miniaturadeimagen|318x318px|Un arqueólogo examinando un altar en un yacimiento arqueológico del departamento de Copan en 1980. La zona occidental de Honduras esta llena de yacimientos arqueológicos de la cultura Maya. |alt= En Honduras, existieron civilizaciones y sociedades indígenas a lo largo y ancho de todo el país que datan desde hace más de 12 mil años. Entre ellas se encuentran los chortís, los chorotegas, los lencas, los mayas, los pech, los tolupanes y los tawahkas. Los estudios arqueológicos se llevan a cabo por el Instituto Hondureño de Antropología e Historia (IHAH). Se estima que en Honduras, existen más de 140,000 sitios de interés arqueológico que todavía no han sido registrados, lo que representa un 80% del territorio sin explorar. Esto debido la gran cantidad zonas arqueológicas que hay, a la amplitud del territorio hondureño, al difícil acceso a algunos de ellos, a la falta de investigadores interesados en explorar estas zonas y sobre todo a la falta de recursos económicos. El valor de las investigaciones depende de los objetivos científicos que el Arqueólogo desea encontrar. En la actualidad, existen más de 2,000 sitios arqueologicos de Honduras que están legalmente registrados, es decir, que se sabe su ubicación exacta y si fueron habitados o no, pero que todavía no han sido explorados.
Historia miniaturadeimagen|Vista a las ruinas en las cercanías del río Ulúa en 1897. Avistamientos de yacimientos arqueológicos en honduras datan des del cuando se habló por primera vez de la existencia de la Ciudad blanca tras el arribo de Hernán Cortes tras que este desembarcara en las costas de lo que es hoy en día Honduras y este mantuviera contacto con los indígenas de la zona. El reporte escrito más antiguo del que se tiene conocimiento sobre las ruinas de la ciudad de Copán o proviene de Diego García de Palacios, un oidor de la Real Audiencia de Guatemala, quien el 8 de marzo de 1576 envió una carta al rey Felipe II describiendo unas “ruinas muy antiguas” en las cercanías del río Copán, en la zona occidental de la provincia de Higueras, actual Honduras.
No es hasta el tras la independencia de Centroamérica que empieza un interés por visitar los sitios arqueológicos de las culturas indígenas de Honduras. Uno de los primeros pioneros en ello fue el militar Juan Galindo, quien visitó Copán durante sus expediciones de estudio de la cultura maya y uno de los primeros mayistas a nivel internacional pues sus descripciones ayudaron a que demás estudios europeos se interesaron en realizar estudios en suelo hondureño. Años más tarde entre 1839 a 1840 los exploradores John Lloyd Stephens y Frederick Catherwood visitaron y documentaron Copán publicando ilustraciones y relatos que hicieron mundialmente conocidas estas ruinas.
Con el paso de las décadas otros arqueólogos como el norteamericano E.G Squier avisto diversas ruinas de la cultura Lenca como Tenampúa, El Chircal, y Calamulla. Además, estudio la cultura de este grupo mesoamericano entregando sus reportes a la Universidad de Nueva York. Otros Arqueólogos que pasaron por Honduras serían Alfred Maudslay, Dorothy Popenoe, Doris Stone, Samuel Kirkland Lothrop entre otros. Las diversas excavaciones realizadas por estos dieron a conocer una serie de ciudades y asentamientos a lo largo del país que ayudaron a entender el nivel de desarrollo que tenían los pueblos originarios antes de la colonización Española.
En la actualidad la Universidad Autónoma de Honduras brinda la carrera de arqueología. Gracias a ella han salido reconocidos arqueólogos Hondureños como Ricardo Agurcia Fasquelle que gracias a su labor se han logrado rescatar diversos objetos de varios sitios.
Sitios Mayas miniaturadeimagen|Artefactos de la cultura Maya en el Museo de Identidad nacional. Los Mayas fueron el grupo indígena más desarrollado de Honduras, construyendo varias ciudades a lo largo de la zona occidental del país. La mayoría de la presencia de esta cultura en Honduras se localizan en los departamentos de Copán, Ocotepeque y Santa Bárbara.
Parque arqueológico de Copán miniaturadeimagen|220x220px|Representación del dios maya Chaac, encontrado en Copán, hoy en día exhibido en el Museo de la escultura de Copánminiaturadeimagen|223x223px|Mascarón del Templo Rosa Lila dentro de la Estructura 16, protegido por un vidrio blindado. |alt=
Existen varios sitios arqueológicos en el país, el más conocido, estudiado, y mejor reconstruido es la ciudad maya llamada Copán, localizada al occidente del país, en el departamento de Copán, esta es una ciudad que data del periodo clásico de la civilización maya.Martin & Grube 2000, p.198. Es uno de los complejos arqueológicos más grandes del país y fue declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad. También es de los mejores conservados a nivel nacional. Dentro del parque se puede observar imponentes estructuras y esculturas como estelas y se puede acceder a túneles subterráneos como el que es encontrado en la estructura 16 para acceder al Templo Rosa lila y uno para salir del centro cívico y ceremonial de la ciudad.
Sitio arqueológico el Rastrojón El Rastrojón se encuentra ubicado a unos dos kilómetros del parque arqueológico de Copán, en el occidente de la república de Honduras este sitio fue fundado aparentemente hace 1,300 años por los nobles y militares mayas, “El Rastrojón” o rastrojo fue un lugar militar y de defensa de la cultura maya. Fue encontrado en 1979 por un grupo de investigadores que se encontraban realizando trabajos geográficos y de mapeo dentro de la jurisdicción de la civilización maya de Copán; seguidamente desde 2007 los trabajos de reconocimiento, estudio y conservación auspiciado por la Universidad de Harvard, el (IHAH) Instituto Hondureño de Antropología e Historia.
Parque arqueológico El puente miniaturadeimagen|Pirámide principal de la ciudad Maya del parque arqueológico El puente.|223x223px También situado en el departamento de Copán, fue otra ciudad Maya pero mucho más pequeña y menos poblada en comparación de otras metrópolis cercanas, fue fundada en el . Al inicio fue una ciudad independiente y autónoma, sin embargo con el paso del tiempo se volvió dependiente y tributaria de Copán tras una campaña de conquista. La ciudad se convirtió en una especie de estado satélite de la metrópoli de Copán para controlar así las rutas de comercio y expandir su dominio económico, militar y político, rivalizando con la ciudad de Quiriguá por el dominio político de las demás ciudades menores localizadas en Honduras y Guatemala, de ahí el nombre "El puente", dado por los arqueólogos. El parque se compone de doscientas diez estructuras las cuales solo nueve han sido desenterradas y restauradas y el núcleo consta de cinco plazas.
Sitio arqueológico Rio amarillo Fue una ciudad durante el periodo clásico tardío, los arqueólogos han llegado a creer que éste era un sitio de paso que los Mayas utilizaban en su camino entre los valles de El Florido en Honduras y El Motagua en Guatemala, su estructura goza de una impresionante construcción que brinda algún atisbo acerca de la sistemática constructora aplicada por sus antiguos edificadores. El sitio posee 53 estructuras que están organizadas en plazas, patios y terrazas, Los investigadores ubican la ocupación de Río Amarillo a inicios del periodo Clásico Temprano. Se han encontrado alrededor de 145 entierros con restos humanos de antiguos habitantes Mayas, que por las joyas, ropas y demás objetos de valor encontrados con ellos se cree que eran de la élite de Copán.
Sitios Lencas Los Lencas fueron el segundo grupo indígena más organizado y desarrollado del país, los cuales demostraron una resistencia durante la conquista. La cultura e influencia de los lencas se encuentra dispersa en los departamentos de Intibucá, La paz, Gracias, Cortes, Comayagua, y Francisco Morazán. Así también habitan en la parte oriente de El Salvador.
Sitio Eco-arqueológico Los Naranjos Cerca del Lago de Yojoa se encuentra el sitio arqueológico Los Naranjos el cual fue habitado hace más de 3.000 años por culturas precolombinas, Principalmente la Proto-Lenca que dio nacer a la cultura de este grupo indígena en el periodo clásico, y la Olmeca aunque en menor cantidad. El parque cuenta con un número total 7 de pirámides hasta la fecha encontradas, siendo la más alta la estructura 1 de dieciocho metros, también se pueden observar rocas talladas o perforadas y restos cerámicos en exhibición. La influencia Olmeca se puede apreciar en algunas piezas artísticas exhibidas en el museo como los diseños en algunas vasijas. Las pirámides pudieron estar bastante tiempo bajo el agua debido a que la ciudad estuvo ubicada en las orillas del lago, lo cual las conllevo a perder una cantidad considerable de su volumen. Aun así han logrado sobrevivir y aun son visibles bajo el leve manto de vegetación que las cubre.
Sitio arqueológico Yarumela, El chilcal miniaturadeimagen|La estructura 110 es una de las varias pirámides encontradas en el sitio arqueológico en Yarumela, muchas aun sin excavar.|226x226px También conocido como el Chilcal. Arqueólogos llegan a creer que el asentamiento fue un importante centro de comercio de la cultura Lenca muy probablemente durante los años 1000 a.c y 200 d.c. Se compone de Pirámides escalonadas de entre doce a dieciocho metros de altura, y diversos montículos más pequeños regados por toda el área. El más grande e imponente es conocido como la estructura 101, una pirámide escalonada que tiene más de dieciocho metros de altura y treinta y dos de longitud y puede llagar a verse a varios metros lejos del sitio. Otra es la pirámide conocida como la estructura 102 la cual esta mejor conservada y reconstruida que otras en el parque, aun conservando parcialmente su forma original.
Sitio Arqueológico Tenampúa
De lo poco que se sabe de este sitio es que fue construido posiblemente con el propósito de ser un pequeño centro ceremonial y de refugio Lenca durante el periodo pre-clásico tardío y clásico temprano mesoamericano. Fue visitado por el explorador y arqueólogo estadounidense Ephraim George Squier en 1853, el cual envió informes y cartas sobre las ruinas a la comunidad de historiadores de Nueva York. Se compone principalmente de varios montículos muy difíciles a simple vista, plataformas, y una fortaleza con muros de entre dos a cuatro metros en la cual dentro de ella alberca unas pequeñas estructuras piramidales más semejantes a una plataforma. En el área también es visible unas graderías, montículos que fueron alguna vez un campo de pelota característico de las culturas mesoamericanas
Sitio arqueológico Salitrón Viejo miniaturadeimagen|Vista a uno de los muros de Salitron viejo |225x225px Fue un sitio arqueológico que actualmente se encuentra bajo el agua, este fue una ciudadela densamente poblada, con alrededor de 220 estructuras, La pirámide más grande llegó a medir más de 10 metros. Sirvió como uno de los varios puentes para conectar las rutas comerciales que conectaba el Mar Caribe y el Océano Pacífico. Aparentemente, se trataba de una ciudad ordenada o internamente segmentada, lo que permitía un acceso diferenciado a los recursos e inversión de los mismos en la arquitectura doméstica y cívica. Estaba altamente influenciado por la arquitectura Maya, en especial de Copán y el Puente, pues esta tenían plazas centrales y campos de pelota similar a las ciudades mayas
Sitios de otras culturas indígenas Honduras es un país que también alberga otras culturas indígenas del área Caribe, en su mayoría cazadoras y recolectoras. De entre ellas los Tolupanes, Pech, y Tawakhas, los cuales dejaron varios yacimientos arqueológicos regados mayoritariamente en la zona oriental del país. Muchas aún no han sido determinadas a qué cultura pertenecieron, debido a que estas personas no dejaron muchos testimonios escritos, o bien por la antigüedad de muchos.
Parque arqueológico el Curruste