La sirtuina 6 (Sirt6, SIR-6) es una enzima perteneciente a la familia de las sirtuinas, un grupo de enzimas deacetilasas dependientes de nicotinamida adenina dinucleótido (NAD⁺ en su forma oxidada) implicadas en la regulación epigenética y el mantenimiento de la estabilidad genómica. En humanos, Sirt6 está codificada por el gen SIRT6, localizado en el cromosoma 19 (19p13.3). En mamíferos, Sirt6 actúa como un regulador epigenético clave que controla la expresión de genes implicados en la glicólisis, el metabolismo lipídico y la respuesta al estrés oxidativo. Su actividad de desacetilación y mono-ADP-ribosilación le permiten modular la estructura de la cromatina y la accesibilidad de factores de transcripción, permitiendo ajustar la actividad metabólica según las necesidades celulares. Estudios en modelos animales han mostrado que la sobreexpresión de Sirt6 puede prolongar la esperanza de vida y mejorar la actividad metabólica, mientras que su deficiencia se asocia con envejecimiento prematuro y alteraciones metabólicas severas. Debido a esto, Sirt6 ha sido objeto de investigación en el contexto de enfermedades neurodegenerativas, metabólicas y neoplásicas, así como en los mecanismos moleculares asociados a la longevidad.
Estructura
Primaria La sirtuina-6 (Sir-6, SIR-6) es una enzima con estructura bilobulada constituida por 355 aminoácidos.
Secundaria Presenta un dominio catalítico central (contiene al sitio activo), un extremo N-terminal rico en cargas positivas (permite su interacción con la cromatina), y un extremo C-terminal (contribuye a la estabilidad estructural y a la interacción con otras proteínas).
El dominio catalítico está altamente conservado en la familia de las sirtuinas, mientras que los dominios C-terminal y N-terminal no presentan la misma conservación. Por ello, varían en longitud y secuencia dentro de esta familia.
Dominio catalítico central
El dominio catalítico está compuesto por aproximadamente 250 aminoácidos. Contiene un dominio de plegamiento de Rossmann (une al cofactor nicotinamida adenina dinucleótido (NAD⁺), un dominio pequeño de hélices alfa (reconoce y posiciona al sustrato), y un dominio de unión a zinc con cuatro residuos de cisteína (estabiliza el plegamiento).
El dominio de Rossmann abarca aproximadamente los residuos 27-132, y 195-268, formado por una lámina beta paralela de seis hebras intercalando dos hélices alfa por un lado y 4 hélices alfa en el otro, creando la arquitectura que permite la unión al cofactor NAD⁺. Dentro de este dominio, Sirt6 presenta un bolsillo hidrofóbico que estabiliza la conformación, así como la sencuencia Gly-X-Gly, esencial para posicionar correctamente el grupo fosfato del NAD⁺ durante la catálisis. Recientes estudios demuestran que la pérdida del sitio de unión a NAD⁺ debido a mutaciones provocan la pérdida de la actividad deacetilasa de la proteína.
En los estudios del dominio catalítico de Sirt6 se realizaron cristalografías con ADP-ribosa. Estos revelaron que la ADP-ribosa estableció 18 posibles contactos polares con el dominio de plegamiento de Rossman, debido a que también pudo ocupar el bolsillo hidrófobo de unión a NAD⁺. La importancia de este descubrimiento recae en que la ADP-ribosa pudo unirse a un sitio de unión a NAD⁺ siendo un sustrato peptídico no acilado. Se concluyó que Sirt 6 es la única sirtuina con la capacidad de unirse al cofactor sin presencia alguna de un sustrato con un grupo acilo. La explicación de este hecho subyace en la naturaleza de las hélices del bolsillo hidrófobo, dado que, en presencia de un sustrato peptídico no acilado, Sirt6 es capaz de mantener una hélice ordenada y estable.
El dominio de unión a zinc abarca los residuos 129-190, formado por un gran pliegue del dominio de plegamiento de Rossmann que genera dos bucles extendidos y una lámina beta antiparalela de tres hebras. Este dominio es estrictamente estructural y no participa activamente en la catálisis. Sin embargo, se encarga de coordinar la unión al ion zinc mediante cuatro cisteínas (Cys-141, Cys-144, Cys-167 y Cys-178) y contiene una inserción de 10 aminoácidos entre la tercera y cuarta cisteína, dando como resultado un bucle flexible y extendido.
La diferencia del dominio de unión a zinc respecto al dominio de plegamiento de Rossmann es estructural. El dominio de unión a Zinc se encuentra mucho más abierto respecto al dominio Rossmann, dado que la hélice que conecta los dos dominios en las demás sirtuinas de la familia no se encuentra presente en Sirt6. Esta diferencia permite una mayor flexibilidad a los dos dominios y una mayor acomodación de las cadenas largas aciladas durante la deacilación. Recientes estudios han demostrado que esta arquitectura abierta contribuye a la regulación de las interacciones proteína-proteína, modulando la actividad enzimática de Sirt6 y la especificidad hacia sus sustratos.
La falta de presencia del metal zinc en el dominio en cuestión, puede interrumpir la unión del NAD⁺ en el dominio de plegamiento de Rossmann, y además, bloquear el sitio de unión del cofactor.
Extremo N-terminal Las regiones N-terminal y C-terminal no se encuentran conservadas dentro de la familia de las sirtuinas. Por ello, estas regiones varían en longitud, secuencia y estructura dentro de esta familia.
El extremo amino-terminal (N-terminal) abarca los primeros 24 residuos antes del dominio catalítico. Esta región no forma un dominio globular, sino que se mantiene desordenada y flexible, sin elementos secundarios. La primera mitad (del 1 al 13 aminoácido; Met hasta Ala) tiene la capacidad de formar interacciones con el dominio de plegamiento de Rossmann. Esta interacción se basa en lo siguiente: Met1 (el primer aminoácido de la cadena) establece interacciones hidrofóbicas, de tipo Van der Waals, con la lisina acetilada y paralelamente, los residuos restantes de esta primera mitad se podrán unir a la hendidura del centro activo de Sirt6 para establecer interacciones con el dominio de plegamiento de Rossmann, y por tanto, sellar el bolsillo hidrofóbico. La segunda mitad de este extremo se encuentra adyacente al dominio de Rossmann, aunque se desconocen las interacciones que realizan.
El extremo N-terminal es imprescindible para la actividad desacetilasa de las histonas H3K9 y H3K56 y para la asociación de la cromatina con Sirt6. Estudios demuestran que el extremo N-terminal puede ser fosforilado por quinasas para promover la reparación del DNA.
Extremo C-terminal El extremo carboxi-terminal (C-terminal) abarca los residuos desde el 269 hasta el residuo 355. Este extremo aún no ha sido del todo descifrado por la cristalografía, aunque sí que se ha descrito que contiene una señal de localización celular (NLS- nuclear localization signal). Recientes estudios afirman que este extremo es una región intrínsecamente desordenada (IDR).
Es clave para determinar la localización nuclear de Sirt6 y se ha descrito que la fosforilación del extremo C-terminal regula las interacciones proteína-proteína. Desde el punto de vista estructural, al no tener una forma definida este extremo, permite conferirle una mayor adaptabilidad a Sirt6.
Mecanismos moleculares Desacetilación dependiente de NAD⁺
Sirt6 es una enzima desacetilasa EC: 2.3.1 dependiente de NAD⁺ cuya actividad catalítica se centra en la eliminación de grupos acetilo de residuos de lisina (Lys) en histonas y proteínas reguladoras. Al activarse, Sirt6 reestablece la carga positiva de las lisinas (lo que provoca una compactación de la cromatina), y reduce la transcripción de genes proinflamatorios, entre ellos: NF-κB, IL-6, TNF-α, IL-1β.
Sirt6 escinde el NAD⁺ en nicotinamida y ADP-ribosa, utilizando la energía liberada para romper el enlace amida del grupo acetilo, generando una lisina desacetilada y una molécula de O-acetil-ADP-ribosa. Esta reacción vincula directamente su actividad enzimática al estado metabólico de la célula, puesto que el NAD⁺ refleja los niveles energéticos de la célula. miniaturadeimagen|Sirt6 desacetila la lisina de H3K9Ac utilizando NAD⁺ como cofactor, generando ADP-ribosa, nicotinamida y O-actil-ADP-ribosa. La pérdida del grupo acetilo en la histona reduce la expresión de genes proinflamatorios, contribuyendo a una disminución global de la inflamación. En ensayos con péptidos aislados de histonas, Sirt6 muestra baja eficiencia de desacetilación, pero en estudios celulares se ha demostrado una marcada preferencia por la eliminación del grupo acetilo de la lisina 9 de la histona H3 (H3K9Ac). Esta observación sugiere que Sirt6 desacetila las histonas de forma más eficiente en el contexto del nucleosoma intacto, donde la estructura tridimensional de la cromatina y las interacciones proteína-ADN favorecen su actividad catalítica.
Estudios estructurales mediante cristalografía de rayos X han revelado que Sirt6 presenta alta afinidad por los nucleosomas, mediada en parte por interacciones con el "parche ácido" H2A/H2B y con el ADN nucleosómico. Estos contactos posicionan a Sirt6 en una conformación catalíticamente activa, facilitando la eliminación de grupos acetilo en H3K9Ac y H3K56Ac. En este sentido, la capacidad de Sirt6 para reconocer nucleosomas completos, y no solo péptidos de histonas libres, explica su eficacia biológica en la modificación epigenética in vivo, donde actúa sobre regiones cromatínicas bien definidas y funcionalmente relevantes.
La desacetilación de H3K9Ac y H3K56Ac por parte de Sirt6 regula múltiples procesos nucleares: la represión de genes proinflamatorios, la estabilidad de la cromatina y la fidelidad de replicación y reparación del ADN. En proteínas no histónicas, Sirt6 modula factores como HIF-1α (factor inducible por hipoxia 1 alfa) y MYC (homólogo del oncogén viral de la mielocitomatosis aviar v-myc), reduciendo la glicólisis y limitando la proliferación celular, respectivamente, al tiempo que promuveve la oxidación de ácidos grasos y la eficiencia energética mitocondrial.
Además, Sirt6 se localiza en regiones teloméricas, donde presenta una actividad desacetilasa altamente específica sobre la ya mencionada H3K9Ac. La pérdida de Sirt6 conduce a hiperacetilación de histonas teloméricas, fusiones cromosómicas end-to-end y senescencia celular prematura.
En conjunto, los estudios bioquímicos y estructurales establecen a Sirt6 como una enzima multifuncional cuya actividad desacetilasa está finamente adpatada al entorno de la cromatina. Su especificidad por nucleosomas y su interacción con ADN y proteínas estructurales la posicionan como un nexo molecular entre el metabolismo energético, la regulación epigenética y la estabilidad genómica, aspecto fundamentales para la longevidad celular y la prevención de enfermedades degenerativas y neoplásicas.
ADP-ribosilación Además de su función de desacetilación, Sirt6 ejerce también una actividad de ADP-ribosiltransferasa (mono-ADP-ribosilación), mediante la cual transfiere unidades de ADP-ribosa derivadas del cofactor nicotinamida adenina dinucleótido (NAD⁺) a residuos aceptores específicos en proteínas diana como PARP1 ((poli(ADP-ribosa) polimerasa tipo 1)). Esta modificación postraduccional amplía la capacidad reguladora de Sirt6 más allá de su función epigenética, al intervenir directamente en la señalización del daño al ADN, en la remodelación de la cromatina y en la orquestación de procesos de reparación genómica.