right|200px|Escudo de armas de Santiago de Chile La historia de Santiago se remonta a los primeros habitantes de la cuenca del río Mapocho, aproximadamente en el X milenio a. C. Sin embargo, recién en el con la conquista de la región por el Imperio incaico se instalaría un núcleo urbano, un centro administrativo y ceremonial de dicho estado en el valle del Mapocho, en torno a la actual Plaza de Armas de la ciudad.
La ciudad fue fundada sobre la infraestructura del centro administrativo incaico anterior hace , como Santiago del Nuevo Extremo (en honor al apóstol Santiago, convirtiéndose así en la capital de la Gobernación de Nueva Extremadura) por el conquistador extremeño Pedro de Valdivia, el 12 de febrero de 1541. Desde esa fecha, la primera ciudad fundada en Chile sería, casi ininterrumpidamente hasta el día de hoy, la capital y principal urbe de la nación.
En la actualidad, Santiago es una gran conurbación que, en 2002, se extendía sobre una superficie de 641,4 km² y tenía una población de 5 428 590 habitantes,Informe del INE, Chile: Ciudades, Pueblos, Aldeas y Caseríos. 2005 (en PDF comprimido en ZIP) cifra que en 2006 alcanzaría, según estimaciones del Instituto Nacional de Estadísticas (INE), a los 6 269 629 habitantes,Proyección de Población 1990-2020 del INE: Comunas de la Región Metropolitana de Santiago (en XLS) lo que equivale a cerca del 40 % de la población total del país.
Mapocho incaico
La zona de Santiago es una zona de ocupación de larga data. La ciudad esta descentrada en 6 grados al mayo, lo que indica una creación de al menos de 3500 años antes de nuestra época. Santiago de Chile habría sido fundada sobre un centro administrativo inca, el más austral de ese Imperio, de acuerdo a lo postulado en una publicación de una investigación del Museo Nacional de Historia Natural divulgada en enero de 2013 en su boletín mensual.Descubren ciudad inca de Mapocho oculta bajo Santiago de ChileRevelan que Santiago fue fundada en centro administrativo incaico Realizado por el arqueólogo Rubén StehbergStehberg ya había investigado en 1975 los asentamientos incas, en particular la huaca de Chena, a pocos kilómetros al sur de la capital chilena, y testimonios históricos que dan cuenta de presencia inca en el Mapocho, como las primeras actas del Cabildo de Santiago, en 1541. y el historiador Gonzalo Sotomayor, el estudio postula que Santiago habría sido un importante centro administrativo y ceremonial del Imperio del Tawantinsuyu y que el camino del inca llegaba hasta la Plaza de Armas.
El investigador Rubén Stehberg del Museo y Gonzalo Sotomayor de la Universidad Andrés Bello reunieron las evidencias de las investigaciones presentadas en 1976, más documentos históricos; y a esto agregaron nuevas evidencias con las cuales postulan de que bajo la ciudad del casco viejo de Santiago se encontraría un asentamiento inca en los cursos medios de los ríos Mapocho y Maipo.Santiago:Una ciudad fundada sobre otra ciudadArtículo "Mapocho Incaico" (3000 kb )Investigadores chilenos recopilaron pruebas arqueológicas, mapas y escritos que demuestran que Pedro de Valdivia vino a ocupar un territorio fuertemente poblado La ocupación contaba con reyes y autoridades a lo largo de los valles hasta llegar a Mapocho, pero estos habrían sido muertos durante la conquista de Diego de Almagro. La ciudad inca del Mapocho se la comparaba, según escritos demostrados en el estudio, como otra versión de Cuzco, un lugar en que prosperaba la minería y la agricultura. De ello postulan entonces que Pedro de Valdivia realmente no fundó Santiago, sino que viajó directamente a poblarla y tomar posesión de la ciudad. Según el cronista Gerónimo de Bibar, Valdivia tenía la intención de “…poblar un pueblo como el Cuzco a las riberas del río nombrado Mapocho y que fuesen allá a darle obediencia”.Gerónimo de Bibar 1966: 28 O igual lo referido por el padre Diego de Rosales que decía que Pedro de Valdivia "a su llegada a la cuenca del Mapocho se aloja en La Chimba y el cacique Loncomilla le aconseja fundar la ciudad al sur del río Mapocho"... donde los Ingas avían hecho una población". En estas y otras citas similares, se evidencia que el pueblo existía y era como un Cuzco, es decir como una capital provincial. Hasta ahora, la historia ha señalado que Pedro de Valdivia fundó Santiago el 12 de febrero de 1541 y que en el lugar había algunos pocos mapuches y una escasa organización. Sin embargo, estas nuevas investigaciones dan fuerza a la teoría de que lo que ahora es el centro de Santiago podría haber sido un importante centro administrativo y ceremonial del Imperio inca en el Collasuyo.La investigación que derrumba la historia oficial sobre la fundación de SantiagoRevelan que Santiago fue fundada en centro administrativo incaicosantiago, una ciudad fundada sobre otra ciudad
Una contradicción a esta versión es que Valdivia colocó Santa Lucía al cerro de la ciudad en honor a la santa del día. Pero el día de Santa Lucía es el 13 de diciembre, no el 12 de febrero.Stehberg R. y Sotomayor G. (2012). Mapocho Incaico. Museo Nacional de Historia Natural. Santiago de Chile. En el año 2000 otras investigaciones realizadas destacaron que “los incas nombraron un gobernador en Aconcagua llamado Quilicanta, el cual habría tenido a su cargo “gente de guarnición” y colocaron otro en la cuenca de Santiago llamado Vitacura, a cargo de “gente de presidio” Según el estudio existían dos variantes del “camino del Inca” que se desprendían del valle de Aconcagua para juntarse nuevamente en las cercanías del cerro San Cristóbal.En el mismo lugar donde los europeos instalaron su Plaza Mayor, la plaza de armas, hay escritos que nombran un “tambo” gigante, característico de los indígenas.Evidencias de arqueología se encontraron bajo algunos metros de la superficie mientras analizaban la mitad sur de la cuenca del río Mapocho.
De acuerdo a lo observado por Stehberg y Sotomayor, los vestigios arqueológicos señalan la existencia del antiguo asentamiento incásico en Santiago, con influencias de las culturas diaguitas y Aconcagua. Se habría tratado, acaso, de una ciudadela o pequeño establecimiento de carácter agrícola muy ajeno al de las culturas locales hortícolas y cazadoras-recolectoras que había antes, las que mantenían un modus vivendi más bien disperso y falto de cohesión administrativa. De hecho, el del Valle del Mapocho pudo haber sido el único establecimiento de este tipo en unos 500 km a la redonda.
Fundación de la ciudad thumb|«La fundación de Santiago», óleo de Pedro Lira (1858). La obra muestra al conquistador español Pedro de Valdivia proclamando la fundación de la ciudad el 12 de febrero de 1541. thumb|upright|Inés Suárez organiza la defensa de la ciudad el 11 de septiembre de 1541. thumb|Plano inicial de la ciudad en 1552.
Tras una larga travesía desde Cuzco, atravesando el desierto de Atacama y los valles transversales y superando las hostilidades de algunos grupos indígenas, el conquistador extremeño Pedro de Valdivia llegó al valle del Mapocho, el lunes 13 de diciembre de 1540. Las huestes de Valdivia acamparon junto a las aguas del río, en los faldeos del cerro Tupahue y comenzaron lentamente a entablar relaciones con los indígenas picunches que habitaban la zona.
Pasados los peligros Valdivia convocó a los caciques de la zona a un solemne parlamento. A él asistieron líderes de diferentes territorios, desde Lampa hasta la región del Cachapoal. El conquistador español les explicó su intención: fundar una ciudad en nombre del rey Carlos I de España de la que sería su gobernación de Nueva Extremadura.Consejo de Monumentos Nacionales - Juan Medina Torres, «Cerro San Cristóbal, el gran balcón de Santiago» Los indígenas habrían aceptado inicialmente, pensando en una segura expulsión de los forasteros en el futuro, y fue cedida una pequeña isla ubicada entre dos brazos del río junto a un cerro denominado como Huelén, el cual era de propiedad del cacique Huelén Huala. Tras la cesión de tierras, varios lof o clanes indígenas de las zonas cercanas al cerro Manquehue (denominadas como La Dehesa del Rey por los conquistadores) fueron trasladadas hacia otras zonas como Tango, Peñalolén y finalmente el pueblo de indios de Apoquindo.
El miércoles 12 de febrero de 1541, Valdivia fundaría oficialmente la ciudad de Santiago de Nueva Extremadura (Santiago del Nuevo Extremo) en honor al Apóstol Santiago, santo patrono de España, en las cercanías del Huelén, renombrado por el conquistador como "Santa Lucía". Siguiendo las normas coloniales, Valdivia encomendó el trazado de la nueva ciudad al alarife Pedro de Gamboa el cual diseñaría la ciudad en forma de damero. Éste tomaría como base del trazado el antiguo centro administrativo incaico, cuyo centro ceremonial pasaría a ser la Plaza Mayor, alrededor de la cual se destinaron solares para la Catedral, la cárcel y la casa del gobernador. En total se construyeron ocho cuadras de norte a sur y diez de oriente a poniente, y cada solar (un cuarto de cuadra) fue entregado a los colonizadores, que construyeron casas de barro y paja.
Junto a sus soldados, Valdivia partió meses después de la fundación de Santiago hacia el sur, dando inicio a las primeras campañas de la Guerra de Arauco. La ciudad quedó entonces desprotegida, momento perfecto para que las huestes indígenas de Michimalonco atacaran la incipiente urbe. El domingo 11 de septiembre de 1541, la ciudad fue arrasada por los indígenas; pero los 55 españoles, mas un número indeterminado de yanaconas lograron resistir a los miles de atacantes, destacando la participación de Inés de Suárez, pareja de Valdivia y primera mujer europea en el país (?), quien asumió el comando del fuerte. Suárez ordenó la decapitación de siete caciques picunches y colgó sus cabezas para poder desmoralizar a las huestes aborígenes. Tras la destrucción de Santiago, la guerra se trasladó plenamente al sector del río Biobío lo que permitiría la reconstrucción de la ciudad, la que se vería afectada por un terremoto en 1552.
Con Santiago apenas resurgiendo tras la destrucción y la creciente preponderancia que adquiría el conflicto bélico, la recién fundada Concepción comenzó a adquirir mayor protagonismo. El conflicto de poder entre ambas ciudades se agudizaría en 1565 con la fundación de una Real Audiencia en esta última ciudad. Sin embargo, esta sería cerrada en 1575 y al ser restablecido este órgano en el Reino de Chile, en 1607, sería instalada en Santiago, debido al constante peligro que afrontaba Concepción, especialmente tras el desastre de Curalaba, y los terremotos de 1570 y 1575 que asolaron dicha localidad. Con la instalación de la Real Audiencia, Santiago quedó definitivamente establecida como la principal ciudad y capital del país.
Santiago colonial thumb|250px|Mapa del Santiago colonial a comienzos del . El sur se ubica en la parte superior de la imagen. thumb|250px|El puente de Calicanto sobre el río Mapocho fue el principal símbolo de la ciudad de Santiago tras su inauguración en 1779.
A pesar de que Santiago estuvo a punto de desaparecer por el asalto indígena, el terremoto y una serie de inundaciones, la ciudad comenzó a poblarse rápidamente. De las 126 cuadras diseñadas por Gamboa, en 1558 ya habían sido ocupadas cuarenta y en 1580, la totalidad.Municipalidad de Santiago, Plan estratégico de desarrollo comunal, Santiago 2010. Capítulo I: Diagnóstico estratégico Las tierras de los alrededores de la ciudad comenzaron a ser organizadas chacras, alcanzando más de dos mil cabezas de ganado en el sector de Pudahuel. En el ámbito arquitectónico, comienzan a construirse los primeros edificios de importancia de la ciudad, destacando el inicio de la construcción en piedra de la primera catedral en 1561 y de la iglesia de San Francisco en el borde sur de la ciudad, el 5 de julio de 1572. Ambas construcciones se realizaron principalmente de adobe y piedra, y serían inauguradas 26 y 46 años más tarde, respectivamente.