miniaturadeimagen|Mapa náutico del archipiélago de Colón.|320x320px La historia de las Islas Galápagos es la serie de hechos sociales que se llevaron a cabo allí desde su descubrimiento hasta la actualidad. No se debería confundir con la historia geológica y evolutiva que del archipiélago.
Descubrimiento y exploración El descubrimiento del archipiélago miniaturadeimagen|Fray Tomás de Berlanga Se sospechó de una posible colonización humana de las islas por parte de indígenas sudamericanos antes de la llegada de los españoles ya que los arqueólogos Thor Heyerdahl y Arne Skjolsvold encontraron en 1952 fragmentos de cerámica parecidos a estilos cerámicos del continente sudamericano, aunque estudios posteriores demostraron que aquellos fragmente son mucho más recientes, por lo que se ha descartado esta teoría. Formalmente, las islas Galápagos fueron descubiertas por casualidad el 10 de marzo de 1535, cuando el barco del obispo de Panamá fray Tomás de Berlanga se desvió de su destino a Perú, donde cumpliría un encargo del rey español Carlos V para arbitrar en una disputa entre Francisco Pizarro y sus subordinados tras la conquista del imperio incaico. A causa de una calma chicha y las fuertes corrientes marinas, la nave del obispo fue arrastrada hasta las Galápagos. En la crónica de su aventura, dirigida desde Portoviejo al emperador Carlos V acerca del descubrimiento de las Islas Galápagos, Berlanga describía las inhóspitas condiciones prevalecientes en las desérticas islas, así como las gigantescas tortugas que las habitaban. También describió las iguanas marinas, los lobos marinos y muchos tipos de aves, recalcando la inusual mansedumbre de los animales y que expresaba en las siguientes palabras:Traxo el navío muy buen tiempo de brisas siete días, que haziase el piloto cerca de la tierra e diones calma seis días; eran tan grandes las corrientes, que nos engolfaron de tal manera, que miércoles en diez de marzo, vimos una isla; e porque el navío no había más agua que para dos días, acordaron de echar la barca e salir a tierra por agua e yerba para los caballos. … E salidos no hallaron sino lobos marinos, e tortugas e galápagos tan grandes que llevaban uno un hombre encima, e muchas higuanas que son como sierpes. Otro día vamos otra isla mayor que es aquella de grandes sierra, e creyendo que allí por su grandeza como por su monstruosidad que no podía dejar de tener ríos e frutas, fuiemos a ella, porque la primera baxaria diez o doce leguas, e en esto bebiose el agua quen navío abia e estuvimos tres días en tomar la isla, con calmas, en los cuales allí los hombres como los caballos padecimos muchos trabajos.
Exploración, mapas y piratas Los primeros mapas en incluir las islas fueron realizados por los cartógrafos Abraham Ortelius y Mercator alrededor de 1570. Fueron incluidas dentro del Theatrum Orbis Terrarum de Ortelius, conocido también como el "primer atlas moderno" con un total de 53 mapas. Ahí las islas estaban descritas como "Insulae de los Galopegos" (Islas de las Tortugas). Esto probablemente tuvo influencia en el nombre del archipiélago puesto que sus mapas tuvieron mucha demanda hasta el año 1612. miniaturadeimagen|Mapa de James Colnett publicado en 1793 izquierda|miniaturadeimagen|Mapa de Ambrose Cowley en 1684 El archipiélago fue usado constantemente por piratas ingleses como escondite mientras buscaban robar a los galeones españoles en sus viajes de América hacia España. Muchos de ellos atracaban en las islas y después atacaban el puerto de Guayaquil. En 1593 se registró a Richard Hawkins como el primer pirata que atracó en las Galápagos. Desde entonces y hasta 1816 muchos piratas llegaron al archipiélago. Recién descubiertas las islas se encontraban deshabitadas y los barcos que pasaban junto a su ubicación coincidían cuando el archipiélago era tapado por la niebla. Diversos acontecimientos las llevaron a ser conocidas como las "Islas Encantadas" e incluso algunos navegantes españoles afirmaban que no existían y solo eran espejismos.
Durante el , el bucanero inglés William Ambrosia Cowley cartografió las islas Galápagos durante su circunnavegación del mundo. No se conoce en detalle toda su expedición alrededor del archipiélago más allá de que fue incluido dentro del proyecto de circunnavegación. Años más tarde publicaría el mapa de las Galápagos en 1684.
Por otro lado, Alexander Selkirk, el hombre cuyas aventuras en las islas de Juan Fernández inspiraron a Daniel Defoe para escribir Robinson Crusoe, visitó las Galápagos en 1708 luego de que fuera rescatado de la isla Juan Fernández por el corsario Woodes Rogers. Rogers fue al archipiélago para reparar sus naves luego de saquear el puerto de Guayaquil.
Años más tarde, en el se empieza a poblar la zona cuando el navegante James Colnett describe al lugar como unas islas ricas en flora y fauna. Él había navegado las islas en el año 1792 y su trabajo condujo al desarrollo de la caza de ballenas cerca de las islas Galápagos. Esto atrajo a los primeros colonos, en su mayoría ingleses, con interés por las ballenas, cachalotes, leones marinos y principalmente por los Galápagos. El descubrimiento de la grasa de los cachalotes también atrajo a muchos balleneros lo que condujo a que se creara una oficina de correos improvisada, donde los barcos dejaban y recogían cartas. Colnett también dibujó las primeras cartas de navegación de las Galápagos en los años 1793, 1794, en ellos se puede ver la inscripción que dice capitán James Colnett de la Royal Navy en el buque mercante Rattler.
Los balleneros capturaron y sacrificaron miles de tortugas del archipiélago para extraer su aceite. Las tortugas podían sobrevivir por meses sin alimento ni bebida, por lo que se las transportaba en los barcos a manera de alacenas vivientes que al ser sacrificadas proveían proteína fresca a los marinos. La cacería de estas tortugas fue la causa de la gran disminución, y en algunos casos hasta la destrucción de ciertas razas de este quelonio. Junto con los balleneros, llegaron los cazadores de focas peleteras, lo cual llevó a las tortugas a un punto cercano a su extinción. La primera misión científica que visitó las Islas Galápagos fue la expedición Malaspina, una expedición española dirigida por Alejandro Malaspina que llegó en 1790. Sin embargo, los registros de la expedición nunca fueron publicados.
La colonización de las islas Anexión y estatus político de las islas miniaturadeimagen|340x340px|Mapa de Ecuador con las islas Galápagos. En 1809 se registra la llegada del primer colono durante el , llamado Patrick Watkins. Fue un navegante irlandés que fue exiliado en Floreana, desde 1807 a 1809. Se considera que él fue el primer residente del archipiélago ya que los anteriores navegantes lo usaban solamente como lugar temporal de anclaje para los barcos. De acuerdo con relatos posteriores, Watkins logró sobrevivir cazando, cultivando vegetales y comerciando con cazadores de ballenas, hasta que finalmente, descubrió un bote y lo usó para navegar hacia Guayaquil. En octubre de 1831 José de Villamil envió una comisión exploradora al archipiélago de las Galápagos con el fin de averiguar sobre la existencia de orchilla, planta utilizada en tinturar los tejidos y que se exportaba a México.
El 14 de noviembre se constituyó la "Sociedad Colonizadora del Archipiélago de las Galápagos" y denunció como terrenos baldíos a la isla Charles, después denominada Floreana. El 20 de enero de 1832 salió una expedición a las Galápagos al mando del coronel Ignacio Hernández y Ecuador las anexó el 12 de febrero de 1832 bajo el gobierno del General Juan José Flores, bautizándolas como archipiélago de Colón. Durante esta época, anterior a su fama mundial tras la publicación de las investigaciones de Darwin, el principal interés del archipiélago fue su uso como prisión. Este sería el caso de la Isla Floreana y San Cristóbal que durante la presidencia de Juan José Flores serviría de prisión para los opositores al régimen. Años más tarde, en 1885 el archipiélago pasó a formar parte de la provincia de Guayas y se establecieron las autoridades en la isla Chatman.
En 1920 Alfredo Baquerizo Moreno sería el primer presidente que visitó las Islas Galápagos y fundó Puerto Chico, que hoy se conoce con el nombre de Puerto Baquerizo Moreno, en la Isla de San Cristóbal. Esta ciudad es la capital de la provincia, aunque la población más grande es Puerto Ayora. Años más tarde, durante la Segunda Guerra Mundial Ecuador autorizó a Estados Unidos el establecimiento de una base naval en la isla Baltra, así como también varias estaciones de radar en otras ubicaciones estratégicas con el fin de monitorear el Canal de Panamá que se había terminado de construir en 1913. Los estadounidenses abandonaron las islas un año después, una vez finalizada la guerra. Posteriormente, en 1946 se estableció en la isla Isabela una colonia penal, que fue desmantelada en 1959.
Colonización de Valdizán y Cobos
Además de los primeros intentos de colonizar que se hizo durante 1830, se debería esperar a finales del para que se desarrolle otro intento importante de colonización de las Galápagos, ahora por José Valdizán y Manuel Julián Cobos. Empezaron guiados por sus intereses científicos con el objetivo de dedicarse a la explotación de un tipo de liquen que se recolectaba en las islas (Roccella portentosa) y que se usaba como colorante. Valdizán habría ayudado anteriormente a Theodor Wolf a trasladarse a las islas y sirvió de conexión logística entre Galápagos y Guayaquil. Sin embargo sus investigaciones tendrían problemas con el resto de trabajadores en la isla lo que causaría el asesinato de Valdizán por parte de sus trabajadores. Por su parte Cobos llevó del continente un grupo de más de cien trabajadores a la isla San Cristóbal para desarrollar una plantación de caña de azúcar, buscando aprovechar el clima tropical e imitando a plantaciones similares en otras islas. Dirigió su plantación con mano de hierro lo cual llevó a su asesinato en 1904.
Por su parte, desde 1897 Antonio Gil inició otra plantación en la isla Isabela. De esta forma, las islas atrajeron a nuevos colonos de varios países. Dentro de lo más destacado se encuentra el llamado "Caso Galápagos". Este término que fuera acuñado por periodistas, se refiere a los sucesos ocurridos entre marzo y noviembre de 1934, principalmente entre colonos alemanes en la isla de Floreana, en el transcurso de los cuales tres personas murieron en circunstancias en parte inexplicables y otras tres desaparecieron sin dejar rastro. Los hechos, que nunca se aclararon del todo, ocuparon los medios de comunicación de todo el mundo e inspiraron adaptaciones literarias y cinematográficas hasta un pasado reciente.
El Caso Galápagos miniaturadeimagen|Buzones de correo en la Isla Floreana.|280x280px Esto se dio en el contexto de tres grandes grupos de colonización. El primer grupo estaba formado por el médico berlinés Friedrich Adolf Ritter y su pareja, la profesora Dore Körwin que se instalaron en Floreana en septiembre de 1929. A través de varios artículos periodísticos y un libro en el que se autodenominaba el "nuevo Robinson", Ritter dio a conocer su experimento al público, cuyo interés ya se había despertado por detalles sensacionales como el anterior "intercambio de parejas": Ritter iba acompañado de su amante mientras su mujer se mudaba con su marido. El hecho de que Ritter y Strauch se hubieran extraído todos los dientes antes de salir de Alemania para evitar problemas dentales también llamó mucho la atención, al igual que el hecho de que ambos -salvo cuando venían visitas- no solían llevar ropa en Floreana.