La Copa de la UEFA 2008-09 fue la edición número 38 de la competición, siendo la última que se disputó con el formato de la Copa de la UEFA, ya que se produjeron cambios en la temporada 2009/2010. Además, Inglaterra, como federación ganadora del premio UEFA Fair Play tuvo una plaza adicional.
La final, disputada en el Estadio Şükrü Saracoğlu de Estambul (Turquía), el 20 de mayo de 2009, enfrentó al Shakhtar Donetsk y al Werder Bremen, con victoria para el conjunto ucraniano por 2-1 tras la prórroga, convirtiéndose en el primer equipo de su país en ganar un título de la UEFA desde la independencia del mismo.
Rondas previas miniatura|Regiones UEFA Primera ronda previa
Zona Norte Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaFH Hafnarfjörður 20px|Islandia 8:3 20px|Luxemburgo Grevenmacher 3:25:1 Vėtra 20px|Lituania1:2 20px|Noruega Viking1:00:2Racing FC 20px|Luxemburgo 1:1020px|Suecia Kalmar 0:31:7Honka 20px|Finlandia 4:2 20px|Islandia ÍA Akranes 3:01:2Glentoran 20px|Irlanda del Norte 1:320px|Letonia Liepājas Metalurgs 1:10:2Brøndby 20px|Dinamarca3:0 20px|Islas Faroe B36 Tórshavn 1:02:0TVMK Tallin 20px|Estonia 0:8 20px|Dinamarca Nordsjælland 0:30:5EB/Streymur 20px|Islas Faroe 0:420px|Inglaterra Manchester City FC 0:20:2Olimps Rīga 20px|Letonia 0:3 20px|Irlanda St Patrick's Athletic 0:10:2Djurgården 20px|Suecia (v)2:2 20px|Estonia Flora Tallin 0:02:2Sūduva Marijampolė 20px|Lituania2:020px|Gales The New Saints 1:01:0Cliftonville 20px|Irlanda del Norte 0:11 20px|Dinamarca Copenhague 0:40:7Cork City 20px|Irlanda 2:6 20px|Finlandia Haka 2:20:4Bangor City 20px|Gales 1:10 20px|Dinamarca Midtjylland 1:60:4
Zona Centro-Este Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaRed Bull Salzburgo 20px|Austria 10:0 20px|Armenia Banants Yerevan 7:03:0Győr 20px|Hungría 3:2 20px|Georgia FC Zestaponi 1:12:1Ararat Yerevan 20px|Armenia1:4 20px|Suiza Bellinzona0:11:3Dacia Chişinău 20px|Moldavia 2:4 20px|Serbia Borac Čačak 1:11:3 Tobol 20px|Kasajistan 1:2 20px|Austria Austria Viena 1:00:2Hertha de Berlín 20px|Alemania8:120px|Moldavia Nistru Otachi 8:10:0Khazar Lenkoran 20px|Azerbaiyán 1:5 20px|Polonia Lech Poznań 0:11:4Legia de Varsovia 20px|Polonia 4:1 20px|Bielorrusia Gomel 0:04:1Spartak Trnava 20px|Eslovaquia2:3 20px|Georgia WIT Georgia 2:20:1MTZ-RIPO 20px|Bielorrusia 2:3 20px|Eslovaquia MŠK Žilina 2:20:1Shakhter Karagandy 20px|Kazajistán1:2 20px|Hungría Debreceni 2:20:1Vojvodina 20px|Serbia 2:1 20px|Azerbaiyán Olimpik Bakú 1:01:1
Zona Sur-Mediterráneo Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaCherno More 20px9:0 20px|Andorra Sant Julià 4:05:0Pelister 20px|Macedonia 0:1 20px|Chipre APOEL 0:00:1Váduz 20px|Liechtenstein 1:5 20px|Bosnia y Herzegovina Zrinjski Mostar 1:20:3Široki Brijeg 20px|Bosnia y Herzegovina3:1 20px|Albania Partizani 0:03:1Ironi Kiryat Shmona 20px|Israel4:1 20px|Montenegro Mogren 1:13:0Koper 20px|Eslovenia1:2 20px|Albania Vllaznia Shkodër 1:20:0Zeta 20px|Montenegro1:2 20px|Eslovenia Interblock Ljubljana 1:10:1Hapoel Tel Aviv 20px|Israel5:0 20px|San Marino Juvenes/Dogana 3:02:0Hajduk Split 20px|Croacia7:0 20px|Malta Birkirkara 4:03:0Omonia 20px|Chipre4:1 20px|Macedonia Milano 2:02:1Marsaxlokk 20px|Malta0:820px|Croacia Slaven Belupo 0:40:4
Segunda ronda previa
Zona Norte Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaDjurgården 20px|Suecia 2:6 20px|Noruega Rosenborg 2:10:5Queen of the South 20px|Escocia 2:4 20px|Dinamarca Nordsjælland 1:21:2KAA Gent 20px|Bélgica 2:5 20px|Suecia Kalmar FF 2:10:4Manchester City FC 20px|Inglaterra (p 4-2)1:1 20px|Dinamarca Midtjylland 0:11:0Honka 20px|Finlandia 2:1 20px|Noruega Viking FK 0:02:1FC Haka 20px|Finlandia 0:6 20px|Dinamarca Brøndby IF 0:40:2Stabæk 20px|Noruega 2:3 20px|Francia Stade Rennais FC 2:10:2FC Copenhague 20px|Dinamarca 7:3 20px|Noruega Lillestrøm 3:14:2Elfsborg 20px|Suecia 3:4 20px|Irlanda St Patrick's Athletic 2:21:2FH Hafnarfjörður 20px|Islandia 2:5 20px|Inglaterra Aston Villa FC 1:41:1
Zona Centro-Este Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaLiepājas Metalurgs 20px 1:5 20px Vaslui 0:21:3Zürich 20px (p 4-2)2:2 20px Sturm Graz 1:11:1Stuttgart 20px 6:2 20px Győri ETO 2:14:1Lech Poznań 20px 6:0 20px Grasshopper6:00:0Slovan Liberec 20px 2:4 20px Žilina 1:21:2WIT Georgia 20px 0:2 20px Austria Viena suspendidoEl partido fue suspendido debido al conflicto político que hubo entre Georgia y Rusia, por lo que se jugó un solo partido en Viena.0:2Young Boys 20px 7:3 20px Debreceni 4:13:2Legia Varsovia 20px 1:4 20px Moscú 1:20:2Dnipro Dnipropetrovsk 20px 4:4(v) 20px Bellinzona 3:21:2Interblock Ljubljana 20px 0:3 20px Hertha de Berlín 0:20:1Sūduva Marijampolė 20px 2:4 20px Red Bull Salzburgo 1:41:0
Zona Sur Mediterráneo Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaŠiroki Brijeg 1:6 Beşiktaş 1:20:4Sporting Braga 3:0 Zrinjski Mostar 1:02:0Borac Čačak 2:1 Lokomotiv Sofía 1:01:1Vojvodina 0:3 Hapoel Tel Aviv 0:00:3Aris Thessaloniki 1:2 Slaven Belupo 1:00:2Litex Lovech 2:1 Ironi Kiryat Shmona 0:02:1Deportivo de La Coruña 2:0 Hajduk Split 0:02:0APOEL Nicosia (v)5:5 Estrella Roja de Belgrado 2:23:3Vllaznia Shkodër 0:8 Napoli 0:30:5Maccabi Netanya 1:3 Cherno More 1:10:2AEK Atenas 2:3 Omonia 0:12:2
Primera ronda Los 32 equipos que estaban clasificados automáticamente para esta ronda, más los otros 32 equipos que se clasificaron por la ronda anterior, sumando los 16 perdedores de la tercera ronda clasificatoria de la Liga de Campeones 2008-09 dieron un total de 80 equipos que fueron emparejados en 8 grupos de 5 emparejamientos cada uno, los 40 ganadores de cada emparejamiento se clasificaron para la fase de grupos.Los partidos de ida se jugaron el 18 de septiembre, a excepción del Nordsjælland - Olympiacos, Hertha de Berlín - St. Patrick's Athletic y APOEL - Schalke 04 que se disputaron el 16 del mismo mes, y los partidos de vuelta se efectuaron el 2 de octubre, excepto el CSKA de Moscú - Slaven Belupo y el St. Patrick's Athletic - Hertha de Berlín que se jugaron el 30 de septiembre.
Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 1 Milan 4:1 Zürich 3:1 1:0 Timişoara 1:3 Partizan Belgrado 1:2 0:1Hertha Berlín 2:0 St. Patrick's Athletic 2:00:0 Baník Ostrava 1:2 Spartak Moscú 0:1 1:1 Beşiktaş 2:4 Metalist Kharkiv 1:0 1:4 Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 2 Portsmouth 4:2 Vitória Guimarães 2:0 2:2 (pró.) Kayserispor 1:2 París Saint-Germain 1:2 0:0Sevilla 4:0 Red Bull Salzburgo 2:0 2:0 Wolfsburgo 2:1 Rapid Bucarest 1:0 1:1 Sampdoria 7:1 FBK Kaunas 5:0 2:1 Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 3 Marítimo 1:3 Valencia 0:1 1:2 Dinamo Zagreb (v.) 3:3 Sparta Praga 0:0 3:3Omonia 2:4 Manchester City 1:2 1:2Young Boys 3:4 Brujas 2:2 0:2Nancy 3:0 Motherwell 1:0 2:0 Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 4 Everton 3:4 Standard Lieja 2:2 1:2Napoli 3:4 Benfica 3:2 0:2Bellinzona 4:6 Galatasaray 3:4 1:2NEC Nijmegen 1:0 Dinamo Bucarest 1:0 0:0Racing de Santander 2:0 Honka 1:0 1:0 Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 5 APOEL Nicosia 2:5 Schalke 04 1:4 1:1 Litex Lovech 2:4 Aston Villa 1:3 1:1Austria Viena 4:5 Lech Poznań 2:1 2:4 Vitória 3:6 Heerenveen 1:1 2:5 Brann 2:2 (2-3 p.) Deportivo de La Coruña 2:0 0:2 Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 6 Slavia Praga (v.) 1:1 Vaslui 0:0 1:1Slaven Belupo 1:3 CSKA Moscú 1:2 0:1Brøndby 3:5 Rosenborg 1:2 2:3 Cherno More Varna 3:4 VfB Stuttgart 1:2 2:2 Stade Rennais 2:2 (v.) Twente 2:1 0:1 Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 7 Borac Čačak 1:6 Ajax Ámsterdam 1:4 0:2 Tottenham Hotspur 3:2 Wisła Cracovia 2:1 1:1FC Moscú 2:3 Copenhague 1:2 1:1 Žilina 2:1 Levski Sofia 1:1 1:0 Borussia Dortmund 2:2 (3-4 p.) Udinese 0:2 2:0 Equipo local idaResultadoEquipo visitante idaIdaVueltaGrupo 8 Sporting Braga 6:0 FC Artmedia Bratislava 4:0 2:0 Feyenoord de Róterdam (v.) 2:2 Kalmar 0:1 2:1Hamburgo 2:0 Unirea Urziceni 0:0 2:0 Hapoel Tel Aviv 2:4 Saint-Étienne 1:2 1:2 Nordsjælland 0:7 Olympiacos 0:2 0:5
Fase de grupos El sorteo de la fase de grupos se celebró el 7 de octubre de 2008 en Nyon, Suiza. Los 40 equipos se dividieron en cinco grupos en función de su coeficiente UEFA. Los ocho equipos con mayor coeficiente se encontraban en la Copa 1, los siguientes ocho en la Copa 2 y así sucesivamente. El sorteo tuvo la salvedad de que en un mismo grupo no podían coincidir equipos de un mismo país.
Grupo A EquipoPtsPJPGPEPPGFGCDG Manchester City74 2 1 1 6 5 +1 Twente64 2 0 2 5 8 -3 París Saint-Germain54 1 2 1 7 5 +2 Racing de Santander54 1 2 1 6 5 +1 Schalke 0444 1 1 2 5 6 -1
FechaEstadioLocalResultadoVisitante23 de octubre Arke Stadion Twente1:0 Racing de Santander23 de octubre Veltins-Arena Schalke 043:1 París Saint-Germain6 de noviembre El Sardinero Racing de Santander1:1 Schalke 046 de noviembre Ciudad de Mánchester Manchester City3:2 Twente 27 de noviembre Parc des Princes París Saint-Germain2:2 Racing de Santander27 de noviembre Veltins-Arena Schalke 040:2 Manchester City3 de diciembre Ciudad de Mánchester Manchester City0:0 París Saint-Germain3 de diciembre Arke Stadion Twente2:1 Schalke 0418 de diciembre Parc des Princes París Saint-Germain FC4:0 Twente 18 de diciembre El Sardinero Racing de Santander3:1 Manchester City
Grupo B EquipoPtsPJPGPEPPGFGCDG Metalist Kharkiv104 3 1 0 3 0 +3 Galatasaray94 3 0 1 4 1 +3 Olympiacos64 2 0 2 9 3 +6 Hertha Berlín24 0 2 2 1 6 -5 Benfica14 0 1 3 2 9 -7
FechaEstadioLocalResultadoVisitante23 de octubre Olímpico de Berlín Hertha Berlín1:1 Benfica23 de octubre Ali Sami Yen Galatasaray1:0 Olympiacos6 de noviembre Estádio da Luz Benfica0:2 Galatasaray6 de noviembre Metalist Stadium Metalist Járkov0:0 Hertha Berlín27 de noviembre Georgios Karaiskakis Olympiacos5:1 Benfica27 de noviembre Ali Sami Yen Galatasaray0:1 Metalist Járkov3 de diciembre Metalist Stadium Metalist Járkov1:0 Olympiacos3 de diciembre Olímpico de Berlín Hertha Berlín0:1 Galatasaray18 de diciembre Georgios Karaiskakis Olympiacos4:0 Hertha Berlín18 de diciembre Estádio da Luz Benfica0:1 Metalist Járkov
Grupo C EquipoPtsPJPGPEPPGFGCDG Standard Lieja94 3 0 1 5 3 +2 VfB Stuttgart74 2 1 1 6 3 +3 Sampdoria74 2 1 1 4 5 -1 Sevilla64 2 0 2 5 2 +3 Partizan de Belgrado04 0 0 4 1 8 -7
FechaEstadioLocalResultadoVisitante23 de octubre Ramón Sánchez Pizjuán Sevilla2:0 Stuttgart23 de octubre Partizan Stadium Partizan de Belgrado1:2 Sampdoria6 de noviembre Mercedes-Benz Arena Stuttgart2:0 Partizan de Belgrado6 de noviembre Maurice Dufrasne Standard de Lieja1:0 Sevilla27 de noviembre Luigi Ferraris Sampdoria1:1 Stuttgart27 de noviembre Partizan Stadium Partizan de Belgrado0:1 Standard de Lieja3 de diciembre Maurice Dufrasne Standard de Lieja3:0 Sampdoria3 de diciembre Ramón Sánchez Pizjuán Sevilla3:0 Partizan de Belgrado18 de diciembre Luigi Ferraris Sampdoria1:0 Sevilla18 de diciembre Mercedes-Benz Arena Stuttgart3:0 Standard de Lieja
Grupo D EquipoPtsPJPGPEPPGFGCDG Udinese94 3 0 1 6 4 +2 Tottenham Hotspur74 2 1 1 7 4 +3 NEC Nijmegen64 2 0 2 6 5 +1 Spartak Moscú44 1 1 2 5 6 -1 Dinamo Zagreb34 1 0 3 4 9 -5
FechaEstadioLocalResultadoVisitante23 de octubre Stadio Friuli Udinese2:0 Tottenham Hotspur23 de octubre Maksimir Stadium Dinamo Zagreb3:2 NEC Nijmegen6 de noviembre White Hart Lane Tottenham Hotspur4:0 Dinamo Zagreb6 de noviembre Olímpico Luzhniki Spartak Moscú1:2 Udinese27 de noviembre Stadion de Goffert NEC Nijmegen0:1 Tottenham Hotspur27 de noviembre Maksimir Stadium Dinamo Zagreb0:1 Spartak Moscú3 de diciembre Olímpico Luzhniki Spartak Moscú1:2 NEC Nijmegen3 de diciembre Stadio Friuli Udinese2:1 Dinamo Zagreb18 de diciembre Stadion de Goffert NEC Nijmegen2:0 Udinese18 de diciembre White Hart Lane Tottenham Hotspur2:2 Spartak Moscú
Grupo E EquipoPtsPJPGPEPPGFGCDG Wolfsburgo104 3 1 0 13 7 +6 Milan84 2 2 0 8 5 +3 Sporting de Braga64 2 0 2 7 5 +2 Portsmouth44 1 1 2 7 8 -1 Heerenveen04 0 0 4 3 13 -10