thumb|Escudo de armas de Fernando III de Sicilia
La historia de la Sicilia borbónica comenzó en 1734, cuando el rey Felipe V de España se dispuso a conquistar las Dos Sicilias, liberándolas del dominio austriaco y poner al frente a su hijo Carlos de Borbón. Este período histórico finalizó en julio de 1860, cuando, tras la Expedición de los Mil encabezada por Garibaldi, las tropas borbónicas fueron derrotadas y se retiraron, en parte gracias al apoyo de la población siciliana. Posteriormente, Sicilia fue incorporada al Reino de Italia.
El 10 de mayo de 1734, en el curso de la Guerra de Sucesión Polaca, el futuro Carlos VII de Nápoles (y posteriormente III de España), entró en Nápoles y se coronó rey de Sicilia al año siguiente. De esta forma obtuvo el trono de ambos reinos del sur de Italia, que hasta entonces habían estado en manos del emperador Carlos VI del Sacro Imperio. Cuatro años después, en 1738, el Tratado de Viena puso fin a la contienda, y los reinos de Nápoles y Sicilia consiguieron la independencia de los Habsburgo de Austria.
En 1759, Carlos VII regresó a España para coronarse rey, pues su hermano de padre, Fernando VI, había muerto sin descendencia, y él era el siguiente en la línea de sucesión. Abdicó en favor de su hijo, el futuro Fernando IV de Nápoles (y III de Sicilia), que entonces tenía ocho años, siendo sus principales regentes Domenico Cattaneo, príncipe de San Nicandro, y el marqués Bernardo Tanucci. En 1768, Fernando IV se casó con María Carolina de Austria, hija de la emperatriz María Teresa I de Austria y hermana de María Antonieta, reina de Francia. Mientras Fernando IV solo se preocupaba de las relaciones con la Iglesia y de la construcción de obras públicas, la nueva reina participó activamente en el gobierno.
Durante el reinado de Fernando IV, el Reino de las Dos Sicilias se convirtió en uno de los centros culturales más importantes de Italia y de Europa. Se crearon escuelas gratuitas en cada comuna y en Sicilia, se crearon las universidades de Catania en 1778 y la de Palermo en 1779. Fernando también organizó la construcción del Jardín botánico de Palermo, además, mandó construir puentes y canalizó ríos. Se vivió un período de prosperidad económica: se redujeron los impuestos y se emprendieron nuevas actividades comerciales.Real casa de Borbón de las Dos Sicilias En los primeros años, María Carolina se mostró tolerante con los movimientos republicanos pero, tras la Revolución francesa y la caída de su cuñado Luis XVI —que fue guillotinado en enero de 1793, como nueve meses más tarde lo fue su propia hermana María Antonieta—, se unió a la Primera Coalición que formaron varios Estados europeos en contra de Francia, instituyendo severas persecuciones contra todos los sospechosos de simpatizar con la causa revolucionaria francesa.
En 1796, Napoleón Bonaparte invadió Italia y venció con facilidad a las tropas austriacas y a los débiles gobiernos locales. En 1798, los franceses ocuparon Roma y los jacobinos crearon la República romana. Fernando IV envió un ejército para frenar a los franceses, que acabó retirándose a Nápoles y entregando todas las fortalezas septentrionales del reino, incluida Gaeta. Los franceses llegaron a las puertas de Nápoles y el 22 de diciembre de 1798, el rey abandonó la capital meridional para trasladarse a Sicilia. Los realistas lograron recuperar Nápoles y el 13 de junio de 1799, Fernando IV restauró la monarquía borbónica. Pero Napoleón, tras la victoria de Austerlitz, entró en Italia y dominó definitivamente Nápoles, declarando el fin de la dinastía borbón y nombrando rey a su hermano José Bonaparte. Sicilia, que para los franceses estaba teóricamente incluida en sus dominios debido a la unión personal entre las coronas continental e insular, en realidad seguía siendo posesión de la monarquía borbónica. Por lo tanto, los gobernantes napolitanos, por segunda vez, encontraron refugio en la corte de Sicilia donde, de acuerdo con Gran Bretaña, transformó la isla en un protectorado. En 1808, Napoleón consiguió la abdicación de los últimos borbones reinantes en Europa —Carlos IV de España y su hijo, Fernando VII— y José Bonaparte se marchó a España para reinar y le sucedió en Nápoles Joaquín Murat, que gobernó hasta mayo de 1815.
En 1812, en el Reino de Sicilia tutelado por el británico Lord William Bentinck, se abolió el feudalismo y se aprobó una nueva constitución, según el modelo inglés. Fernando aceptó abdicar, y su hijo Francisco fue nombrado regente en 1812. Gran Bretaña, promotora de la transformación de monarquía absoluta a monarquía constitucional, deseaba apoderarse de la isla: Lord Bentinck negoció con un enviado de Murat en Ponza, que el soberano francés se mantendría en el poder aunque cayera Napoleón, a cambio de que Sicilia fuera cedida a Gran Bretaña.Silverio Corvisieri, "All’isola di Ponza", Il Mare, 1985 Pero tras 20 años de guerras entre la Francia napoleónica y muchas naciones europeas y la derrota definitiva de Napoleón, el Congreso de Viena (1814-1815), basó la reorganización del Viejo Continente en el «principio de legitimidad», por el que se devolvían las tierras a sus antiguos monarcas. Eso fue así sal con los reinos meridionales italianos, ya que Malta quedó en manos de Gran Bretaña para el que la península itálica quedase bajo la influencia de Austria. Lo importante para Gran Bretaña fue evitar la influencia francesa sobre la región.Raleigh Trevelyan, "Principi sotto il vulcano", BUR, 2001
Aunque Napoleón había aceptado el exilio en el Tratado de Fontainebleau de abril de 1814, Murat aun intentó mantenerse en el trono hasta que fue derrotado por los austriacos en la batalla de Tolentino a principios de mayo. Con el Tratado de Casalanza (20 de mayo de 1815) Murat renunció forzadamente al reino de Nápoles, que fue devuelto por los aliados al rey Fernando. Este, un año después, el 12 de diciembre de 1816, suprimió la corona del Reino de Sicilia y la unió a la corona napolitana, formándose así el Reino de las Dos Sicilias y cambió su título a Fernando I de las Dos Sicilias. Francisco asumió amistosamente entonces el renovado título de duque de Calabria, el de heredero, y quedó en Palermo como lugarteneiente del reino hasta 1820. Fernando IV y sus ministros tuvieron el mérito de dejar intactas gran parte de las innovaciones de los franceses, por lo que se puso a la cabeza de una modernizada monarquía administrativa, que aprovechó para abolir la Constitución de 1812 de Sicilia, violando su propio juramento. Fernando I quedó completamente subordinado a Austria, y un austríaco, el conde Nugent, fue nombrado comandante en jefe del ejército; y durante cuatro años reinó como un déspota. Todos los esfuerzos tentativos a la libertad de expresión y opinión fueron despiadadamente reprimidos. Los sicilianos, ya desilusionados por el regreso a la monarquía absoluta, no aceptaron la unión y pronto se sublevaron.
El 1 de julio de 1820, con la noticia de que en España se había restaurado la Constitución de 1812, en Nola, en el Reino de Nápoles, se rebelaron pidiendo la constitución un grupo de militares. Ante este levantamiento, Fernando I se vio obligado a conceder una nueva constitución y nombró vicario suyo a su hijo Francisco. El 1 de octubre comenzaron los trabajos del parlamento elegido a finales de agosto, en el cual prevalecieron los ideales burgueses introducidos por los franceses, como una reorganización de la administración de las provincias y comunas, así como medidas sobre la libertad de prensa y de culto. Las novedades introducidas en las Dos Sicilias no fueron de agrado de las potencias europeas y Francisco fue convocado a Liubliana. Tras el Congreso de Liubliana, el reino fue invadido por las tropas austriacas, que en marzo de 1821 derrotaron al ejército constitucional napolitano comandado por Guglielmo Pepe. Fernando decidió no luchar más para restablecer el orden en el reino y evitar entrar en guerra con Austria. Así, el 23 de marzo, Nápoles fue ocupada, el Parlamento fue disueltoy la constitución fue revocada. Fernando reprimió a los liberales y carbonarios. Austria aprovechó la victoria para imponer su control sobre la política interior y exterior de Nápoles. El conde Charles-Louis de Ficquelmont fue nombrado embajador de Austria en Nápoles, que prácticamente administró el país, además de gestionar la ocupación y fortalecer la influencia austríaca sobre las élites napolitanas. Fernando I murió en Nápoles el 4 de enero de 1825 de un derrame cerebral a la edad de 73 años, tras un reinado de 66 años. Le sucedió su hijo Francisco I, que entonces ya tenía 47 años.
El reinado de Francisco I estuvo en manos de sus favoritos y de sus jefes militares y policiales y él vivió el resto de su vida casi encerrado con sus amantes, rodeado de soldados, siempre con el temor de ser asesinado. Solo hubo de enfrentar un intento revolucionario en su contra en Cilento, en el año 1828, que fue sofocado por el marqués Delcaretto, un antiguo liberal. Si, logró la retirada de las fuerzas de ocupación austriacas (1827), aliviando así una gran carga financiera para el tesoro. Francisco, falleció el 8 de noviembre de 1830 en Nápoles, poco después de regresar de España donde había asistido a la boda de su hijo con el rey Fernado VII.
Le sucedió su primogénito Fernando II de las Dos Sicilias, que contaba 20 años y que se propuso reorganizar el Estado. Inició su reinado concediendo una amplia amnistía política (redujo a la mitad las penas) y nombrando a antiguos seguidores de Murat y a los antiguos revolucionarios de 1821 en puestos de poder. También se rodeó de hombres capaces y experimentados que lideraron un período de resurgimiento, en parte gracias a que el gobierno personal de Fernando combatió y reprimió muchos abusos persistentes del sistema anterior, que no era inmune a la venalidad y la corrupción. El rey logró pacificar a las clases sociales aún convulsas tras la era napoleónica. Fernando se preocupó de mejorar las finanzas, redujo la opresiva burocracia y dispuso la reorganización de un presupuesto entonces deficitario: redujo su personal en un 50% y cargos superfluos, bajó el salario anual de los ministros abolió las reservas reales de caza y distribuyó las tierras destinadas al pastoreo de los rebaños reales entre 50 municipios .
La revolución siciliana de 1848 —que comenzó el 12 de enero de 1848 y fue la primera de las numerosas revoluciones de 1848 que se extendieron por toda Europa— fue una rebelión popular contra el gobierno de Fernando II . Dio lugar a un Estado independiente (el autoproclamado Reino de Sicilia, con Ruggero Settimo elegido «Padre de la Patria» por los sicilianos.) y a una constitución (constitución siciliana de 1848) que sobrevivió durante 16 meses y fue adelantada para su tiempo en términos democráticos liberales, al igual que la propuesta de una confederación italiana unificada de Estados. Fue en efecto un telón de fondo para el final del reino borbónico de las Dos Sicilias, completado finalmente por la Expedición de los Mil de Giuseppe Garibaldi en 1860, el asedio de GaetaDesam de 1860-1861 y la proclamación del Reino unificado de Italia.