thumb|240px|Plantilla que obtuvo el título del Campeonato Peruano de Fútbol de 1929. El inicio de la historia del Club Universitario de Deportes se remonta al 7 de agosto de 1924 cuando fue fundado por un grupo de jóvenes estudiantes de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, con el nombre de Federación Universitaria de Fútbol. El club fue afiliado a la Federación Peruana de Fútbol en 1928, participando en el Campeonato de Selección y Competencia (Torneo de Primera División). Desde entonces participa en la Primera División del Perú, de la cual nunca ha descendido; siendo a la fecha el equipo peruano más antiguo que se ha mantenido en la máxima categoría del mencionado torneo desde su llegada en 1928.
La «U» está considerada como uno de los tres grandes del fútbol peruano. Disputa sus encuentros de local en el Estadio Monumental, que posee una capacidad para 80 093 espectadores, siendo el segundo estadio de fútbol de mayor capacidad de Sudamérica y uno de los más grandes del mundo. Hasta la fecha es el equipo que ha obtenido más campeonatos nacionales en el Perú, con un total de veintiueve títulos (siete en la era amateur y veintidós en la era profesional). En 1972 fue subcampeón de la Copa Libertadores de América, siendo esta la mejor participación del primer equipo en un torneo internacional. Además cuenta con una Copa Libertadores Sub-20 ganada en el año 2011.
Una de las principales características de Universitario de Deportes es su carácter polideportivo. Además de su sección principal, la de fútbol, el club cuenta con equipos en otras disciplinas deportivas tales como: básquet, voleibol, fútbol sala y fútbol femenino entre otros. También cuenta con un filial del primer equipo de fútbol, denominado Club Deportivo U América que participa en la Copa Perú.
Con 49 participaciones internacionales en torneos oficiales organizados por la Confederación Sudamericana de Fútbol, es junto con Sporting Cristal el conjunto peruano que ha disputado más copas continentales, Es el segundo mejor equipo peruano en la Tabla Histórica de la Copa Libertadores de América, y es considerado por la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol como el mejor equipo peruano del . Además una gran cantidad de futbolistas del club han sido seleccionados para representar al Perú en algún evento internacional, particularmente en sus mayores logros, las ediciones de la Copa América en 1939 y en 1975.
Historia Años 1920: fundación y primeros años
240px|thumb|left|Fachada de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, donde estudiaban algunos de los fundadores y futbolistas del club. José Rubio Galindo, estudiante de la Facultad de Letras, y Luis Málaga Arenas, estudiante de la Facultad de Medicina, dedicaban sus horas libres para intercambiar ideas con miras a concretar un deseo común: «conformar una gran institución». Luego se unirían Plácido Galindo, Eduardo Astengo, Rafael Quirós, Mario de las Casas, Alberto Denegri, Luis de Souza Ferreira (quien anotó el primer gol peruano en una Copa Mundial de Fútbol), Andrés Rotta, Carlos Galindo, Francisco Sabroso, Jorge Góngora, Pablo Pacheco y Carlos Cillóniz entre otros.
Fue así que el 7 de agosto de 1924, a las 19:00 (UTC-5), los estudiantes universitarios se reunieron en la sede de la Federación de Estudiantes del Perú, en la calle Juan de la Coba 106, en la ciudad de Lima, dando origen a la Federación Universitaria de Fútbol; como una asociación de los equipos representativos de las Facultades de la Universidad de San Marcos y las Escuelas Especiales de Ingeniería, Agronomía y Normal Central.
El Comité Nacional de Deportes, antecesor del Instituto Peruano del Deporte y máximo organismo del deporte peruano en aquella época, reconoció a la Federación Universitaria como si fuese una Liga. De ahí que, conjuntamente con la Liga Peruana de Fútbol, la Asociación Amateur, la Liga Chalaca, Circolo Sportivo Italiano y Lima Cricket and Football Club, conformaron la Federación de Fútbol. Tras participar en diferentes torneos interuniversitarios y partidos amistosos entre 1924 y 1927, la Federación Peruana de Fútbol invitó a la Federación Universitaria a participar en el Campeonato de Selección y Competencia (Torneo de Primera División) de 1928.
Debutó oficialmente el 27 de mayo ante el Club José Olaya de Chorrillos, al que venció por 7:1. Al finalizar el campeonato, la Federación Universitaria ocupó el segundo lugar detrás de Alianza Lima, con el que disputó el título en tres encuentros: (victoria 1:0, empate 1:1 y derrota 2:0). En 1929, el campeonato solo contó con la participación de doce equipos debido a la suspensión de Alianza Lima por negarse a ceder a sus futbolistas a la selección. En este torneo, Universitario obtuvo su primer título nacional, al finalizar el campeonato con siete victorias, tres empates y una derrota completando diecisiete puntos, uno más que el Circolo Sportivo Italiano al que había derrotado por 7:0. Carlos Cillóniz, futbolista de Universitario, anotó ocho goles, convirtiéndose en el máximo goleador del campeonato.
Años 1930: el debut de Lolo Fernández En 1930 se llevó a cabo la primera Copa del Mundo en Montevideo, Uruguay, y la selección peruana asistió a dicho acontecimiento con una plantilla en la que destacaba la presencia de ocho futbolistas del cuadro merengue (Eduardo Astengo, Carlos Cillóniz, Luis de Souza Ferreira, Alberto Denegri, Arturo Fernández, Plácido Galindo, Jorge Góngora y Pablo Pacheco). Luego del mundial se realizó la primera gira oficial del club: viajó a provincias en barco de vapor para enfrentar al Association White Star, al que derrotó por 1:0, luego realizó una gira por Huacho y participó en la Copa Gubbins. Ese mismo año, formó parte del grupo 2 en el torneo nacional, consiguiendo dos victorias y un empate, con lo cual avanzó a la liguilla final, donde ocupó el tercer lugar. 180px|thumb|Teodoro Fernández en su primera temporada con Universitario de Deportes. Al año siguiente, internamente surgieron discrepancias con las autoridades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, pues el rector José Antonio Encinas prohibió la utilización del nombre —Federación Universitaria de Fútbol— y ello dio lugar al cambio, por «Club Universitario de Deportes», independizándose totalmente de la universidad. El 29 de noviembre de 1931, debutó en el club a los 18 años de edad Teodoro Fernández Meyzán, más conocido como Lolo Fernández en un encuentro internacional ante el Magallanes de Chile. En ese encuentro, Lolo anotó de cabeza el gol del triunfo de la U. En el torneo amateur de 1932, la «U» obtuvo el subcampeonato con cinco victorias y dos empates, y Fernández fue el máximo goleador del campeonato con once goles.
El torneo de 1934 generó controversia debido a que, según las bases del campeonato, debían sumarse en una sola tabla los puntos obtenidos por los primeros equipos y una fracción de lo que obtenían sus reservas, por lo que supuestamente el título debió ser otorgado a Alianza Lima; sin embargo, los dirigentes del club reclamaron ante la Federación Peruana de Fútbol argumentando que el puntaje de las reservas tendría que agregarse después de dirimir quién ganaba el título de Primera, por lo que se disputó un encuentro extra entre ambos equipos con victoria para los universitarios por marcador de 2:1, obteniendo así su segundo título nacional, reconocido oficialmente por la Federación Peruana de Fútbol y la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional.
El torneo amateur de 1935 solo contó con la participación de cinco equipos: Alianza Lima, Sport Boys, Sportivo Tarapacá, Universitario y Mariscal Sucre Se disputó entre el 15 de septiembre y el 20 de octubre. El único equipo que jugó todos sus encuentros fue Sport Boys. Los otros equipos solo disputaron dos encuentros y no siguieron haciéndolo, ya que al haber ganado los rosados en todas sus presentaciones, se coronó campeón nacional; Universitario finalizó en el tercer lugar con tres puntos. En 1936 no se realizó el campeonato debido a la participación de la selección peruana en los Juegos Olímpicos de Berlín 1936.
En aquellos Juegos Olímpicos, el cuadro crema aportó a la selección a cuatro futbolistas (Arturo Fernández, Teodoro Fernández, Orestes Jordán y Carlos Tovar), con una gran actuación de Lolo Fernández quien fue el segundo máximo goleador del torneo olímpico de fútbol con siete goles. Luego de ocupar el tercer lugar en la temporada de 1937, en 1938 el equipo inició un período que duró cinco años y cinco meses sin sufrir derrotas en el clásico del fútbol peruano. Un año después la «U» entrenado por el inglés Jack Greenwell, logró el tercer título de su historia deportiva. Consiguió nueve triunfos, tres empates y solo dos derrotas, marcando treinta y dos goles, mientras que los rivales únicamente pudieron batir a su guardameta en catorce oportunidades. En aquel campeonato, la escuadra estudiantil disputó su encuentro oficial número 100 en la victoria por 7:1 ante el Atlético Córdoba.
Años 1940: el primer bicampeonato 240px|thumb|left|Equipo de Universitario de Deportes de 1941, antes de disputar un partido. El campeonato de 1941 contó con la participación de ocho clubes y se disputó mediante dos rondas con encuentros de ida y vuelta. Sin embargo, en la decimosegunda fecha el torneo fue suspendido debido a la participación de la selección peruana en el Campeonato Sudamericano de aquel año. Una vez reanudado, Universitario de Deportes consiguió el título tras vencer en los dos últimos encuentros al Atlético Chalaco y Alianza Lima por 1:0 y 3:1 respectivamente. 180px|thumb|Alberto Terry, integrante de la plantilla que obtuvo el campeonato de 1949. El 19 de diciembre de 1944, durante el gobierno de Manuel Prado Ugarteche, se dictó la Ley 10.191 que adjudicó al club el terreno donde sería construido el Estadio Lolo Fernández; ese mismo año la «U» ocupó el tercer lugar en el campeonato con quince puntos. Al año siguiente obtuvo nuevamente el título nacional tras diez victorias, un empate y tres derrotas. En esa competencia marcó 270 goles en 56 encuentros (con un promedio de 4,8 goles por partido), récord de efectividad hasta la actualidad en el fútbol peruano. El goleador del campeonato fue Lolo con dieciséis anotaciones.
En 1946, por primera vez el campeonato se disputó mediante el formato de tres rondas, y el cuadro merengue consiguió su primer bicampeonato gracias al trío ofensivo formado por Víctor Espinoza, Lolo Fernández y Eduardo Fernández (entre los tres futbolistas marcaron cuarenta y un anotaciones). El 14 de abril de 1946, Eduardo Fernández anotó seis goles en un clásico. El encuentro finalizó con marcador de 6:2 a favor de los merengues. En 1947, la U, en su más bajo rendimiento en la era amateur, ocupó el octavo lugar y salvó la categoría, ya que tanto Universitario como Sporting Tabaco (que había ocupado el séptimo lugar) rehusaron disputar un encuentro extra para definir quién descendía a segunda división. Debido a esto, la Asociación No Amateur resolvió anular el descenso.
En el torneo amateur de 1948, ocupó el cuarto lugar con veintiocho puntos en la tabla final. El club celebró sus bodas de plata y obtuvo el campeonato de 1949, tras vencer en su último encuentro al Atlético Chalaco. Los cremas, en el choque final, vencieron 4:3. A pesar de haber resultado campeón, el 12 de junio de ese mismo año, ocurrió la mayor goleada en los superclásicos. El club sufrió una derrota por marcador de 9:1 en un Torneo Apertura no oficial organizado por la Asociación No Amateur (ANA), en el cual participaron solo cuatro equipos. En 1950 se llevó a cabo el último campeonato en la era amateur, donde Universitario de Deportes finalizó en el quinto lugar con nueve victorias, dos empates y siete derrotas. Alberto Terry fue el máximo goleador del torneo con dieciséis anotaciones.
Años 1950: el profesionalismo y el adiós de un ídolo