La historia de Paraguay se despliega a lo largo de diversos períodos que abarcan desde los primeros asentamientos humanos hasta el presente. Estos períodos se pueden dividir en tres etapas principales: el período precolombino, que se refiere a la época anterior a la llegada de los colonizadores europeos; el período colonial, que abarca desde la colonización española hasta la independencia; y finalmente, el período republicano, que se extiende desde la independencia hasta la actualidad. Cada uno de estos períodos tiene sus propias características y eventos significativos que han dado forma a la historia e identidad de Paraguay.
thumb|right|260px|Paraguay. thumb|right|260px|Asunción, de Paraguay. thumb|right|260px|Cerámica guaraní.
Tiempos prehispánicos (hasta 1524)
280px|right|thumb|Áreas de expansión de las lenguas tupíes en América del Sur. A la llegada de los conquistadores españoles al territorio del Paraguay Oriental, es decir el área ubicada entre el río Paraná al este y el río Paraguay al oeste, se encontraba habitado por diversas etnias indoamericanas que se encontraban en estado de guerra entre ellas; estas etnias pertenecían a tres conjuntos diferentes: los pámpidos, los lágidos y los amazónidos. Lingüísticamente había tres grupos principales: los pueblos mascoyanos, los pueblos mataco-guaicurú, los pueblos tupí-guaraníes y algunos pequeños grupos de pueblos arawak (como los chané). Aún no se sabe si los lágidos fueron los primeros en ocupar el territorio, o si fueron precedidos por los pámpidos. Lo documentado es que hacia el fueron los amazónidos
Ante los avá (o guaraníes) se encontraban las etnias cazadoras-recolectoras de los ŷes o lágidos (por ejemplo los ašé-guayakí) y las de los pámpidos destacándose entre este segundo conjunto las etnias llamadas por los guaraníes: agaces y payaguás.
El primer encuentro documentado de los guaraníes con los ibéricos es el de Alejo García, explorador portugués, que participó en varias expediciones a América del Sur con la flota española, y que tras haber naufragado en la isla de Santa Catarina en 1525, lideró antes de 1533 a un fuerte contingente de guaraníes que remontando aproximadamente el curso del río Pilcomayo llegó a las fronteras del Tahuantinsuyu (probablemente en la zona de Cochabamba) libró allí, ayudado por los chiriguanos, algunos combates con éxito y regresó rumbo a la costa atlántica con abundante botín de objetos de plata y oro siendo muerto en el camino, pero llegando la noticia de su hazaña a los europeos asentados en la costa del Atlántico.
Las alianzas (a pesar de ser asimétricas) entre guaraníes y españoles se desarrollaron fuertemente y en oposición a otras etnias, principalmente contra las de los guaicurús y mbyás entre los que se contaban los agaces y los payaguás que finalmente desaparecieron, en parte por las constantes guerras víctimas de un etnocidio ante los ataques conjuntos de guaraníes y españoles y en parte por costumbres propias —como tener un solo hijo por pareja, en el caso de los payaguás— que los hicieron comparativamente más débiles en la confrontación.
Época virreinal (1524-1800)
Lo que actualmente es el territorio de Paraguay fue descubierto por Alejo García y Juan de Ayolas, a las órdenes de España en 1524, dándose inicio a una historia de colonialismo, hasta 1811, año en que se independizó de España.
Los primeros ibéricos se establecieron en la zona refugiados tras el fracaso de la primera fundación de la ciudad de Buenos Aires a principios del y fundando una casa fuerte que sería Asunción del Paraguay el 15 de agosto del 1537. La ciudad finalmente se convirtió en la cabecera de una provincia colonial española, llegando a conocerse como Madre de Ciudades ya que de ella partieron las corrientes pobladoras y repobladoras de diversas ciudades: Ontiveros, Ciudad Real del Guayrá y (la primera) Villa Rica del Espíritu Santo en la antigua provincia del Guayrá (actual estado brasileño de Estado de Paraná), Santiago de Jerez del Itatín (en actual Mato Grosso del Sur), San Francisco de Mbiaza en las costas del océano Atlántico (actual estado brasileño de Santa Catarina), Santa Cruz de la Sierra en el Chaco Boreal, así como las importantes ciudades argentinas de Buenos Aires, Corrientes, Santa Feria Concepción de Buena Esperanza, conocida como Concepción del Bermejo.
Bajo el gobierno de Hernando Arias de Saavedra, llegan al Paraguay los jesuitas para contribuir a la tarea de pacificación de los indígenas, dando así origen a las célebres reducciones Jesuíticas. Desde 1604 hasta 1767 los jesuitas realizan con los indígenas guaraníes de Paraguay un gobierno teocrático. Las reducciones jesuitas tenían autonomía respecto a los gobernadores de Asunción. Las misiones llegaron a cobijar a más de un cuarto de millón de indígenas donde se les enseñaba la religión católica, agricultura, artesanía y pequeña industria.
La organización total abarcó 32 reducciones. Las misiones primero se instalaron en la región del Guayrá (también llamado La Pinería)-actual estado brasileño de Paraná- y luego se establecieron entre los ríos Tebicuary y el divortium aquarum de la Cuenca del Plata con las cuencas menores afluentes directas del océano Atlántico. La lengua guaraní fue respetada y se fijó en forma escrita; en ella fueron vertidas importantes obras de teología, impresos en la primera imprenta del Río de La Plata. Paralelamente el asunceno Ruy Díaz de Guzmán escribía las primeras obras de historia atinentes a la región del Cono Sur.
Las relaciones entre los conquistadores españoles y las mujeres indígenas fueron centrales en la estructuración de la sociedad colonial paraguaya. Mediante el cuñadazgo —institución guaraní por la cual los caciques sellaban alianzas entregando mujeres a los recién llegados— se estableció el primer vínculo entre guaraníes y españoles; sin embargo, a partir del despoblamiento de Buenos Aires en 1541 esta práctica fue reemplazada por las rancheadas, deportaciones masivas y violentas de mujeres indígenas que las convirtieron en objetos de compraventa y moneda corriente en las transacciones coloniales. La vida licenciosa de los colonos motivó que el presbítero Francisco González de Paniagua calificara a Asunción en una carta de 1545 como el «paraíso de Mahoma».
Hacia 1542, una sirvienta guaraní de Asunción conocida como la India Juliana asesinó a su amo español e instó a las demás mujeres indígenas a hacer lo mismo, terminando ejecutada por orden el adelantado Alvar Núñez Cabeza de Vaca. Su rebelión es considerada primeras insurrecciones indígenas registradas de la época, y su figura una de las más destacadas en la historia de las mujeres de Paraguay,
En 1617, se produjo la división de la provincia en dos gobernaciones: la del Paraguay y la de Buenos Aires. De esta forma Paraguay perdió la zona marítima del estuario del río de La Plata, y conservó solo Asunción, Ciudad Real y Villa Rica del Guayrá. La pérdida de la «salida de la tierra» por el puerto de Buenos Aires se hizo sentir mucho más desde que la provincia española del Paraguay perdió el estratégico territorio llamado la Mbiazá o Yviazá (o La Vera), que correspondía al actual estado brasileño de Santa Catarina.
En 1717, la Rebelión comunera representó el primer grito de libertad de América, pero con la derrota en la batalla de Tovatí en 1721 se impusieron duras sanciones al departamento que asfixiaron su economía.
En 1750, el tratado de límites entre España y Portugal, afectó a Paraguay con las pérdidas de Guayrá (entre el río Paraná y el océano Atlántico), la gran provincia del Itatín y la región de Cuyabá que fueron cedidos al Brasil portugués a cambio de la Colonia del Sacramento, en la Banda Oriental del Río de la Plata.
En el ya citado año de 1750 la corte española de acuerdo con la Corona portuguesa decidieron repartirse el territorio de las reducciones, Los jesuitas se negaron a ello, dando lugar a que los ejércitos español y portugués emprendieran la llamada Guerra Guaranítica y acabaran con la resistencia en 1757.
En 1767 los jesuitas fueron expulsados de España y sus dominios por orden de Carlos III. Las reducciones pasaron a ser dirigidas por grupos seglares y religiosos, pero entraron en un proceso de decadencia.
El Virreinato del Río de la Plata fue creado en 1776 por el rey Carlos III, integrando en su jurisdicción los actuales territorios de Argentina, Uruguay, Río Grande del Sur y Santa Catarina actual Brasil, Paraguay, Bolivia y el norte de Chile. La creación del nuevo Virreinato del Río de La Plata desligó al Paraguay del Virreinato del Perú. La capital del nuevo virreinato se hallaba en la ciudad de Buenos Aires.
En 1777 la provincia del Paraguay fue integrada en el Virreinato del Río de La Plata dentro del cual se mantuvo hasta 1811.
En 1782, se estableció en el virreinato el régimen de las intendencias. Asunción era, en la Provincia o Intendencia del Paraguay, la única población con categoría de ciudad. La zona al sur del río Tebicuary y al este de la cordillera de Caaguazú por su parte correspondía a la Gobernación de las Misiones Guaraníes (o Provincia Subordinada de las Misiones) constituida con los restos de las Misiones Jesuíticas que pudieron quedar bajo control español.
Transición a la Independencia (1800-1811)
thumb|Casa de la Independencia. Antecedentes a la Independencia En 1806 y 1807 se producen las invasiones inglesas, que ocupan las ciudades de Buenos Aires y Montevideo. Desde Asunción, Córdoba y otros lugares del virreinato se enviaron tropas que colaboraron a la expulsión de los invasores. Las invasiones inglesas demostraron la indefensión del virreinato y la declinación del poder español era poco competente.
En 1810 llegó a Buenos Aires, capital del virreinato del Río de la Plata, la noticia de que Sevilla había sido ocupada por las fuerzas de Napoleón Bonaparte. En respuesta se reunió un cabildo abierto, que el 25 de mayo de 1810 reemplazo al virrey Cisneros por una junta de Gobierno. Entre sus objetivos estaba convocar a la reunión de un congreso de representantes de todas las provincias del Virreinato del Río de La Plata, para definir la forma de gobierno del ex virreinato.
En respuesta a la convocatoria, el congreso o Junta General del 24 de junio de 1810 reunido en Asunción, manifestó su decisión soberana de fidelidad al Consejo de Regencia, que se había refugiado en Cádiz y gobernaba en representación de Fernando VII, prisionero de Napoleón.
A fines de 1810 las tropas al mando del General Manuel Belgrano marcharon en una expedición para intentar sumar al Paraguay a las recién creadas Provincias Unidas del Río de la Plata. Las fuerzas de esa expedición no recibieron apoyo local y fueron derrotadas en las batallas de Paraguarí y Tacuarí ―19 de enero y 9 de marzo de 1811― por los realistas, entre quienes hasta entonces revistaban los oficiales Fulgencio Yegros y Manuel Cabañas. Estas batallas, tanto por el éxito de las fuerzas paraguayas como por la huida en la ocasión del gobernador español Velasco ―al pensar que habían sufrido un revés militar― y los repetidos contactos de la oficialidad paraguaya con Belgrano, son consideradas como el comienzo de una toma de conciencia de las propias fuerzas por parte de los paraguayos. Revolución de mayo Tras varias semanas de conspiraciones, en la noche del 14 al 15 de mayo de 1811 estalló una revolución, dirigida en lo militar por el capitán Pedro Juan Caballero y Fulgencio Yegros. El gobernador fue obligado a incorporar dos consocios, Juan Valeriano Zeballos y José Gaspar Rodríguez de Francia y convocar un Congreso.