El Torneo del Interior 2006 fue la segunda temporada de éste certamen para clubes indirectamente afiliados a la AFA.
De los clubes participantes, 195 se incorporaron como ganadores de sus respectivas ligas regionales, más a veces los que terminan en segunda o tercera posición son los que clasifican ha dicho torneo federal por la cantidad de participantes en la máxima categoría de la liga, por deserción del ganador o porque este último ya compite en una categoría superior. Mientras que Germinal fue el único de los descendidos del Argentino B que participó.
El torneo otorgó tres ascensos directos al Torneo Argentino B 2006-07, mientras que los perdedores de las finales disputaron la promoción. Sin embargo, finalizado el torneo, otros 4 clubes fueron invitados al Argentino B, por motivo de reestructuración.
Sistema de disputa
Primera fase
Fase de grupos: Los 196 equipos participantes se dividieron en cincuenta (50) zonas de tres (3) (4 zonas) y cuatro (4) (46 zonas) equipos cada una, dependiendo de su cercanía geográfica; donde se enfrentaron entre ellos a partidos de ida y vuelta. Clasificaron a la segunda fase los primeros y segundos de cada grupo de cuatro equipos y los primeros de los grupos de tres equipos. Segunda fase
Fase eliminatoria: Los 96 clasificados se dividieron en tres grupos de llaves eliminatorias, a fin de determinar tres campeones simultáneamente, y se enfrentaron en eliminatorias a doble partido.
Ascensos: Los equipos que resultasen campeones ascendían al Torneo Argentino B 2006-07 mientras que los finalistas disputaban encuentros de promoción contra tres (3) equipos provenientes del Torneo Argentino B 2005-06 para poder ascender.Debido a una reestructuración del Torneo Argentino B; se invitó a participar de la siguiente temporada a cuatro (4) equipos; mientras que también se programó un cuarto ascenso.
Equipos participantes
Distribución geográfica de los equipos
RegiónEquipos Provincia de Buenos Aires53 Provincia de Catamarca5 Provincia del Chaco13 Provincia del Chubut3 Provincia de Córdoba13 Provincia de Corrientes11 Provincia de Entre Ríos13 Provincia de Formosa7 Provincia de Jujuy6 Provincia de La Pampa5border|20px Provincia de La Rioja4 Provincia de Mendoza6 Provincia de Misiones4 Provincia del Neuquén3 Provincia de Río Negro6 Provincia de Salta10 Provincia de San Juan1 Provincia de San Luis4 Provincia de Santa Cruz5 Provincia de Santa Fe14 Provincia de Santiago del Estero7 Provincia de Tierra del Fuego0 Provincia de Tucumán3Total||align=center|196
Zonas Zona Club Ciudad Provincia Liga de OrigenZona 1S. y D. Lago ArgentinoEl CalafateSanta CruzLiga de fútbol SurAsociación Atlético Boxing ClubRío GallegosSportivo Santa CruzPuerto Santa CruzLiga de Fútbol CentroEstrella del NorteCaleta OliviaLiga de Fútbol NorteZona 2Estrella del SurCaleta OliviaGeneral San MartínEsquelChubutLiga de fútbol del OesteGerminal DRawsonLiga de fútbol Valle del ChubutComisión de Actividades InfantilesTrelewZona 3Estudiantes UnidosBarilocheRío NegroLiga de fútbol de BarilocheAcademia de fútbol PillmantunCipollettiLiga Deportiva ConfluenciaLos MenucosLos MenucosLiga Rionegrina de fútbolAtlético Villa IrisNeuquénNeuquénLiga de Fútbol del NeuquénZona 4MaroneseNeuquénS. D. Los CanalesPlottierUnión Alem ProgresistaAllenRío NegroLiga Deportiva ConfluenciaIndependienteRío ColoradoLiga de fútbol de Río ColoradoZona 5Club Sol de MayoViedmaLiga Rionegrina de fútbolDeportivo PatagonesCarmen de PatagonesBuenos AiresClub Bella VistaBahía BlancaLiga del SurLiniersBahía BlancaZona 6U.S. y D. BowenBowenMendozaLiga Alvearense de FútbolDeportivo ArgentinoSan RafaelLiga Sanrafaelina de FútbolDep. GuaymallénGuaymallénLiga Mendocina de fútbolAtlético ArgentinoSan JoséZona 7Huracán Las HerasLas HerasGutiérrez Sport ClubGeneral GutiérrezDel BonoRivadaviaSan JuanLiga Sanjuanina de fútbolDefensores del OesteSan LuisSan LuisLiga Sanluiseña de fútbolZona 8S. y D. ArizonaArizonaC.S.A. Ferrocarril OesteIntendente AlvearLa PampaLiga Pampeana de fútbolDep. Mac AllisterSanta RosaLiga Cultural de fútbolZona 9Atlético All BoysSanta RosaCosta BravaGeneral PicoLiga Pampeana de fútbolFerrocarril OesteGeneral PicoZona 10Américo TesorieriLa Riojaborder|20px