La Iglesia católica se organizó territorialmente en diócesis agrupadas en provincias eclesiásticas encabezadas por arquidiócesis durante el dominio de los reyes de España en las Indias (América y las Filipinas).
Los asuntos religiosos de Indias
Por el breve Inter caetera del papa Alejandro VI del 3 de mayo de 1493 redactado poco después del regreso de Cristóbal Colón de su primer viaje a América, el papa otorgó a los reyes de Castilla y León el dominio sobre cada una de las tierras e islas ya citadas, así las desconocidas como las hasta ahora descubiertas por vuestros enviados y las que se descubran en adelante, que bajo el dominio de otros señores cristianos no estén constituidas en el tiempo presente. En contrapartida les impuso a los reyes la obligación de enviar misioneros para convertir a las poblaciones descubiertas a la fe católica.
La administración sobre la Iglesia católica en las Indias, el Patronato regio de Indias, fue reconocida expresamente a los reyes de Castilla por la bula Eximia devotionis del 16 de noviembre de 1501 del papa Alejandro VI y confirmada por el papa Julio II el 8 de junio de 1508 con la bula Universalis ecclesiae. Los reyes como patronos tuvieron así el derecho exclusivo para proponer y presentar al papa a las personas para los oficios eclesiásticos y otras dignidades y prebendas destinadas a la administración del culto católico en las Indias y tenían el derecho de percibir el diezmo para el mantenimiento de la Iglesia y la evangelización de los indígenas. Quedaron bajo autorización real la construcción de iglesias, catedrales, conventos, hospitales, la concesión de obispados, arzobispados, dignidades, beneficios y otros cargos eclesiásticos. Los papas reservaron para sí la erección y supresión de diócesis y fijar y cambiar los límites de las ya existentes, aunque cada vez concedieron a los reyes que lo hicieran desde 1518. Además, desde 1538Regulación de la Iglesia en Indias todas las bulas y comunicaciones de la Santa Sede a las Indias quedaron bajo su autorización y posibilidad de rechazo.Portal de Salta
La administración de los asuntos de las Indias, entre ellos los religiosos, estuvo desde 1493 a cargo del capellán de la reina (y luego obispo desde 1494) Juan Rodríguez de Fonseca, cuando los reyes le encargaron la organización del segundo viaje de Colón. Desde 1504 Fonseca fue parte del Consejo de Castilla hasta que en 1523 fue creado el Real y Supremo Consejo de Indias, que se organizó en 1524. A este consejo le correspondía ejercer y proponer al rey el derecho de presentación de los obispos; dividir y establecer los límites de las diócesis que el papa le encomendaba al rey; revisar las bulas papales destinadas a Indias y si estaban conformes les da exequatur o pase regio para que se cumplieran; examinar las disposiciones de la Iglesia en América y los sínodos, ya que estos no se cumplían sin la aprobación del Consejo de Indias.El Consejo de Indias
En 1524 el papa Clemente VII aceptó un pedido del rey y creó el patriarcado de las Indias Occidentales, aunque con potestades muy restringidas. El título fue puramente honorífico, y su titular no tenía jurisdicción sobre las Iglesias de Indias, ni súbditos, ni renta fija, ni podía viajar a América, so pena de excomunión. Recayó sobre el arzobispo de Granada y presidente del Consejo de Castilla Antonio de Rojas Manrique y luego continuó hasta el 31 de julio de 1963, desde cuando está vacante.I. Noticias acerca del origen y sucesión del patriarcado de las indias occidentales. Por Cesáreo Fernández-Duro
Primeras diócesis en las Antillas y la Florida thumb|200px|Catedral Primada de América.
El primer superior de la misión católica de las Indias fue el sacerdote Bernardo Boyl, quien fue designado por el papa Alejandro VI con la bula Piis fidelium del 26 de junio de 1496. Boyl al frente de un grupo de sacerdotes integró el segundo viaje de Colón que tocó tierra el 3 de noviembre de 1493 en la isla La Désirade (La Deseada). En diciembre de 1494 regresó a España.Las primeras diócesis americanas
Por medio de la bula Illius fulciti praesidio del 15 de noviembre de 1504, el papa Julio II erigió en la isla La Española la: Arquidiócesis de Yaguata (Hyaguatensis, Hyaguata o Yaguate, en el sur de la isla) y sus dos sufragáneas: Diócesis de Baynúa (Bayunensis, Bainoa o Bayuna, en el norte de la isla) Diócesis de Maguá (Maguacensis, o Amanaguá, en el centro de la isla)
Las tres diócesis tenían cabecera en tres de los cinco grandes cacicazgos taínos de La Española: Higüey, Marién, y Maguá, pero la bula no se ejecutó por oposición del rey, a quien el papa no le había aun confirmado el patronato en los términos que deseaba.
El 13 de agosto de 1511, una vez confirmado el patronato regio en 1508, el mismo papa por medio de la bula Romanus pontifex illius suprimió las tres diócesis y creó otras tres nuevas, sufragáneas de la archidiócesis de Sevilla con los mismos obispos nombrados en 1504 (García de Padilla, Pedro Suárez Deza y Alonso Manso) y sin definir territorios:
Diócesis de Santo Domingo (Sancti Dominici) Diócesis de Concepción de La Vega Diócesis de San Juan de Puerto Rico (Sancti Joannis Portoricensis), en la isla de Puerto Rico, conquistada en 1508 por Juan Ponce de León.
El obispo Alonso Manso de San Juan de Puerto Rico fue el primero en llegar a América y establecer una diócesis el 25 de diciembre de 1512. En 1519 la diócesis de Puerto Rico fue ampliada a pedido del rey para incluir las islas de Barlovento desde las islas Vírgenes hasta Dominica inclusive.Historia general de la Iglesia en América Latina: Caribe, pág. 252. Colaborador: Comisión de Estudios de Historia de la Iglesia en Latinoamérica. Editor: CEHILA, 1995. ISBN 8430112553, 9788430112555 Desde el 12 de febrero de 1588 incluyó también las provincias de Nueva Barcelona, Cumaná o Nueva Andalucía, Santo Tomé de Guayana, y las islas Margarita y Trinidad.
El cabildo eclesiástico de la catedral Nuestra Señora de la Encarnación de Santo Domingo fue erigido el 12 de mayo de 1512 mediante acto del obispo García de Padilla firmado en Burgos, pero este obispo murió antes de viajar a su diócesis y el templo no comenzó a construirse hasta 1516. El segundo obispo, Alessandro Geraldini, llegó a la isla en 1519. El obispo de la Concepción de La Vega, Pedro Suárez de Deza, fue el primero en llegar a la isla en octubre de 1513. A causa de la pobreza, desde el 23 de diciembre de 1528 Concepción de la Vega fue regida por el obispo de Santo Domingo, y anexada en 1606 habiendo sido destruida por un terremoto su catedral en 1562.
Jamaica española (actual Jamaica) fue conquistada por Juan de Esquivel en 1509 y el 29 de enero de 1515 el rey propuso al papa crear la abadía nullius de Jamaica en vez de una diócesis, al no tener la isla población y riquezas suficientes. La abadía nullius fue erigida por el papa León X el 15 de mayo de 1515 pero sus abades no visitaron la isla hasta que en 1528 fue nombrado Miguel Ramírez como obispo de Cuba y abad de Jamaica. El 26 de octubre de 1574 el rey confirmó esta situación.
La isla de Cuba comenzó a ser colonizada en 1511 por Diego Velázquez de Cuéllar y la diócesis de Cuba fue erigida en la villa de Nuestra Señora de la Asunción de Baracoa el 11 de febrero de 1517 por la bula Super specula del papa León X. Fue trasladada a Santiago de Cuba el 8 de abril de 1522.
El 2 de abril de 1513 Juan Ponce de León tomó posesión de la Florida y otros navegantes recorrieron sus costas en años siguientes. El papa León X erigió en consistorio el 1 de diciembre de 1520 la diócesis de Tierra Florida con sede en la no identificada Santiago de la Florida. Jorge de Priego fue nombrado obispo, pero la diócesis no se estableció. En 1527 fue nombrado obispo Juan Suárez, quien el 14 de abril de 1528 llegó al río de las Palmas con la expedición de Narváez. La ocupación de la península, que se pensaba era una isla o parte del Yucatán, fracasó y el obispo no pudo sostener la diócesis, que fue suprimida. En 1565 Pedro Menéndez de Avilés colonizó Florida y el territorio quedó anexado a la diócesis de Santiago de Cuba.Archdiocese of Miami
Primeras diócesis en Tierra Firme
La Tierra Firme comenzó a ser colonizada en 1510 por Diego de Nicuesa y por Alonso de Ojeda. El papa León X mediante la bula Pastoralis officii debitum del 9 de septiembre de 1513 creó la primera diócesis en tierras continentales en Santa María la Antigua del Darién.Panameños celebran junto al Papa 500 aniversario de la primera Diócesis de América Su primer obispo fue Juan de Quevedo, quien había sido nombrado el 28 de agosto de 1513, previo a la bula de erección de la diócesis. El 30 de junio de 1514 el obispo llegó a Santa María la Antigua del Darién y la diócesis fue establecida. Cuando León X nombró a su segundo obispo, Vicente Peraza, el 5 de diciembre de 1520 trasladó la sede a la Ciudad de Panamá mediante el breve Apostolatum officium, renombrándola diócesis de Panamá (Bética Aurea). El traslado se efectuó en 1524.Arquidiócesis de Panamá Su jurisdicción inicial abarcaba las tierras continentales conocidas entre el cabo Gracias a Dios y el cabo de la Vela.
En 1515 fray Pedro de Córdoba fundó Cumaná y el 17 de mayo de 1520 el rey solicitó al papa Adriano VI la creación de la diócesis de Paria en la costa oriental de Venezuela. El papa erigió la diócesis y nombró obispo a Pedro Barbirio, quien no viajó a establecer la diócesis y el proyecto no se concretó y fue abandonado antes de 1521.
Con parte de Panamá la diócesis de León en Nicaragua fue erigida en consistorio el 26 de febrero de 1531 por el papa Clemente VII, pero la bula Aequum reputamus fue recién promulgada por el papa Paulo III el 3 de noviembre de 1534 con retroactividad al 26 de febrero de 1531.Arquidiócesis de Managua El 6 de julio de 1545 una real cédula le anexó el territorio de Costa Rica.
La diócesis de Santa Ana de Coro fue establecida el 21 de junio de 1531 por la bula Pro excellenti praeeminentia del papa Clemente VII en la costa de Venezuela. El 20 de julio de 1637 fue trasladada a Caracas.
La diócesis de Santa Marta fue erigida en consistorio el 9 de enero de 1533.Diócesis de Santa Marta No está claro si la diócesis fue desmembrada de la diócesis de Santo Domingo o de la de Panamá.
Clemente VII creó la diócesis de Cartagena de Indias el 24 de abril de 1534 separándola de Panamá.
Primeras diócesis en México, Guatemala y Honduras
Luego del descubrimiento de la península de Yucatán la corte española solicitó la creación allí de la diócesis Carolense, que el papa León X erigió con la bula Sacris apostolatus ministerio el 27 de enero de 1518 designándola Yucatán y Santa María de los Remedios. Debido a informes erróneos el papa supuso que allí existía una ciudad llamada Carolina, pero el territorio no fue ocupado por los españoles y la diócesis no se pudo establecer. Por el breve Devotionis tuae probate sinceritas del 13 de octubre de 1525 el papa Clemente VII la trasladó al territorio de México-Tenochtitlan concediendo al rey fijar su distrito. Por real cédula del 19 de septiembre de 1526 el emperador Carlos I de España fijó los límites de la diócesis sin incluir Yucatán y el obispo designado en 1518 estableció la diócesis en Tlaxcala en 1528. La sede pasó a Puebla de los Ángeles por cédula real del 6 de junio de 1543.Arquidiócesis de Puebla
En 1527 Clemente VII erigió la diócesis de Honduras sin establecer su sede. El 6 de septiembre de 1531 fue confirmada por el papa y el 18 de agosto de 1532 fue nombrado el primer obispo con sede en Higueras, pero no aceptó y la sede no se estableció hasta 1539 como diócesis de Trujillo en la provincia del Cabo de Honduras. En 1561 fue trasladada a Santa María de la Nueva Valladolid de Comayagua.