El Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (MHN-UNMSM), también llamado Museo de Historia Natural de Lima o Museo de Historia Natural «Javier Prado», es un museo de historia natural ubicado en el distrito de Jesús María, en Lima, Perú, el principal y más antiguo de su tipo en el país. El museo está encargado de recolectar, investigar y exponer organismos y muestras representativas del patrimonio natural del Perú y de la humanidad en lo concerniente a flora, fauna y geología. Como tal, es el primer museo en mostrar colecciones de zoología, botánica, ecología y geociencias del país.
Fue creado el 28 de febrero de 1918 en sesión extraordinaria de la facultad de ciencias de la Universidad de San Marcos, siendo entonces rector Javier Prado y decano de la facultad Enrique Guzmán y Valle. Inicialmente, desde 1918 hasta 1934 se ubicó en el segundo piso de la facultad de letras en la Casona de San Marcos, allí llegó a recibir la valiosa colección del investigador italiano Antonio Raimondi. En 1934 todas las colecciones se trasladan al local en Jesús María, donde se ubica hasta la actualidad como una dependencia del rectorado de la Universidad de San Marcos.
Cuenta con varias salas de exposición, así como un auditorio; brinda además servicios de asesoría, determinación de especies y diagnóstico sobre temas relacionados al ámbito natural, al mismo tiempo busca promover la protección y conservación natural del Perú por medio de sus exposiciones regulares y especiales como el Museo de Noche y el Día de las Colecciones científicas abiertas al público. Tiene también una biblioteca especializada y realiza publicaciones especializadas de manera continua.
El Museo de Historia Natural cuenta además con una filial en la región de Arequipa denominada Museo Paleontológico de Sacaco, el cual resguarda diversos restos fósiles de la zona paleontológica de Sacaco, reconocida por el Ministerio de Cultura del Perú como Patrimonio Cultural de la Nación.
Historia El Museo de Historia Natural fue fundado el 28 de febrero de 1918 en sesión extraordinaria de la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la cual estuvo presidida por el Dr. Enrique Guzmán y Valle, y que contó con la presencia del rector de la universidad, el Dr. Javier Prado, y del promotor principal, el Dr. Carlos Rospigliosi Vigil. En la sesión se reconoció la destacada labor emprendida un año antes por el Dr. Carlos Rospigliosi para gestionar y promover la creación de un museo de historia natural de Lima, por lo que se le nombró "Director y Fundador del Museo de Historia Natural". thumb|left|160px|El museo alberga las importantes colecciones del destacado investigador sanmarquino y naturalista italiano Antonio Raimondi. El personal inicial estaba constituido por un jefe conservador y tres jefes de áreas correspondientes a las secciones de zoología, botánica y mineralogía, quienes integraron las primeras expediciones científicas que recolectaron las primeras muestras para la instalación del museo y como material de estudio. La primera expedición científica universitaria la organizó el mismo Dr. Rospigliosi, en abril de 1918. En ella tomaron parte profesionales de las distintas ramas científicas, aportando materiales de fauna, flora y minerales. En esta expedición se realizaron estudios, mediciones y evaluaciones de los recursos naturales del departamento de Junín y del departamento de Huánuco. La segunda expedición, nombrada por la Sociedad Geográfica de Lima, se realizó en 1920. De ella formó parte el explorador del Polo Sur, el profesor Otto Nordenskjold, que recorrió parte de la sierra y de la montaña del departamento de Junín.
+ Directores del Museo de Historia Natural Director Nombre Período 1.º Dr. Carlos Rospigliosi Vigil 1918-1938 2.º Dr. Carlos Morales Macedo 1938-1947 3.º Dr. Jehan Vellard 1947-1956 4.º Ing. Bernardo Boit 1956-1961 5.º Dr. Ramón Ferreyra Huerta 1961-1981 6.º Dr. Hernando de Macedo Ruiz 1981-1985 7.º Dra. Emma Cerrate de Ferreira 1985-1988 8.º Dr. Gerardo Lamas Müller 1988-1992 9.º Blgo. Hernán Ortega Torres 1992-1995 10.º Dra. Magda Chanco 1995-1996 11.º Dr. Niels Valencia Chacón 1996-2005 12.º Dr. Gerardo Lamas Müller 2006-2009 13.º Dra. Betty Millán Salazar 2010-2016 14.º Dr. Víctor Raúl Pacheco Torres 2017-2020 14.º Dr. Niels Valencia Chacón 2021-presente
En 1920, el rector de la Universidad de San Marcos, el Dr. Javier Prado, gestiona ante el decano de la Facultad de Medicina "San Fernando", que las colecciones del sabio italiano y profesor sanmarquino Antonio Raimondi, sean cedidas al Museo de Historia Natural. Las colecciones de zoología se conservan en este el museo como una reliquia. Las colecciones mineralógicas se pudieron organizar en gran parte y actualmente se exponen en el pabellón de geociencias. El herbario de la colección "Raimondi" fue retenido en la escuela de farmacia y algunos años después enviado a Alemania para su clasificación, posteriormente retornaron al museo donde se conservan y exponen hasta la actualidad.
Desde su creación, en 1918, hasta 1934 el Museo de Historia Natural se ubicó los altos de la Facultad de Letras en la Casona de la Universidad de San Marcos del Parque Universitario. Luego, en 1934 se traslada a su actual sede en la Av. Arenales 1256, en el distrito de Jesús María. La construcción de esta edificación fue encargada por el Dr. Javier Prado en el momento de la fundación del museo, siendo diseñada y liderada por catedráticos de la Universidad de San Marcos. Ya en 1937, el museo contaba en su nuevo local con cinco secciones, que eran las de zoología general, botánica general, mineralogía, antropología y etnografía, y entomología. Ese mismo año, el museo adquiere su propia imprenta con la que lanza su primera publicación oficial: el Boletín del Museo de Historia Natural, que se editó el primer trimestre de 1937, en él se daban a conocer las actividades institucionales y los primeros resultados científicos de sus investigadores.
A mediados del , el museo contaba con importantes colecciones de la flora, fauna y gea del Perú, así como también contaba con la importante colaboración de investigadores peruanos y extranjeros como Augusto Weberbauer, Ramón Ferreyra, Javier Ortiz de la Puente,https://avesecologaymedioambiente.blogspot.com.es/2012/06/una-brillante-aunque-fugaz-presencia-en.html Enma Cerrate, Wolfgang Weyrauch, los esposos Hans Koepcke y María Koepcke, entre otros. Gracias a todo esto el museo diversifica sus publicaciones científicas, apareciendo en 1948 las publicaciones del museo con sus series de zoología, botánica y geología, en 1951 las memorias del museo, y en 1964 su serie de divulgación. En 1971 el museo perdería a una de sus principales investigadoras, la ornitóloga María Koepcke, en el fatídico accidente aéreo del vuelo 508 de LANSA, en su honor una de las salas del museo tiene una placa que recuerda su labor y homenajea a su hija, única sobreviviente del accidente.
En su Discurso en ocasión de los 61 años de la institución del Día del Biólogo Peruano (UNMSM, 27 de noviembre de 2008) titulado "Comentarios sobre el desarrollo de la Zoología en la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos"http://www.scielo.org.pe/pdf/rpb/v15n2/a03v15n2.pdf PG Aguilar Fernández ofrece una completa revisión de la trayectoria del Museo entre finales de los años '40 y mediados de los años '70.
En la actualidad el museo es uno de los principales centros de investigación de la Universidad de San Marcos, así también del Perú. Las investigaciones y hallazgos de colaboradores del museo han sido resaltados en reconocidas revistas internacionales como la revista Science y la revista Nature. Entre los más importantes hallazgos recientes por parte de investigadores del Museo de Historia Natural de Lima destacan el de los restos fósiles del cetáceo gigante prehistórico: Livyatan melvillei, y el del pingüino gigante prehistórico: Inkayacu paracasensis.
Exposiciones Botánica BOTAUN es la nueva Sala Permanente de Botánica. En ella se muestra de manera didáctica y pedagógica todas las áreas de investigación de esta disciplina, enriquecida por los trabajos de los departamentos y laboratorios que componen la División Botánica dentro del Museo de Historia Natural. Esta sala fue inaugurada el 28 de febrero de 2011, en el marco del Aniversario del MHN. La curaduría y museografía estuvo a cargo la Arql.Gabriela Bertone quien es la actual museóloga. La exposición es la primera muestra interactiva en botánica del Perú, con didácticos paneles que interactúan con el público. Además cuenta con una célula vegetal ampliada más de 10.000.000 de veces, ejemplares de árboles fósiles, diagramas de tejidos a todo color y piezas arqueológicas que representan la larga relación entre sociedades prehispánicas y plantas. Cuenta con un herbario.
Geociencias La principal sala de exposición del museo correspondiente a esta sección es: Sala de Mineralogía: se expone una importante colección de los más raros, hermosos y variados recursos minerales. También se aprecia las colecciones del sabio italiano Antonio Raimondi y Bernardo Biot. Además, se muestran algunos fósiles de plantas e invertebrados.
Zoología Las principales salas de exposición del museo correspondiente a esta sección son: thumb|left|300px|Área de especies marinas del Perú.
Sala de Ecosistemas del Perú: Entre los pasillos del museo se encuentran maquetas de varios animales de la costa, sierra y selva peruana. Uno de estos hay un diorama que representa una hermosa isla guanera donde está el cormorán, el pelícano, el guanay, gaviotas, estrellas de mar y los famosos lobos de mar. Sala de Mamíferos: el país presenta una gran variedad de estos animales, ocupando el quinto lugar a nivel mundial. En la sala se agrupan por diferentes características como: mamíferos que se encuentran en situación vulnerable como el oso de anteojos, el otorongo, entre otros; el grupo de camélidos sudamericanos cuya particular dentadura no causa la muerte de los pastos con que se alimentan; los edentados, llamados así porque no poseen dientes verdaderos, como los armadillos, oso hormiguero, y perezosos, muchos de ellos amenazados; entre otros.
Sala de Primates y Murciélagos: mamíferos que poseen un dedo oponible y que están emparentados con los humanos. Entre ellos, por ejemplo, está el mono choro de cola amarilla, que habita los bosques de neblina de San Martín y Amazonas, y que está en peligro de extinción. Entre los más pequeños se pueden observar al titi, el leoncillo, el mono nocturno, entre otros. En esta sala también se muestran los murciélagos, destacando el zorro volador.
Sala de Invertebrados: en esta sala ubicada en el sótano se puede apreciar variedad de helmintos o gusanos, cangrejos, gasterópodos, insectos como la mariposa, la polilla, las mariquitas o chinitas, el escarabajo, saltamontes, hormigas, cucarachas y moluscos, etc.
Sala de Peces: se presentan peces que habitan las aguas peruanas tanto marinas como continentales. Destacan grandes especies marinas como el pez espada, el tiburón y la raya. Los de importancia económica como la sardina, la cojinova y el bonito. También otros que provienen de la selva amazónica como el gigante paiche, zúngaro, doncella, y la famosa carachama gigante. En esta sala se pueden apreciar la variedad de peces de las tres regiones del Perú, toda vez que ocupamos el segundo lugar en el mundo en número de especies de peces.