El gobierno de las Misiones Guaraníes, también llamado gobierno político y militar de Misiones o gobierno de los Treinta Pueblos de las Misiones Guaraníes, fue la estructura política y militar creada por la Corona española para administrar los pueblos jesuitas, luego de su expulsión en 1768 y que formaban parte de las gobernaciones de Paraguay territorios que hoy forman parte de Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay.
Degradado a tenencia de gobierno desde el 12 de octubre de 1811, mantuvo una seudoautonomía hasta que fue anexado por la República de Entre Ríos el 30 de noviembre de 1820.
Organización de los jesuitas
En el la Compañía de Jesús llegó a la zona. Estos jesuitas iniciaron su actividad creando asentamientos. En pocos años, llegaron a crear 30 pueblos, en donde los guaraníes, que ya empezaban a practicar la agricultura, terminaron de adoptar el sedentarismo. Los jesuitas crearon la llamada «Provincia de las Misiones» que originalmente tenía como límite oriental la Línea de Tordesillas y como límite septentrional (aproximado) el paralelo 20.º S (al este del río Paraná sus límites efectivos septentrionales estaban dados por el río Paranapanema o Paranapané), es decir, toda la región llamada La Pinería o Guayrá.
Los territorios de las Misiones se extendían por el norte de la Banda Oriental abarcando aproximadamente la mitad occidental de los actuales estados de Paraná y Río Grande do Sul. Pero al producirse la Restauración de Independencia de Portugal, en 1640, la región misionera de Guayrá quedó ocupada por el Brasil, debiendo exilarse al sur del arroyo Yabebirí los guaraníes misionenses que no habían sido esclavizados por los bandeirantes y mamelucos. Apenas pudo contenerse la invasión lusobrasileña en la feroz batalla de Mbororé (1641).
En 1702 los jesuitas de Yapeyú crearon la "Vaquería del Río Negro", formada por un extenso territorio entre los ríos Negro, Cuareim y Uruguay (actualmente perteneciente a Uruguay) que dedicaron a la explotación ganadera, en que en uno de los archivos guardados en la ciudad de Tacuarembó (Iglesia de San Francisco), se nombran dos estancias: San Juan Bautista, en la margen derecha del río Queguay (actuales vestigios de las estancias Buen Retiro y San Marcos, en los departamentos de Paysandú y Tacuarembó, respectivamente). En 1704 crearon la "Vaquería de los Pinares", en lo que es hoy parte del estado brasileño de Río Grande del Sur, limitada por la Sierra General, el río Uruguay y los extensos bosques al oeste.
Por cédula real del 26 de noviembre de 1726, puesta en efecto en 1729 y ratificada el 28 de diciembre de 1743 con la frase "Es mi Real ánimo no se haga tampoco novedad en este particular", los treinta pueblos de Misiones quedaron subordinados al gobernador de Buenos Aires, fijándose el río Tebicuary como límite con la Gobernación del Paraguay que debió ceder 13 pueblos, sin que estos dejaran de pertenecer al Obispado de Asunción.
Entre los años 1754 y 1756 se llevó a cabo la guerra Guaranítica que enfrentó a los guaraníes misioneros con España y Portugal, debido a la cesión de los siete pueblos de las Misiones Orientales a Portugal y la obligación de trasladarse al occidente del río Uruguay.
Consecuencias de la expulsión de los jesuitas
Nuevas órdenes religiosas en Misiones
Al ser expulsados los jesuitas por orden del rey Carlos III mediante la Pragmática Sanción del 27 de febrero de 1767, misioneros de otras órdenes religiosas tomaron a su cargo los pueblos:
Dominicos: Yapeyú, San Borja, San Nicolás, San Carlos, Mártires, San Miguel (del obispado de Buenos Aires); San Ignacio Miní, Trinidad, Santa María de Fe (del obispado de Asunción). Franciscanos: Concepción, La Cruz, San José, San Juan Bautista, San Luis, San Javier (del obispado de Buenos Aires); Santa Ana, Encarnación de Itapúa, Santa Rosa, Jesús, San Cosme y Damián (del obispado de Asunción). Mercedarios: San Ángel, San Lorenzo, Santo Tomé, Santa María la Mayor, Apóstoles (del obispado de Buenos Aires); Loreto, Candelaria, Corpus, Santiago, San Ignacio Guazú (del obispado de Asunción).
Tenencias de gobierno del Paraná y del Uruguay
thumb|450px|Localización de los treinta pueblos de las misiones guaraníes en el actual territorio de Argentina, Brasil y Paraguay. El 7 de junio de 1767, el gobernador Francisco de Paula Bucarelli, recibió las instrucciones secretas enviadas por el Conde de Aranda, presidente del Consejo de Castilla, para expulsar a los jesuitas de las gobernaciones de Buenos Aires, Tucumán y Paraguay y dar así cumplimiento a la Real Orden del 27 de febrero de 1767. El 3 de julio en Buenos Aires y el 12 en Córdoba comenzaron las detenciones de los jesuitas y las ocupaciones de colegios, residencias y estancias. Para hacer lo mismo en los treinta pueblos misioneros Bucareli necesitó dar unos pasos previos: a) pidió la remisión de un corregidor y un cacique de cada pueblo. Un total de 57 individuos vinieron a Buenos Aires, donde fueron agasajados, participaron en solemnes ceremonias y recibieron regalos. Estas personas integrarían, al año siguiente, la expedición a las Misiones para facilitar la expulsión de los jesuitas; b) buscó religiosos de distintas congregaciones que conocieran el idioma guaraní para sustituir a los jesuitas; c) reclutó laicos para administrar cada pueblo y d) constituyó una fuerza militar para allanar cualquier tipo de resistencia. Esta operación que denominó “Expedición en las Misiones del Paraguay para hacer salir de allí a los jesuitas y hacerlos pasar a Europa” comenzó recién diez meses después. El 24 de mayo de 1768, Bucareli partió de Buenos Aires rumbo a Salto. Allí ordenó al capitán Bruno de Zavala que, con las fuerzas que lo estaban esperando en San Miguel, comenzara la expulsión en los pueblos al este del río Uruguay comenzando desde Santo Ángel, el más lejano. Bucareli se encargó de hacer lo mismo en los pueblos entre el río Uruguay y el Paraná avanzando por el centro rumbo a Candelaria. En forma coordinada, envió al capitán Riva Herrera, para que, con el apoyo del gobernador Carlos Morphi del Paraguay, ingresara a los siete pueblos guaraníes existentes entre el río Tebicuary y el Paraná. Al finalizar su tarea, Riva Herrera se reunió, el 17 de agosto, con Bucareli en Candelaria. Todos los expulsados fueron enviados a Buenos Aires y de allí embarcados hacia Cádiz.
A comienzos del año 1767, Francisco de Paula Bucarelli, apartándose del capítulo V de las instrucciones del Conde Aranda, dividió en dos tenencias de gobierno los pueblos de las Misiones: agrupó los veinte pueblos del norte y sur del alto Paraná, desde Apóstoles y San Javier inclusive hacia el norte y, por el otro, los restantes diez pueblos del Uruguay y sus muchas estancias desde Yapeyú hasta San Miguel. El 14 de febrero de 1767 designó al capitán Juan Francisco Riva Herrera como gobernador interino de la primera, con sede en Candelaria, y al capitán Francisco Bruno de Zavala como gobernador interino de la segunda, con sede en Yapeyú. Esta agrupación de los pueblos siguió en gran medida la vieja línea política y religiosa del con la excepción de los pueblos de la margen derecha del Alto Uruguay porque dependían comercialmente de Candelaria. La organización del gobierno eclesiástico quedó a cargo del cura de Corrientes doctor Antonio de la Trinidad Martínez de Ibarra, como delegado del obispo de Buenos Aires.
En oficio de octubre de 1768, Bucarelli explicó al Conde de Aranda que la partición en dos gobiernos lo había hecho para facilitar las visitas a un territorio muy extenso y mantener la vigilancia de la frontera con los portugueses.
Bucarelli entregó a los nuevos funcionarios las “Instrucciones a que se deberán arreglar los gobernadores interinos que dejo nombrados en los pueblos de Indios Guaranís del Uruguay y Paraná, no habiendo disposición contraria de Su Majestad”. Estas instrucciones, datadas en Candelaria el 23 de agosto de 1768, que siguen el modelo portugués para las ex misiones jesuíticas, separaban la responsabilidad espiritual, que quedaba en manos de los curas, de las temporales, a cargo de los gobernadores y administradores. Respecto de los gobernadores no establecían con claridad sus funciones ni responsabilidades.
Gobierno general de las Misiones subordinado a la gobernación rioplatense
Nombramiento del gobernador general Zavala y su tenencia de gobierno de Candelaria
El 27 de diciembre de 1769 el gobernador Bucarelli le aceptó la renuncia al teniente de gobernador Juan Francisco de la Riva Herrera, reorganizó la administración interina de Misiones el 15 de enero de 1770 con Francisco Bruno de Zavala como gobernador general interino de Misiones con sede en Candelaria y seguiría subordinado a la gobernación del Río de la Plata.
Al año siguiente, manteniendo el cargo de gobernador general de los Treinta Pueblos, quedó con una jurisdicción directa sobre quince de los mismos con el título de teniente de gobernador de Candelaria, siendo estos: Jesús, Trinidad, Encarnación, Candelaria, Santa Ana, Loreto, San Ignacio Miní, Corpus, Santa María la Mayor, San Carlos, Apóstoles, San José, Concepción, Mártires, y San Javier, y finalmente fue confirmado en el cargo por real cédula en Madrid del 25 de julio de 1771, renovada por cinco años más el 4 de octubre de 1775.
Formación de las tenencias de gobierno de Yapeyú, de Santiago y de San Miguel
Los otros quince pueblos que quedaron fuera de la jurisdicción de la tenencia de gobierno de Candelaria al mando directo de Zavala, que al mismo tiempo era gobernador general, fueron divididos en 1771 en tres departamentos a cargo de los tenientes de dragones del Regimiento de Buenos Aires: Gaspar de la Plaza,Labougle, Raúl (op. cit., p. 256, año 1953). José Barbosa y Francisco Pérez de Saravia.
Estos departamentos o tenencias de gobierno eran para el primero la de San Miguel con jurisdicción sobre los seis pueblos del actual Brasil (excepto San Francisco de Borja), para el segundo la tenencia de gobierno de SantiagoArchivo General de la Nación Argentina en "Tomas de razón de despachos militares, cédulas de premio, retiros, empleos civiles y eclesiásticos, donativos, etc., 1740 a 1821" (ed. G. Kraft, 976 págs., año 1925). con los cinco pueblos al sur del río Tebicuary (del actual Paraguay) —sucedido el 23 de febrero de 1781 por Francisco Martínez Lobato que había sido nombrado el 2 de diciembre de 1780 como teniente de gobernador— y para el tercero la de Yapeyú con los tres pueblos mesopotámicos a orillas del río Uruguay y San Borja.
El gobernador y sus lugartenientes entendían en los asuntos de guerra, justicia, policía y real hacienda, mientras que en lo eclesiástico ejercía el gobernador el vicepatronato real eligiendo al cura y su compañero para cada pueblo de una terna presentada por los obispos de Asunción o de Buenos Aires según a que jurisdicción pertenecía la reducción.
En 1772 fue nombrado como administrador general de los pueblos de Misiones el escribano Juan Ángel de Lascano para reactivar los principales artículos de la provincia como el algodón y el ganado vacuno, haciéndolo de manera óptima (hasta que dejó el cargo burocrático en 1785).
Expansión hacia el sur de la tenencia de gobierno de Yapeyú
En 1775 Juan de San Martín arribó a Yapeyú como teniente de gobernador para hacerse cargo de este departamento, que comprendía además los pueblos de La Cruz, Santo Tomé y San Francisco de Borja, y quien llevó adelante la colonización de los campos deshabitados ubicados entre el río Miriñay y el arroyo Yeruá (al sur de la actual ciudad de Concordia).