El Virreinato de Nueva Granada o de Santafé tuvo por territorios los correspondientes a las Reales Audiencias de Santafé de Bogotá, Panamá, Quito, y parte de la posterior Real Audiencia de Caracas, máximo tribunal de la Corona española en el territorio de la Capitanía General de Venezuela. En tal sentido, el virreinato comprendió territorios de las actuales repúblicas de Colombia, Ecuador, Panamá y Venezuela, además de regiones del norte del Perú y Brasil, y el oeste de Guyana.
La estructura política de la Nueva Granada en este periodo es algo confusa, pues como se verá más adelante, cada autor (sea de la época o no) tenía diferentes puntos de vista en sus informes respecto a como se dividía territorialmente el virreinato y la organización administrativa del mismo.
Organización territorial En las descripciones que aún existen del virreinato generalmente se indican los territorios que pertenecían a este; sin embargo es notable la inconsistencia que se presenta entre ellos, lo que genera una profunda confusión entre los lectores. De entre todos estos informes los más concretos son los generados en las décadas del 70 y 80 del , que aun siendo inconsistentes, pueden ser comparados. El origen de esta confusión es el uso la palabra provincia, que fue en usado dichas crónicas sin discriminación para referirse a distintos tipos de territorios, entre ellos regiones, gobiernos, corregimientos, países de indios, etc.
Un primer informe que puede ser mencionado es el del virrey Manuel Antonio Flórez en 1777, que ofrece una división territorial en gobiernos, corregimientos y alcaldías mayores, sin mención a los territorios de Venezuela o Quito. Para Flórez los gobiernos eran Santafé, Antioquia, Cartagena, Chocó, Mariquita, Pamplona, San Faustino, Santa Marta, Veragua, Panamá, Portobelo, Darién, San Juan de Girón, Llanos de San Juan, Neiva, Popayán y Guayaquil; los corregimientos Zipaquirá, Tunja y Sogamoso, y las alcaldías mayores de minas de Pamplona y Salazar.
El Administrador de la Renta de Correos, Josef Antonio de Pando, también había generado un informe del virreinato unos pocos años antes (posiblemente 1770), titulado «Ytinerario Real de Correos del Nuevo Reyno de Granada y Tierra Firme» en la cual dividió a la Nueva Granada en provincias, dando como concepto de provincia una unidad territorial de gobierno político, militar (y de otras características que no resultan muy claras), dependiente en lo jurídico y contencioso de las Reales Audiencias, cobijando así los gobiernos y corregimientos; por tal razón, las divisiones varían en número y en algunas ocasiones de denominación entre la descripción de Pando con lo que expresa el virrey en su informe de 1777 y con el de Francisco Silvestre de 1789. Según Pando, la Nueva Granada se dividía en 15 provincias: Santafé, Antioquia, Cartagena, Chocó, Mariquita, Pamplona, Santa Marta, Panamá, Tunja, Llanos, Neiva, Popayán, Guayaquil, Quito, Venezuela.
Manuel María Paz y Felipe Pérez presentan en tanto una división distinta en su «Atlas geográfico e histórico de la República de Colombia», publicado en 1890. Para ambos el virreinato estaba dividido en provincias y en corregimientos, que fueron la génesis de la organización territorial de las repúblicas independientes a principios del . Según Pérez, redactor del texto del Atlas, las provincias eran Santafé, Cartagena, Santa Marta, Riohacha, Panamá, Veragua, Antioquia, Chocó, Caracas, Maracaibo, Barinas, Guayana, Cumaná, Margarita, Quito, Cuenca, Loja, Guayaquil y Jaén y Maynas, en tanto los corregimientos eran Tunja, Socorro, Pamplona, Casanare, Mariquita y Neiva.
Francisco Silvestre, secretario del virreinato y exgobernador de Antioquia, presentó uno de los informes más completos respecto a la demografía, economía y administración del virreinato de Nueva Granada, su «Descripción del Reyno de Santa Fe de Bogotá» de 1789. Para Silvestre, la división primordial eran los gobiernos y corregimientos.
Un problema adicional para una visión única territorial son territorialidades superpuestas: La población indígena se organizó en pueblos sujetos a corregimientos de naturales, la población "blanca" y "libre" en jurisdicciones de cabildos de las ciudades. Y esa organización municipal se complementó con agentes de gobierno como tenientes o capitanes a guerra. Todos esos cargos podían concentrarse en una misma persona o no; una tenencia podía integrar varias jurisdicciones, solo parte de una,o diferentes partes de diferentes jurisdicciones; corregimientos de naturales podían recaer en el cabildo o un corregidor propio, y el corregidor de naturales de algunos pueblos podía depender de otro gobernador que el teniente instalado en la ciudad de españoles de la zona. Según la congruencia o diferencia de esas territorialidades se integraron o percibieron provincias y partidos más o menos estables.
Cabe advertir además que no influía solo el tipo de entidad administrativa en como se percibió la estructura territorial: también influía quién nombraba los oficiales, si era el rey, el virrey o los gobernadores/corregidores de provincia. Los corregidores de Zipaquirá y Sogamoso, aunque eran corregimientos de naturales, se nombraron en España, lo que les autonomizaba en un todo de sus "provincias" y de la jurisdicción de los cabildos de Santafé y Tunja.
Basado en esto, el siguiente cuadro muestra una posible visión de la división territorial que sigue esencialmente al informe de Silvestre, el informe del virrey Flores y una reconstrucción reciente de un sistema de información histórico geográfico.,
En el Nuevo Reino de Granada (Real Audiencia de Santafé de Bogotá) miniatura|300px|Primeras divisiones coloniales de Colombia, Ecuador, Panamá y Venezuela en 1538. miniatura|300px|Presidencias de Santafé y Quito en 1564. miniatura|300px|Virreinato de Santafé en 1810. miniatura|300px|Mapa del Virreinato de Santafé en 1800, incluyendo la Capitanía General de Venezuela.
15px Gobierno de Santafé, bajo la jurisdicción superior del virrey. Jurisdicción de Santafé. Corregimiento de naturales de Bogotá. Corregimiento de naturales de Boza. Corregimiento de naturales de Pasca (en unión con Boza a partir de 1776). Corregimiento de naturales de Guatavita/Chocontá. Corregimiento de naturales de Ubaque/Cáqueza. Corregimiento de Zipaquirá y Ubaté (de nombramiento real, y por lo tanto efectivamente independiente). Corregimiento de naturales de Zipaquirá (tenencia; con teniente adicional en Nemocón). Corregimiento de naturales de Ubaté (tenencia). Partido de Guaduas (sobre la población española). Para el cobro de tributos hasta 1790 parte del corregimiento de naturales de los panches, sujeto a Mariquita. Desde 1790 corregimiento y jurisdicción independiente de Santafé. Jurisdicciones de los Llanos de San Martín y San Juan. Geográficamente parte de la provincia de los Llanos se hallaban agregadas al superior gobierno durante el . Corregimiento de naturales de San Juan. Corregimiento de naturales de Medina y Mambita (creado en 1775). Gobierno de Casanare o de Santiago de las Atalayas o de Chire o de San Juan de los Llanos. A veces, el título de gobernador simplemente se otorgó a corregidores vecinos, como el de Chita, otras veces se combinó con el corregimiento de San Juan de los Llanos. Desde 1797 era gobierno de provisión virreinal. Jurisdicción de Santiago de las Atalayas. Misiones del Meta, luego (ca. 1777) corregimiento de naturales del Meta. Jurisdicción de Chire. Corregimiento de naturales de Los Llanos. Misiones del Arauca (a partir de ca. 1780), luego (1793?) corregimiento de naturales de Cuiloto. Misiones del Casanare, luego (antes de 1770) corregimiento de naturales del Casanare. Jurisdicción de Pore. Corregimiento de naturales de Támara (a partir de ca. 1775). 15px Corregimiento de Tunja. Jurisdicción de Tunja. Corregimiento de naturales de Paipa. Corregimiento de naturales de Chivatá. Corregimiento de naturales de Turmequé. Corregimiento de naturales de Tenza. Corregimiento de naturales de Chita. Corregimiento de naturales de Gámeza. Corregimiento de Sogamoso y Duitama (de nombramiento real, y por lo tanto efectivamente independiente aunque parte de la jurisdicción de Tunja). Corregimiento de naturales de Sogamoso. Corregimiento de naturales de Duitama. Jurisdicción de la Villa de Leyva (tenencia). Corregimiento de naturales de Sáchica (también sobre pueblos en la jurisdicción de Tunja). Jurisdicción de Muzo (con la alcaldía de minas agregada al tenientazgo). 15px Corregimiento de El Socorro, creado en 1795; antes era jurisdicción y tenencia con corregimiento agregado de Tunja. Jurisdicción de El Socorro. Jurisdicción de San Gil (siempre formó tenientazgo común con Socorro). Jurisdicción de Vélez (tenencia, con corregimiento de naturales agregado; en 1795 agregada al nuevo corregimiento de El Socorro. 15px Corregimiento de Pamplona, creado en 1795; antes era jurisdicción de Tunja. Corregimiento de naturales de Servitá. En 1795, algunos el corregimiento de algunos pueblos de Servitá se agregaron al distrito inmediato de Pamplona. Alcaldía Mayor de Salazar de Las Palmas, gobernada por sus alcaldes ordinarios en práctica independencia de Tunja; luego, la jurisdicción se agregó a la nueva provincia de Pamplona. Jurisdicción de la villa de Cúcuta, creada en 1793, antes era parte de Salazar de Las Palmas. Gobierno de San Juan de Girón. A partir de 1795, el título de gobernador de San Juan de Girón se unió al de corregidor de Pamplona, formando una provincia común. Alcaldía Mayor de las Vetas de Pamplona y Bucaramanga. Este territorio se extendió sobre partes de las jurisdicciones de San Juan de Girón y Pamplona y se abolió en 1795, incorporándose a la provincia de Pamplona. Gobierno de San Faustino de los Ríos. 15px Gobierno de Neiva. Jurisdicción de Neiva. Corregimiento de naturales de Paeces (de Neiva, distinto del de Popayán (cf. abajo); se ejerció para el cobro de tributos sobre pueblos de la jurisdicción de Neiva con población paez; solía recaer en el gobernador de Neiva). Jurisdicción de Purificación, con teniente. Corregimiento de naturales de Coyaima y Natagaima. El corregidor de naturales por mucho tiempo estaba sujeto al corregidor de Mariquita aunque el territorio era de Neiva y fue frecuente que el cargo recayese en el teniente de gobernador de Purificación, investido desde Neiva. Jurisdicción de Timaná, con teniente de gobernador. Corregimiento de naturales de Andaquíes (tardío; incluía territorios de Popayán). Jurisdicción de La Plata, con teniente de gobernador. 15px Gobierno de Mariquita. Fue corregimiento hasta 1756, luego gobierno, y volvió a convertirse en corregimiento en 1798. Jurisdicción de Mariquita, con la alcaldía mayor de minas de Lajas/Santa Ana/Bocanemé/Minas de Mariquita. Jurisdicción de Honda, con la Capitanía a Guerra de Nare/Presidio de Cararé. Jurisdicción de Tocaima (a fines de la Colonia, el teniente del territorio tenía su residencia en Mesa de Juan Díaz). Corregimiento de naturales de los Panches, que era solo de hacienda (sin jurisdicción territorial) para el cobro de tributos en Tocaima, Honda, Mariquita e incluso Guaduas. Jurisdicción de La Palma. Jurisdicción de Ibagué. 15px Gobierno de Antioquia. Jurisdicción de Antioquia. Tenientazgo del Valle de los Osos (formado alrededor de 1787). Jurisdicción de Medellín. Jurisdicción de Remedios (con Yolombó y Cancán). Hasta 1756 dependió de Mariquita. Jurisdicción de Cáceres (en ausencia de cabildo reducida a capitanía a guerra). Jurisdicción de Zaragoza (en ausencia de cabildo reducida a capitanía a guerra). Jurisdicción de Arma/Rionegro. Hasta 1757 dependió de Popayán. Jurisdicción de Marinilla. Creada en 1790. Antes formó jurisdicción común con Rionegro, y hasta 1756 había dependido de Remedios, provincia de Mariquita. 15px Gobierno de Cartagena, de complicada estructura interna.