Los pueblos indígenas de Brasil comprenden un gran número de distintos grupos étnicos que habitaban el actual territorio brasileño antes de la llegada de los europeos en el . En 2022 la población de origen indígena representaba en Brasil el 0,8%.
Historia y procesos de adaptación Origen thumb|280px|left|Danza puri. Existen dos tesis que explican el poblamiento humano del continente americano. Una de ellas sostiene que la mayoría de los nativos americanos descienden de tribus migratorias provenientes de Siberia, en el norte asiático, las que cruzaron por el Puente de Beringia y luego se separaron en distintas direcciones. En Brasil, particularmente, la mayoría de las tribus nativas que habitaban el territorio hacia el año 1500 se piensa que descienden de la primera oleada de inmigrantes, quienes habrían llegado a América hacia el año 9000 a. C. durante la última era glacial, alcanzando la cuenca del Amazonas alrededor del 6000 a. C., tras haber pasado el istmo de Panamá. Una segunda hipótesis se apoya en descubrimientos recientes, tales como el esqueleto de Luzia en Lagoa Santa (Minas Gerais) han evidenciado la diferenciación morfológica entre el genotipo asiático y el aborigen americano, más similar al de los indígenas de África y Australia. Estos habitantes primigenios posteriormente habrían sido desplazados por los inmigrantes siberianos, siendo los nativos de la Patagonia y la Tierra del Fuego los últimos representantes de estos pueblos aborígenes.
Con respecto al poblamiento del Brasil actual, en el Parque nacional de Serra da Capivara se han encontrado indicios no solo de una cultura, sino de varias culturas ordenadas por edades geológicas que comprueban la existencia de diversos grupos con organizaciones sociales sofisticadas, siendo la evidencia de ello el hallazgo de piezas de cerámica, vasos, esculturas, y otros accesorios domésticos junto a esqueletos de gigantescos animales prehistóricos. En Brasil habitó un ser humano muy remoto, desde aproximadamente 11.500 años arqueológicamente hablando, con su cosmogonía y mundo simbólico, que dejó fósiles y objetos de arte, como testimonios de su pasado. Ocupó el territorio en el Pleistoceno, caracterizado por una gran inestabilidad ambiental. El clima era más seco y las temperaturas sensiblemente más bajas, había pocas manchas de bosques y gran parte de Brasil estaba cubierto por vegetación baja (cerrados y caatingas). Aun nada se sabe sobre estas poblaciones, ya que sus vestigios son escasos y difíciles de encontrar, pues corresponden a los primeros bandos nómades de cazadores que comenzaron a recorrer el país, muy lentamente. Los restos de sus ocupaciones están enterrados en grandes profundidades y pocos sobrevivieron al paso del tiempo. En las excavaciones, generalmente, se encuentran apenas leves rastros de antiguas hogueras y unos cuantos fragmentos de piedra, probablemente lascas. Pero es a través del arte rupestre donde más datos sobre la cotidianeidad de estos pueblos pueden ser encontrados. Las imágenes de los cazadores brasileños del Pleistoceno muestra figuras en movimiento, revelando diversas escenas de su vida diaria. La lucha, caza, danzas rituales y sexo ilustran diferentes paneles. Las figuras humanas se ven portando bastones y disparadores como armas, cargando cestas con alimentos recolectados, o bailando alrededor de un árbol.
Encuentro de dos civilizaciones Hacia inicios del , el litoral bahíano estaba ocupado por dos naciones indígenas del grupo lingüístico tupí: los tupinambás, que ocupaban la faja comprendida entre la costa del Dendê y el río São Francisco, y los tupiniquins, que se extendían de la costa del Dendê hasta el límite con el actual estado de Espírito Santo. Hacia el interior, ocupando el área paralela a aquella apropiada por los tupiniquins, estaban los aimorés. Tales grupos provenían de Alto Xingú, en la Amazonia y dominaban aquellos territorios hace cinco siglos, cuando los europeos arribaron a América, un “Nuevo Mundo” que rápidamente comenzó a explorarse y colonizarse. Los españoles fueron los primeros, llegando por el mar Caribe a las Antillas y desde ahí al resto del continente, principalmente por la vertiente occidental de la Cordillera de los Andes. Los portugueses, por su parte, llegaron a la costa brasileña, dando inicio a un proceso de explotación de los nuevos territorios que se extendería hasta los albores del , gradualmente en las tierras que estaban ocupadas por los aborígenes.
Tras cuarenta y tres días de viaje, el hidalgo portugués Pedro Álvares Cabral avistó el Monte Pascoal (a 156 km de Porto Seguro, en el litoral sur del estado de Bahía) el 22 de abril de 1500, teniendo al día siguiente el primer contacto con los indígenas. El 24 de abril, siguió a lo largo del litoral hacia el norte en busca de abrigo, fondeando en la actual bahía de Santa Cruz Cabrália, donde permaneció hasta el 2 de mayo. Cabral tomó posesión, en nombre de la Corona portuguesa, de la nueva tierra, la cual denominó Isla de Vera Cruz, retomando luego la ruta de Vasco da Gama rumbo a las Indias. El encuentro entre portugueses e indígenas está muy bien documentado en la famosa carta escrita por Pero Vaz de Caminhaal rey Manuel I. En ella se evidencia que el choque cultural fue evidente: los aborígenes no reconocían los animales que traían los navegantes, quienes les ofrecieron comida y vino que los indios rechazaron. Al mismo tiempo, los portugueses miraban con fascinación los objetos que portaban los indígenas: joyas de plata y de oro.
Pueblos nativos y la colonización europea Primeros contactos thumb|280px|"La Primera Misa en Brasil" (1861), pintura de Victor Meirelles. Los portugueses no mostraron mucho interés por Brasil en un inicio, pues estaba en auge el comercio de especias, y porque estaban en busca de riquezas minerales, pero el principal tesoro que encontraron fue el palo brasil, árbol de donde se extraía una sustancia colorante, usada para teñir tejidos. La madera, dada su gran resistencia, era usada para mobiliario y en la construcción de barcos. Pero como el comercio de palo brasil rendía mucho menos que la pimienta y la nuez moscada, el interés de Portugal se limitó al envío de unas pocas expediciones. Hasta 1530, la intervención de Portugal se resumió al envío de algunas escuadras para la verificación de la costa, para la exploración comercial de palo brasil, fundándose feitorias, establecimientos pasajeros donde se almacenaba el palo brasil hasta la llegada de la próxima flota. Eran atacadas constantemente por barcos franceses y sobre todo por rebeliones indias.
En un inicio, llegaban a Brasil pocas mujeres portuguesas, lo que provocó un gran mestizaje, formándose matrimonios interraciales (portugueses-indias). Una segunda generación, sus hijos mamelucos, conocían la lengua nativa y tenían otras facilidades de relacionarse con los aborígenes. Algunos se convirtieron en famosos bandeirantes como Francisco Dias Velho. Algunos historiadores afirman que a partir de 1516 es cuando se inicia realmente la colonización, con la orden de Manuel I de distribuir, gratuitamente, oficios a los portugueses dispuestos a poblar Brasil. En 1518, sin embargo, los indios exterminarían la colonia de Porto Seguro, atacando la iglesia y una feitoria. Otros historiadores sitúan el inicio de la colonización cerca de 1530, cuando comenzó la cultura de la caña de azúcar y la instalación de engenhos para la fabricación de azúcar. Durante el , las poblaciones colonizadoras se concentraban en el litoral, ya que los colonos le tenían miedo al bosque y a los indios. Tal cosa comenzó a cambiar cuando los jesuitas empezaron a fundar misiones en el interior. Sacerdotes jesuitas llegaron con el primer Gobernador General como asistentes clericales de los colonos, con la intención de convertir a los indígenas al catolicismo. Presentaron argumentos en apoyo de la noción de que los indígenas deben ser considerados humanos y extrajeron una bula papal (Sublimis Deus) que proclama que, independientemente de sus creencias, deben ser considerados seres humanos plenamente racionales, con derechos a la libertad y la propiedad privada y, que no deben ser esclavizados. A partir de ahí, aumentó considerablemente la extensión del territorio, por acciones de expediciones militares del gobierno portugués para expulsar extranjeros (sobre todo a los jesuitas), por la exploración económica de riquezas naturales del sertón, por la acción de los bandeirantes que buscaban apresar indios y hallar metales preciosos, y por los criadores de ganado cuyos rebaños y haciendas fueron "empujados" al interior. Para 1800, la población del Brasil colonial había llegado a aproximadamente 2,21 millones, de los cuales solo aproximadamente 100.858 eran indígenas. Para 1850, ese número se había reducido a un estimado de 52.126 personas, de 1,86 millones.
Enfermedades y guerra Decenas de millares de personas murieron como consecuencia del contacto con los europeos y las enfermedades por ellos traídas. Dolencias como gripe, sarampión, tos ferina, tuberculosis y viruela, afectaron, a sociedades indígenas enteras. En cuanto a los procesos de adaptación social de los indígenas al modelo implantado por los conquistadores en el territorio por ellos previamente habitado, se puede decir que los europeos instalaron y propiciaron una ruptura demográfica y social mediante la conquista portuguesa, haciendo que los padrones primigenios de organización social y de manejo de recursos naturales de los pueblos indígenas que actualmente viven en el territorio brasileño no fueran representativos de los padrones de las sociedades precoloniales. Este es un punto controvertido entre los investigadores, porque aun no hay datos suficientes provenientes de trabajos arqueológicos, antropológicos y de historia indígena que se centren en el impacto del contacto europeo sobre los pueblos indígenas para que se pueda hacer tal afirmación. Durante el , se registraron algunos casos de brasileños que usaban las epidemias de viruela como arma biológica contra los indios. Un caso "clásico", según el antropólogo Mércio Pereira Gomes, es el de la villa de Caxias, en el sur de Maranhão, hacia 1816. Los hacendados, para conseguir más tierras, "obsequiaban" a los indios timbira ropas de personas infectadas por la enfermedad (que normalmente eran quemadas para evitar contaminación). Desde la década de 1940 en adelante, los pueblos indígenas juma fueron atacados por personas que buscaban las riquezas de sus tierras, según la profesora Luciana França, de la Universidad Federal de Pará Occidental (norte de Brasil). La última masacre documentada del pueblo juma fue en 1964, cuando los extractores de caucho de una comunidad cercana mataron a decenas de indígenas. En 1967 el Informe Figueiredo, elaborado por el fiscal Jader Figueiredo a pedido del gobierno militar destaca las acusaciones de que una tribu de indios Pataxó en el sur de Bahía fue extinguida por una infección deliberada, el investigador Rafael Pacheco también cita casos de las últimas décadas en Paraná y Mato Grosso do Sul, en los que terratenientes arrojaron pesticidas desde un avión sobre las aguas, tierras y plantaciones de las tribus avá-guaraní, guaraní y kayowa, causando graves daños a los indígenas.