La historia de Jaén, ciudad española en Andalucía, viene representada desde la Edad Antigua en que surge uno de los primeros núcleos identificados con la cultura ibera y que pasó a la ciudad romana.
En al-Ándalus fue primero sede de una cora y después capital de un reino de taifas, que fue incorporado a la cristiana Corona de Castilla bajo Fernando III el Santo a través de un pacto con el sultán nazarí Al-Ahmar, a partir de entonces Jaén, se convirtió en lugar importante de la frontera de Castilla y como capital del reino, fue una de las ciudades con voto en cortes, alojando en numerosas ocasiones la corte itinerante. Durante la Baja Edad Media, la ciudad sufrió dramáticas convulsiones económicas, demográficas y sociales.
El siglo , además de la trágica guerra civil, presenció hitos decisivos en la historia contemporánea de España, como la instauración de la Democracia y la creación de la autonomía andaluza.
Prehistoria Los orígenes miniatura|250px|Muralla calcolítica de Marroquíes Bajos.
Los remotos orígenes de Jaén se remontan, si nos atenemos a la arqueología, a la etapa calcolítica, hacia el final del Neolítico, existían varias macroaldeas dispersas entre las que destaca el yacimiento de Marroquíes Bajos, uno de los asentamientos más antiguos de la península, se trata de una macroaldea organizada en cinco círculos concéntricos, con un sistema de muralla, empalizada y fosos de agua en cada uno de los círculos, y una superficie que oscila entre las 30 ha seguras y las 100 probables, alcanzada hacia el 2500 a. C. .
Restos arqueológicos hallados en el monte de Santa Catalina, en Caño Quebrado, y en Marroquíes Altos, la actual calle de Cristo Rey, vinculan los primeros asentamientos con la Cultura del Argar, ya antes del II milenio a. C. , y en sus alrededores abundan las pinturas rupestres, incluso restos de arquitectura megalítica.
Marroquíes
La controvertida zona Arqueológica de Marroquíes ocupa una extensión aproximada de 40 hectáreas que coincide con varios sectores del Plan General de Ordenación Urbana programada como zona de construcción de viviendas. Cuando comenzaron los primeros movimientos de tierras para la construcción se puso de manifiesto parte de la ocupación humana que esa zona había contenido desde el III milenio antes de Cristo hasta los siglos y y la relación que esta zona hubo de tener con lo que tradicionalmente se había considerado origen y desarrollo de la ciudad más antigua en torno al Cerro de Santa Catalina y sus laderas, lo que identificamos con la ciudad ibero-romana y medieval.
Los trabajos de arqueología urbana acometidos en esta zona desde febrero de 1995 hasta la actualidad han permitido documentar la existencia de diversas fases culturales. De ellas, la fase más conocida por su extensión y número de construcciones es la perteneciente a la Edad del Cobre (III milenio antes de Cristo). Se han estudiado viviendas excavadas en la roca o cabañas y otras construidas con zócalos de piedra y postes, posiblemente de madera, que sirven de soporte a techumbres de materia vegetal, silos o lugares para almacenaje, espacios dedicados a la metalurgia (con lo que ello implica del dominio humano sobre la producción de herramientas y la transformación de los minerales), estructuras de tipo defensivo, fosos y murallas, también sepulturas colectivas similares a las documentadas en 1950 durante las obras de la Iglesia de Cristo Rey en la zona de Marroquíes Altos; estas se encuentran situadas al Este, en una de las zonas más extremas del poblado. La delimitación de este poblado aún no es definitiva, en la actualidad los límites del mismo están en las líneas de fortificación y delimitación de murallas y fosos. Se han localizado cinco fosos desarrollados en círculos concéntricos con líneas de muralla en ocasiones perpendiculares a los fosos que al parecer garantiza un sistema defensivo bastante seguro; en otros casos se encuentran reforzando la parte interior del foso. La Edad del Cobre o calcolítico es una época importante en la Prehistoria, pues tras la revolución neolítica comienza a aparecer la metalurgia, la complejidad social, el control humano del territorio y la expansión demográfica en la península ibérica. Concretamente la Edad del Cobre en Jaén representa la consolidación de la economía agraria y la emergencia de un sistema territorial, articulado por centros importantes como Marroquíes Bajos en Jaén.
Historia antigua
Etapa ibérica
Durante la etapa protohistórica destaca el Cerro de la Plaza de Armas de Puente Tablas, un oppidum ibérico (poblaciones situadas sobre una meseta, fuertemente fortificadas, de mayor tamaño que los asentamientos levantinos que implicaría una estructura social desarrollada) de Puente Tablas, que fue abandonado antes de las Guerras Púnicas. Las excavaciones realizadas en este enclave han determinado la existencia de un muro escalonado, con torres avanzadas de grandes sillares en lo que se ha dado en llamar como Plaza de Armas.
Han sido abundantes los hallazgos de cerámica de borde quebrado y vuelto de finales del y principios del . El poblado no se romaniza y en él se encuentran restos asimismo de cultura tartésica y medieval.
Los restos arqueológicos también testimonian la presencia ibérica en las proximidades del Castillo de Santa Catalina.
Etapa púnica miniatura|150px|Escultura del Cartaginés Aníbal. Museo del Louvre. Situada en una zona estratégica de paso, Jaén tuvo pronto a griegos y fenicios como pobladores y, por tanto, como protagonistas de hechos históricos.
La conquista cartaginesa del Guadalquivir comenzaría en el 237 a. C. y se prolongaría hasta el 231 a. C. La consecuencia inmediata de esta presencia fue la pronta explotación de los yacimientos mineros de Sierra Morena.
A la entrada de los cartagineses fue Jaén alcázar para Aníbal, haciéndose entonces la población grande, rica y fuerte, hasta el extremo de ser terror para los romanos.
Etapa romana Alrededor del año 207 a. C. la ciudad es tomada por Escipión el Africano y arrebatada a los cartagineses. Tito Livio la describiría como una ciudad opulenta, recibiendo los nombres de Auringi y Oringe por Estrabón; Polibio, la conoció como Elinga y el Concilio de Ilíberis, como Advinge, Plinio como Nijis u Oringis.
No era en realidad una ciudad demasiado grande. Se levantaría alrededor del raudal de la Magdalena, corazón de la ciudad antigua, y no se conservan demasiados restos urbanos: sí estelas y mosaicos, muchos de ellos en el Museo de Jaén. También han aparecido restos de esta etapa en el yacimiento de Marroquíes Bajos. Inmediatamente a su conquista los romanos la consideraron una ciudad estipendiaria, es decir, bajo vigilancia militar y tributo debido a su apoyo a Cartago.
Durante el final de la república y principios del Imperio romano, la ciudad fue romanizándose hasta que el emperador Vespasiano (69-79) o tal vez su hijo Tito (79-81) que le dieron el rango de municipio con derecho latino, conociéndose en adelante como Municipio Flavio Aurgitano o Aurgi.
Edad Media Etapa visigoda Los visigodos se asentarían definitivamente en el primer tercio del . Jaén quedaría al margen de sus asentamientos y seguiría siendo un territorio en el que predominaba la población hispanorromana, con algunas guarniciones militares, como Mentesa, en las que se concentraba la población germánica. Durante todo este siglo, la presencia visigoda por tanto es débil y son frecuentes las rebeliones de la aristocracia romana.
La presencia visigoda supuso un momento de decadencia para la ciudad, en favor a Mentesa, La Guardia, hasta donde llegaba el limes bizantino.
Así pues, durante este período Aurgi sufrió una considerable reducción como indica la arqueología. Hay pocos restos materiales de este período, merece la pena destacar un tremís áureo perteneciente al reinado de Wamba aparecido en una excavación arqueológica llevada a cabo en la plaza Cambil en 1992.
Etapa islámica
Durante cinco siglos estuvieron los árabes en Jaén (árabe: جيان, Jayyān). La consideraron como una gran ciudad. Le dieron walí, levantaron mezquitas, construyeron fortificaciones y palacios. miniatura|250px|Batalla de las Navas de Tolosa. Conquistada Jaén por Abdelaziz, en el sería la capital del reino moro llamado Dijaryan. Los almorávides la incorporarían a su imperio en 1091 y los almohades la ganarían en 1148. Con los árabes Jaén, la cora de Yayyan, es una excelente tierra regada por abundante agua que fluye en forma de ríos y fuentes, poseedora de gran cantidad de cultivos y abundante cereal, bosques frondosos, así como de una famosa industria de tapices y utensilios domésticos de madera que se exportaban por todo al-Ándalus y el Magreb.
La victoria de los cristianos en la batalla de las Navas de Tolosa (1212) supuso la apertura del valle del Guadalquivir para los ejércitos cristianos, que tras la victoria ocuparon, entre otras, la ciudad de Baeza.
Reconquista
En 1225 la ciudad de Jaén fue sitiada por las tropas de Fernando III el Santo, quien no pudo tomar la plaza por la carencia de máquinas de asedio. En la defensa de la ciudad participaron 160 caballeros cristianos que apoyaban a los musulmanes, acaudillados por el magnate Álvaro Pérez de Castro "el Castellano", señor de la Casa de Castro y bisnieto de Alfonso VII el Emperador, rey de Castilla y León. El número de combatientes que defendían Jaén, según las crónicas cristianas, era de 3.000 caballeros cristianos, 50.000 peones musulmanes y 160 caballeros cristianos al mando de Álvaro Pérez de Castro.
De esta forma, con el nombre de Iahen, que daría lugar al topónimo actual, en 1246 la ciudad fue reconquistada por Fernando III el Santo, rey de Castilla y León, a través de un pacto de vasallaje con el rey nazarí de Arjona, Muhammad I "Alhamar" (nacido en Arjona y quien ordenó levantar en su exilio la Alhambra de Granada), en el año 1246, dos años después será denominada como ciudad.
Los nazaríes la atacaron en 1300, pero no consiguieron hacerse con la plaza debido a la ayuda prestada a Jaén por los Caballeros de Baeza. Se fortifica el castillo y la ciudad, que pasa a ocupar un lugar estratégico por su cercanía con el reino moro de Granada, lo que le vale reconocimientos y privilegios reales.
La huella cristiana
miniatura|200px|Monumento a las batallas de las Navas y Bailén, en Jaén. Merced a su creciente importancia en los años siguientes, Xauen retomó el papel de cabeza del reino provincial que había ostentado Baeza en el ámbito político y religioso. Hasta la conquista de Granada, Jaén jugó un papel importantísimo en la lucha con los musulmanes del sur. De hecho, sufrió varios intentos de asalto y dos saqueos importantes, uno en el año 1300 y otro en 1368. Tal fue la importancia de la plaza jiennense, que el rey, Enrique II de Castilla otorga a Jaén el título de: «Muy noble y muy leal, guarda y defendimiento de los reinos de Castilla», dotándola a su vez de un Concejo propio y Cabildo, privilegios que se verían acrecentados con la llegada a Jaén del Privado del rey Enrique IV, el Condestable Miguel Lucas de Iranzo, al cual están dedicadas las fiestas patronales de la ciudad. La abundancia de agua propicia una rica agricultura y ganadería. La ciudad es una de las 18 que tienen representación en Cortes y se beneficia de sus privilegios reales. El Cabildo Catedralicio gozaría de enorme poder y en esta época se iniciaría la reconstrucción de la Catedral.
Conquistada Granada en 1492, Jaén cae en un lento y paulatino declive, del que intenta recuperarse en el en que en la ciudad se crea un potente gremio de artesanos que favorecieron el comercio interior y exterior. Jugó un papel importante en el plano cultural, social y militar en la conquista y asentamiento en la América hispana.