En bioquímica, una ligasa es una enzima que puede catalizar la unión (ligadura) de dos moléculas grandes formando un nuevo enlace químico. Esto es típicamente a través de la hidrólisis de un pequeño grupo químico colgante en una de las moléculas más grandes o la enzima que cataliza la unión de dos compuestos, por ejemplo, enzimas que catalizan la unión de CO, CS, CN, etc. En general, una ligasa cataliza la unión de dos compuestos. siguiente reacción:
Ab + C → A–C + b o algunas veces
Ab + cD → A–D + b + c + d + e + f donde las letras minúsculas pueden significar los pequeños grupos dependientes. La ligasa puede unir dos fragmentos complementarios de ácido nucleico y reparar roturas monocatenarias que surgen en el ADN bicatenario durante la replicación.RANDOM HOUSE KERNERMAN WEBSTER’S COLLEGE DICTIONARY, Revised & Updated © 2010 K Dictionaries Ltd, by arrangement with Random House Information Group, an imprint of The Crown Publishing Group, a division of Random House, Inc. Copyright 2005, 1997, 1991 by Random House, Inc. All rights reserved.
Nomenclatura
El nombre común de las enzimas ligasa también incluyen la ADN ligasa, una enzima comúnmente utilizada en los laboratorios de biología molecular para unir fragmentos de ADN. Otros nombres comunes para las ligasas incluyen la "sintetasa", porque se utilizan para sintetizar nuevas moléculas.
La nomenclatura bioquímica a veces ha distinguido las sintetasas de las sintasas y, a veces, ha tratado las palabras como sinónimos. Según una definición, las sintasas no usan energía de los nucleósidos trifosfatos (como ATP, GTP, CTP, TTP y UTP), mientras que las sintetasas sí usan nucleósidos trifosfatos. También se dice que una sintasa es una liasa (una liasa es una enzima que cataliza la ruptura de varios enlaces químicos por medios distintos a la hidrólisis y la oxidación, a menudo formando un nuevo doble enlace o una nueva estructura de anillo) y no requiere energía, mientras que una sintetasa es una ligasa (una ligasa es una enzima que une dos sustancias químicas o compuestos) y, por lo tanto, requiere energía. sin embargo, la Comisión Conjunta de Nomenclatura Bioquímica (JCBN) dicta que "sintasa" se puede usar con cualquier enzima que catalice la síntesis (ya sea que use o no nucleósido trifosfato), mientras que "sintetasa" se debe usar como sinónimo.
Categoría EC 6.1 (forma enlaces C-O) EC 6.1.1 ligasas formadoras de Aminoacil-tARN o compuestos relacionados EC 6.1.1.1 tirosina—tARN ligasa EC 6.1.1.2 triptófano—tARN ligasa EC 6.1.1.3 treonina—tARN ligasa EC 6.1.1.4 leucina—tARN ligasa EC 6.1.1.5 isoleucina—tARN ligasa EC 6.1.1.6 lisina—tARN ligasa EC 6.1.1.7 alanina—tARN ligasa EC 6.1.1.8 eliminada EC 6.1.1.9 valina—tARN ligasa EC 6.1.1.10 metionina—tARN ligasa EC 6.1.1.11 serina—tARN ligasa EC 6.1.1.12 aspartato—tARN ligasa EC 6.1.1.13 D-alanina-poli(fosforibitol) ligasa EC 6.1.1.14 glicina—tARN ligasa EC 6.1.1.15 prolina—tARN ligasa EC 6.1.1.16 cisteína—tARN ligasa EC 6.1.1.17 glutamato—tARN ligasa EC 6.1.1.18 glutamina—tARN ligasa EC 6.1.1.19 arginina—tARN ligasa EC 6.1.1.20 fenilalanina—tARN ligasa EC 6.1.1.21 histidina—tARN ligasa EC 6.1.1.22 asparagina—tARN ligasa EC 6.1.1.23 aspartato—tARNAsn ligasa EC 6.1.1.24 glutamato—tARNGln ligasa EC 6.1.1.25 eliminada EC 6.1.1.26 pirrolisina—tARNPyl ligasa EC 6.1.1.27 O-fosfoserina—tARN ligasa EC 6.1.1.28 eliminada
EC 6.1.2 ácido—alcohol ligasas (ester sintasas) EC 6.1.2.1 D-alanina—(R)-lactato ligasa EC 6.1.2.2 nebramicina 5' sintasa
EC 6.1.3 ciclo-ligasas EC 6.1.3.1 olefina β-lactona sintetasa
Categoría EC 6.2 (forma enlaces C-S) EC 6.2.1 Ácido-tiol ligasas EC 6.2.1.1 acetato—CoA ligasa EC 6.2.1.2 CoA ligasa de ácidos de cadena media EC 6.2.1.3 de cadena larga-graso-acid—CoA ligasa EC 6.2.1.4 succinato—CoA ligasa (GDP-formador) EC 6.2.1.5 succinato—CoA ligasa (ADP-formador) EC 6.2.1.6 glutarato—CoA ligasa EC 6.2.1.7 colato—CoA ligasa EC 6.2.1.8 oxalato—CoA ligasa EC 6.2.1.9 malato—CoA ligasa EC 6.2.1.10 ácido—CoA ligasa (GDP-formador) EC 6.2.1.11 biotina—CoA ligasa EC 6.2.1.12 4-cumarato—CoA ligasa EC 6.2.1.13 acetato—CoA ligasa (ADP-formador) EC 6.2.1.14 6-carboxihexanoato—CoA ligasa EC 6.2.1.15 araquidonato—CoA ligasa EC 6.2.1.16 acetoacetato—CoA ligasa EC 6.2.1.17 propionato—CoA ligasa EC 6.2.1.18 citrato—CoA ligasa EC 6.2.1.19 proteína ligasa de ácidos grasos de cadena larga EC 6.2.1.20 [proteína acarreadora de acilos] ligasa de ácidos grasos de cadena larga EC 6.2.1.21 eliminada, transferida a EC 6.2.1.30 EC 6.2.1.22 [citrato (pro-3S)-liasa] ligasa EC 6.2.1.23 dicarboxilate—CoA ligasa EC 6.2.1.24 fitanato—CoA ligasa EC 6.2.1.25 benzoato—CoA ligasa EC 6.2.1.26 o-succinilbenzoato—CoA ligasa EC 6.2.1.27 4-hidroxibenzoato—CoA ligasa EC 6.2.1.28 3α,7α-dihidroxi-5β-colestanato—CoA ligasa EC 6.2.1.29 eliminada, transferida a EC 6.2.1.7 EC 6.2.1.30 fenilacetato—CoA ligasa EC 6.2.1.31 2-furoato—CoA ligasa EC 6.2.1.32 antranilato—CoA ligasa EC 6.2.1.33 4-clorobenzoato—CoA ligasa EC 6.2.1.34 trans-feruloil-CoA sintasa EC 6.2.1.35 acetato—[proteína acarreadora de acilos] ligasa EC 6.2.1.36 3-hidroxipropionil-CoA sintasa EC 6.2.1.37 3-hidroxibenzoato—CoA ligasa EC 6.2.1.38 (2,2,3-trimetil-5-oxociclopent-3-enil)acetil-CoA sintasa EC 6.2.1.39 [butirosina-proteína acarreadora de acilos]—L-glutamato ligasa EC 6.2.1.40 4-hidroxibutirato—CoA ligasa (formadora de AMP) EC 6.2.1.41 3-[(3aS,4S,7aS)-7a-metil-1,5-dioxo-octahidro-1H-inden-4-il]propanoato—CoA ligasa EC 6.2.1.42 3-oxocolest-4-en-26-oato—CoA ligasa EC 6.2.1.43 2-hidroxi-7-metoxi-5-metil-1-naftoato—CoA ligasa EC 6.2.1.44 3-(metiltio)propionil—CoA ligasa EC 6.2.1.45 enzima activadora de ubiquitina E1 EC 6.2.1.46 L-alo-isoleucina:holo-[proteína acarreadora de CmaA peptidilo] ligasa EC 6.2.1.47 [acil-carrier-proteína ] ligasa de ácidos grasos de cadena media EC 6.2.1.48 carnitina-CoA ligasa EC 6.2.1.49 adenililtransferasa FadD28 de ácido graso de cadena larga EC 6.2.1.50 4-hidroxibenzoato adenililtransferasa FadD22 EC 6.2.1.51 4-hidroxifenilalcanoato adenililtransferasa FadD29 EC 6.2.1.52 luciferina de Lampyris—CoA ligasa EC 6.2.1.53 L-prolina—[proteína acarreadora de L-prolilos] ligasa EC 6.2.1.54 D-alanina—[proteína acarreadora de D-alanilos] ligasa (26 de abril de 2018) EC 6.2.1.55 enzima activadora de E1 SAMP EC 6.2.1.56 4-hidroxibutirato—CoA ligasa (ADP-formador) EC 6.2.1.57 adenilasa/transferasa FadD23 ácido graso de cadena larga EC 6.2.1.58 isoftalato—CoA ligasa EC 6.2.1.59 adenilasa/transferasa FadD26 de ácido graso de cadena larga EC 6.2.1.60 marinolato—CoA ligasa
Categoría EC 6.3 (forma enlaces C-N) EC 6.3.1 ácido-amoniaco (o amina) ligasas (amida sintasas) EC 6.3.1.1 aspartato—amonia ligasa EC 6.3.1.2 glutamina sintetasa EC 6.3.1.3 eliminada, transferida a EC 6.3.4.13 EC 6.3.1.4 aspartato—amonio ligasa (formador de ADP) EC 6.3.1.5 NAD+ sintasa EC 6.3.1.6 glutamato—etilamina ligasa EC 6.3.1.7 4-metileneglutamato—amonia ligasa EC 6.3.1.8 glutationilspermidina sintasa EC 6.3.1.9 tripanotiona sintasa EC 6.3.1.10 adenosilcobinamida-fosfato sintasa EC 6.3.1.11 glutamato—putrescina ligasa EC 6.3.1.12 D-aspartato ligasa EC 6.3.1.13 L-cisteína:1D- mio-inositol 2-amino-2-desoxi-α-D-glucopiranósido ligasa EC 6.3.1.14 diftina—amonia ligasa EC 6.3.1.15 8-desmetilnovobiocato sintasa EC 6.3.1.16 eliminada, transferida a EC 6.3.3.6 EC 6.3.1.17 β-citrilglutamato sintasa EC 6.3.1.18 γ-glutamilanilida sintasa EC 6.3.1.19 procarionte ubiquitina-like proteína ligasa EC 6.3.1.20 lipoato—proteína ligasa
EC 6.3.2 ligasas de aminoácidos (péptido sintasas) EC 6.3.2.1 pantoato—β-alanina ligasa (formadora de AMP) EC 6.3.2.2 glutamato—cisteína ligasa EC 6.3.2.3 glutatión sintasa EC 6.3.2.4 D-alanina—D-alanina ligasa EC 6.3.2.5 Fosfopantotenato-cisteína ligasa (CTP) EC 6.3.2.6 fosforibosilamino imidazolsuccinocarboxamida sintasa EC 6.3.2.7 UDP-N-acetilmuramoil-L-alanil-D-glutamato—L-lisina ligasa EC 6.3.2.8 UDP-N-acetilmuramato—L-alanina ligasa EC 6.3.2.9 UDP-N-acetilmuramoilalanina—D-glutamato ligasa EC 6.3.2.10 UDP-N-acetilmuramoilalanil-tripéptido—D-alanil-D-alanina ligasa EC 6.3.2.11 carnosina sintasa EC 6.3.2.12 dihidrofolato sintasa EC 6.3.2.13 UDP-N-acetilmuramoil-L-alanil-D-glutamato—2,6-diaminopimelato ligasa EC 6.3.2.14 enterobactina sintasa EC 6.3.2.15 eliminada, transferida a EC 6.3.2.10 EC 6.3.2.16 D-alanina—alanil-poli(glicerolfosfato) ligasa EC 6.3.2.17 tetrahidrofolato sintasa EC 6.3.2.18 γ-glutamilhistamina sintasa EC 6.3.2.19 eliminada, transferida a EC 6.2.1.45, :EC 2.3.2.23 and :EC 6.3.2.20 indoleacetato—lisina sintetasa EC 6.3.2.21 eliminada, tran 6.3.2.49 EC 6.3.2.22 eliminada, transferida a EC 6.3.1.14 EC 6.3.2.23 homoglutatión sintasa EC 6.3.2.24 tirosina—arginina ligasa EC 6.3.2.25 tubulina—tirosina ligasa EC 6.3.2.26 N-(5-amino-5-carboxipentanoil)-L-cisteinil-D-valina sintasa EC 6.3.2.27 eliminada, transferida a EC 6.3.2.38 y EC 6.3.2.39 EC 6.3.2.28 L-aminoácido α-ligasa EC 6.3.2.29 cianoficina sintasa (L-aspartato-adding) EC 6.3.2.30 cianoficina sintasa (L-arginina-adding) EC 6.3.2.31 coenzima F420-0:L-glutamato ligasa EC 6.3.2.32 coenzima γ-F420-2:α-L-glutamato ligasa EC 6.3.2.33 tetrahidrosarcinapterina sintasa EC 6.3.2.34 coenzima F420-1:γ-L-glutamato ligasa EC 6.3.2.35 D-alanina—D-serina ligasa EC 6.3.2.36 4-fosfopantoato—β-alanina ligasa EC 6.3.2.37 UDP-N-acetilmuramoil-L-alanil-D-glutamato—D-lisina ligasa EC 6.3.2.38 N2-citril-N6-acetil-N6-hidroxilisina sintasa EC 6.3.2.39 aerobactina sintasa EC 6.3.2.40 ciclopeptina sintasa EC 6.3.2.41 N-acetilaspartilglutamato sintasa EC 6.3.2.42 N-acetilaspartilglutamilglutamato sintasa EC 6.3.2.43 [proteína lisW de la biosíntesis de lisina]—L-2-aminoadipato ligasa EC 6.3.2.44 pantoato—β-alanina ligasa (ADP-formador) EC 6.3.2.45 UDP-N-acetilmuramato L-alanil-γ-D-glutamil-meso-2,6-diaminoheptanodioato ligasa EC 6.3.2.46 fumarato—(S)-2,3-diaminopropanoato ligasa EC 6.3.2.47 dapdiamida sintasa EC 6.3.2.48 L-arginina-específico L-amino acid ligasa EC 6.3.2.49 L-alanina-L-anticapsin ligasa EC 6.3.2.50 tenuazonato sintetasa EC 6.3.2.51 fosfopantotenato—cisteína ligasa (ATP) EC 6.3.2.52 jasmonoil—L-amino acid sintetasa EC 6.3.2.53 UDP-N-acetilmuramoil-L-alanina—L-glutamato ligasa EC 6.3.2.54 L-2,3-diaminopropanoato—citrato ligasa EC 6.3.2.55 2-[(L-alanin-3-ilcarbamoil)metil]-3-(2-aminoetilcarbamoil)-2-hidroxipropanoato sintasa EC 6.3.2.56 estafiloferrina B sintasa EC 6.3.2.57 estafiloferrina A sintasa EC 6.3.2.58 D-ornitina—citrato ligasa
EC 6.3.3 Ciclo-ligasas EC 6.3.3.1 fosforibosilformilglicinamidina ciclo-ligasa EC 6.3.3.2 5-formiltetrahidrofolato ciclo-ligasa EC 6.3.3.3 destiobiotina sintasa EC 6.3.3.4 (carboxietil)arginina-β-lactama sintasa EC 6.3.3.5 O-ureido-D-serina ciclo-ligasa EC 6.3.3.6 carbapenam-3-carboxilato sintasa EC 6.3.3.7 Ni-sirohidroclorina a,c-diamida ciclasa reductiva
EC 6.3.4 Otras ligasas Carbono-Nitrógeno EC 6.3.4.1 eliminada, transferida a EC 6.3.5.2 EC 6.3.4.2 CTP sintasa (hidrolizante de glutamina) EC 6.3.4.3 formato—tetrahidrofolato ligasa EC 6.3.4.4 adenilosuccinato sintasa EC 6.3.4.5 argininosuccinato sintasa EC 6.3.4.6 urea carboxilasa EC 6.3.4.7 ribosa-5-fosfato—amonia ligasa EC 6.3.4.8 imidazolacetato—fosforibosildifosfato ligasa EC 6.3.4.9 biotina—[metilmalonil-CoA-carboxitransferasa] ligasa EC 6.3.4.10 biotina—[propionil-CoA-carboxilasa (hidrolizante de ATP)] ligasa EC 6.3.4.11 biotina—[metilcrotonoil-CoA-carboxilasa] ligasa EC 6.3.4.12 glutamato—metilamina ligasa EC 6.3.4.13 fosforibosilamina—glicina ligasa EC 6.3.4.14 biotina carboxilasa EC 6.3.4.15 biotina—(acetil-CoA-carboxilasa) ligasa EC 6.3.4.16 carbamoil-fosfato sintasa (amonia) EC 6.3.4.17 formato—dihidrofolato ligasa EC 6.3.4.18 5-(carboxiamino) imidazol ribonucleotide sintasa EC 6.3.4.19 tARN-Ile-lisidina sintetasa EC 6.3.4.20 7-ciano-7-deazaguanina sintasa EC 6.3.4.21 nicotinato fosforibosiltransferasa EC 6.3.4.22 tARN-Ile2-agmatinilcitidina sintasa EC 6.3.4.23 formato—fosforibosilaminoimidazol carboxamida ligasa EC 6.3.4.24 tiramina—L-glutamato ligasa