La Copa de la UEFA 1998-99 se disputó entre julio de 1998 y mayo de 1999, con la participación total de 104 equipos distintos, representantes de 49 federaciones nacionales afiliadas a la UEFA. Para la clasificación a la fase final de la competición se disputaron dos rondas previas, donde 20 equipos se unieron a los otros 44 clasificados directamente para la fase final.

La final, a partido único, se disputó el 12 de mayo de 1999 en el estadio Olímpico Luzhniki de Moscú, en Rusia, y enfrentó al Parma y al Olympique de Marsella. El equipo transalpino se impuso por un contundente 3-0, logrando así su segunda Copa de la UEFA y cuarto título europeo, sólo 9 años después de su debut en la Serie A italiana.

Rondas previas de clasificación

Primera ronda

Equipo Local IdaResultadoEquipo Visitante IdaIdaVueltaJK Sadam Tallinn 1:5 Polonia Varsovia0:2 1:3KFC Germinal Ekeren 4:1 FK Sarajevo4:1 0:0FC Belshyna Babruisk 1:3 CSKA Sofía0:0 1:3NK Mura Murska Sobota 8:2 FK Daugava Riga6:1 2:1Shakhtar Donetsk 6:1 Birkirkara2:1 4:0CS Tiligul-Tiras Tiraspol 0:6 Anderlecht0:1 0:5FC Shirak Gyumri 0:7 Malmö0:2 0:5Ferencváros 14:1   CE Principat6:0 8:1AC Omonia 8:6 Linfield5:1 3:5Shelbourne 3:7 Rangers3:5 0:2Newtown 0:7 Wisła Cracovia0:0 0:7Union Luxembourg 0:7 IFK Göteborg0:3 0:4HB Tórshavn 2:4 Vaasan Palloseura2:0 0:4ÍA Akraness     3:3 (v.) FK Žalgiris Vilnius3:2 0:1FK Željezničar Sarajevo 1:2 Kilmarnock1:1 0:1FC Argeş Piteşti 7:1 Dinamo Bakú5:1 2:0Hapoel Tel Aviv 6:2 FinnPa Helsinki3:1 3:1Inter Bratislava 4:0 KF Tirana2:0 2:0Oţelul Galaţi 4:1 Sloga Jugomagnat3:0 1:1Kolkheti-1913   0:11 Estrella Roja de Belgrado0:4 0:7

Segunda ronda

Equipo Local IdaResultadoEquipo Visitante IdaIdaVueltaPolonia Varsovia 0:2 Dinamo Moscú0:1 0:1KFC Germinal Ekeren 3:5 Servette1:4 2:1Molde 0:2 CSKA Sofía0:0 0:2NK Mura Murska Sobota 0:2 Silkeborg IF0:0 0:2Zürich 6:3 Shakhtar Donetsk4:0 2:3NK Osijek     3:3 (v.) Anderlecht3:1 0:2Hajduk Split 3:2 Malmö1:1 2:1Ferencvárosi 4:6 AEK Atenas4:2 0:4Omonia     3:3 (v.) Rapid Viena3:1 0:2Rangers 2:0 PAOK Salónica2:0 0:0Wisła Cracovia 7:2 Trabzonspor5:1 2:1IFK Göteborg     2:2 (v.) Fenerbahçe2:1 0:1Vaasan Palloseura 0:3 Grazer0:0 0:3Brann 1:0 Žalgiris Vilnius1:0 0:0Sigma Olomouc 4:0 Kilmarnock2:0 2:0Argeş Piteşti (v.) 4:4     Istanbulspor2:0 2:4Hapoel Tel Aviv     1:1 (p.) Strømsgodset1:0 0:1Slavia Praga 4:2 Inter Bratislava4:0 0:2Vejle 6:0 Oţelul Galaţi3:0 3:0Estrella Roja 4:2 Rotor Volgograd2:1 2:1

Treintaidosavos de final

Equipo Local IdaResultadoEquipo Visitante IdaIdaVueltaDinamo Moscú 5:4 Skonto2:2 3:2Sparta Praga 2:5 Real Sociedad2:4 0:1Servette     2:2 (v.) CSKA Sofía2:1 0:1Atlético de Madrid 3:0 Obilić2:0 1:0Silkeborg 0:3 Roma0:2 0:1Leeds United (p.) 1:1     Marítimo1:0 0:1Vitória Guimarães 2:4 Celtic1:2 1:2Zürich 7:2 Anorthosis Famagusta4:0 3:2Anderlecht 0:2 Grasshopper0:0 0:2Fiorentina 2:1 Hajduk Split2:1 0:0Vitesse 6:3 AEK Atenas3:0 3:3Girondins de Bordeaux 3:2 Rapid Viena1:1 2:1Udinese 1:2 Bayer Leverkusen1:1 0:1Beitar Jerusalén 3:5 Rangers1:1 2:4Maribor 0:5 Wisła Cracovia0:2 0:3Fenerbahçe 2:3 Parma1:0 1:3Litex Lovech 1:3 Grazer1:1 0:2ŁKS Łódź 1:3 Mónaco1:3 0:0Brann 2:4 Werder Bremen2:0      0:4(pr)Sigma Olomouc 2:6 Olympique de Marsella2:2 0:4Argeş Piteşti 0:8 Celta de Vigo0:1 0:7Aston Villa 6:2 Strømsgodset3:2 3:0Košice 0:8 Liverpool0:3 0:5Steaua Bucarest 3:7 Valencia3:4 0:3Sporting de Portugal 1:4 Bologna0:2 1:2Schalke 04     1:1 (p.) Slavia Praga1:0 0:1Willem II 6:0 Dinamo Tbilisi3:0 3:0Vejle 1:5 Real Betis1:0 0:5Estrella Roja (p.) 3:3     Metz2:1 1:2Blackburn Rovers 2:3 Olympique de Lyon0:1 2:2VfB Stuttgart 4:3 Feyenoord Rotterdam1:3 3:0Újpest 2:7 Brujas0:5 2:2

Dieciseisavos de final

Equipo Local IdaResultadoEquipo Visitante IdaIdaVueltaDinamo Moscú 2:6 Real Sociedad2:3 0:3CSKA Sofía 2:5 Atlético de Madrid2:4 0:1Roma 1:0 Leeds United1:0 0:0Celtic 3:5 Zürich1:1 2:4Grasshopper 3:2 Fiorentina0:2 3:0Vitesse 1:3 Girondins de Bordeaux0:1 1:2Bayer Leverkusen 2:3 Rangers1:2 1:1Wisła Cracovia 2:3 Parma1:1 1:2Grazer 3:7 Mónaco3:3 0:4Werder Bremen 3:4 Olympique de Marsella1:1 2:3Celta de Vigo 3:2 Aston Villa0:1 3:1Liverpool (v.) 2:2     Valencia0:0 2:2Bologna 4:1 Slavia Praga2:1 2:0Willem II 1:4 Real Betis1:1 0:3Estrella Roja 3:5 Olympique de Lyon1:2 2:3VfB Stuttgart 3:4 Brujas1:1      2:3 (pró.)

Rondas finales

Final 3012 de mayo de 1999 22:00 , </span> — 62.000 espectadores    1POR Gianluigi Buffon  21DEF Lilian Thuram    6DEF Roberto Sensini   17DEF Fabio Cannavaro  24DEF Paolo Vanoli  15MED Alain Boghossian    8MED Dino Baggio    7MED Diego Fuser  11MED Juan Sebastián Verón  20DEL Enrico Chiesa    9DEL Hernán CrespoEntrenador Alberto Malesani  16POR Stéphane Porato    2DEF Patrick Blondeau    5DEF Laurent Blanc   17DEF Cyril Domoraud  28DEF Edson da Silva    4MED Pierre Issa    8MED Frédéric Brando  27MED Daniel Bravo  10MED Jocelyn Gourvennec    7DEL Robert Pirès    9DEL Florian MauriceEntrenador Rolland CourbisSustituciones  18DEL Abel Balbo  23MED Stefano Fiore  10DEL Faustino Asprilla  13DEL Titi CamaraGoles12px26'Hernán Crespo1-012px36'Paolo Vanoli2-012px55'Enrico Chiesa3-0Amonestaciones89'Faustino Asprilla50'Patrick BlondeauÁrbitro Hugh DallasÁrbitros asistentes Robert Gunn John McElhinneyCuarto árbitro William Young

Máximos goleadores

JugadorEquipoGoles Darko Kovačević |align="left"| Real Sociedad<center>8 |- |align="left"| Enrico Chiesa Parma |<center>8 Tomasz Kulawik |align="left"| Wisła Cracovia<center>'''8

1998-99 Copa de la UEFA Copa de la UEFA