La historia de Filipinas desde 1565 hasta 1898 se conoce como el período colonial español, durante el cual las islas Filipinas fueron gobernadas como capitanía general de Filipinas dentro de las Indias Orientales Españolas, inicialmente bajo el virreinato de Nueva España, con sede en la Ciudad de México, hasta la independencia del Imperio Mexicano de España en 1821. Esto resultó en un control español directo durante un período de inestabilidad gubernamental allí.
El primer contacto europeo documentado con Filipinas lo estableció Fernando de Magallanes en 1521 durante su expedición de circunnavegación, durante la cual murió en la batalla de Mactán. 44 años después, una expedición española liderada por Miguel López de Legazpi partió del actual México e inició la conquista española de Filipinas a finales del . La expedición de Legazpi llegó a Filipinas en 1565, un año después de un serio intento de colonizar el país, durante el reinado de Felipe II de España, cuyo nombre ha permanecido ligado al país.
El período colonial español terminó con la derrota de España por parte de Estados Unidos en la guerra hispano-estadounidense y el Tratado de París el 10 de diciembre de 1898, que marcó el comienzo de la era colonial estadounidense de la historia de Filipinas.
Colonización española
Trasfondo izquierda|miniaturadeimagen|168x168px|Páginas de la Doctrina Christiana, un libro paleocristiano en español y tagalo. El libro contenía escrituras latinas y baybayin suyat. (1593) izquierda|miniaturadeimagen|288x288px|Tumba de Miguel López de Legazpi, fundador de Manila como capital de las islas Filipinas, ubicada en Manila en la Iglesia de San Agustín dentro de la histórica ciudad amurallada de Intramuros Los españoles habían estado explorando las Filipinas desde principios del . Fernando de Magallanes, un navegante portugués a cargo de una expedición española para circunnavegar el mundo, fue asesinado por guerreros del datu Lapulapu en la batalla de Mactán. En 1543, Ruy López de Villalobos llegó a las islas de Leyte y Samar y las nombró Las Islas Filipinas en honor a Felipe II de España, en ese momento Príncipe de Asturias. Felipe se convirtió en rey de España el 16 de enero de 1556, cuando su padre, Carlos I de España (quien también reinó como Carlos V, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico), abdicó al trono español. Felipe estaba en Bruselas en ese momento y su regreso a España se retrasó hasta 1559 debido a la política europea y las guerras en el norte de Europa. Poco después de su regreso a España, Felipe ordenó una expedición a las Islas de las Especias, declarando que su propósito era "descubrir las islas del oeste".
En realidad su tarea era conquistar las Filipinas para España. La población de Luzón y las Visayas en el momento de las primeras misiones españolas se estima entre 1 y 1,5 millones, siendo la densidad global baja.
Conquista bajo Felipe II
Felipe II, cuyo nombre ha permanecido ligado a las islas, ordenó y supervisó la conquista y colonización de Filipinas. El 19 o 20 de noviembre de 1564, una expedición española de apenas 500 hombres, liderada por Miguel López de Legazpi, partió de Barra de Navidad (actual estado mexicano de Jalisco) con el fraile agustino y explorador Andrés de Urdaneta en el Virreinato de Nueva España, llegando a Cebú el 13 de febrero de 1565, conquistándola a pesar de la oposición cebuana. Siguiendo la ley española, Legazpi dio a los líderes cebuanos tres días para aceptar una oferta de relaciones amistosas antes de iniciar una guerra de conquista. Aproximadamente entre 200 y 400 de los hombres de Legazpi eran soldados tlaxcaltecas, que se habían aliado con España durante la conquista española de México. Algunos de los tlaxcaltecas se asentaron permanentemente en las islas, y numerosas palabras náhuatl se absorbieron en las lenguas filipinas. Más de 15.000 soldados llegaron de Nueva España como nuevos migrantes durante el , superando con creces a los civiles que llegaron. La mayoría de estos soldados eran criminales y jóvenes en lugar de hombres de carácter. Las dificultades de los soldados colonizadores contribuyeron al saqueo y la esclavitud, a pesar de las súplicas de los representantes de la iglesia que los acompañaban. En 1568, la Corona española permitió el establecimiento del sistema de encomiendas que estaba aboliendo en el Nuevo Mundo, legalizando efectivamente una conquista más opresiva. Aunque la esclavitud había sido abolida en el Imperio español, tomó alrededor de un siglo para que fuera abolida por completo en Filipinas debido al sistema de esclavitud precolonial alipin que ya existía en las islas. izquierda|miniaturadeimagen|Peninsulares, Criollos, Nativos Filipinos (Indios) y Aetas, detalle de Carta Hydrographica y Chorographica de las Yslas Filipinas (1734) Debido al conflicto con los portugueses, que bloquearon Cebú en 1568, y a la persistente escasez de suministros, en 1569 Legazpi se trasladó a Panay y fundó un segundo asentamiento a orillas del río Panay. En 1570, Legazpi envió a su nieto, Juan de Salcedo, quien había llegado de México en 1567, a Mindoro para castigar a los piratas moros musulmanes que habían estado saqueando las aldeas de Panay. Salcedo también destruyó fuertes en las islas de Ilin y Lubang, al sur y noroeste de Mindoro, respectivamente miniaturadeimagen|Representación de la dinastía Qing de delegados de Luzón de finales de la década de 1750, visitando al emperador Qianlong en la Ciudad Prohibida de Pekín. En 1570, Martín de Goiti, enviado por Legazpi a Luzón, conquistó Maynila. Legazpi le siguió con una flota mayor, compuesta tanto por españoles como por una fuerza mayoritariamente visaya.La lentitud de los barcos locales llevó un mes para movilizar estas fuerzas. Esta gran fuerza provocó la rendición de la vecina Tondo. Un intento de algunos líderes locales, conocido como la Conspiración de Tondo, de derrotar a los españoles fue repelido. Legazpi renombró Maynila como Nueva Castilla y la declaró capital de Filipinasy por tanto del resto de las Indias Orientales Españolas, que también abarcaban territorios españoles en Asia y el Pacífico. Legazpi se convirtió en el primer gobernador general del país.
Aunque la incipiente administración dirigida por Legazpi era inicialmente pequeña y vulnerable a la eliminación por parte de los invasores portugueses y chinos, la fusión de las coronas española y portuguesa bajo la Unión Ibérica de 1580-1640 ayudó a hacer permanente el reconocimiento mutuo del reclamo español sobre las Filipinas, así como el reclamo de Portugal sobre las Islas de las Especias (Molucas).
En 1573, Japón expandió su comercio en el norte de Luzón. En 1580, el señor japonés Tay Fusa estableció el estado wokou independiente Tay Fusa en Cagayán no colonial. Cuando los españoles llegaron al área, subyugaron el asentamiento, lo que resultó en las batallas de Cagayán de 1582. Con el tiempo, la importancia de Cebú cayó a medida que el poder se desplazó al norte, a Luzón. A finales del , la población de Manila creció a la vez que la población de los asentamientos españoles en las Visayas disminuía. miniaturadeimagen|296x296px|Paul de la Gironière, un nantaí, inmigrante francés en Filipinas. Fundó la hacienda Jala Jala en el distrito de Morong, actual provincia de Rizal. En la imagen, viste ropa filipina de principios del . Con el tiempo, los españoles se apoderaron con éxito de los diferentes estados locales uno por uno. Bajo el dominio español, los distintos barangays se consolidaron deliberadamente en pueblos, donde los misioneros católicos pudieron convertir a los habitantes al cristianismo con mayor facilidad. Los misioneros convirtieron al cristianismo a la mayoría de los habitantes de las tierras bajas. También fundaron escuelas, una universidad, hospitales e iglesias. Para defender sus asentamientos, los españoles construyeron y mantuvieron una red de fortalezas militares a lo largo del archipiélago. También se abolió la esclavitud. Como resultado de estas políticas, la población filipina aumentó exponencialmente. El dominio español reunió la mayor parte de lo que hoy es Filipinas en una sola administración unificada. De 1565 a 1821, Filipinas fue gobernada como parte del Virreinato de Nueva España con sede en México, posteriormente administrado desde Madrid tras la Guerra de Independencia de México. La administración de las islas Filipinas se consideraba una carga para la economía de España, y hubo debates sobre abandonarla o intercambiarla por algún otro territorio. Sin embargo, esto encontró oposición por varias razones, entre ellas el potencial económico, la seguridad y el deseo de continuar la conversión religiosa en las islas y la región circundante. Filipinas sobrevivió gracias a un subsidio anual proporcionado por la Corona española, que promediaba 250.000 pesos y que normalmente se pagaba mediante el suministro de 75 toneladas de lingotes de plata que se enviaban desde Hispanoamérica en los galeones de Manila. Las limitaciones financieras hicieron que las fortificaciones de 200 años de antigüedad en Manila no experimentaran cambios significativos después de ser construidas por los primeros colonizadores españoles. miniaturadeimagen|304x304px|Nativo de élite a caballo de José Honorato Lozano . Algunos barcos japoneses visitaron Filipinas en la década de 1570 para exportar plata japonesa e importar oro filipino. Más tarde, el aumento de las importaciones de plata de fuentes del Nuevo Mundo resultó en que las exportaciones japonesas a Filipinas cambiaran de plata a bienes de consumo. En la década de 1570, los comerciantes españoles se vieron perturbados en cierta medida por piratas japoneses, pero se establecieron relaciones comerciales pacíficas entre Filipinas y Japón en 1590. El kampaku (regente) de Japón, Toyotomi Hideyoshi, exigió sin éxito en varias ocasiones que Filipinas se sometiera a la soberanía de Japón. El 8 de febrero de 1597, Felipe II, cerca del final de su reinado de 42 años, emitió una Cédula Real instruyendo a Francisco de Tello de Guzmán, entonces Gobernador General de Filipinas, para que cumpliera las leyes de tributos y dispusiera la restitución de los impuestos mal habidos tomados de los filipinos indígenas. El decreto se publicó en Manila el 5 de agosto de 1598. El rey Felipe falleció el 13 de septiembre, apenas cuarenta días después de su publicación, pero su fallecimiento no se conoció en Filipinas hasta mediados de 1599, fecha en la que se estaba celebrando un referéndum para que los filipinos indígenas reconocieran el dominio español. Con la celebración del referéndum filipino de 1599, se podía afirmar que España había establecido su soberanía legítima sobre Filipinas. miniaturadeimagen|La principalía de una parroquia rural en las Filipinas coloniales, participando en la procesión de Semana Santa. Ilustración, Durante el período inicial de la colonización, Manila fue colonizada por 1200 familias españolas. En la ciudad de Cebú, en las Visayas, el asentamiento recibió un total de 2100 soldados-colonos de Nueva España, iniciando el asentamiento mexicano en Filipinas. Las fuerzas españolas incluían soldados de otras partes de Nueva España, muchos de los cuales desertaron y se mezclaron con la población en general. Aunque colectivamente tuvieron un impacto significativo en la sociedad filipina, la asimilación borró las diferencias de casta previas entre ellos y, con el tiempo, la importancia de su origen nacional. izquierda|miniaturadeimagen|308x308px|Un guardia de vino con el tradicional sombrero salakot. Guardias armados que protegían el monopolio del vino y el tabaco en Filipinas.