miniaturadeimagen|Bandera Juarista de México. La historia de las banderas de México comenzó antes de la conquista española del Imperio Mexica, con los abanderados mexicas. Las franjas tricolores datan de 1821. El verde representa la esperanza y la victoria, el blanco la pureza de los ideales mexicanos y el rojo la sangre derramada por los mártires de la nación. La bandera actual de México fue adoptada en 1968.
Época Prehispánica miniatura|derecha|200px|Topoglifo de la ciudad de México-Tenochtitlan, del Codex Telleriano Remensis.
Los señoríos o Altépetl prehispánicos no tenían el concepto de bandera como hoy se entiende, pero usaban símbolos plasmados en banderolas, estandartes o paños de colores, para identificar la pertenencia a una localidad, familia o región; por ejemplo los «pochtecas», comerciantes originarios de México-Tenochtitlan, solían realizar sus recorridos acompañados de una insignia en la que señalaban su ciudad, con un símbolo de tierra del cual nacía un nopal con fruto; mientras los mexicas de México-Tlatelolco lo hacían con una especie de medio círculo con puntos; y las tropas en tiempos de Moctezuma Ilhuicamina utilizaban estandartes con insignias, donde se representaba el barrio y tipo de arma utilizado, estos estaban hechos de plumas, oro y piedras preciosas.
Conquista y época colonial miniatura|150px|derecha|Bandera virreinal con la Cruz de Borgoña. miniatura|izquierda|150px|Bandera general del Imperio Español usada entre 1785 a 1873 y de 1875 a 1931. Los jefes militares españoles solían encabezar sus expediciones con un estandarte distintivo; en el caso del conquistador de Tenochtitlan, Hernán Cortés, este empleó como emblema uno que contenía una pintura al óleo de la virgen María en su advocación de la inmaculada concepción, pero con la representación que se le daba en el monasterio de Guadalupe en Extremadura. Si bien nunca fue oficial como símbolo de los territorios recién conquistados, se le relacionó con este acontecimiento, por el uso dado durante los primeros años en la festividad de San Hipólito cada 13 de agosto, coincidiendo con la caída de la capital mexica; la presencia del estandarte magnificaba el evento que dio inicio a la época colonial y por ello adquirió cierta notoriedad histórica.
A partir de 1529 comenzó a usarse como símbolo de la Nueva España, el primer antecedente de una bandera representativa de lo que actualmente sería México: un paño blanco con la cruz de Borgoña en cuyos extremos tenía el escudo de armas de la Ciudad de México concedido en 1523. Aunque esta bandera, con cualquier otro escudo, era también usado en cualquier parte de los territorios españoles desde 1506.
En Europa, la concepción misma de las banderas, alcanzaba únicamente la representatividad individual o grupal, y no la nacional, en buena medida porque el propio concepto de «Estado Nación» no se creó hasta después de la Paz de Westfalia en 1648. Las banderas eran más que símbolos nacionales, herramientas prácticas para identificar casas reales, embarcaciones, linajes, secciones militares, regiones y ciudades. El Imperio Español, no adoptaría una bandera colectiva para todo su territorio hasta 1785, cuando al pabellón naval se le dio connotación de bandera imperial, aunque su uso solo era extendido en la metrópoli, pues en el caso de la Nueva España, los escudos de ciudades y provincias tenían mayor aceptación y uso práctico, aunque nunca se usaron en banderas, pero si en pendones y estandartes.
Guerra de Independencia miniatura|200px|derecha|Llamado formalmente «Blasón de Hidalgo», pero oficialmente se reconoce que fue un estandarte más de las fuerzas insurgentes, no es el estandarte de Hidalgo. (Museo Nacional de Historia). miniatura|derecha|200px|Retrato póstumo de Ignacio Allende portando una de sus banderas, retrato por Ramón Pérez Guevara, . miniatura|derecha|200px|Bandera nacional de guerra del Congreso de Anáhuac (1815).
Durante la guerra de Independencia contra España y antes de la adopción de la primera bandera propiamente nacional, otras banderas o estandartes fueron usados, algunas de ellas tuvieron gran influencia en el movimiento y en el diseño de la primera bandera.
Los estandartes, como se mencionó en el caso de Cortés, eran el distintivo de los líderes militares, y en función de su trascendencia podían convertirse en símbolos de movimientos. La historiografía mexicana sitúa uno de estas insignias como la primera «bandera» representativa (de lo que posteriormente sería México); El 16 de septiembre de 1810, después de dar el Grito de Dolores, Miguel Hidalgo y Costilla se dirigió al poblado de Atotonilco, ahí tomó del atrio de la parroquia una enseña con una pintura al óleo de la Virgen de Guadalupe, pintado por Andrés López en 1805. La acción constituyó un gesto simbólico muy determinante, pues Hidalgo pretendia enarborlar la causa insurgente, apelando al sentimiento de identidad religiosa de todos los grupos sociales novohispanos que se unieron a su lucha, en virtud de que el culto guadalupano era el máximo punto de cohesión de entre peninsulares, criollos, mestizos, afrodescendientes e indígenas; de acuerdo a las crónicas de la época, Hidalgo mandó hacer la siguiente inscripción al estandarte:http://www.inah.gob.mx/boletines/17-arqueologia/4476-sucesos-del-estandarte-de-hidalgo Sucesos del Estandarte, describe la forma como fue tomado el estandarte y algo de su historia posterior.
El 7 de noviembre de 1810, luego de la derrota insurgente en la Batalla de Aculco, el estandarte fue confiscado por Félix María Calleja y enviado al virrey Francisco Xavier Venegas. Sin embargo, de acuerdo al historiador Jacinto Barrera Bassols en su obra «Pesquisa sobre un estandarte. Historia de una pieza de museo» de 1995, la existencia de dicho estandarte tiene su mención más antigua en las acusaciones del arzobispo de Michoacán Manuel Abad y Queipo, durante el juicio de excomunión a Hidalgo, que fue acusado por el jerarca religioso de «fautoría» (hacer uso indebido de símbolos religiosos). No obstante, si bien se reconoce la veracidad del evento histórico de Atotonilco y el uso de una imagen de la virgen de Guadalupe por las tropas, no habrían sido los líderes insurgentes quienes lo usaron, ni habrían existido tales inscripciones.
Del estandarte confiscado en Aculco no se tiene una completa seguridad de su destino; de hecho, de la pieza resguardada en el Museo Nacional de Historia no está plenamente verificada que, la tomada por Hidalgo en Atotonilco, y la capturada por Calleja, sean la misma. Esta misma pieza tiene como mayor dato de respaldo, una leyenda inscrita en años posteriores que indica ser la original utilizada por Hidalgo. Las dudas son mayores, entre otras cosas, debido a que durante toda la lucha armada por la independencia no fue extraño que las diferentes tropas insurgentes tomaran estandartes de «Nuestra Señora de Guadalupe» para llevar al combate, por lo cual a estos se les tomaron como botín de guerra muchas más banderas con la imagen religiosa, por ejemplo a la semana de ser tomado prisionero Hidalgo en Acatita de Baján el 21 de marzo de 1811, a su sobrino Tomás Ortiz y a un tal Julián Rodríguez les fueron confiscadas muchas banderas y estandartes de Nuestra Señora de Guadalupe, incluso en 1817 durante la batalla del Cerro de Cóporo las tropas insurgentes al mando de Nicolás Bravo usaban como distintivo una bandera con la imagen de Nuestra Señora de Guadalupe.
De todas esas banderas actualmente se conservan dos piezas en el Museo Nacional de Historia, que si bien se han identificado como participantes de las luchas de la independencia no se relacionan completamente con el cura Miguel Hidalgo y Costilla, de estos dos, el más conocido y exhibido, además de tener a Nuestra Señora de Guadalupe, tiene al frente dos escudos coronados uno que se identifica de inmediato como perteneciente a la Monarquía Española y el otro a la Provincia Franciscana de San Pedro y San Pablo de Michoacán, además de las palabras y abreviaturas que significan ¡Viva la Virgen María Señora de Guadalupe!, lo cual sea dicho de paso es una de las razones para dudar de que sea el estandarte que tomo Hidalgo en Atotonilco ya que faltarían las vivas dichas antes.Sobre la historia del estandarte de Hidalgo.
Aún menos conocida por la insuficiencia en las fuentes escritas y por la poca trascendencia que alcanzó, está la bandera del «Batallón de la Muerte», una agrupación militar enviada por Ignacio López Rayón en la segunda mitad de 1811 para enfrentar a Félix Calleja en las inmediaciones de Zitácuaro. Su bandera consistía en un paño rectangular dividido por una cruz negra en cuatro rectángulos menores de color rojo; una segunda cruz dentro de la principal se hallaba formada por un cráneo al centro y cuatro huesos de extremidad a cada ángulo; está recibía el nombre de «Doliente de Hidalgo» en alusión a una profecía bíblica respecto a un sacrifico que antecedía una nueva realidad.
Las primeras banderas hechas explícitamente para la guerra fueron dos idénticas, mandadas a hacer por Ignacio Allende y posiblemente Juan Aldama e incluso Hidalgo; fueron realizadas antes del inicio de la guerra, este par de banderas o estandartes para tremolar, tienen dos frentes, el principal con la imagen coronada de Nuestra Señora de Guadalupe como símbolo de la cruzada religiosa que llevaban los insurgentes contra los franceses laicos y sobre todo protestantes, que en ese momento dominaban a España y su rey Fernando VII (le apodaban «el Deseado»); y por el lado contrario un muy distinguible escudo cuyo centro tiene un «águila mexicana» (formada por águila real y una serpiente), estas banderas gemelas fueron olvidadas ya que fueron capturadas por los realistas en 1811 y enviadas a España donde estuvieron hasta el año de 2010 como trofeo de guerra, cuando fueron devueltas en un intercambio de banderas prisioneras por decirlo de algún modo. Esta bandera por ese motivo es la primera con una versión del escudo nacional.
Posteriormente y habiendo caído la responsabilidad de la dirigencia del movimiento insurgente en Ignacio López Rayón, este organizó el considerado primer gobierno del México independiente, la llamada Suprema Junta Nacional Americana o Suprema Junta Gubernativa de América, gobierno que formalmente dio a conocer el primer escudo y sello oficial del nuevo país, en forma efectiva solo gobernó las zonas controladas por los insurgentes y entre los años 1811 a 1813, luego este gobierno luego dio paso al gobierno fundador del Congreso de Anáhuac quien dio el mando de las fuerzas insurgentes a José María Morelos y emitió dos decretos para la creación de la bandera y el escudo, así como el sello nacional, el día 14 de julio de 1815, donde además ya se nombra a la nación como «México».
En el decreto referente a la bandera menciona que «El Supremo Congreso Mexicano ha resuelto establecer en la forma siguiente las banderas nacionales con que deberá anunciarse, así en mar como en tierra, la guerra, la paz y el comercio», indicando luego la forma de tres banderas como a continuación se lee:
Bandera nacional de guerra
Bandera parlamentaria
Bandera de comercio