thumb|400px|Zonas ocupadas en distintas épocas.
La historia de Alcalá de Henares es el conjunto de hechos y procesos históricos testimoniado en los documentos, patrimonio artístico y vestigios producidos por las diferentes culturas que durante más de dos mil años han pasado por el territorio de la actual ciudad de Alcalá de Henares (Comunidad de Madrid) España.
Edad Antigua
La zona del valle del Henares y los cerros de su margen izquierda fueron objeto de ocupación humana desde la prehistoria. Hay vestigios del Calcolítico (pre-campaniforme, III-II milenio a. C.) y las edades del Bronce y del Hierro. El yacimiento encontrado en la cumbre del cerro del Ecce Homo tiene particular importancia para la prehistoria peninsular por testimoniar la evolución entre las poblaciones de la fase del Bronce final denominada "Cogotas" y las de las fases iniciales del Hierro (siglos al )Yacimiento del cerro del Ecce Homo en Lista Roja del Patrimonio Complutense Hacia el la zona se encontraba dentro de una amplia región definida por la presencia de los carpetanos, un pueblo del grupo celtibérico.La Carpetania prerromana en parquelinieal.es
Las primeras referencias históricas corresponden a la Hispania romana, que incluía entre sus enclaves urbanos el oppidum o castro prerromano existente en el cerro del VisoYacimiento arqueológico del cerro de San Juan del Viso/Zulema en Lista Roja del Patrimonio Complutense (Iplacea -nombre emparentado con el ciclo troyano, con el que Ptolomeo y Plinio pretendían ennoblecer a los indígenas conquistados- o Ikesankom Kombouto -inscripción en alfabeto ibérico en una moneda de un tesorillo hallado en la cuesta de Zulema), conquistado en el periodo que va desde la toma de Toletum (Toledo, 192 a. C.) a la de Numancia (133 a. C.) Tras más de un siglo de romanización (se han detectado incluso huellas arqueológicas de la traza urbana, termas, templo y teatro, visibles en fotografía aérea),Datos difundido por la arqueóloga Susana Az Noticia en ABC, 10 de febrero de 2014. a principios del la población se trasladó al valle, al otro lado del río, en la confluencia del Henares con el arroyo Camarmilla (al suroeste de la actual Alcalá). La ciudad romana allí construida, denominada Complutum (palabra de etimología discutida), llegó a contar con 10 000 habitantes y la categoría de municipium mediante un edicto de Vespasiano en el año 74. Vespasiano, el emperador ‘alcalaíno’ que construyó el Coliseo de Roma. Dream Alcalá. 18/03/2019. Fuera de su recinto existieron estructuras como la villa de El Val, una villa dedicada a la cría de caballos (donde se halló el mosaico del Auriga), Sebastián Rascón et al., El mosaico del Auriga de la villa romana de El Val (Alcalá de Henares, Madrid) y las carreras de carros en el entorno complutense, Espacio, Tiempo y Forma, Serie I, Prehist. y Arqueol., t. 6, 1993, págs. 303-342. Imagen en celtiberia.net Ficha de un fragmento de pintura mural de la misma procedencia en museoarteromano.mcu.es y la casa de Hippolytus, que alojaba una institución para la educación de jóvenes.
thumb|Las reliquias de los Santos Niños se conservan en una urna de oro y plata (muy posterior -hermanos Zureno, 1702-) en la cripta de la actual catedral, sobre la piedra donde se supone que fueron martirizados.Iglesia Magistral de los Santos Justo y Pastor en CVC
De su temprana cristianización es testimonio que en el año 304 fueron martirizados en las afueras de Complutum los llamados "Santos Niños" (Justo y Pastor). La capilla martirial o martyriumEduard Syndicus; Early Christian Art, Burns & Oates, London, 1962. Fuente citada en Martyrium (architecture) fundada en el Campus Laudabilis ("Campo Laudable") de su lugar de martirio (lo que actualmente es el espacio ocupado por la la catedral-magistral) fue impulsado por San Asturio (el primer obispo, proveniente de Toledo -año 412-) hasta convertirse en un importante centro de peregrinación, una prestigiosa ubicación para enterramientos y el nuevo núcleo de desarrollo urbano, que posiblemente incluiría una basílica paleocristiana y una zona de edificaciones dispersas en su torno.Campo Laudable en alcalavirtual.es
Los siglos de dominio visigodo dejaron muy pocos vestigios. Se sabe que la ciudad romana experimentó un profundo proceso de decadencia a partir del , aunque se sabe que se mantuvo habitada hasta mediados del . Se han localizado en los alrededores de Alcalá varias necrópolis visigodas, destacando la del Camino de los Afligidos. Es de suponer que la población complutense se trasladase al este de la antigua ciudad, en los alrededores del Campo Laudable, dando lugar a un tipo de población dispersa. Asimismo, está atestiguada la pervivencia del obispado complutense durante todo el periodoResumen de libro: Gisela Ripoll, Acerca de «Los visigodos en Alcalá de Henares», en Espacio. Tiempo y Forma, S. I, Prehist. y Arqueol., t. 2, 1989, págs. 453-471: Muy recientemente ha sido publicado un magnifico volumen titulado Los visigodos en Alcalá de Henares realizado por Antonio Méndez Madariaga y Sebastián Rascón Marqués. Esta obra es el resultado de varios años de excavaciones y prospecciones en la región de Alcalá de Henares y la misma antigua Complutum, llevadas a cabo por la Escuela Taller de Arqueología y Rehabilitación de Alcalá de Henares. Se inaugura así una —esperemos— larga y fructífera serie de publicaciones integradas en los llamados «Cuadernos del Juncal».
Edad Media thumb|left|Restos de Alcalá la Vieja. miniaturadeimagen|left|Fuero Viejo extendido de Alcalá de Henares. Promulgado por Rodrigo Jiménez de Rada en 1235. thumb|left|Arco de entrada a la capilla del Oidor de la antigua iglesia de Santa María. La capilla se construyó a comienzos del por mandato del "relator u oidor" Pedro Díaz de Toledo en lo que por entonces era una ermita bajo la advocación de San Juan de los Caballeros o de Letrán, y que en 1454 el obispo Carrillo convirtió en iglesia bajo la advocación de Santa María. Solo la zona de la capilla (con la pila bautismal) y la torre sobrevivieron a su destrucción al inicio de la guerra civil (1936). Tras la guerra, la denominación de "iglesia de Santa María la Mayor" pasó a ser aplicada a la iglesia del antiguo colegio jesuita, en la calle Libreros.Capilla del Oidor en CVC. Capilla del Oidor y Ruinas de Santa María en lacallemayor.net Torre de Santa María en Dream Alcala:
La iglesia que recibe en la actualidad la denominación de Santa María la Mayor es la que "fue en su origen la iglesia del Colegio Máximo de la Compañía de Jesús. Adquirió la denominación presente cuando la antigua Santa María la Mayor, destruida por un incendio en 1936, trasladó su sede a la que fuera iglesia de los jesuitas" (Parroquia de Santa María la Mayor en lacallemayor.net). thumb|left|Torreón de Tenorio. thumb|left|Exhibición del cuerpo de San Diego de Alcalá.
Durante el dominio musulmán el núcleo urbano del valle había dejado de tener importancia significativa, en beneficio otra vez de un emplazamiento de mejores características defensivas: un cerro al otro lado del río, en este caso el Ecce Homo (Qalat abd al Salam, Alkal'a Nahar o Alcalá la Vieja -qalat es un habitual topónimo para designar a un castillo, como en los casos de Qalat Rabah, Calatrava, o Qalat Wadi Arya, Alcalá de Guadaíra-). La convivencia entre cristianos y musulmanes sería la propia de la época. La zona protegida por las murallas (la medina) sería habitada preferentemente por la clase dirigente musulmana, mientras que los mozárabes (cristianos sometidos al gobierno musulmán) habitarían fuera de las murallas (el arrabal), posiblemente en el antiguo Campus Laudabilis. En algún momento se extinguió la continuidad de la sede episcopal, o bien se trasladó a Guadalajara (localidad que llegó a ser confundida con la romana Complutum);El último obispo, que realizó el traslado de la sede, habría sido Paschasio... desterrado de su diocesi. Salazar de Mendoza, Vida del cardenal Mendoza, citado en Annales complutenses: sucesión de tiempos desde los primeros fundadores griegos hasta estos nuestros que corren, Instituto de Estudios Complutenses, 1990 pg. 116. aunque no fue hasta el que se suprimió por bula papal el obispado complutense de origen romano, revirtiéndolo en favor de la sede primada (Toledo).
El Cantar de Mio Cid recoge las algaras que Alvar Fañez de Minaya realizó por el valle del Henares.
El 3 de mayo de 1118 el arzobispo de Toledo Bernardo de Sedirac conquistó la plaza de Alcalá en nombre del reino de Castilla (por entonces en una situación conflictiva entre Urraca I -reina titular de León y Castilla-, su segundo marido -Alfonso I el batallador, rey de Aragón- y el hijo primogénito del primer matrimonio de la reina -Alfonso Raimúndez, el futuro Alfonso VII-). En 1129, Alfonso VII, ya rey, otorgó Alcalá y su Tierra (constituidos como concejo y alfoz) al Arzobispado de Toledo en condición de señorío eclesiástico (siendo su primer titular Raimundo de Sauvetat). Los arzobispos fueron concediendo privilegios a la ciudad, entre ellos el Fuero Viejo (Rodrigo Jiménez de Rada, 1235)Fuero Viejo de Alcalá en alcalavirtual.es y la celebración de ferias (desde 1184). El asentamiento principal volvió a ser el de la zona baja, en el Campus Laudabilis, denominación que fue dejando de utilizarse, sustituida por las formas Burgo de Santiuste, Alcalá de Santiuste, Alcalá de San Justo o Alcalá de Fenares (esta última aparece en el ). La población se fue incrementando a medida que el burgo se convertía en un emergente centro de transacciones y mercado comarcal, ya alejada la inseguridad fronteriza (la última aceifa musulmana fue en 1197). No obstante, la construcción de las murallas,Llegaron a tener siete puertas: la de Madrid, por la que se accedía a la ciudad desde el Oeste; la de Santa Ana o del Postigo, muy cerca de la actual plaza de la Victoria; la del Vado, en la actual calle del Empecinado; la de Fernán Falcón, emplazada al final de la calle de Santa Úrsula; la de Guadalajara, al final de la calle Mayor, esquina con la plaza de Cervantes, llamado en aquel tiempo del Mercado, extramuros entonces; la de la Judería, a la altura de lo que hoy es el Teatro Salón Cervantes; y por último, la de Burgos, ubicada frente al paseo de los Pinos del parque O’Donnell y la única que actualmente se mantiene en pie (Pedro Hinojos, Sabías que... la muralla de Alcalá llego a tener siete puertas , en Diario de Alcalá, 5 de mayo de 2013. La muralla y la puerta de Burgos, piedra a piedra, en arqueologiamedieval.com Muralla de Alcalá de Henares. S.XII - XIII. Recinto de la muralla . iniciada en el , delimitó el núcleo urbano y seguía teniendo una importante función defensiva en las recurrentes guerras civiles.