miniaturadeimagen|385x385px|thumb|385px|Libertad de culto por país (Pew Research Center en 2009). Amarillo claro: baja restricción. Rojo: alta restricción a la libertad de religión.La separación Iglesia-Estado es el concepto legal y político por el cual las instituciones del Estado y religiosas (iglesias) se mantienen separadas y las iglesias no intervienen en los asuntos públicos ni el Estado en los asuntos de las iglesias; teniendo cada parte una autonomía para tratar los temas relacionados con sus esferas de influencia, siendo en la mayoría de las veces parte del proceso de secularización de una sociedad, o el surgimiento con fuerza de grupos religiosos que cuestionan una religión de Estado o iglesia oficial; en este último caso la separación Iglesia-Estado está relacionada con la extensión de la libertad de culto a todos los ciudadanos; y, se condiciona a partir de este derecho la relación entre el Estado y la Iglesia. Ocurre sobre todo en aquellos Estados con religión de Estado u oficial que favorecen legal o informalmente una religión en detrimento de las demás por medio del patronato regio u otras acciones similares.
La separación entre Iglesia (sea esta anglicana, ortodoxa, católica romana, luterana, presbiteriana, o cualquier tipo de culto religioso) y Estado es una idea que hunde sus orígenes en la doctrina de las dos espadas de finales del , enunciada por el papa Gelasio I, y se manifestó más tarde en la lucha de la Iglesia católica en contra del cesaropapismo del Imperio Bizantino que produjo el cisma de oriente en 1053. La idea comienza a resurgir a partir del humanismo, durante el Renacimiento. Se consolida con la Ilustración, por medio de la corriente filosófica racionalista, llegando a ser una política oficial durante la Revolución francesa, la Independencia estadounidense y las revoluciones liberales que buscan deshacer la llamada "alianza entre el Trono y el Altar".
Actualmente, la separación entre la Iglesia y el Estado se encuentra plasmada en muchas constituciones nacionales, mediante el establecimiento de un Estado laico, en unos casos, en otros mediante el establecimiento de un Estado aconfesional. De hecho hubo una tendencia en el mundo desde la Edad Moderna hacia una secularización del Estado, la cual ha disminuido con el fortalecimiento iglesias protestantes, y sobre todo del Islam.Harris Interactive | News Room - Religious views and beliefs vary greatly by country, according to the latest Financial Times/Harris poll Secularization and Secularism - History and nature of secularization and secularism till 1914
Debe entenderse que la separación Iglesia-Estado es un espectro religioso-gubernamental, en donde se encuentran diferentes grados o niveles de separación, siendo el ateísmo de Estado su forma más radical, y el Estado aconfesional la forma más suave de separación Iglesia-Estado; así mismo en las teocracias, contundentemente no existe separación Iglesia-Estado. Modelos históricos de relación entre el Estado y la religión Paul Cliteur, catedrático de Jurisprudencia de la Universidad de Leiden, establece en su ensayo Esperanto moral (2007) cinco modelos en la relación entre el Estado y la religión: Estado ateo o ateísmo de Estado. Es la promoción estatal de la irreligión, no admite ninguna forma de religión o secta. Se establece a través de la destrucción de edificios religiosos (iglesias, mezquitas, sinagogas, templos hindúes, templos budistas, templos sintoístas, etc.), la quema de libros sagrados (Biblia, Corán y Torá), el encarcelamiento, la persecución o deportación de ministros religiosos y la prohibición total de la práctica religiosa, como es el caso de Corea del Norte. Estado laico o irreligioso. El Estado no tiene una religión estatal y supone la nula injerencia de cualquier organización o confesión religiosa en el gobierno de un país, ya sea en el poder legislativo, el ejecutivo o el judicial. Estado aconfesional o neutro colaborativo. El Estado no tiene una Iglesia oficial o religión de Estado, pero sí da importancia a las expresiones religiosas de su pueblo, que no sólo las protege, sino que las fomenta de forma equitativa entre los diferentes sectores religiosos presentes en su territorio. Este es un modelo reivindicado por los diferentes sectores religiosos que no tienen estatus de religión oficial. Estado multirreligioso, pluriconfesional o con varias religiones oficiales. El Estado ayuda e incluso financia a varias religiones que reconoce como estatales y mantiene a sus clérigos, sus templos y sus actividades. Aunque se den casos de tolerancia religiosa, los beneficios para las religiones oficiales resultan en detrimento de las demás religiones presentes en el territorio. Estado confesional o con religión oficial. Una Iglesia o religión ocupa un lugar destacado en tareas de gobierno y orden público. El Estado mantiene la Iglesia dominante a través de los impuestos de la población. Aunque se den casos en que también se toleran otras Iglesias, los derechos de la religión estatal menoscaban a los demás sectores religiosos que hacen presencia entre su población. Teocracia o Estado unificado con la religión oficial. Una religión dominante es la que ocupa el poder en el gobierno. Por lo general, se establece como la única religión tolerada y todas las demás son suprimidas. Se aplican las leyes que conciernen a esa religión. Se mantiene en Europa en la Ciudad del Vaticano, el monte Athos y la Orden de Malta. También en gran parte de Oriente Próximo, como Arabia Saudita; se instauró en el poder en Irán desde 1979, en Marruecos el rey es a la vez líder político y religioso, en Pakistán se aplica la sharía, especialmente en zonas rurales, así como en Afganistán en dos ocasiones (el Estado Islámico y el primer Emirato Islámico en los años 1990 y el segundo Emirato Islámico desde 2021) y en algunas zonas mayormente musulmanas de Nigeria y Sudán. Aunque existen algunos países islámicos seculares como Turquía e Indonesia, en general el islam tiene una fuerte influencia política en gran parte de naciones de mayoría musulmana.
Para Cliteur la teocracia es tan agresiva y rechazable como el ateísmo político, ya que ambos suprimen la libertad religiosa.
Apoyo desde el punto de vista religioso Diversos autores han interpretado que el origen de la separación entre Iglesia y Estado se encuentra en las propias palabras de Jesucristo (Mateo 22:21) en cuanto dice: "dad al César lo que es del César y a Dios lo que es de Dios".Cfr. p. ej. Dinesh D'Souza (2004) What's So Great About Christianity, Regnery Publishing (ISBN 1-59698-517-8)
Desde la reforma radical hubo múltiples grupos cristianos, especialmente anabaptistas e independientes, que abogaban por la separación completa de la Iglesia y el Estado. Entre algunos de los grupos que destacan se encontraban la Sociedad de Amigos de George Foxhttp://mb-soft.com/believe/txc/quakers.htm y los Amish.https://web.archive.org/web/20130603084216/http://people.uwec.edu/brownjo/wisconsin_amish.html Asimismo, la separación constituye un rasgo distintivo de los fundamentos teológicos de la tradición bautista y adventista.
Relación Iglesia-Estado por religión dominante
Cristianismo Iglesia católica thumb|Moneda de 4 maravedíes con la efigie de Carlos III de España acuñada en 1775, con la leyenda CAROLUS III DEI GRATIA HISPANIARUM REX (Carlos III rey de las Españas por la gracia de Dios). La consolidación del absolutismo en los países católicos y la asunción de las ideas regalistas dio lugar al máximo desarrollo de las teorías defensoras del derecho divino de los reyes, lo que supuso que el monarca se atribuyera una serie de iura maiestatica circa sacra que le facultaban a intervenir en los asuntos eclesiásticos, como por ejemplo en España y en su Imperio, donde existía el regio patronato, el pase regio o el recurso de fuerza. Sin embargo, el monarca nunca llegó a convertirse en líder espiritual de sus súbditos, pues reconocía al Papa como máxima autoridad religiosa; a diferencia de aquellos países protestantes donde se crearon Iglesias nacionales.PEDRO LOMBARDÍA, Capítulo I, en Derecho eclesiástico del estado español (GONZÁLEZ DEL VALLE, LOMBARDÍA, LÓPEZ ALARCÓN, NAVARRO VALLS, VILADRICH), segunda edición, Ed. EUNSA, Pamplona, 1983. ISBN 84-313-0671-8GONZÁLEZ DEL VALLE, Derecho eclesiástico español, sexta edición actualizada por Rodríguez Blanco, Ed. Thomson-Civitas, Cizur Menor, 2005. ISBN 84-470-2391-5 Además, el derecho divino del monarca era incompatible con la doctrina de la Iglesia Católica, incluso cuando fue defendido por príncipes católicos como Luis XIV o algunos borbones españoles, así como por primeros ministros católicos como el marqués de Pombal en Portugal o intelectuales católicos como Jean Bodin. Esto se debía a que negaba el papel de la Iglesia como intermediario espiritual entre el hombre común y Dios, dándole este atributo al monarca, además, en la concepción católica de la política y el estado de derecho, el monarca (y cualquier cabeza de gobierno) siempre está sujeto a la ley natural y divina, que se consideran superiores al monarca. La posibilidad de que la monarquía degenerase moralmente, anulara la ley natural y degenerara en una tiranía opresora del bienestar general fue respondida teológicamente con el concepto católico de tiranicidio extralegal, idealmente ratificado por el Papa, puesto que tal monarca perdería la legitimidad de ejercicio de su gobierno. Por orden del Papa, el cardenal Roberto Belarmino publicó una refutación, bajo el seudónimo de Mateus Torti.http://galileo.rice.edu/chr/bellarmine.html
Pese a ello, se debe agregar que, desde mediados del hasta el , existieron dos corrientes de pensamiento para explicar jurídicamente los orígenes del real patronato en el derecho natural de la tradición escolástica tomista. La primera escuela era la de los "regalistas", quienes argumentaron que el derecho de patronato era de origen laico-secular, siendo así una parte inherente e integral de la soberanía temporal de los estados y el poder civil (posteriormente, está escuela sería condenada como parte de la herejía Galicana). La segunda escuela, los "canonistas" o "ultramontanistas", quienes demostraron que el patronato regio originalmente no era laico, sino de origen espiritual, y se fundaba únicamente en las concesiones pontificias que León X, Julio II, Alejandro VI, Julio II y sus sucesores otorgaron a los monarcas europeos.
En la controversia con las repúblicas de Hispanoamérica, el papado, con el fin de reafirmar su autoridad legítima sobre la iglesia en América, y con base en doctrina de las dos espadas del agustinismo político, consideró correcta la teoría ultramontana, es decir, que el patronato de Indias era originalmente una concesión, por lo tanto no inherente a la soberanía, y en consecuencia, no heredable por las repúblicas.http://penelope.uchicago.edu/Thayer/E/Journals/HAHR/9/2/Papacy_and_American_Independence*.html
Tras las revoluciones burguesas del , se regularon las relaciones de los Estados con la Iglesia católica a través de concordatos, que reglamentaron por ejemplo, la enseñanza privada, la financiación de la iglesia, o aquellos ámbitos en que la iglesia actuaba en la vida civil (matrimonios, divorcios, beneficencia, entierros, enseñanza, ceremonial, etc.).