sistema educativo no fueron cumplidas a cabalidad tanto por parte del Seminario de Santo Toribio como del Convictorio de San Carlos —el cual continuó brindando la enseñanza media—. Ello fue resuelto con las gestiones de José Simeón Tejeda, quien en 1866 dispuso tanto la asignación de decanos para las facultades de letras, jurisprudencia y ciencias, como la elaboración de programas de estudios que eliminasen los cursos de instrucción media. Así, el Decreto del 15 de marzo de 1866 refería que:
De esa manera, dicho decreto confirmó la desaparición del Convictorio de San Carlos como entidad administrativa. El decano de la Facultad de Jurisprudencia fue Pedro Gálvez Egúsquiza; el de Ciencias y Matemáticas, Antonio Raymondi; y el de Letras y Filosofía, Juan Gualberto Valdivia. La cátedra de Matemáticas trascendentales dentro de la Facultad de Ciencias y Matemáticas estuvo a cargo de Mariano Damaso Beraún, puesto que posteriormente fue ocupado también por José Granda Esquivel. Junto a la cátedra de Matemáticas trascendentales, la cual incluyó las asignaturas de Geometría descriptiva, Álgebra superior, Cálculo Infinitesimal y Geometría Analítica; se impartían además en la Facultad de Ciencias las cátedras de Física, Química e Historia Natural. Ahora bien, entre los años de 1868 y 1869 se concluyó la redacción y publicación de los reglamentos que permitieron hacer efectiva la instalación de las facultades. Los nuevos rectores designados fueron: para la Facultad de Letras y Filosofía, Sebastián Lorente; y Pedro Alejandrino del Solar para la Facultad de Matemáticas y Ciencias Naturales (cargo que volvió a ocupar en 1872). Precisamente, Del Solar ejerció como docente en el otrora Convictorio de San Carlos en las cátedras de física y astronomía, mientras que luego de doctorarse en cánones y ciencias, inició sus labores de docencia en San Marcos en 1858. En suma, tanto la Facultad de Medicina como la Facultad de Matemáticas y Ciencias se convirtieron en instituciones donde se desarrollaron ampliamente las disciplinas científicas en el Perú. De esta manera, se optó por la aplicación práctica de las ciencias, incluidas las matemáticas y sus ramificaciones:
Facultad de Ciencias miniaturadeimagen|180px|left|Monumento de Federico Villareal en los exteriores de la Facultad de Ciencias Matemáticas y de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Tras la promulgación del Reglamento General de Instrucción de 1876, la otrora facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas recibió la denominación de Facultad de Ciencias. Hacia el año 1897 se inició la publicación de la Revista de Ciencias, la cual incluyó las propias publicaciones matemáticas de Federico Villareal además de investigaciones nacionales e internacionales sobre flora, plantas medicinales, fósiles, biología andina, aves, insectos, recursos tales como el guano etc. Sin embargo, no se pudieron consolidar líneas propias de investigación institucionales y tras sesenta y nueve años de vigencia, perdió continuidad en las publicaciones hacia 1966. Precisamente, el director y redactor de dicha revista fue Villareal, quien en dicho año se desempeñaba también como docente de la Escuela de Ingenieros perteneciente a la Facultad de Ciencias de San Marcos. Villareal ingresó a la Facultad de Ciencias en el año 1877, habiendo desarrollado previamente —mientras ejercía la docencia en un colegio de instrucción media en 1873— un método para elevar un polinomio a una potencia cualquiera. En San Marcos fue el primero en obtener el título de doctor en ciencias matemáticas en 1881 con la presentación de una tesis titulada La clasificación de las curvas de tercer grado, mediante la cual logró distinguir setenta y dos tipos, a diferencia de los seis tipos que habían sido hallados por otros matemáticos previamente. Fue nombrado decano de la Facultad de Ciencias en varias oportunidades: 1903, 1907, 1911 y 1915. Al inaugurarse el siglo , la situación de abandono de los laboratorios y gabinetes fue denunciado por autoridades universitarias como Villareal. A pesar de que se logró obtener un subsidio de quinientas libras por parte del Estado peruano, este solo se efectuó por dos años, dejando así algunos proyectos paralizados. Tal como lo refiere Villareal en sus memorias como decano: