miniaturadeimagen|577x577px|Un collage de los 148 diagramas de subredes de MANET 3.0 (arriba) y la subred más antigua, el metabolismo de la purina NUC00230 (abajo), pone de relieve cómo las vías metabólicas constituyen mosaicos enzimáticos de distintas edades evolutivas. Molecular Ancestry Network (MANET) es una base de datos bioinformática que mapea directamente en redes biológicas las relaciones evolutivas de las arquitecturas de proteínas. Fue desarrollada originalmente por Hee Shin Kim, Jay E. Mittenthal y Gustavo Caetano-Anolles en el Departamento de Ciencias de los Cultivos de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign.
MANET rastrea, por ejemplo, la ascendencia de enzimas metabólicas individuales dentro del metabolismo mediante métodos bioinformáticos, filogenéticos y estadísticos. Actualmente, MANET integra información de la base de datos de la Clasificación Estructural de Proteínas (SCOP), la base de datos de vías metabólicas de la Enciclopedia de Kioto de Genes y Genomas (KEGG) y reconstrucciones filogenéticas que describen la evolución de la arquitectura de los pliegues proteicos. La base de datos se ha actualizado para reflejar la evolución del metabolismo a nivel de familias de pliegues proteicos. MANET literalmente "pinta" las ascendencias de enzimas derivadas de árboles filogenéticos arraigados directamente sobre más de un centenar the representaciones de vías metabólicas, rindiendo homenaje a uno de los padres del impresionismo . También ofrece numerosas funcionalidades que permiten buscar pliegues proteicos específicos con valores de ascendencia definidos, visualizar la distribución de las enzimas representadas y explorar detalles cuantitativos que describen pliegues proteicos individuales. Esto posibilita el estudio de redes metabólicas globales y locales, así como la identificación de patrones evolutivos a diferentes escalas.
La base de datos es útil para el estudio de la evolución metabólica. Un análisis estadístico de los datos de MANET mostró, por ejemplo, una distribución irregular de los valores de ascendencia asignados a los pliegues proteicos en cada subred, lo que sugiere que la evolución del metabolismo ocurrió de manera global mediante el reclutamiento generalizado de enzimas. MANET se utilizó para analizar los procesos de reclutamiento enzimático en redes metabólicas y para proponer que el metabolismo moderno se originó en la subred metabólica de nucleótidos de purina. El análisis del metabolismo de las purinas reveló una sustitución evolutiva gradual de la química abiótica por enzimas proteicas. La base de datos también contribuyó a descubrir un rastreo de conservación física y evolutiva en la estructura de los sitios activos durante el surgimiento de las actividades metabólicas.
Enlaces externos
Archivo web de la base de datos de la Red de Ascendencia Molecular (MANET)
Referencias
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